Обовари харитаи гармӣ барои кашидани харитаи гармӣ истифода мешавад, ки метавонад маълумоти матритсаро филтр кунад, ба эътидол оварад ва кластер кунад. Он асосан барои таҳлили кластерии сатҳи ифодаи генҳо байни намунаҳои гуногун истифода мешавад.
Замима кардани функсияҳои биологӣ ба пайдарпаӣ дар файли FASTA тавассути мувофиқ кардани пайдарпаӣ ба пойгоҳи додаҳо, аз ҷумла NR, KEGG, COG, SwissProt, TrEMBL, KOG, Pfam.
BLAST (Асбоби Ҷустуҷӯи Асосии Ҳамоҳангсозии маҳаллӣ) як алгоритм ва барномаест барои дарёфти минтақаҳо бо пайдарпаии биологии шабеҳ.Он ин пайдарпайҳоро бо пойгоҳи додаҳои пайдарпай муқоиса мекунад ва аҳамияти омориро ҳисоб мекунад.BLAST аз чор намуди асбобҳо дар асоси намуди пайдарпай иборат аст: blastn, lastp, blastx ва tblastn.