BMKCloud Log in
条形banner-03

ข่าว

T2T GENOME ASSEMBLY จีโนมที่ปราศจากช่องว่าง

1stจีโนมข้าวสองชนิด1

หัวข้อ: การประกอบและการตรวจสอบความถูกต้องของจีโนมอ้างอิงที่ปราศจากช่องว่างสองชนิดสำหรับข้าวซีอาน/อินดิกา เผยข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับสถาปัตยกรรมพืชเซนโทรเมียร์

ดอย:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

เวลาที่โพสต์: 01 มกราคม 2021

สถาบัน: มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ Huazhong ประเทศจีน

วัสดุ

ทุม ซาติวา ซีอาน/อินดิกาข้าวพันธุ์ 'Zhenshan 97 (ZS97)' และ 'Minghui 63 (MH63)

กลยุทธ์การจัดลำดับ

NGS อ่าน + อ่านไฮไฟ + อ่าน CLR + BioNano + Hi-C

ข้อมูล:

ZS97: 8.34 Gb(~23x) ไฮไฟอ่าน + 48.39 Gb (~131x ) CLR อ่าน + 25 Gb(~69x) NGS + 2 เซลล์ BioNano Irys

MH63: 37.88 Gb (~103x) ไฮไฟอ่าน + 48.97 Gb (~132x) CLR อ่าน + 28 Gb(~76x) NGS + 2 เซลล์ BioNano Irys

รูปที่ 1

รูปที่ 1 จีโนมของข้าวที่ไม่มีช่องว่างสองอัน (MH63 และ ZS97)

2ndจีโนมกล้วย2

หัวข้อ: โครโมโซมไม่มีช่องว่างระหว่างเทโลเมียร์ถึงเทโลเมียร์ของกล้วยโดยใช้ลำดับนาโนพอร์

ดอย:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

เวลาที่โพสต์: 17 เมษายน 2021

สถาบัน: Université Paris-Saclay ประเทศฝรั่งเศส

วัสดุ

ดับเบิ้ลฮาพลอยด์มูซา อะคูมินาตาเอสพีพีมาลาคซิส(DH-ปะหัง)

กลยุทธ์และข้อมูลการจัดลำดับ:

โหมด HiSeq2500 PE250 + MiniON/ PromethION (93Gb,~200X )+ แผนที่แบบออปติคัล (DLE-1+BspQ1)

ตารางที่ 1 การเปรียบเทียบชุดประกอบจีโนม Musa acuminata (DH-Pahang)

ตารางที่ 1-การเปรียบเทียบของ-GRCh38-และ-T2T-CHM13-ชุดประกอบจีโนมมนุษย์
รูปที่-มูซา-จีโนม-สถาปัตยกรรม-เปรียบเทียบ

รูปที่ 2 การเปรียบเทียบสถาปัตยกรรมจีโนมของ Musa

3rdจีโนม Phaeodactylum Tricornutum3

หัวข้อ: การประกอบจีโนมของเทโลเมียร์ถึงเทโลเมียร์P
ฮีโอแด็กทิลัม ไตรคอร์นูตัม

ดอย:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

เวลาที่โพสต์: 04 พฤษภาคม 2021

สถาบัน: Western University ประเทศแคนาดา

วัสดุ

Phaeodactylum tricornutum(การเพาะเลี้ยงสาหร่ายและโปรโตซัว CCAP 1055/1)

กลยุทธ์และข้อมูลการจัดลำดับ:

โฟลว์เซลล์ Oxford Nanopore minION 1 ตัว + เอาท์พุตกลางเอาต์พุต NextSeq 550 ที่จับคู่ 2 × 75

รูปที่-ขั้นตอนการทำงานสำหรับเทโลเมียร์ถึงเทโลเมียร์-จีโนม-แอสเซมบลี-1-1024x740

รูปที่ 3 ขั้นตอนการทำงานสำหรับการประกอบจีโนมจากเทโลเมียร์ถึงเทโลเมียร์

4thจีโนมของมนุษย์ CHM134

ชื่อเรื่อง: ลำดับที่สมบูรณ์ของจีโนมมนุษย์

ดอย:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

เวลาที่โพสต์: 27 พฤษภาคม 2021

สถาบัน: สถาบันสุขภาพแห่งชาติ (NIH) สหรัฐอเมริกา

วัสดุ: สายเซลล์ CHM13

กลยุทธ์และข้อมูลการจัดลำดับ:

30× PacBio การหาลำดับฉันทามติแบบวงกลม (ไฮไฟ) , 120× ลำดับการอ่านที่ยาวเป็นพิเศษของ Oxford Nanopore , 100× การหาลำดับอิสระของ Illumina PCR (ILMN) , 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), แผนที่ออปติคอล BioNano, และ Strand-seq

ตารางที่ 2 การเปรียบเทียบชุดประกอบจีโนมมนุษย์ GRCh38 และ T2T-CHM13

ตารางเปรียบเทียบของ Musa-acuminata-DH-Pahang-genome-assemblies

อ้างอิง

1.เซอร์เกย์ เนิร์ก และคณะลำดับที่สมบูรณ์ของจีโนมมนุษย์ไบโออาร์ซิฟ 2021.05.26.445798;ดอย:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2.แคโรไลน์ เบลเซอร์ และคณะโครโมโซมแบบไม่มีช่องว่างของเทโลเมียร์ถึงเทโลเมียร์ของกล้วยโดยใช้ลำดับนาโนพอร์bioRxiv 2021.04.16.440017;ดอย:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.ดาเนียล เจ. กิเกเร และคณะการประกอบจีโนม Telomere ถึง Telomere ของ Phaeodactylum tricornutumไบโอRxiv 2021.05.04.442596;ดอย:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4.เจีย-หมิงซ่ง และคณะการประกอบและการตรวจสอบความถูกต้องของจีโนมอ้างอิงที่ปราศจากช่องว่างสองรายการสำหรับข้าวซีอาน/อินดิกาเผยให้เห็นข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับสถาปัตยกรรมพืชเซนโทรเมียร์bioRxiv 2020.12.24.424073;ดอย:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


เวลาโพสต์: Jan-06-2022

ส่งข้อความของคุณถึงเรา: