16S/18S/ITS ลำดับแอมพลิคอน-NGS
ข้อดีของการบริการ
● การระบุองค์ประกอบของจุลินทรีย์ในตัวอย่างด้านสิ่งแวดล้อมได้อย่างรวดเร็วโดยไม่ต้องแยกแยก
● ความละเอียดสูงในส่วนประกอบที่มีปริมาณน้อยในตัวอย่างด้านสิ่งแวดล้อม
● ขั้นตอนการวิเคราะห์ QIIME2 ล่าสุดพร้อมการวิเคราะห์ที่หลากหลายในแง่ของฐานข้อมูล คำอธิบายประกอบ OTU/ASV
● ปริมาณงานสูง ความแม่นยำสูงกว่า
● ใช้ได้กับการศึกษาชุมชนจุลินทรีย์ที่หลากหลาย
● BMK มีประสบการณ์กว้างขวางด้วยตัวอย่างมากกว่า 100,000 ตัวอย่าง/ปี ครอบคลุมทั้งดิน น้ำ ก๊าซ ตะกอน อุจจาระ ลำไส้ ผิวหนัง น้ำซุปหมัก แมลง พืช ฯลฯ
● BMKCloud อำนวยความสะดวกในการตีความข้อมูลซึ่งประกอบด้วยเครื่องมือวิเคราะห์ส่วนบุคคล 45 รายการ
ข้อมูลจำเพาะของบริการ
| การเรียงลำดับแพลตฟอร์ม | ห้องสมุด | ข้อมูลที่ได้ที่แนะนำ | ระยะเวลาดำเนินการโดยประมาณ |
| แพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq | พีอี250 | แท็ก 50K/100K/300K | 30 วัน |
การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ
● การควบคุมคุณภาพข้อมูลดิบ
● การจัดกลุ่ม OTU/การลดสัญญาณรบกวน (ASV)
● คำอธิบายประกอบ OTU
● ความหลากหลายของอัลฟ่า
● ความหลากหลายของเบต้า
● การวิเคราะห์ระหว่างกลุ่ม
● การวิเคราะห์การเชื่อมโยงกับปัจจัยทดลอง
● การทำนายยีนของฟังก์ชัน
ข้อกำหนดตัวอย่างและการจัดส่ง
ข้อกำหนดตัวอย่าง:
สำหรับสารสกัดจากดีเอ็นเอ:
| ประเภทตัวอย่าง | จำนวน | ความเข้มข้น | ความบริสุทธิ์ |
| สารสกัดจากดีเอ็นเอ | > 30 ง | > 1 นาโนกรัม/ไมโครลิตร | โอดี260/280= 1.6-2.5 |
สำหรับตัวอย่างด้านสิ่งแวดล้อม:
| ประเภทตัวอย่าง | ขั้นตอนการสุ่มตัวอย่างที่แนะนำ |
| ดิน | จำนวนตัวอย่าง: ประมาณ.5 กรัม;สารที่เหี่ยวเฉาที่เหลืออยู่จะต้องถูกกำจัดออกจากพื้นผิวบดเป็นชิ้นใหญ่แล้วผ่านตัวกรองขนาด 2 มม.แบ่งส่วนตัวอย่างในหลอด EP หรือไซโรทูบที่ปลอดเชื้อเพื่อการจอง |
| อุจจาระ | จำนวนตัวอย่าง: ประมาณ.5 กรัม;รวบรวมและแบ่งส่วนตัวอย่างในหลอด EP หรือหลอดแช่แข็งที่ปลอดเชื้อเพื่อจองล่วงหน้า |
| เนื้อหาในลำไส้ | ตัวอย่างจะต้องได้รับการประมวลผลภายใต้สภาวะปลอดเชื้อล้างเนื้อเยื่อที่รวบรวมด้วย PBSปั่นแยก PBS และรวบรวมตะกอนในหลอด EP |
| ตะกอน | จำนวนตัวอย่าง: ประมาณ.5 กรัม;รวบรวมและแบ่งส่วนตัวอย่างตะกอนในหลอด EP หรือหลอดแช่แข็งที่ปลอดเชื้อเพื่อจองล่วงหน้า |
| แหล่งน้ำ | สำหรับตัวอย่างที่มีจุลินทรีย์ในปริมาณจำกัด เช่น น้ำประปา น้ำบาดาล ฯลฯ ให้รวบรวมน้ำอย่างน้อย 1 ลิตรแล้วผ่านตัวกรองขนาด 0.22 μm เพื่อเพิ่มจุลินทรีย์บนเมมเบรนเก็บเมมเบรนไว้ในหลอดปลอดเชื้อ |
| ผิว | ขูดพื้นผิวอย่างระมัดระวังด้วยสำลีก้านหรือใบมีดผ่าตัด แล้ววางลงในหลอดปลอดเชื้อ |
การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ
แช่แข็งตัวอย่างในไนโตรเจนเหลวเป็นเวลา 3-4 ชั่วโมง และเก็บในไนโตรเจนเหลวหรือ -80 องศา เพื่อสำรองระยะยาวจำเป็นต้องจัดส่งตัวอย่างด้วยน้ำแข็งแห้ง
ขั้นตอนการทำงานบริการ
การจัดส่งตัวอย่าง
การก่อสร้างห้องสมุด
การเรียงลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
1. การกระจายพันธุ์
2. แผนที่ความร้อน: การจัดกลุ่มความสมบูรณ์ของชนิด
3. เส้นโค้งฝ่ายที่หายาก
4.การวิเคราะห์ NMDS
5. การวิเคราะห์เลฟเซ่
คดีบีเอ็มเค
คนอ้วนที่เป็นโรคเบาหวานประเภท 2 และไม่มีเลยจะแสดงความสามารถและองค์ประกอบการทำงานของจุลินทรีย์ในลำไส้ต่างกัน
ที่ตีพิมพ์:เซลล์โฮสต์และจุลินทรีย์ 2019
กลยุทธ์การจัดลำดับ:
ผู้ที่ไม่เป็นโรคเบาหวานแบบลีน (n=633);คนอ้วนที่ไม่เป็นเบาหวาน (n=494);เบาหวานชนิดอ้วน 2 (n=153);
ภูมิภาคเป้าหมาย: 16S rDNA V1-V2
แพลตฟอร์ม: Illumina Miseq (การจัดลำดับแอมพลิคอนที่ใช้ NGS)
สารสกัด DNA ชุดย่อยอยู่ภายใต้การจัดลำดับเมตาจีโนมิกใน Illumina Hiseq
ผลลัพธ์ที่สำคัญ
โปรไฟล์จุลินทรีย์ของโรคเมตาบอลิซึมเหล่านี้สามารถแยกแยะความแตกต่างได้สำเร็จ
จากการเปรียบเทียบคุณสมบัติของจุลินทรีย์ที่เกิดจากการจัดลำดับ 16S พบว่าโรคอ้วนมีความสัมพันธ์กับการเปลี่ยนแปลงองค์ประกอบของจุลินทรีย์ คุณลักษณะส่วนบุคคล โดยเฉพาะอย่างยิ่งการลดลงอย่างมีนัยสำคัญใน Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes เป็นต้น นอกจากนี้ T2D ยังพบว่าเกี่ยวข้องกับการเพิ่มขึ้นของ Escherichia/shigella .
อ้างอิง
ธิงโฮล์ม, LB และคณะ“คนอ้วนที่มีและไม่มีโรคเบาหวานประเภท 2 แสดงความสามารถและองค์ประกอบของจุลินทรีย์ในลำไส้ต่างกัน”เซลล์โฮสต์และจุลินทรีย์26.2(2019)
