-
การหาลำดับเมเทจโนมิก -NGS
เมตาจีโนมหมายถึงกลุ่มของสารพันธุกรรมทั้งหมดของชุมชนผสมของสิ่งมีชีวิต เช่น เมตาจีโนมด้านสิ่งแวดล้อม เมตาจีโนมของมนุษย์ ฯลฯ ประกอบด้วยจีโนมของจุลินทรีย์ทั้งที่สามารถเพาะปลูกได้และไม่สามารถเพาะปลูกได้การจัดลำดับเมเทเจโนมิกเป็นเครื่องมือระดับโมเลกุลที่ใช้ในการวิเคราะห์วัสดุจีโนมผสมที่สกัดจากตัวอย่างสิ่งแวดล้อม ซึ่งให้ข้อมูลโดยละเอียดเกี่ยวกับความหลากหลายและความอุดมสมบูรณ์ของชนิดพันธุ์ โครงสร้างประชากร ความสัมพันธ์ทางสายวิวัฒนาการ ยีนเชิงหน้าที่ และเครือข่ายสหสัมพันธ์กับปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม
แพลตฟอร์ม:แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
ลำดับเมเทจโนมิก-นาโนพอร์
Metagenomics เป็นเครื่องมือระดับโมเลกุลที่ใช้ในการวิเคราะห์วัสดุจีโนมผสมที่สกัดจากตัวอย่างสิ่งแวดล้อม ซึ่งให้ข้อมูลโดยละเอียดเกี่ยวกับความหลากหลายและความอุดมสมบูรณ์ของชนิดพันธุ์ โครงสร้างประชากร ความสัมพันธ์ทางสายวิวัฒนาการ ยีนเชิงหน้าที่ และเครือข่ายสหสัมพันธ์กับปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม ฯลฯ เมื่อเร็ว ๆ นี้ ได้มีการเปิดตัวแพลตฟอร์มการจัดลำดับ Nanopore สู่การศึกษาเมตาเจโนมิกประสิทธิภาพที่โดดเด่นในด้านความยาวการอ่านช่วยปรับปรุงการวิเคราะห์เมตาจีโนมแบบดาวน์สตรีมได้อย่างมาก โดยเฉพาะอย่างยิ่งแอสเซมบลีเมตาจีโนมการใช้ประโยชน์จากการศึกษาเมเทเจโนมิกส์ที่ใช้ Nanopore แบบอ่านความยาว ทำให้สามารถประกอบได้ต่อเนื่องมากขึ้นเมื่อเปรียบเทียบกับเมเทเจโนมิกส์แบบปืนลูกซองมีการตีพิมพ์ว่า metagenomics ที่ใช้ Nanopore ประสบความสำเร็จในการสร้างจีโนมของแบคทีเรียที่สมบูรณ์และปิดจากไมโครไบโอม (Moss, EL, et. al,เทคโนโลยีชีวภาพธรรมชาติ, 2563)
แพลตฟอร์ม:นาโนพอร์ โพรเมทไอออน P48
-
16S/18S/ITS ลำดับแอมพลิคอน-PacBio
หน่วยย่อยบน 16S และ 18S rRNA ที่มีทั้งบริเวณที่ได้รับการอนุรักษ์ไว้สูงและบริเวณที่มีความแปรผันสูงนั้นเป็นลายนิ้วมือระดับโมเลกุลที่สมบูรณ์แบบสำหรับการระบุสิ่งมีชีวิตโปรคาริโอตและยูคาริโอตการใช้ประโยชน์จากการจัดลำดับ แอมพลิคอนเหล่านี้สามารถกำหนดเป้าหมายตามส่วนที่อนุรักษ์ไว้ได้ และบริเวณที่มีความแปรผันสูงสามารถกำหนดคุณลักษณะได้อย่างสมบูรณ์สำหรับการจำแนกจุลินทรีย์ที่เอื้อต่อการศึกษาที่ครอบคลุมการวิเคราะห์ความหลากหลายของจุลินทรีย์ อนุกรมวิธาน สายวิวัฒนาการ ฯลฯ โมเลกุลเดี่ยวแบบเรียลไทม์ (SMRT ) การจัดลำดับแพลตฟอร์ม PacBio ช่วยให้ได้รับการอ่านแบบยาวที่มีความแม่นยำสูง ซึ่งสามารถครอบคลุมแอมพลิคอนแบบเต็มความยาวได้ (ประมาณ 1.5 Kb)มุมมองที่กว้างขึ้นของสนามพันธุกรรมช่วยเพิ่มความละเอียดในคำอธิบายประกอบชนิดพันธุ์ในชุมชนแบคทีเรียหรือเชื้อราได้อย่างมาก
แพลตฟอร์ม:PacBio ภาคต่อ II
-
16S/18S/ITS ลำดับแอมพลิคอน-NGS
การจัดลำดับแอมพลิคอน 16S/18S/ITS มุ่งเป้าไปที่การเปิดเผยสายวิวัฒนาการ อนุกรมวิธาน และความอุดมสมบูรณ์ของสายพันธุ์ในชุมชนจุลินทรีย์โดยการตรวจสอบผลิตภัณฑ์ PCR ของเครื่องหมายทางพันธุกรรมในการดูแลบ้านที่มีทั้งส่วนที่สลับซับซ้อนและแปรผันได้สูงการเปิดตัวลายนิ้วมือระดับโมเลกุลที่สมบูรณ์แบบเหล่านี้โดย Woeses et al, (1977) ช่วยให้สามารถสร้างโปรไฟล์ไมโครไบโอมได้โดยปราศจากการแยกตัวการจัดลำดับของ 16S (แบคทีเรีย), 18S (เชื้อรา) และตัวเว้นระยะที่ถอดความภายใน (ITS, เชื้อรา) ช่วยให้สามารถระบุได้ทั้งชนิดพันธุ์ที่มีอยู่มากมาย เช่นเดียวกับชนิดพันธุ์ที่หายากและไม่ปรากฏชื่อเทคโนโลยีนี้ได้กลายเป็นเครื่องมือหลักที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการระบุองค์ประกอบของจุลินทรีย์ที่แตกต่างกันในสภาพแวดล้อมต่างๆ เช่น ปากของมนุษย์ ลำไส้ อุจจาระ ฯลฯ
แพลตฟอร์ม:แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
การจัดลำดับจีโนมทั้งแบคทีเรียและเชื้อรา
การจัดลำดับจีโนมใหม่ของแบคทีเรียและเชื้อราเป็นเครื่องมือสำคัญในการทำให้จีโนมของแบคทีเรียและเชื้อราที่รู้จักสมบูรณ์ ตลอดจนการเปรียบเทียบจีโนมหลายรายการ หรือเพื่อทำแผนที่จีโนมของสิ่งมีชีวิตใหม่สิ่งสำคัญอย่างยิ่งคือต้องจัดลำดับจีโนมทั้งหมดของแบคทีเรียและเชื้อราเพื่อสร้างจีโนมอ้างอิงที่แม่นยำ เพื่อทำการจำแนกจุลินทรีย์และการศึกษาจีโนมเชิงเปรียบเทียบอื่นๆ
แพลตฟอร์ม:แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
ลำดับ Metatranscriptome
การจัดลำดับเมตาทรานสคริปโตมระบุการแสดงออกของยีนของจุลินทรีย์ (ทั้งยูคาริโอตและโปรคาริโอต) ภายในสภาพแวดล้อมตามธรรมชาติ (เช่น ดิน น้ำ ทะเล อุจจาระ และลำไส้) โดยเฉพาะอย่างยิ่ง บริการนี้ช่วยให้คุณได้รับโปรไฟล์การแสดงออกของยีนทั้งหมดของชุมชนจุลินทรีย์ที่ซับซ้อน การวิเคราะห์อนุกรมวิธาน ของสายพันธุ์ การวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าการทำงานของยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน และอื่นๆ
แพลตฟอร์ม: แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
จีโนมเชื้อรา
Biomarker Technologies ให้บริการสำรวจจีโนม จีโนมละเอียด และจีโนมของเชื้อราแบบพีเน่ โดยขึ้นอยู่กับเป้าหมายการวิจัยที่เฉพาะเจาะจงการจัดลำดับจีโนม การประกอบ และคำอธิบายประกอบเชิงฟังก์ชันสามารถทำได้โดยการรวมการจัดลำดับยุคถัดไป + การจัดลำดับรุ่นที่สาม เพื่อให้ได้การประกอบจีโนมระดับสูงนอกจากนี้ยังสามารถนำเทคโนโลยี Hi-C มาใช้เพื่ออำนวยความสะดวกในการประกอบจีโนมในระดับโครโมโซม
แพลตฟอร์ม:PacBio ภาคต่อ II
นาโนพอร์ โพรเมทไอออน P48
แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
-
แบคทีเรียจีโนมที่สมบูรณ์
Biomarker Technologies ให้บริการหาลำดับในการสร้างจีโนมที่สมบูรณ์ของแบคทีเรียโดยไม่มีช่องว่างกระบวนการทำงานหลักของการสร้างจีโนมที่สมบูรณ์ของแบคทีเรียประกอบด้วยการจัดลำดับรุ่นที่สาม การประกอบ คำอธิบายประกอบเชิงฟังก์ชัน และการวิเคราะห์ชีวสารสนเทศขั้นสูงที่บรรลุเป้าหมายการวิจัยที่เฉพาะเจาะจงการทำโปรไฟล์จีโนมของแบคทีเรียที่ครอบคลุมมากขึ้นช่วยให้สามารถเปิดเผยกลไกพื้นฐานที่เป็นรากฐานของกระบวนการทางชีววิทยาของพวกมันได้ ซึ่งยังสามารถให้ข้อมูลอ้างอิงที่มีคุณค่าสำหรับการวิจัยจีโนมในสายพันธุ์ยูคาริโอตที่สูงขึ้น
แพลตฟอร์ม:Nanopore PromethION P48 + แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
PacBio ภาคต่อ II
