-
ลำดับภูมิคุ้มกันบกพร่องของโครมาติน (ChIP-seq)
ChIP-Seq จัดทำโปรไฟล์เป้าหมาย DNA ทั่วทั้งจีโนมสำหรับการดัดแปลงฮิสโตน ปัจจัยการถอดรหัส และโปรตีนอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับ DNAโดยผสมผสานการเลือกสรรของการตกตะกอนของโครมาตินอิมมูโน (ChIP) เพื่อกู้คืนโปรตีนเชิงซ้อน-DNA ที่จำเพาะ เข้ากับพลังของการหาลำดับถัดไป (NGS) สำหรับการจัดลำดับปริมาณงานสูงของ DNA ที่กู้คืนนอกจากนี้ เนื่องจากคอมเพล็กซ์โปรตีน-DNA ได้รับการกู้คืนจากเซลล์ที่มีชีวิต ตำแหน่งการจับจึงสามารถเปรียบเทียบได้ในเซลล์และเนื้อเยื่อประเภทต่างๆ หรือภายใต้สภาวะที่แตกต่างกันการใช้งานมีตั้งแต่การควบคุมการถอดเสียงไปจนถึงวิถีการพัฒนาไปจนถึงกลไกของโรคและอื่นๆ
แพลตฟอร์ม: แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
การหาลำดับเมเทจโนมิก -NGS
เมตาจีโนมหมายถึงกลุ่มของสารพันธุกรรมทั้งหมดของชุมชนผสมของสิ่งมีชีวิต เช่น เมตาจีโนมด้านสิ่งแวดล้อม เมตาจีโนมของมนุษย์ ฯลฯ ประกอบด้วยจีโนมของจุลินทรีย์ทั้งที่สามารถเพาะปลูกได้และไม่สามารถเพาะปลูกได้การจัดลำดับเมเทเจโนมิกเป็นเครื่องมือระดับโมเลกุลที่ใช้ในการวิเคราะห์วัสดุจีโนมผสมที่สกัดจากตัวอย่างสิ่งแวดล้อม ซึ่งให้ข้อมูลโดยละเอียดเกี่ยวกับความหลากหลายและความอุดมสมบูรณ์ของชนิดพันธุ์ โครงสร้างประชากร ความสัมพันธ์ทางสายวิวัฒนาการ ยีนเชิงหน้าที่ และเครือข่ายสหสัมพันธ์กับปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม
แพลตฟอร์ม:แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
ลำดับเมเทจโนมิก-นาโนพอร์
Metagenomics เป็นเครื่องมือระดับโมเลกุลที่ใช้ในการวิเคราะห์วัสดุจีโนมผสมที่สกัดจากตัวอย่างสิ่งแวดล้อม ซึ่งให้ข้อมูลโดยละเอียดเกี่ยวกับความหลากหลายและความอุดมสมบูรณ์ของชนิดพันธุ์ โครงสร้างประชากร ความสัมพันธ์ทางสายวิวัฒนาการ ยีนเชิงหน้าที่ และเครือข่ายสหสัมพันธ์กับปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม ฯลฯ เมื่อเร็ว ๆ นี้ ได้มีการเปิดตัวแพลตฟอร์มการจัดลำดับ Nanopore สู่การศึกษาเมตาเจโนมิกประสิทธิภาพที่โดดเด่นในด้านความยาวการอ่านช่วยปรับปรุงการวิเคราะห์เมตาจีโนมแบบดาวน์สตรีมได้อย่างมาก โดยเฉพาะอย่างยิ่งแอสเซมบลีเมตาจีโนมการใช้ประโยชน์จากการศึกษาเมเทเจโนมิกส์ที่ใช้ Nanopore แบบอ่านความยาว ทำให้สามารถประกอบได้ต่อเนื่องมากขึ้นเมื่อเปรียบเทียบกับเมเทเจโนมิกส์แบบปืนลูกซองมีการตีพิมพ์ว่า metagenomics ที่ใช้ Nanopore ประสบความสำเร็จในการสร้างจีโนมของแบคทีเรียที่สมบูรณ์และปิดจากไมโครไบโอม (Moss, EL, et. al,เทคโนโลยีชีวภาพธรรมชาติ, 2563)
แพลตฟอร์ม:นาโนพอร์ โพรเมทไอออน P48
-
การหาลำดับไบซัลไฟต์ของจีโนมทั้งหมด
DNA methylation ที่ตำแหน่งที่ห้าในไซโตซีน (5-mC) มีอิทธิพลพื้นฐานต่อการแสดงออกของยีนและกิจกรรมของเซลล์รูปแบบเมทิลเลชั่นที่ผิดปกติมีความเกี่ยวข้องกับสภาวะและโรคต่างๆ เช่น มะเร็งWGBS ได้กลายเป็นมาตรฐานทองคำสำหรับการศึกษาเมทิลเลชันทั่วทั้งจีโนมที่ความละเอียดเบสเดียว
แพลตฟอร์ม: แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
การทดสอบโครมาตินที่เข้าถึงได้จากทรานส์โปเสสด้วยการหาลำดับปริมาณงานสูง (ATAC-seq)
ATAC-seq เป็นวิธีการจัดลำดับความเร็วสูงสำหรับการวิเคราะห์ความสามารถในการเข้าถึงโครมาตินทั่วทั้งจีโนม ซึ่งมีความสำคัญสำหรับการควบคุมการแสดงออกของยีนแบบอีพิเจเนติกทั่วโลกตัวปรับต่อการหาลำดับถูกแทรกเข้าไปในบริเวณโครมาตินแบบเปิดโดยทรานสโพเสส Tn5 ซึ่งกระทำมากกว่าปกติหลังจากการขยาย PCR แล้ว ไลบรารีลำดับจะถูกสร้างขึ้นบริเวณโครมาตินแบบเปิดทั้งหมดสามารถรับได้ภายใต้เงื่อนไขกาล-อวกาศจำเพาะ ไม่จำกัดเพียงตำแหน่งการจับของปัจจัยการถอดรหัส หรือบริเวณที่ถูกดัดแปลงฮิสโตนบางอย่าง
-
16S/18S/ITS ลำดับแอมพลิคอน-PacBio
หน่วยย่อยบน 16S และ 18S rRNA ที่มีทั้งบริเวณที่ได้รับการอนุรักษ์ไว้สูงและบริเวณที่มีความแปรผันสูงนั้นเป็นลายนิ้วมือระดับโมเลกุลที่สมบูรณ์แบบสำหรับการระบุสิ่งมีชีวิตโปรคาริโอตและยูคาริโอตการใช้ประโยชน์จากการจัดลำดับ แอมพลิคอนเหล่านี้สามารถกำหนดเป้าหมายตามส่วนที่อนุรักษ์ไว้ได้ และบริเวณที่มีความแปรผันสูงสามารถกำหนดคุณลักษณะได้อย่างสมบูรณ์สำหรับการจำแนกจุลินทรีย์ที่เอื้อต่อการศึกษาที่ครอบคลุมการวิเคราะห์ความหลากหลายของจุลินทรีย์ อนุกรมวิธาน สายวิวัฒนาการ ฯลฯ โมเลกุลเดี่ยวแบบเรียลไทม์ (SMRT ) การจัดลำดับแพลตฟอร์ม PacBio ช่วยให้ได้รับการอ่านแบบยาวที่มีความแม่นยำสูง ซึ่งสามารถครอบคลุมแอมพลิคอนแบบเต็มความยาวได้ (ประมาณ 1.5 Kb)มุมมองที่กว้างขึ้นของสนามพันธุกรรมช่วยเพิ่มความละเอียดในคำอธิบายประกอบชนิดพันธุ์ในชุมชนแบคทีเรียหรือเชื้อราได้อย่างมาก
แพลตฟอร์ม:PacBio ภาคต่อ II
-
16S/18S/ITS ลำดับแอมพลิคอน-NGS
การจัดลำดับแอมพลิคอน 16S/18S/ITS มุ่งเป้าไปที่การเปิดเผยสายวิวัฒนาการ อนุกรมวิธาน และความอุดมสมบูรณ์ของสายพันธุ์ในชุมชนจุลินทรีย์โดยการตรวจสอบผลิตภัณฑ์ PCR ของเครื่องหมายทางพันธุกรรมในการดูแลบ้านที่มีทั้งส่วนที่สลับซับซ้อนและแปรผันได้สูงการเปิดตัวลายนิ้วมือระดับโมเลกุลที่สมบูรณ์แบบเหล่านี้โดย Woeses et al, (1977) ช่วยให้สามารถสร้างโปรไฟล์ไมโครไบโอมได้โดยปราศจากการแยกตัวการจัดลำดับของ 16S (แบคทีเรีย), 18S (เชื้อรา) และตัวเว้นระยะที่ถอดความภายใน (ITS, เชื้อรา) ช่วยให้สามารถระบุได้ทั้งชนิดพันธุ์ที่มีอยู่มากมาย เช่นเดียวกับชนิดพันธุ์ที่หายากและไม่ปรากฏชื่อเทคโนโลยีนี้ได้กลายเป็นเครื่องมือหลักที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการระบุองค์ประกอบของจุลินทรีย์ที่แตกต่างกันในสภาพแวดล้อมต่างๆ เช่น ปากของมนุษย์ ลำไส้ อุจจาระ ฯลฯ
แพลตฟอร์ม:แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
การจัดลำดับจีโนมทั้งแบคทีเรียและเชื้อรา
การจัดลำดับจีโนมใหม่ของแบคทีเรียและเชื้อราเป็นเครื่องมือสำคัญในการทำให้จีโนมของแบคทีเรียและเชื้อราที่รู้จักสมบูรณ์ ตลอดจนการเปรียบเทียบจีโนมหลายรายการ หรือเพื่อทำแผนที่จีโนมของสิ่งมีชีวิตใหม่สิ่งสำคัญอย่างยิ่งคือต้องจัดลำดับจีโนมทั้งหมดของแบคทีเรียและเชื้อราเพื่อสร้างจีโนมอ้างอิงที่แม่นยำ เพื่อทำการจำแนกจุลินทรีย์และการศึกษาจีโนมเชิงเปรียบเทียบอื่นๆ
แพลตฟอร์ม:แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
PacBio-ลำดับแอมพลิคอน 16S/18S/ITS ความยาวเต็ม
แพลตฟอร์ม Amplicon (16S/18S/ITS) ได้รับการพัฒนาด้วยประสบการณ์หลายปีในการวิเคราะห์โครงการความหลากหลายของจุลินทรีย์ ซึ่งประกอบด้วยการวิเคราะห์พื้นฐานที่ได้มาตรฐานและการวิเคราะห์เฉพาะบุคคล: การวิเคราะห์พื้นฐานครอบคลุมเนื้อหาการวิเคราะห์กระแสหลักของการวิจัยจุลินทรีย์ในปัจจุบัน เนื้อหาการวิเคราะห์มีมากมายและครอบคลุม และผลการวิเคราะห์นำเสนอในรูปแบบรายงานโครงการเนื้อหาของการวิเคราะห์ส่วนบุคคลมีความหลากหลายสามารถเลือกตัวอย่างและตั้งค่าพารามิเตอร์ได้อย่างยืดหยุ่นตามรายงานการวิเคราะห์พื้นฐานและวัตถุประสงค์การวิจัย เพื่อให้บรรลุถึงความต้องการส่วนบุคคลระบบปฏิบัติการ Windows ง่ายและรวดเร็ว
-
PacBio-Full-length Transcriptome (ไม่ใช่ข้อมูลอ้างอิง)
การนำข้อมูลลำดับไอโซฟอร์มของ Pacific Biosciences (PacBio) เป็นอินพุต ทำให้แอปนี้สามารถระบุลำดับการถอดเสียงแบบเต็มความยาวได้ (โดยไม่ต้องประกอบ)ด้วยการแมปลำดับความยาวเต็มกับจีโนมอ้างอิง การถอดเสียงสามารถปรับให้เหมาะสมโดยยีนที่รู้จัก การถอดเสียง บริเวณการเข้ารหัส ฯลฯ ในกรณีนี้ สามารถระบุโครงสร้าง mRNA ได้แม่นยำยิ่งขึ้น เช่น การต่อรอยทางเลือก ฯลฯการวิเคราะห์ร่วมกับข้อมูลลำดับการถอดเสียงของ NGS ช่วยให้คำอธิบายประกอบครอบคลุมมากขึ้นและการหาปริมาณที่แม่นยำยิ่งขึ้นในการแสดงออกที่ระดับการถอดเสียง ซึ่งเป็นประโยชน์อย่างมากต่อการแสดงออกเชิงอนุพันธ์ขั้นปลายน้ำและการวิเคราะห์เชิงฟังก์ชัน
-
ลำดับไบซัลไฟต์ที่เป็นตัวแทนลดลง (RRBS)
การวิจัย DNA methylation เป็นประเด็นร้อนในการวิจัยโรคมาโดยตลอด และเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับการแสดงออกของยีนและลักษณะฟีโนไทป์RRBS เป็นวิธีการวิจัย DNA methylation ที่แม่นยำ มีประสิทธิภาพ และประหยัดการเพิ่มคุณค่าของโปรโมเตอร์และบริเวณเกาะ CpG โดยการแยกเอนไซม์ (Msp I) รวมกับการจัดลำดับไบซัลไฟต์ ให้การตรวจจับ DNA เมทิลเลชั่นที่มีความละเอียดสูง
แพลตฟอร์ม: แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
การจัดลำดับ mRNA ของโปรคาริโอต
การจัดลำดับ mRNA ช่วยให้สามารถสร้างโปรไฟล์ที่ครอบคลุมของการถอดเสียง mRNA ทั้งหมดภายในเซลล์ภายใต้เงื่อนไขเฉพาะเทคโนโลยีล้ำสมัยนี้ทำหน้าที่เป็นเครื่องมือที่มีศักยภาพในการเปิดเผยโปรไฟล์การแสดงออกของยีนที่ซับซ้อน โครงสร้างยีน และกลไกระดับโมเลกุลที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการทางชีววิทยาที่หลากหลายการจัดลำดับ mRNA ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการวิจัยพื้นฐาน การวินิจฉัยทางคลินิก และการพัฒนายา โดยให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับความซับซ้อนของพลวัตของเซลล์และการควบคุมทางพันธุกรรมการประมวลผลตัวอย่าง mRNA ของโปรคาริโอตของเราได้รับการปรับแต่งสำหรับทรานสคริปต์โปรคาริโอต ซึ่งเกี่ยวข้องกับการพร่อง rRNA และการเตรียมไลบรารีทิศทาง
แพลตฟอร์ม: Illumina NovaSeq X
