-
ลำดับ RNA นิวเคลียสเดี่ยว
ความก้าวหน้าในการจับเซลล์เดี่ยวและเทคนิคการสร้างห้องสมุดแต่ละแห่งผสมผสานกับการจัดลำดับที่มีปริมาณงานสูงทำให้สามารถศึกษาการแสดงออกของยีนแบบเซลล์ต่อเซลล์ได้ช่วยให้สามารถวิเคราะห์ระบบได้ลึกและสมบูรณ์ยิ่งขึ้นเกี่ยวกับประชากรเซลล์ที่ซับซ้อน ซึ่งโดยส่วนใหญ่แล้วจะช่วยหลีกเลี่ยงการปกปิดความแตกต่างด้วยการหาค่าเฉลี่ยของเซลล์ทั้งหมด
อย่างไรก็ตาม บางเซลล์ไม่เหมาะที่จะทำเป็นสารแขวนลอยเซลล์เดียว ดังนั้น วิธีการเตรียมตัวอย่างอื่นๆ – จำเป็นต้องมีการสกัดนิวเคลียสจากเนื้อเยื่อ กล่าวคือ นิวเคลียสถูกสกัดโดยตรงจากเนื้อเยื่อหรือเซลล์ และเตรียมเป็นสารแขวนลอยนิวเคลียสเดี่ยวสำหรับเซลล์เดี่ยว การจัดลำดับเซลล์
BMK ให้บริการจัดลำดับ RNA เซลล์เดียวที่ใช้ Genomics ChromiumTM 10 เท่าบริการนี้มีการใช้กันอย่างแพร่หลายในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับโรค เช่น การแยกเซลล์ภูมิคุ้มกัน ความหลากหลายของเนื้องอก การพัฒนาเนื้อเยื่อ เป็นต้น
ชิปถอดเสียงเชิงพื้นที่: 10 × จีโนมิกส์
แพลตฟอร์ม: แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
BMKMANU S1000 เครื่องถอดเสียงเชิงพื้นที่
การถอดเสียงเชิงพื้นที่ยืนอยู่แถวหน้าของนวัตกรรมทางวิทยาศาสตร์ ช่วยให้นักวิจัยสามารถเจาะลึกรูปแบบการแสดงออกของยีนที่ซับซ้อนภายในเนื้อเยื่อ ขณะเดียวกันก็รักษาบริบทเชิงพื้นที่ไว้ท่ามกลางแพลตฟอร์มที่หลากหลาย BMKGene ได้พัฒนาชิป BMKManu S1000 Spatial Transcriptome ซึ่งมีความละเอียดที่เพิ่มขึ้น5µM ไปถึงช่วงเซลล์ย่อย และเปิดใช้งานการตั้งค่าความละเอียดหลายระดับ.ชิป S1000 ซึ่งมีจุดประมาณ 2 ล้านจุด ใช้ไมโครเวลส์ที่เรียงเป็นชั้นด้วยเม็ดบีดที่บรรจุด้วยหัววัดจับบาร์โค้ดเชิงพื้นที่ห้องสมุด cDNA ที่เสริมด้วยบาร์โค้ดเชิงพื้นที่ ถูกเตรียมจากชิป S1000 และจัดลำดับบนแพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq ในเวลาต่อมาการผสมผสานระหว่างตัวอย่างบาร์โค้ดเชิงพื้นที่และ UMI ช่วยให้มั่นใจในความถูกต้องและความเฉพาะเจาะจงของข้อมูลที่สร้างขึ้นคุณลักษณะเฉพาะของชิป BMKManu S1000 อยู่ที่ความสามารถรอบด้าน โดยนำเสนอการตั้งค่าความละเอียดหลายระดับที่สามารถปรับให้เข้ากับเนื้อเยื่อและระดับรายละเอียดต่างๆ ได้อย่างละเอียดความสามารถในการปรับตัวนี้ทำให้ชิปเป็นตัวเลือกที่โดดเด่นสำหรับการศึกษาการถอดเสียงเชิงพื้นที่ที่หลากหลาย ช่วยให้มั่นใจได้ถึงการจัดกลุ่มเชิงพื้นที่ที่แม่นยำและมีสัญญาณรบกวนน้อยที่สุด
การใช้ชิป BMKManu S1000 และเทคโนโลยีการถอดรหัสเชิงพื้นที่อื่นๆ ช่วยให้นักวิจัยมีความเข้าใจที่ดีขึ้นเกี่ยวกับการจัดระเบียบเชิงพื้นที่ของเซลล์และปฏิสัมพันธ์ของโมเลกุลที่ซับซ้อนที่เกิดขึ้นภายในเนื้อเยื่อ โดยให้ข้อมูลเชิงลึกอันล้ำค่าเกี่ยวกับกลไกที่เป็นรากฐานของกระบวนการทางชีวภาพในสาขาต่างๆ มากมาย ซึ่งรวมถึง เนื้องอกวิทยา ประสาทวิทยาศาสตร์ ชีววิทยาพัฒนาการ ภูมิคุ้มกันวิทยา และการศึกษาทางพฤกษศาสตร์
แพลตฟอร์ม: ชิป BMKManu S1000 และ Illumina NovaSeq
-
10x การถอดเสียงเชิงพื้นที่ของ Genomics Visium
การถอดเสียงเชิงพื้นที่เป็นเทคโนโลยีล้ำสมัยที่ช่วยให้นักวิจัยสามารถตรวจสอบรูปแบบการแสดงออกของยีนภายในเนื้อเยื่อ ขณะเดียวกันก็รักษาบริบทเชิงพื้นที่ไว้ได้แพลตฟอร์มอันทรงพลังแห่งหนึ่งในโดเมนนี้คือ 10x Genomics Visium ควบคู่กับการจัดลำดับอิลลูมินาหลักการของ 10X Visium นั้นอยู่บนชิปพิเศษที่มีพื้นที่จับที่กำหนดซึ่งวางส่วนของเนื้อเยื่อไว้พื้นที่จับภาพนี้มีจุดบาร์โค้ด ซึ่งแต่ละจุดสอดคล้องกับตำแหน่งเชิงพื้นที่เฉพาะภายในเนื้อเยื่อจากนั้นโมเลกุล RNA ที่ถูกจับจากเนื้อเยื่อจะถูกติดป้ายกำกับด้วยตัวระบุโมเลกุลเฉพาะ (UMI) ในระหว่างกระบวนการถอดรหัสแบบย้อนกลับจุดบาร์โค้ดและ UMI เหล่านี้ช่วยให้สามารถจัดทำแผนที่เชิงพื้นที่และการหาปริมาณการแสดงออกของยีนได้อย่างแม่นยำด้วยความละเอียดเซลล์เดียวการผสมผสานระหว่างตัวอย่างบาร์โค้ดเชิงพื้นที่และ UMI ช่วยให้มั่นใจในความถูกต้องและความเฉพาะเจาะจงของข้อมูลที่สร้างขึ้นด้วยการใช้เทคโนโลยี Spatial Transcriptomics นี้ นักวิจัยจะได้รับความเข้าใจที่ลึกซึ้งยิ่งขึ้นเกี่ยวกับการจัดระเบียบเชิงพื้นที่ของเซลล์และปฏิสัมพันธ์ของโมเลกุลที่ซับซ้อนที่เกิดขึ้นภายในเนื้อเยื่อ ซึ่งนำเสนอข้อมูลเชิงลึกอันล้ำค่าเกี่ยวกับกลไกที่เป็นรากฐานของกระบวนการทางชีวภาพในหลากหลายสาขา รวมถึงเนื้องอกวิทยา ประสาทวิทยาศาสตร์ ชีววิทยาพัฒนาการ และภูมิคุ้มกันวิทยา และการศึกษาทางพฤกษศาสตร์
แพลตฟอร์ม: 10X Genomics Visium และ Illumina NovaSeq
-
ลำดับ mRNA ความยาวเต็ม-นาโนพอร์
แม้ว่าการจัดลำดับ mRNA ที่ใช้ NGS จะทำหน้าที่เป็นเครื่องมืออเนกประสงค์สำหรับการวัดปริมาณการแสดงออกของยีน แต่การพึ่งพาการอ่านแบบสั้นจะจำกัดประสิทธิภาพในการวิเคราะห์การถอดเสียงที่ซับซ้อนในทางกลับกัน การจัดลำดับ Nanopore ใช้เทคโนโลยีที่อ่านมานาน ซึ่งช่วยให้สามารถจัดลำดับการถอดเสียง mRNA แบบเต็มความยาวได้แนวทางนี้อำนวยความสะดวกในการสำรวจที่ครอบคลุมของการต่อรอยทางเลือก การหลอมรวมของยีน โพลีอะดีนิเลชัน และการหาปริมาณของไอโซฟอร์ม mRNA
การหาลำดับนาโนพอร์อาศัยสัญญาณไฟฟ้าแบบเรียลไทม์โมเลกุลเดี่ยวของนาโนพอร์DNA แบบเกลียวคู่นำทางโดยโปรตีนจากมอเตอร์จับกับโปรตีนนาโนพอร์ที่ฝังอยู่ในแผ่นชีวะ และคลายตัวเมื่อมันเคลื่อนผ่านช่องนาโนพอร์ภายใต้แรงดันไฟฟ้าที่แตกต่างกันสัญญาณไฟฟ้าที่โดดเด่นที่สร้างขึ้นจากฐานต่างๆ บนสาย DNA จะถูกตรวจจับและจำแนกตามเวลาจริง ช่วยให้การจัดลำดับนิวคลีโอไทด์แม่นยำและต่อเนื่องวิธีการเชิงนวัตกรรมนี้เอาชนะข้อจำกัดในการอ่านระยะสั้น และมอบแพลตฟอร์มแบบไดนามิกสำหรับการวิเคราะห์จีโนมที่ซับซ้อน รวมถึงการศึกษาเชิงถอดเสียงที่ซับซ้อน
แพลตฟอร์ม: Nanopore Promethion P48
-
การหาลำดับ mRNA แบบเต็มความยาว -PacBio
แม้ว่าการจัดลำดับ mRNA ที่ใช้ NGS เป็นเครื่องมืออเนกประสงค์สำหรับการหาปริมาณการแสดงออกของยีน แต่การพึ่งพาการอ่านแบบสั้นจะจำกัดการใช้งานในการวิเคราะห์การถอดเสียงที่ซับซ้อนในทางกลับกัน PacBio sequencing (Iso-Seq) ใช้เทคโนโลยีการอ่านระยะยาว ซึ่งช่วยให้สามารถจัดลำดับการถอดเสียง mRNA แบบเต็มความยาวได้วิธีการนี้อำนวยความสะดวกในการสำรวจที่ครอบคลุมของการประกบทางเลือก การหลอมรวมของยีน และโพลีอะดีนิเลชัน แม้ว่าจะไม่ใช่ตัวเลือกหลักสำหรับการวัดปริมาณการแสดงออกของยีน เนื่องจากต้องใช้ข้อมูลจำนวนมาก
เทคโนโลยีการจัดลำดับ PacBio อาศัยการจัดลำดับโมเลกุลเดี่ยวแบบเรียลไทม์ (SMRT) ซึ่งให้ข้อได้เปรียบที่ชัดเจนในการจับภาพการถอดเสียง mRNA แบบเต็มความยาวแนวทางที่เป็นนวัตกรรมใหม่นี้เกี่ยวข้องกับการใช้ท่อนำคลื่นแบบโหมดศูนย์ (ZMWs) ซึ่งเป็นหลุมที่สร้างด้วยโครงสร้างขนาดเล็กที่ช่วยให้สามารถสังเกตกิจกรรม DNA polymerase แบบเรียลไทม์ในระหว่างการหาลำดับภายใน ZMW เหล่านี้ DNA polymerase ของ PacBio จะสังเคราะห์สาย DNA ที่เสริมกัน ทำให้เกิดการอ่านค่าที่ยาวนานซึ่งครอบคลุมการถอดเสียง mRNA ทั้งหมดการทำงานของ PacBio ในโหมด Circular Consensus Sequencing (CCS) ช่วยเพิ่มความแม่นยำโดยการจัดลำดับโมเลกุลเดียวกันซ้ำๆการอ่าน HiFi ที่สร้างขึ้นมีความแม่นยำเทียบเท่ากับ NGS ซึ่งช่วยวิเคราะห์คุณสมบัติการถอดรหัสที่ซับซ้อนได้อย่างครอบคลุมและเชื่อถือได้แพลตฟอร์ม: PacBio ภาคต่อ II
-
ลำดับยูคาริโอต mRNA-อิลลูมินา
การจัดลำดับ mRNA ช่วยให้สามารถสร้างโปรไฟล์ที่ครอบคลุมของการถอดเสียง mRNA ทั้งหมดภายในเซลล์ภายใต้เงื่อนไขเฉพาะเทคโนโลยีล้ำสมัยนี้ทำหน้าที่เป็นเครื่องมือที่มีศักยภาพในการเปิดเผยโปรไฟล์การแสดงออกของยีนที่ซับซ้อน โครงสร้างยีน และกลไกระดับโมเลกุลที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการทางชีววิทยาที่หลากหลายการจัดลำดับ mRNA ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการวิจัยพื้นฐาน การวินิจฉัยทางคลินิก และการพัฒนายา โดยให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับความซับซ้อนของพลวัตของเซลล์และการควบคุมทางพันธุกรรม
แพลตฟอร์ม: Illumina NovaSeq X
-
ลำดับ mRNA-Illumina ที่ไม่อิงการอ้างอิง
การจัดลำดับ mRNA ช่วยให้สามารถสร้างโปรไฟล์ที่ครอบคลุมของการถอดเสียง mRNA ทั้งหมดภายในเซลล์ภายใต้เงื่อนไขเฉพาะเทคโนโลยีล้ำสมัยนี้ทำหน้าที่เป็นเครื่องมือที่มีศักยภาพในการเปิดเผยโปรไฟล์การแสดงออกของยีนที่ซับซ้อน โครงสร้างยีน และกลไกระดับโมเลกุลที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการทางชีววิทยาที่หลากหลายการจัดลำดับ mRNA ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการวิจัยพื้นฐาน การวินิจฉัยทางคลินิก และการพัฒนายา โดยให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับความซับซ้อนของพลวัตของเซลล์และการควบคุมทางพันธุกรรม
แพลตฟอร์ม: Illumina NovaSeq X
-
ลำดับแบบไม่เข้ารหัสแบบยาว - อิลลูมินา
RNA ที่ไม่เข้ารหัสแบบยาว (lncRNAs) คือ RNA ที่มีความยาวมากกว่า 200 นิวคลีโอไทด์ซึ่งมีศักยภาพในการเข้ารหัสน้อยที่สุดและเป็นองค์ประกอบสำคัญภายใน RNA ที่ไม่ได้เข้ารหัสพบในนิวเคลียสและไซโตพลาสซึม RNA เหล่านี้มีบทบาทสำคัญในการควบคุม epigenetic, transcriptional และ post-transcriptional โดยเน้นย้ำความสำคัญในการสร้างกระบวนการระดับเซลล์และโมเลกุลการจัดลำดับ LncRNA เป็นเครื่องมืออันทรงพลังในการสร้างความแตกต่างของเซลล์ การสร้างเซลล์ และโรคของมนุษย์
แพลตฟอร์ม: อิลลูมินา NovaSeq
-
ลำดับ RNA ขนาดเล็ก - อิลลูมินา
โมเลกุล RNA (sRNA) ขนาดเล็ก โดยทั่วไปมีความยาวน้อยกว่า 200 นิวคลีโอไทด์ รวมถึง microRNAs (miRNAs), RNAs ที่รบกวนขนาดเล็ก (siRNAs) และ RNA ที่มีปฏิกิริยาระหว่าง Piwi (piRNAs)ในบรรดาสิ่งเหล่านี้ miRNA ซึ่งมีความยาวประมาณ 20-24 นิวคลีโอไทด์ มีความสำคัญอย่างยิ่งต่อบทบาทด้านกฎระเบียบที่สำคัญในกระบวนการเซลล์ต่างๆด้วยรูปแบบการแสดงออกเฉพาะเนื้อเยื่อและเฉพาะระยะ miRNA จึงมีการอนุรักษ์สูงในสายพันธุ์ต่างๆ
แพลตฟอร์ม: อิลลูมินา NovaSeq
-
ลำดับ circRNA-อิลลูมินา
การจัดลำดับ RNA แบบวงกลม (circRNA-seq) คือการรวบรวมโปรไฟล์และวิเคราะห์ RNA แบบวงกลม ซึ่งเป็นคลาสของโมเลกุล RNA ที่ก่อตัวเป็นลูปปิดเนื่องจากเหตุการณ์การต่อรอยที่ไม่เป็นที่ยอมรับ ทำให้ RNA เหล่านี้มีเสถียรภาพเพิ่มขึ้นแม้ว่า circRNA บางตัวจะทำหน้าที่เป็นฟองน้ำ microRNA โดยแยก microRNA และป้องกันไม่ให้พวกมันควบคุม mRNA เป้าหมาย แต่ circRNA อื่นๆ อาจโต้ตอบกับโปรตีน ปรับการแสดงออกของยีน หรือมีบทบาทในกระบวนการเซลล์การวิเคราะห์การแสดงออกของ circRNA ให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับบทบาทด้านกฎระเบียบของโมเลกุลเหล่านี้ และความสำคัญของโมเลกุลเหล่านี้ในกระบวนการเซลล์ ระยะการพัฒนา และสภาวะของโรคต่างๆ ซึ่งมีส่วนช่วยให้เข้าใจอย่างลึกซึ้งยิ่งขึ้นเกี่ยวกับความซับซ้อนของการควบคุม RNA ในบริบทของการแสดงออกของยีน
-
การจัดลำดับการถอดเสียงทั้งหมด - อิลลูมินา
การจัดลำดับทรานสคริปโตมทั้งหมดนำเสนอวิธีการที่ครอบคลุมในการสร้างโปรไฟล์โมเลกุล RNA ที่หลากหลาย ครอบคลุมทั้งการเข้ารหัส (mRNA) และ RNA ที่ไม่เข้ารหัส (lncRNA, circRNA และ miRNA)เทคนิคนี้จะรวบรวมทรานสคริปโตมของเซลล์เฉพาะในช่วงเวลาที่กำหนด ช่วยให้เข้าใจกระบวนการของเซลล์แบบองค์รวมมีชื่อเรียกอีกอย่างว่า "การจัดลำดับ RNA ทั้งหมด" โดยมีจุดมุ่งหมายเพื่อเปิดเผยเครือข่ายการกำกับดูแลที่ซับซ้อนในระดับทรานสคริปโทม ซึ่งช่วยให้สามารถวิเคราะห์เชิงลึก เช่น RNA ภายนอกที่แข่งขันกัน (ceRNA) และการวิเคราะห์ RNA ร่วมสิ่งนี้นับเป็นก้าวเริ่มต้นสู่การกำหนดลักษณะการทำงาน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการคลี่คลายเครือข่ายกฎระเบียบที่เกี่ยวข้องกับการโต้ตอบ ceRNA ที่ใช้ circRNA-miRNA-mRNA
-
การจัดลำดับ mRNA ของโปรคาริโอต
การจัดลำดับ mRNA ช่วยให้สามารถสร้างโปรไฟล์ที่ครอบคลุมของการถอดเสียง mRNA ทั้งหมดภายในเซลล์ภายใต้เงื่อนไขเฉพาะเทคโนโลยีล้ำสมัยนี้ทำหน้าที่เป็นเครื่องมือที่มีศักยภาพในการเปิดเผยโปรไฟล์การแสดงออกของยีนที่ซับซ้อน โครงสร้างยีน และกลไกระดับโมเลกุลที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการทางชีววิทยาที่หลากหลายการจัดลำดับ mRNA ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการวิจัยพื้นฐาน การวินิจฉัยทางคลินิก และการพัฒนายา โดยให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับความซับซ้อนของพลวัตของเซลล์และการควบคุมทางพันธุกรรมการประมวลผลตัวอย่าง mRNA ของโปรคาริโอตของเราได้รับการปรับแต่งสำหรับทรานสคริปต์โปรคาริโอต ซึ่งเกี่ยวข้องกับการพร่อง rRNA และการเตรียมไลบรารีทิศทาง
แพลตฟอร์ม: Illumina NovaSeq X
