สินค้า

พันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ

พันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการเป็นบริการจัดลำดับแบบอัดแน่นที่ได้รับการออกแบบมาเพื่อให้การตีความข้อมูลวิวัฒนาการของวัสดุที่กำหนดอย่างครอบคลุมโดยอิงตามความแปรผันทางพันธุกรรม รวมถึง SNP, InDels, SV และ CNVโดยให้การวิเคราะห์พื้นฐานทั้งหมดที่จำเป็นสำหรับการอธิบายการเปลี่ยนแปลงเชิงวิวัฒนาการและลักษณะทางพันธุกรรมของประชากร เช่น โครงสร้างประชากร ความหลากหลายทางพันธุกรรม ความสัมพันธ์ทางสายวิวัฒนาการ ฯลฯ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเกี่ยวกับการไหลของยีน ซึ่งให้อำนาจในการประมาณขนาดประชากรที่มีประสิทธิผล เวลาของความแตกต่าง

ติดต่อเรา

รายละเอียดบริการ

ผลการสาธิต

กรณีศึกษา

ข้อดีของการบริการ

ทาคางิ และคณะวารสารพืช, 2013

● การประมาณเวลาและความเร็วของความแตกต่างของสายพันธุ์โดยพิจารณาจากความแปรผันของระดับนิวคลีโอไทด์และกรดอะมิโน
● เผยให้เห็นความสัมพันธ์ทางสายวิวัฒนาการที่เชื่อถือได้มากขึ้นระหว่างสปีชีส์โดยมีอิทธิพลน้อยที่สุดของการวิวัฒนาการมาบรรจบกันและวิวัฒนาการคู่ขนาน
● การสร้างความเชื่อมโยงระหว่างการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมและฟีโนไทป์เพื่อค้นหายีนที่เกี่ยวข้องกับลักษณะ
● การประมาณความหลากหลายทางพันธุกรรม ซึ่งสะท้อนถึงศักยภาพทางวิวัฒนาการของสายพันธุ์
● เวลาดำเนินการเร็วขึ้น
● ประสบการณ์ที่กว้างขวาง: BMK สั่งสมประสบการณ์มากมายในโครงการด้านประชากรและวิวัฒนาการมานานกว่า 12 ปี ครอบคลุมหลายร้อยสายพันธุ์ ฯลฯ และมีส่วนร่วมในโครงการระดับสูงกว่า 80 โครงการที่ตีพิมพ์ใน Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal เป็นต้น

ข้อมูลจำเพาะของบริการ

วัสดุ:

โดยปกติแล้ว แนะนำให้มีประชากรย่อยอย่างน้อยสามกลุ่ม (เช่น ชนิดย่อยหรือสายพันธุ์)แต่ละประชากรย่อยควรมีอย่างน้อย 10 คน (พืช > 15 สามารถลดได้สำหรับพันธุ์หายาก)

กลยุทธ์การจัดลำดับ:

* WGS สามารถใช้กับสายพันธุ์ที่มีจีโนมอ้างอิงคุณภาพสูง ในขณะที่ SLAF-Seq ใช้ได้กับสายพันธุ์ที่มีหรือไม่มีจีโนมอ้างอิง หรือจีโนมอ้างอิงที่มีคุณภาพต่ำ

ใช้ได้กับขนาดจีโนม	WGS	SLAF-แท็ก (×10,000)
≤ 500 เมกะไบต์	10×/รายบุคคล	แนะนำให้ใช้ WGS มากกว่า
500เมกะไบต์ - 1กิกะไบต์		10
1กิกะไบต์ - 2กิกะไบต์		20
≥2กิกะไบต์		30

การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ

● การวิเคราะห์เชิงวิวัฒนาการ

● กวาดแบบเลือก

● การไหลของยีน

● ประวัติประชากร

● เวลาที่แตกต่าง

ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง

ข้อกำหนดตัวอย่าง:

สายพันธุ์	เนื้อเยื่อ	WGS-NGS	สลาฟ
สัตว์	เนื้อเยื่ออวัยวะภายใน	0.5~1ก	0.5ก
	เนื้อเยื่อกล้ามเนื้อ
	เลือดของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม	1.5มล	1.5มล
	เลือดสัตว์ปีก/ปลา
ปลูก	ใบสด	1~2ก	0.5~1ก
	กลีบดอกไม้/ก้าน
	ราก/เมล็ด
เซลล์	เซลล์เพาะเลี้ยง

จีดีเอ็นเอ

ความเข้มข้น
(ง/อุล)

จำนวน

(ug)

OD260/OD280

สลาฟ

≥35

≥1.6

1.6-2.5

WGS-NGS

≥1

≥0.1

ขั้นตอนการทำงานบริการ

การออกแบบการทดลอง

การจัดส่งตัวอย่าง

การก่อสร้างห้องสมุด

การเรียงลำดับ

การวิเคราะห์ข้อมูล

บริการหลังการขาย

ก่อนหน้า: การวิเคราะห์แยกกลุ่มแบบเป็นกลุ่ม

ต่อไป: เมแทบอลิซึม

*ผลลัพธ์การสาธิตที่แสดงที่นี่ทั้งหมดมาจากจีโนมที่เผยแพร่ด้วย BMKGENE

1.การวิเคราะห์วิวัฒนาการประกอบด้วยการสร้างต้นไม้สายวิวัฒนาการ โครงสร้างประชากร และ PCA ตามความแปรผันทางพันธุกรรม

ต้นไม้สายวิวัฒนาการแสดงถึงความสัมพันธ์ทางอนุกรมวิธานและวิวัฒนาการระหว่างสปีชีส์ที่มีบรรพบุรุษร่วมกัน
PCA มุ่งหวังที่จะเห็นภาพความใกล้ชิดระหว่างประชากรย่อย
โครงสร้างประชากรแสดงให้เห็นถึงการมีอยู่ของประชากรย่อยที่แตกต่างกันทางพันธุกรรมในแง่ของความถี่อัลลีล

3-1ต้นไม้สายวิวัฒนาการ 3-2PCA 3-3โครงสร้างประชากร

เฉิน ฯลฯอัล.พนส, 2020

2. การกวาดแบบเลือกสรร

การกวาดล้างแบบเลือกหมายถึงกระบวนการที่เลือกสถานที่ที่ได้เปรียบและความถี่ของไซต์ที่เป็นกลางที่เชื่อมโยงเพิ่มขึ้น และความถี่ของไซต์ที่ไม่เชื่อมโยงลดลง ส่งผลให้ภูมิภาคลดลง

การตรวจจับทั่วทั้งจีโนมในพื้นที่กวาดแบบเลือกนั้นได้รับการประมวลผลโดยการคำนวณดัชนีพันธุกรรมของประชากร (π， Fst, D ของทาจิมะ) ของ SNP ทั้งหมดภายในหน้าต่างเลื่อน (100 Kb) ที่ขั้นตอนที่แน่นอน (10 Kb)

ความหลากหลายของนิวคลีโอไทด์(π)
4ความหลากหลายของนิวคลีโอไทด์(π)

D. ทาจิมะ
5ทาจิมะ-ดี

ดัชนีการตรึง (Fst)

6ดัชนีการตรึง(Fst)

วู ฯลฯอัล.พืชโมเลกุล, 2018

3.ยีนโฟลว์

7 การไหลของยีน

วู ฯลฯอัล.พืชโมเลกุล, 2018

4.ประวัติประชากร

8ประวัติศาสตร์ประชากร

จาง ฯลฯอัล.นิเวศวิทยาธรรมชาติและวิวัฒนาการ, 2021

5.เวลาที่แตกต่าง

9ความแตกต่าง-เวลา

จาง ฯลฯอัล.นิเวศวิทยาธรรมชาติและวิวัฒนาการ, 2021

คดีบีเอ็มเค

แผนที่รูปแบบจีโนมให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับพื้นฐานทางพันธุกรรมของการคัดเลือกกะหล่ำปลีจีนฤดูใบไม้ผลิ (Brassica rapa ssp. Pekinensis)

ที่ตีพิมพ์: พืชโมเลกุล, 2018

กลยุทธ์การจัดลำดับ:

การเรียงลำดับใหม่: ความลึกของการเรียงลำดับ: 10 ×

ผลลัพธ์ที่สำคัญ

ในการศึกษานี้ กะหล่ำปลีจีน 194 ต้นได้รับการประมวลผลเพื่อจัดลำดับใหม่โดยมีความลึกเฉลี่ย 10 เท่า ซึ่งให้ผลลัพธ์ 1,208,499 SNP และ 416,070 InDelsการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการของสายพันธุ์ทั้ง 194 สายพันธุ์แสดงให้เห็นว่าสายพันธุ์เหล่านี้สามารถแบ่งออกเป็นสามสายพันธุ์ ได้แก่ ฤดูใบไม้ผลิ ฤดูร้อน และฤดูใบไม้ร่วงนอกจากนี้ โครงสร้างประชากรและการวิเคราะห์ PCA ระบุว่าผักกาดขาวในฤดูใบไม้ผลิมีต้นกำเนิดมาจากกะหล่ำปลีฤดูใบไม้ร่วงในซานตง ประเทศจีนต่อมาได้รับการแนะนำให้รู้จักกับเกาหลีและญี่ปุ่น ข้ามกับสายพันธุ์ท้องถิ่น และบางสายพันธุ์ที่ออกหลังๆ ถูกนำกลับมายังประเทศจีน และในที่สุดก็กลายเป็นกะหล่ำปลีจีนในฤดูใบไม้ผลิ

การสแกนทั่วทั้งจีโนมของกะหล่ำปลีจีนในฤดูใบไม้ผลิและกะหล่ำปลีในฤดูใบไม้ร่วงในการคัดเลือกเผยให้เห็นตำแหน่งจีโนม 23 ตำแหน่งที่ผ่านการคัดเลือกอย่างเข้มงวด โดยสองตำแหน่งซ้อนทับกับพื้นที่ควบคุมเวลาโบลต์ตามการทำแผนที่ QTLพบว่าทั้งสองภูมิภาคนี้มียีนสำคัญที่ควบคุมการออกดอก BrVIN3.1 และ BrFLC1ยีนทั้งสองนี้ได้รับการยืนยันเพิ่มเติมว่าเกี่ยวข้องกับเวลาโบลต์โดยการศึกษาการถอดเสียงและการทดลองดัดแปลงพันธุกรรม

การวิเคราะห์โครงสร้างประชากรของผักกาดขาวปลี

ข้อมูลทางพันธุกรรมในการเลือกกะหล่ำปลีจีน

อ้างอิง

ถงปิง และคณะ“แผนที่การเปลี่ยนแปลงจีโนมให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับพื้นฐานทางพันธุกรรมของการคัดเลือกกะหล่ำปลีจีนในฤดูใบไม้ผลิ (Brassica rapa ssp.pekinensis)”พืชโมเลกุล11(2018):1360-1376.