16S/18S/ITS ลำดับแอมพลิคอน-PacBio
ข้อดีของการบริการ
● การอ่านแบบยาวเผยให้เห็นลำดับความยาวเต็มของ 16S/18S/ITS
● การเรียกฐานที่แม่นยำสูงด้วยการจัดลำดับโหมด PacBio CCS
● ความละเอียดระดับสายพันธุ์ในคำอธิบายประกอบ OTU/ASV
● ขั้นตอนการวิเคราะห์ QIIME2 ล่าสุดพร้อมการวิเคราะห์ที่หลากหลายในแง่ของฐานข้อมูล คำอธิบายประกอบ OTU/ASV
● ใช้ได้กับการศึกษาชุมชนจุลินทรีย์ที่หลากหลาย
● BMK มีประสบการณ์กว้างขวางด้วยตัวอย่างมากกว่า 100,000 ตัวอย่าง/ปี ครอบคลุมทั้งดิน น้ำ ก๊าซ ตะกอน อุจจาระ ลำไส้ ผิวหนัง น้ำซุปหมัก แมลง พืช ฯลฯ
● BMKCloud อำนวยความสะดวกในการตีความข้อมูลซึ่งประกอบด้วยเครื่องมือวิเคราะห์ส่วนบุคคล 45 รายการ
ข้อมูลจำเพาะของบริการ
| การเรียงลำดับแพลตฟอร์ม | ห้องสมุด | ข้อมูลที่แนะนำ | เวลาตอบสนอง |
| PacBio ภาคต่อ II | SMRT-เบลล์ | แท็ก 5K/10K/20K | 44 วันทำการ |
การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ
● การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ
● การจัดกลุ่ม OTU/การลดสัญญาณรบกวน (ASV)
● คำอธิบายประกอบ OTU
● ความหลากหลายของอัลฟ่า
● ความหลากหลายของเบต้า
● การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม
● การวิเคราะห์การเชื่อมโยงกับปัจจัยทดลอง
● การทำนายยีนของฟังก์ชัน
ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง
ข้อกำหนดตัวอย่าง:
สำหรับสารสกัดจากดีเอ็นเอ:
| ประเภทตัวอย่าง | จำนวน | ความเข้มข้น | ความบริสุทธิ์ |
| สารสกัดจากดีเอ็นเอ | > 1 มก | > 20 นาโนกรัม/ไมโครลิตร | โอดี260/280= 1.6-2.5 |
สำหรับตัวอย่างด้านสิ่งแวดล้อม:
| ประเภทตัวอย่าง | ขั้นตอนการสุ่มตัวอย่างที่แนะนำ |
| ดิน | จำนวนตัวอย่าง: ประมาณ.5 กรัม;สารที่เหี่ยวเฉาที่เหลืออยู่จะต้องถูกกำจัดออกจากพื้นผิวบดเป็นชิ้นใหญ่แล้วผ่านตัวกรองขนาด 2 มม.แบ่งส่วนตัวอย่างในหลอด EP หรือไซโรทูบที่ปลอดเชื้อเพื่อการจอง |
| อุจจาระ | จำนวนตัวอย่าง: ประมาณ.5 กรัม;รวบรวมและแบ่งส่วนตัวอย่างในหลอด EP หรือหลอดแช่แข็งที่ปลอดเชื้อเพื่อจองล่วงหน้า |
| เนื้อหาในลำไส้ | ตัวอย่างจะต้องได้รับการประมวลผลภายใต้สภาวะปลอดเชื้อล้างเนื้อเยื่อที่รวบรวมด้วย PBSปั่นแยก PBS และรวบรวมตะกอนในหลอด EP |
| ตะกอน | จำนวนตัวอย่าง: ประมาณ.5 กรัม;รวบรวมและแบ่งส่วนตัวอย่างตะกอนในหลอด EP หรือหลอดแช่แข็งที่ปลอดเชื้อเพื่อจองล่วงหน้า |
| แหล่งน้ำ | สำหรับตัวอย่างที่มีจุลินทรีย์ในปริมาณจำกัด เช่น น้ำประปา น้ำบาดาล ฯลฯ ให้รวบรวมน้ำอย่างน้อย 1 ลิตรแล้วผ่านตัวกรองขนาด 0.22 μm เพื่อเพิ่มจุลินทรีย์บนเมมเบรนเก็บเมมเบรนไว้ในหลอดปลอดเชื้อ |
| ผิว | ขูดพื้นผิวอย่างระมัดระวังด้วยสำลีก้านหรือใบมีดผ่าตัด แล้ววางลงในหลอดปลอดเชื้อ |
การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ
แช่แข็งตัวอย่างในไนโตรเจนเหลวเป็นเวลา 3-4 ชั่วโมง และเก็บในไนโตรเจนเหลวหรือ -80 องศา เพื่อสำรองระยะยาวจำเป็นต้องจัดส่งตัวอย่างด้วยน้ำแข็งแห้ง
ขั้นตอนการทำงานบริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การเรียงลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
1. อัตราคำอธิบายประกอบของการทำโปรไฟล์ชุมชนจุลินทรีย์ที่ใช้ V3+V4(Illumina) เทียบกับการทำโปรไฟล์แบบเต็มความยาว (PacBio)
(ใช้ข้อมูลของโครงการสุ่มเลือก 30 โครงการเป็นสถิติ)
2. อัตราคำอธิบายประกอบของการจัดลำดับแอมพลิคอนแบบเต็มความยาวที่ระดับสปีชีส์ในตัวอย่างประเภทต่างๆ
3.การกระจายพันธุ์
4. ต้นไม้สายวิวัฒนาการ
คดีบีเอ็มเค
การสัมผัสสารหนูทำให้เกิดความเสียหายต่อสิ่งกีดขวางในลำไส้ และเป็นผลให้เกิดการกระตุ้นแกนลำไส้และตับ ซึ่งนำไปสู่การอักเสบและไพโรโทซิสของตับในเป็ด
ที่ตีพิมพ์:วิทยาศาสตร์สิ่งแวดล้อมโดยรวม2021
กลยุทธ์การจัดลำดับ:
ตัวอย่าง: กลุ่มควบคุมเทียบกับกลุ่มที่สัมผัส ATO 8 มก./กก
ข้อมูลลำดับที่ได้: ลำดับ CCS ดิบทั้งหมด 102,583 ลำดับ
การควบคุม: 54,518 ± 747 CCS ที่มีประสิทธิภาพ
สัมผัส ATO : 45,050 ± 1675 CCS ที่มีประสิทธิภาพ
ผลลัพธ์ที่สำคัญ
ความหลากหลายของอัลฟ่า:การได้รับสาร ATO เปลี่ยนแปลงความอุดมสมบูรณ์และความหลากหลายของจุลินทรีย์ในลำไส้ในเป็ดอย่างมีนัยสำคัญ
การวิเคราะห์เมตาสถิติ:
ในระดับไฟลัม: ไฟลัมแบคทีเรีย 2 ชนิดตรวจพบเฉพาะในกลุ่มควบคุมเท่านั้น
ในระดับสกุล พบว่า 6 สกุลมีความแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติในความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์
ในระดับสายพันธุ์: มีการระบุทั้งหมด 36 ชนิด โดย 6 ชนิดมีความแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติในเรื่องความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์
อ้างอิง
ธิงโฮล์ม, LB และคณะ“คนอ้วนที่มีและไม่มีโรคเบาหวานประเภท 2 แสดงความสามารถและองค์ประกอบของจุลินทรีย์ในลำไส้ต่างกัน”เซลล์โฮสต์และจุลินทรีย์26.2(2019)
