สินค้า

การหาลำดับจีโนมของพืช/สัตว์เดอโนโว

เดอโนโวการจัดลำดับหมายถึงการสร้างจีโนมทั้งหมดของสปีชีส์โดยใช้เทคโนโลยีการหาลำดับ เช่น PacBio, Nanopore, NGS เป็นต้น โดยไม่มีจีโนมอ้างอิงการปรับปรุงที่น่าทึ่งในความยาวการอ่านของเทคโนโลยีการหาลำดับรุ่นที่สามได้นำมาซึ่งโอกาสใหม่ในการประกอบจีโนมที่ซับซ้อน เช่น จีโนมที่มีความต่างกันสูง อัตราส่วนของพื้นที่ที่ซ้ำกันในระดับสูง โพลิพลอยด์ ฯลฯ ด้วยความยาวการอ่านที่ระดับหลายสิบกิโลเบส การอ่านลำดับเหล่านี้จึงช่วยให้สามารถอ่านได้ การแก้ไของค์ประกอบที่ซ้ำกัน บริเวณที่มีเนื้อหา GC ผิดปกติ และบริเวณอื่นๆ ที่มีความซับซ้อนสูง

แพลตฟอร์ม: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq

ติดต่อเรา

รายละเอียดบริการ

ผลการสาธิต

กรณีศึกษา

ข้อดีของการบริการ

1การพัฒนาลำดับและชีวสารสนเทศศาสตร์ในเดอโนโวจีโนมแอสเซมบลี

การพัฒนาแพลตฟอร์มลำดับและชีวสารสนเทศในเดโนโวการประกอบจีโนม

(Amarasinghe SL และคณะชีววิทยาจีโนม, 2563)

● การสร้างจีโนมใหม่และปรับปรุงจีโนมอ้างอิงที่มีอยู่สำหรับสายพันธุ์ที่สนใจ

● ความแม่นยำ ความต่อเนื่อง และความสมบูรณ์ในการประกอบที่สูงขึ้น

● การสร้างทรัพยากรพื้นฐานสำหรับการวิจัยเกี่ยวกับลำดับพหุมอร์ฟิซึม, QTL, การตัดต่อยีน, การผสมพันธุ์ ฯลฯ

● มาพร้อมกับแพลตฟอร์มการหาลำดับรุ่นที่สามอย่างเต็มรูปแบบ: โซลูชันการประกอบจีโนมแบบครบวงจรในที่เดียว

● กลยุทธ์การจัดลำดับและการประกอบที่ยืดหยุ่นเพื่อตอบสนองจีโนมที่หลากหลายพร้อมคุณสมบัติที่แตกต่างกัน

● ทีมนักชีวสารสนเทศที่มีทักษะสูงและมีประสบการณ์ที่ยอดเยี่ยมในการประกอบจีโนมที่ซับซ้อน รวมถึงโพลิพลอยด์ จีโนมขนาดยักษ์ ฯลฯ

● กรณีและปัญหาที่ประสบความสำเร็จมากกว่า 100 กรณี โดยมีปัจจัยผลกระทบที่เผยแพร่สะสมมากกว่า 900 กรณี

● ระยะเวลาดำเนินการเร็วถึง 3 เดือนสำหรับการประกอบจีโนมระดับโครโมโซม

● การสนับสนุนทางเทคนิคที่มั่นคงพร้อมชุดสิทธิบัตรและลิขสิทธิ์ซอฟต์แวร์ทั้งในด้านการทดลองและชีวสารสนเทศศาสตร์

ข้อมูลจำเพาะของบริการ

เนื้อหา

แพลตฟอร์ม

อ่านความยาว

ความคุ้มครอง

การสำรวจจีโนม

อิลลูมินา NovaSeq

พีอี150

≥ 50X

การจัดลำดับจีโนม

PacBio รีวิโอ

อ่านไฮไฟ 15 kb

≥ 30X

ไฮ-ซี

อิลลูมินา NovaSeq

พีอี150

≥100X

ขั้นตอนการทำงาน

ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง

ข้อกำหนดตัวอย่าง:

สายพันธุ์	เนื้อเยื่อ	สำหรับแพคไบโอ	สำหรับนาโนพอร์
สัตว์	อวัยวะภายใน (ตับ ม้าม ฯลฯ)	≥ 1.0 ก	≥ 3.5 ก
	กล้ามเนื้อ	≥ 1.5 ก	≥ 5.0 ก
	เลือดของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม	≥ 1.5 มล	≥ 5.0 มล
	เลือดปลาหรือนก	≥ 0.2 มล	≥ 0.5 มล
พืช	ใบสด	≥ 1.5 ก	≥ 5.0 ก
	กลีบดอกหรือลำต้น	≥ 3.5 ก	≥ 10.0 ก
	รากหรือเมล็ด	≥ 7.0 ก	≥ 20.0 ก
เซลล์	การเพาะเลี้ยงเซลล์	≥ 3×10⁷	≥ 1×10⁸

การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ

ภาชนะบรรจุ: หลอดหมุนเหวี่ยงขนาด 2 มล. (ไม่แนะนำให้ใช้ฟอยล์ดีบุก)
สำหรับตัวอย่างส่วนใหญ่ เราขอแนะนำไม่ให้เก็บรักษาในเอธานอล
การติดฉลากตัวอย่าง: ตัวอย่างจะต้องมีป้ายกำกับอย่างชัดเจนและเหมือนกับแบบฟอร์มข้อมูลตัวอย่างที่ส่งมา
การจัดส่ง: น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างจะต้องบรรจุในถุงก่อนและฝังในน้ำแข็งแห้ง

ขั้นตอนการทำงานบริการ

การออกแบบการทดลอง

การจัดส่งตัวอย่าง

การสกัดดีเอ็นเอ

การก่อสร้างห้องสมุด

การเรียงลำดับ

การวิเคราะห์ข้อมูล

บริการหลังการขาย

ก่อนหน้า: การหาลำดับเอกโซมทั้งหมดของมนุษย์

ต่อไป: การประกอบจีโนมที่ใช้ Hi-C

*ผลการสาธิตที่แสดงไว้ที่นี่ทั้งหมดมาจากจีโนมที่เผยแพร่โดย Biomarker Technologies

1.Circos บนการประกอบจีโนมระดับโครโมโซมของกรัม. โรทันดิโฟเลียมโดยแพลตฟอร์มลำดับนาโนพอร์

3คุณสมบัติเซอร์คอสออนจีโนมของฝ้ายจีโนม

วังเอ็ม และคณะอณูชีววิทยาและวิวัฒนาการ, 2021

2. สถิติการประกอบจีโนมไรย์ของ Weining และคำอธิบายประกอบ

4สถิติของจีโนม-แอสเซมบลี-และ-หมายเหตุประกอบ

หลี่ จี และคณะพันธุศาสตร์ธรรมชาติ, 2021

3.การทำนายยีนของซีเชียม เอ็ดดูลจีโนมได้มาจากวิธีการทำนายสามวิธี:เดโนโวการทำนาย การทำนายตามความคล้ายคลึง และการทำนายตามข้อมูล RNA-Seq

5การทำนายยีน

ฟูเอ และคณะการวิจัยพืชสวน, 2021

4.การระบุขั้วปลายยาวที่สมบูรณ์จะเกิดซ้ำในจีโนมฝ้าย 3 ชนิด

6การระบุองค์ประกอบจีโนมที่ซ้ำกัน

วังเอ็ม และคณะอณูชีววิทยาและวิวัฒนาการ, 2021

5.แผนที่ความร้อน Hi-C ของค. อะคูมินาตาจีโนมแสดงปฏิสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนมความเข้มของการโต้ตอบ Hi-C นั้นแปรผันตามระยะห่างเชิงเส้นระหว่างคอนติคเส้นตรงที่ชัดเจนบนแผนที่ความร้อนนี้บ่งชี้ถึงการยึดเกาะบนโครโมโซมที่มีความแม่นยำสูง(อัตราส่วนการยึดติด: 96.03%)

7Hi-C-แผนที่ความร้อน-บน-การประกอบ-ลำดับ-การยึด

คัง เอ็ม และคณะการสื่อสารธรรมชาติ2021

คดีบีเอ็มเค

การประกอบจีโนมคุณภาพสูงเน้นย้ำคุณลักษณะจีโนมของไรย์และยีนที่สำคัญทางการเกษตร

ที่ตีพิมพ์: พันธุศาสตร์ธรรมชาติ, 2021

กลยุทธ์การจัดลำดับ:

การประกอบจีโนม: โหมด PacBio CLR พร้อมไลบรารี 20 kb (497 Gb, ประมาณ 63 ×)
การแก้ไขลำดับ: NGS พร้อมไลบรารี DNA 270 bp (430 Gb, ประมาณ 54 ×) บนแพลตฟอร์ม Illumina
การยึด Contigs: ไลบรารี Hi-C (560 Gb, ประมาณ 71 ×) บนแพลตฟอร์ม Illumina
แผนที่แบบออปติคอล: (779.55 Gb, ประมาณ 99×) บน Bionano Irys

ผลลัพธ์ที่สำคัญ

1. การประกอบจีโนมไรย์ของ Weining ได้รับการเผยแพร่โดยมีขนาดจีโนมรวม 7.74 Gb (98.74% ของขนาดจีโนมโดยประมาณโดยโฟลไซโตเมทรี)Scaffold N50 ของชุดประกอบนี้บรรลุผลสำเร็จ 1.04 Gb93.67% ของคอนติกถูกยึดไว้บนโครโมโซมเทียม 7 ตัวได้สำเร็จแอสเซมบลีนี้ได้รับการประเมินโดยแผนที่เชื่อมโยง LAI และ BUSCO ซึ่งส่งผลให้มีคะแนนสูงในการประเมินทั้งหมด

2.มีการศึกษาเพิ่มเติมเกี่ยวกับจีโนมเชิงเปรียบเทียบ แผนที่การเชื่อมโยงทางพันธุกรรม การศึกษาการถอดเสียงได้ดำเนินการบนฐานของจีโนมนี้มีการเปิดเผยลักษณะต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับคุณสมบัติจีโนม รวมถึงการทำสำเนาของยีนทั่วทั้งจีโนม และผลกระทบต่อยีนสังเคราะห์แป้งการจัดเรียงทางกายภาพของตำแหน่งโปรลามินที่ซับซ้อน การแสดงออกของยีนมีลักษณะการมุ่งหน้าในช่วงต้นและบริเวณโครโมโซมที่เกี่ยวข้องกับการเลี้ยงแบบสมมุติและตำแหน่งในไรย์