สินค้า

การหาลำดับ mRNA แบบเต็มความยาว -PacBio

การจัดลำดับ mRNA แบบเต็มความยาว - รูปภาพเด่นของ PacBio

เดโนโวการจัดลำดับทรานสคริปต์แบบเต็มความยาวหรือที่เรียกว่าเดโนโวIso-Seq ใช้ประโยชน์จาก PacBio sequencer ในด้านความยาวการอ่าน ซึ่งช่วยให้สามารถจัดลำดับโมเลกุล cDNA แบบเต็มความยาวได้โดยไม่มีการหยุดชะงักวิธีนี้จะหลีกเลี่ยงข้อผิดพลาดใดๆ ที่เกิดขึ้นในขั้นตอนการประกอบการถอดเสียงโดยสิ้นเชิง และสร้างชุดยูนิจีนที่มีความละเอียดระดับไอโซฟอร์มชุดยีนเดียวนี้ให้ข้อมูลทางพันธุกรรมที่มีประสิทธิภาพในฐานะ "จีโนมอ้างอิง" ในระดับทรานสคริปต์นอกจากนี้ เมื่อรวมเข้ากับข้อมูลลำดับยุคถัดไป บริการนี้เสริมศักยภาพในการหาปริมาณที่แม่นยำของการแสดงออกระดับไอโซฟอร์ม

แพลตฟอร์ม： PacBio ภาคต่อ II

ห้องสมุด: ห้องสมุดระฆัง SMRT

ติดต่อเรา

รายละเอียดบริการ

ผลการสาธิต

กรณีศึกษา

ข้อดีของการบริการ

● อ่านค่าโมเลกุล cDNA แบบเต็มความยาวได้โดยตรงจากปลาย 3' ถึงปลาย 5'

● ความละเอียดระดับรูปแบบ ISO ในโครงสร้างลำดับ

● การถอดเสียงที่มีความแม่นยำและเที่ยงตรงสูง

● เข้ากันได้สูงกับสายพันธุ์ vaiours

● ความสามารถในการจัดลำดับขนาดใหญ่ด้วยการติดตั้งแพลตฟอร์มการจัดลำดับ PacBio Sequel II จำนวน 4 ชุด

● มีประสบการณ์สูงกับโครงการหาลำดับ RNA ที่ใช้ Pacbio มากกว่า 700 โครงการ

● การส่งมอบผลลัพธ์ตาม BMKCloud: การทำเหมืองข้อมูลแบบกำหนดเองพร้อมใช้งานบนแพลตฟอร์ม

● บริการหลังการขายจะมีอายุการใช้งาน 3 เดือนเมื่อโครงการเสร็จสิ้น

ข้อมูลจำเพาะของบริการ

แพลตฟอร์ม: PacBio ภาคต่อ II

ไลบรารีลำดับ: ไลบรารี mRNA ที่ได้รับการเสริมสมรรถนะด้วย Poly A

ปริมาณข้อมูลที่แนะนำ: 20 Gb/ตัวอย่าง (ขึ้นอยู่กับสายพันธุ์)

FLNC (%)： ≥75%

*FLNC: ทรานสคริปต์ที่ไม่ใช่แบบไคเมอริกแบบเต็มความยาว

การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ

● การประมวลผลข้อมูลดิบ

● บัตรประจำตัวการถอดเสียง

● โครงสร้างลำดับ

● ปริมาณนิพจน์

● คำอธิบายประกอบฟังก์ชัน

ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง

ข้อกำหนดตัวอย่าง:

นิวคลีโอไทด์:

ความเข้มข้น(ng/μl)

ปริมาณ (ไมโครกรัม)

ความบริสุทธิ์

ความซื่อสัตย์

≥ 120

≥ 0.6

OD260/280=1.7-2.5

โอดี260/230=0.5-2.5

มีการปนเปื้อนของโปรตีนหรือ DNA อย่างจำกัดหรือไม่มีเลยบนเจล

สำหรับพืช: RIN≥7.5;

สำหรับสัตว์: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

ระดับความสูงพื้นฐานที่จำกัดหรือไม่มีเลย

กระดาษทิชชู: น้ำหนัก(แห้ง):≥1ก
*สำหรับเนื้อเยื่อที่มีขนาดเล็กกว่า 5 มก. เราแนะนำให้ส่งตัวอย่างเนื้อเยื่อแช่แข็งแบบแฟลช (ในไนโตรเจนเหลว)

การระงับเซลล์:จำนวนเซลล์ = 3×10⁶- 1×10⁷
*เราแนะนำให้จัดส่งไลเซทเซลล์แช่แข็งในกรณีที่เซลล์นั้นนับน้อยกว่า 5×10⁵แนะนำให้ใช้แฟลชแช่แข็งในไนโตรเจนเหลว ซึ่งเหมาะสำหรับการสกัดแบบไมโคร

ตัวอย่างเลือด:ปริมาตร≥1มล

จุลินทรีย์:มวล ≥ 1 ก

การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ

คอนเทนเนอร์:
หลอดหมุนเหวี่ยงขนาด 2 มล. (ไม่แนะนำให้ใช้ฟอยล์ดีบุก)
การติดฉลากตัวอย่าง: กลุ่ม+ทำซ้ำ เช่น A1, A2, A3;บี1 บี2 บี3......

การจัดส่ง:

1. น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างจะต้องบรรจุในถุงและฝังในน้ำแข็งแห้ง
2. หลอด RNAstable: ตัวอย่าง RNA สามารถทำให้แห้งในหลอดรักษาเสถียรภาพ RNA (เช่น RNAstable®) และจัดส่งในอุณหภูมิห้อง

ขั้นตอนการทำงานบริการ

การออกแบบการทดลอง

การจัดส่งตัวอย่าง

การสกัดอาร์เอ็นเอ

การก่อสร้างห้องสมุด

การเรียงลำดับ

การวิเคราะห์ข้อมูล

บริการหลังการขาย

ก่อนหน้า: ลำดับยูคาริโอต mRNA-อิลลูมินา

ต่อไป: ลำดับ mRNA ความยาวเต็ม-นาโนพอร์

1.การกระจายความยาว FLNC

ความยาวของการอ่านที่ไม่ใช่แบบคิเมริกแบบเต็มความยาว (FLNC) ระบุความยาวของ cDNA ในการสร้างห้องสมุดการกระจายความยาว FLNC เป็นตัวบ่งชี้สำคัญในการประเมินคุณภาพการก่อสร้างห้องสมุด

mRNA-FLNC-อ่าน-ความยาว-การกระจาย

การกระจายความยาวการอ่าน FLNC

2. การกระจายความยาวภูมิภาค ORF ให้สมบูรณ์

เราใช้ TransDecoder เพื่อทำนายบริเวณการเข้ารหัสโปรตีนและลำดับกรดอะมิโนที่เกี่ยวข้องเพื่อสร้างชุดยีนเดียว ซึ่งมีข้อมูลการถอดเสียงที่สมบูรณ์และไม่ซ้ำซ้อนในทุกตัวอย่าง

mRNA-สมบูรณ์-ORF-การกระจายความยาว

การกระจายความยาวขอบเขต ORF ให้สมบูรณ์

3.การวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าวิถี KEGG

การถอดเสียงที่แสดงความแตกต่าง (DET) สามารถระบุได้โดยการจัดข้อมูลการจัดลำดับ RNA ที่ใช้ NGS ให้สอดคล้องกับชุดการถอดเสียงแบบเต็มความยาวที่สร้างโดยข้อมูลการจัดลำดับ PacBioDET เหล่านี้สามารถประมวลผลเพิ่มเติมสำหรับการวิเคราะห์เชิงฟังก์ชันต่างๆ เช่น การวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าวิถี KEGG

mRNA-DEG-KEGG-การเสริมคุณค่าทางเดิน

การเพิ่มคุณค่าวิถี DET KEGG - พล็อตจุด

คดีบีเอ็มเค

พลวัตการพัฒนาของทรานสคริปโตมต้นกำเนิด Populus

ที่ตีพิมพ์: วารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช, 2019

กลยุทธ์การจัดลำดับ:
การเก็บตัวอย่าง:บริเวณต้นกำเนิด: เอเพ็กซ์, ปล้องแรก (IN1), ปล้องที่สอง (IN2), ปล้องที่สาม (IN3), ปล้อง (IN4) และปล้องปล้อง (IN5) จาก Nanlin895
ลำดับ NGS:RNA ของบุคคล 15 คนถูกรวมเข้าด้วยกันเป็นตัวอย่างทางชีวภาพหนึ่งตัวอย่างการจำลองทางชีวภาพสามรายการของแต่ละจุดได้รับการประมวลผลสำหรับลำดับ NGS
ลำดับ TGS:บริเวณลำต้นถูกแบ่งออกเป็นสามบริเวณ ได้แก่ ปลาย IN1-IN3 และ IN4-IN5แต่ละภูมิภาคได้รับการประมวลผลสำหรับการเรียงลำดับ PacBio ด้วยไลบรารีสี่ประเภท: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb และ 3-10 kb

ผลลัพธ์ที่สำคัญ

1. มีการระบุสำเนาฉบับเต็มทั้งหมด 87,150 รายการ โดยระบุไอโซฟอร์มใหม่ 2,081 รายการ และไอโซฟอร์มต่อประสานทางเลือกใหม่ 62,058 รายการ
ระบุยีนฟิวชั่น 2.1187 lncRNA และ 356 ตัว
3. จากการเติบโตขั้นปฐมภูมิไปจนถึงการเติบโตขั้นทุติยภูมิ มีการระบุการถอดเสียงที่แสดงออกแตกต่างกัน 15,838 รายการจากยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน 995 ยีนใน DEG ทั้งหมด 1,216 รายการเป็นปัจจัยการถอดรหัส ซึ่งส่วนใหญ่ยังไม่มีการรายงาน
การวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่า 4.GO เปิดเผยความสำคัญของการแบ่งเซลล์และกระบวนการลดออกซิเดชันในการเจริญเติบโตขั้นปฐมภูมิและทุติยภูมิ