T2T GENOME ASSEMBLY จีโนมที่ปราศจากช่องว่าง
1stจีโนมข้าวสองชนิด1
หัวข้อ: การประกอบและการตรวจสอบความถูกต้องของจีโนมอ้างอิงที่ปราศจากช่องว่างสองชนิดสำหรับข้าวซีอาน/อินดิกา เผยข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับสถาปัตยกรรมพืชเซนโทรเมียร์
ดอย:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
เวลาที่โพสต์: 01 มกราคม 2021
สถาบัน: มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ Huazhong ประเทศจีน
วัสดุ
ทุม ซาติวา ซีอาน/อินดิกาข้าวพันธุ์ 'Zhenshan 97 (ZS97)' และ 'Minghui 63 (MH63)
กลยุทธ์การจัดลำดับ
NGS อ่าน + อ่านไฮไฟ + อ่าน CLR + BioNano + Hi-C
ข้อมูล:
ZS97: 8.34 Gb(~23x) ไฮไฟอ่าน + 48.39 Gb (~131x ) CLR อ่าน + 25 Gb(~69x) NGS + 2 เซลล์ BioNano Irys
MH63: 37.88 Gb (~103x) ไฮไฟอ่าน + 48.97 Gb (~132x) CLR อ่าน + 28 Gb(~76x) NGS + 2 เซลล์ BioNano Irys
รูปที่ 1 จีโนมของข้าวที่ไม่มีช่องว่างสองอัน (MH63 และ ZS97)
2ndจีโนมกล้วย2
หัวข้อ: โครโมโซมไม่มีช่องว่างระหว่างเทโลเมียร์ถึงเทโลเมียร์ของกล้วยโดยใช้ลำดับนาโนพอร์
ดอย:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
เวลาที่โพสต์: 17 เมษายน 2021
สถาบัน: Université Paris-Saclay ประเทศฝรั่งเศส
วัสดุ
ดับเบิ้ลฮาพลอยด์มูซา อะคูมินาตาเอสพีพีมาลาคซิส(DH-ปะหัง)
กลยุทธ์และข้อมูลการจัดลำดับ:
โหมด HiSeq2500 PE250 + MiniON/ PromethION (93Gb,~200X )+ แผนที่แบบออปติคัล (DLE-1+BspQ1)
ตารางที่ 1 การเปรียบเทียบชุดประกอบจีโนม Musa acuminata (DH-Pahang)
รูปที่ 2 การเปรียบเทียบสถาปัตยกรรมจีโนมของ Musa
3rdจีโนม Phaeodactylum Tricornutum3
หัวข้อ: การประกอบจีโนมของเทโลเมียร์ถึงเทโลเมียร์P
ฮีโอแด็กทิลัม ไตรคอร์นูตัม
ดอย:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
เวลาที่โพสต์: 04 พฤษภาคม 2021
สถาบัน: Western University ประเทศแคนาดา
วัสดุ
Phaeodactylum tricornutum(การเพาะเลี้ยงสาหร่ายและโปรโตซัว CCAP 1055/1)
กลยุทธ์และข้อมูลการจัดลำดับ:
โฟลว์เซลล์ Oxford Nanopore minION 1 ตัว + เอาท์พุตกลางเอาต์พุต NextSeq 550 ที่จับคู่ 2 × 75
รูปที่ 3 ขั้นตอนการทำงานสำหรับการประกอบจีโนมจากเทโลเมียร์ถึงเทโลเมียร์
4thจีโนมของมนุษย์ CHM134
ชื่อเรื่อง: ลำดับที่สมบูรณ์ของจีโนมมนุษย์
ดอย:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
เวลาที่โพสต์: 27 พฤษภาคม 2021
สถาบัน: สถาบันสุขภาพแห่งชาติ (NIH) สหรัฐอเมริกา
วัสดุ: สายเซลล์ CHM13
กลยุทธ์และข้อมูลการจัดลำดับ:
30× PacBio การหาลำดับฉันทามติแบบวงกลม (ไฮไฟ) , 120× ลำดับการอ่านที่ยาวเป็นพิเศษของ Oxford Nanopore , 100× การหาลำดับอิสระของ Illumina PCR (ILMN) , 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), แผนที่ออปติคอล BioNano, และ Strand-seq
ตารางที่ 2 การเปรียบเทียบชุดประกอบจีโนมมนุษย์ GRCh38 และ T2T-CHM13
อ้างอิง
1.เซอร์เกย์ เนิร์ก และคณะลำดับที่สมบูรณ์ของจีโนมมนุษย์ไบโออาร์ซิฟ 2021.05.26.445798;ดอย:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.แคโรไลน์ เบลเซอร์ และคณะโครโมโซมแบบไม่มีช่องว่างของเทโลเมียร์ถึงเทโลเมียร์ของกล้วยโดยใช้ลำดับนาโนพอร์bioRxiv 2021.04.16.440017;ดอย:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.ดาเนียล เจ. กิเกเร และคณะการประกอบจีโนม Telomere ถึง Telomere ของ Phaeodactylum tricornutumไบโอRxiv 2021.05.04.442596;ดอย:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.เจีย-หมิงซ่ง และคณะการประกอบและการตรวจสอบความถูกต้องของจีโนมอ้างอิงที่ปราศจากช่องว่างสองรายการสำหรับข้าวซีอาน/อินดิกาเผยให้เห็นข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับสถาปัตยกรรมพืชเซนโทรเมียร์bioRxiv 2020.12.24.424073;ดอย:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
เวลาโพสต์: Jan-06-2022