สินค้า

การประกอบจีโนมที่ใช้ Hi-C

Hi-C เป็นวิธีการที่ออกแบบมาเพื่อจับโครงร่างโครโมโซมโดยรวมการโต้ตอบที่อิงความใกล้เคียงของโพรบและการจัดลำดับที่มีปริมาณงานสูงเชื่อว่าความรุนแรงของปฏิกิริยาเหล่านี้มีความสัมพันธ์เชิงลบกับระยะห่างทางกายภาพของโครโมโซมดังนั้น ข้อมูล Hi-C จึงสามารถชี้แนะการจัดกลุ่ม การจัดลำดับ และการวางแนวของลำดับที่ประกอบกันในจีโนมแบบร่าง และยึดลำดับเหล่านั้นไว้บนโครโมโซมจำนวนหนึ่งเทคโนโลยีนี้ช่วยเพิ่มศักยภาพในการประกอบจีโนมระดับโครโมโซม โดยไม่ต้องมีแผนที่พันธุกรรมตามประชากรจีโนมทุกตัวต้องการ Hi-C

แพลตฟอร์ม：แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq / DNBSEQ

ติดต่อเรา

รายละเอียดบริการ

ผลการสาธิต

กรณีศึกษา

ข้อดีของการบริการ

ภาพรวมของไฮ-ซี
(ลีเบอร์แมน-ไอเดน อี และคณะศาสตร์, 2552)

● ไม่จำเป็นต้องสร้างประชากรทางพันธุกรรมสำหรับการยึดเกาะ
● ความหนาแน่นของเครื่องหมายที่สูงขึ้นนำไปสู่อัตราส่วนการยึดเกาะที่สูงขึ้นที่สูงกว่า 90%;
● ช่วยให้สามารถประเมินและแก้ไขชุดประกอบจีโนมที่มีอยู่ได้
● ระยะเวลาดำเนินการสั้นลงและมีความแม่นยำสูงในการประกอบจีโนม
● ประสบการณ์มากมายกับห้องสมุด Hi-C มากกว่า 1,000 แห่งที่สร้างขึ้นสำหรับกว่า 500 สายพันธุ์
● กรณีและปัญหาที่ประสบความสำเร็จมากกว่า 100 กรณี โดยมีปัจจัยผลกระทบที่เผยแพร่สะสมมากกว่า 760 กรณี
● การประกอบจีโนมที่ใช้ Hi-C สำหรับจีโนมโพลีพลอยด์ มีอัตราการยึดเกาะ 100% ในโครงการก่อนหน้า
● สิทธิบัตรภายในและลิขสิทธิ์ซอฟต์แวร์สำหรับการทดลอง Hi-C และการวิเคราะห์ข้อมูล
● ซอฟต์แวร์ปรับแต่งข้อมูลที่แสดงผลด้วยตนเอง ช่วยให้สามารถเคลื่อนย้ายบล็อก ย้อนกลับ เพิกถอน และทำซ้ำได้ด้วยตนเอง

ข้อมูลจำเพาะของบริการ

ประเภทห้องสมุด

แพลตฟอร์ม

อ่านความยาว

แนะนำกลยุทธ์

ไฮ-ซี

อิลลูมินา NovaSeq

พีอี150

≥ 100X

การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ

● การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ

● การควบคุมคุณภาพไลบรารี Hi-C

● การประกอบจีโนมแบบ Hi-C

● การประเมินหลังการประกอบ

ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง

ข้อกำหนดตัวอย่าง:

สัตว์	เชื้อรา	พืช
เนื้อเยื่อแช่แข็ง: 1-2 กรัมต่อห้องสมุด เซลล์: 1x 10^7 เซลล์ต่อไลบรารี	เนื้อเยื่อแช่แข็ง: 1 กรัมต่อห้องสมุด	เนื้อเยื่อแช่แข็ง: 1-2 กรัมต่อห้องสมุด
*เราขอแนะนำอย่างยิ่งให้ส่งส่วนแบ่งอย่างน้อย 2 ส่วน (อย่างละ 1 กรัม) สำหรับการทดสอบ Hi-C

การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ

ภาชนะบรรจุ: หลอดหมุนเหวี่ยงขนาด 2 มล. (ไม่แนะนำให้ใช้ฟอยล์ดีบุก)
สำหรับตัวอย่างส่วนใหญ่ เราขอแนะนำไม่ให้เก็บรักษาในเอธานอล
การติดฉลากตัวอย่าง: ตัวอย่างจะต้องมีป้ายกำกับอย่างชัดเจนและเหมือนกับแบบฟอร์มข้อมูลตัวอย่างที่ส่งมา
การจัดส่ง: น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างจะต้องบรรจุในถุงก่อนและฝังในน้ำแข็งแห้ง

ขั้นตอนการทำงานบริการ

การออกแบบการทดลอง

การจัดส่งตัวอย่าง

การสกัดดีเอ็นเอ

การก่อสร้างห้องสมุด

การเรียงลำดับ

การวิเคราะห์ข้อมูล

บริการหลังการขาย

ก่อนหน้า: การหาลำดับจีโนมของพืช/สัตว์เดอโนโว

ต่อไป: พันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ

*ผลลัพธ์การสาธิตที่แสดงไว้ที่นี่ทั้งหมดมาจากจีโนมที่เผยแพร่โดย Biomarker Technologies

1.Hi-C ปฏิสัมพันธ์แผนที่ความร้อนของCamptotheca acuminataจีโนมดังที่แสดงบนแผนที่ ความเข้มของปฏิสัมพันธ์มีความสัมพันธ์เชิงลบกับระยะห่างเชิงเส้น ซึ่งบ่งชี้ถึงการประกอบระดับโครโมโซมที่มีความแม่นยำสูง(อัตราส่วนการยึด: 96.03%)

3Hi-C-ปฏิสัมพันธ์-แผนที่ความร้อน-การแสดง-contigs-การยึดใน-จีโนม-แอสเซมบลี

คังเอ็ม และคณะการสื่อสารธรรมชาติ, 2021

2.Hi-C อำนวยความสะดวกในการตรวจสอบความถูกต้องของการผกผันระหว่างGossypium hirsutumแอล. TM-1 A06 และช. สวนรุกขชาติCh06

4Hi-C-แผนที่ความร้อน-อำนวยความสะดวก-การเปิดเผย-ของการผกผัน-ระหว่าง-จีโนม

หยาง ซี และคณะการสื่อสารธรรมชาติ, 2019

3. การประกอบและการแยกความแตกต่างแบบคู่ขนานของจีโนมมันสำปะหลัง SC205แผนที่ความร้อน Hi-C แสดงการแบ่งแยกที่ชัดเจนในโครโมโซมคล้ายคลึงกัน

5Hi-C-แผนที่ความร้อน-แสดง-โฮโมโลกัส-โครโมโซม

หู W และคณะพืชโมเลกุล, 2021

4. แผนที่ความร้อน Hi-C บนชุดจีโนม Ficus สองสายพันธุ์:F.ไมโครคาร์ปา(อัตราส่วนการยึดเกาะ: 99.3%) และF.hispida (อัตราส่วนการยึดเกาะ: 99.7%)
6Hi-C-แผนที่ความร้อน-แสดง-contig-การยึดเกาะของ-Ficus-จีโนม

จางเอ็กซ์ และคณะเซลล์, 2020

คดีบีเอ็มเค

จีโนมของต้นไทรและแมลงผสมเกสรตัวต่อให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับการวิวัฒนาการร่วมกันของมะเดื่อ

ที่ตีพิมพ์: เซลล์, 2020

กลยุทธ์การจัดลำดับ:

F. ไมโครคาร์ปา จีโนม: ประมาณ.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

เอฟ. ฮิสปาดาจีโนม: ประมาณ.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

ยูปริสตินา เวอร์ติซิลาตาจีโนม: ประมาณ.170 X PacBio RSII (65 Gb)

ผลลัพธ์ที่สำคัญ

1. จีโนมต้นไทรสองต้นและจีโนมตัวต่อแมลงผสมเกสรหนึ่งตัวถูกสร้างขึ้นโดยใช้การจัดลำดับ PacBio, Hi-C และแผนที่การเชื่อมโยง
(1)F. ไมโครคาร์ปาจีโนม: มีการสร้างชุดประกอบขนาด 426 Mb (97.7% ของขนาดจีโนมโดยประมาณ) โดยมี contig N50 ที่ 908 Kb คะแนน BUSCO 95.6%ลำดับทั้งหมด 423 Mb ถูกยึดกับโครโมโซม 13 ตัวโดย Hi-Cคำอธิบายประกอบจีโนมให้ผลยีนเข้ารหัสโปรตีน 29,416 ยีน
(2)เอฟ. ฮิสปิดาจีโนม: แอสเซมบลี 360 Mb (97.3% ของขนาดจีโนมโดยประมาณ) ให้ผลตอบแทนด้วย contig N50 ที่ 492 Kb และคะแนน BUSCO ที่ 97.4%ลำดับทั้งหมด 359 Mb ถูกยึดไว้บนโครโมโซม 14 ตัวโดย Hi-C และเหมือนกันอย่างมากกับแผนที่เชื่อมโยงที่มีความหนาแน่นสูง
(3)ยูปริสตินา เวอร์ติซิลาตาจีโนม: มีการสร้างชุดประกอบขนาด 387 Mb (ขนาดจีโนมโดยประมาณ: 382 Mb) โดยมี contig N50 ที่ 3.1 Mb และคะแนน BUSCO ที่ 97.7%

2. การวิเคราะห์จีโนมเชิงเปรียบเทียบเผยให้เห็นความแปรผันของโครงสร้างจำนวนมากระหว่างทั้งสองไฟคัสจีโนมซึ่งเป็นแหล่งทรัพยากรพันธุกรรมอันล้ำค่าสำหรับการศึกษาวิวัฒนาการแบบปรับตัวการศึกษานี้ให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับการวิวัฒนาการร่วมกันของมะเดื่อ-ตัวต่อในระดับจีโนมเป็นครั้งแรก

แผนภาพ Circos เกี่ยวกับคุณลักษณะจีโนมของทั้งสองไฟคัสจีโนม รวมถึงโครโมโซม การทำซ้ำปล้อง (SD) ทรานสโพซัน (LTR, TEs, DNA TEs) การแสดงออกของยีน และซินเทนี