-
Пайдарпаии иммунопреципиатсияи хроматин (ChIP-seq)
ChIP-Seq профили геномии ҳадафҳои ДНК-ро барои тағир додани гистон, омилҳои транскрипсия ва дигар сафедаҳои бо ДНК алоқаманд таъмин мекунад.Он селективии иммунопреципитацияи хроматинро (ChIP) барои барқарор кардани комплексҳои мушаххаси сафеда-ДНК бо қудрати пайдарпайии насли оянда (NGS) барои пайдарпайии баландсуръати ДНК барқароршударо муттаҳид мекунад.Илова бар ин, азбаски комплексҳои протеин-ДНК аз ҳуҷайраҳои зинда барқарор карда мешаванд, сайтҳои ҳатмӣ метавонанд дар намудҳо ва бофтаҳои гуногуни ҳуҷайра ё дар шароити гуногун муқоиса карда шаванд.Барномаҳо аз танзими транскриптӣ то роҳҳои рушд то механизмҳои беморӣ ва берун аз он иборатанд.
Платформа: Платформаи Illumina NovaSeq
-
Пайдарпаии метагеномӣ -NGS
Метагеном ба маҷмӯаи маводи умумии генетикии ҷомеаи омехтаи организмҳо, ба монанди метагеномҳои муҳити зист, метагеномҳои инсон ва ғ. дахл дорад. Он дорои геномҳои микроорганизмҳои киштшаванда ва коркарднашаванда мебошад.Пайдарпаии метагеномӣ воситаи молекулавӣ барои таҳлили маводи омехтаи геномии аз намунаҳои муҳити зист истихроҷшуда мебошад, ки дар бораи гуногунрангӣ ва фаровонии намудҳо, сохтори популятсия, робитаи филогенетикӣ, генҳои функсионалӣ ва шабакаи коррелятсия бо омилҳои муҳити зист маълумоти муфассал медиҳад.
Платформа:Платформаи Illumina NovaSeq
-
Пайдарпаии метагеномӣ-Нанопур
Метагеномика як воситаи молекулавӣ барои таҳлили маводи омехтаи геномии аз намунаҳои муҳити зист истихроҷшуда мебошад, ки маълумоти муфассалро дар бораи гуногунрангӣ ва фаровонии намудҳо, сохтори популятсия, робитаи филогенетикӣ, генҳои функсионалӣ ва шабакаи коррелятсия бо омилҳои муҳити зист ва ғайра медиҳад. ба омӯзиши метагеномӣ.Фаъолияти барҷастаи он дар дарозии хониш ба таври назаррас таҳлили метагеномии поёнӣ, бахусус маҷмӯаи метагеномҳоро такмил дод.Бо истифода аз бартариҳои дарозии хондан, омӯзиши метагеномии нанопоре қодир аст, ки дар муқоиса бо метагеномикаи тирандозӣ пайваста бештар ҷамъоварӣ кунад.Интишор шудааст, ки метагеномика дар асоси нанопор геномҳои пурра ва пӯшидаи бактерияҳоро аз микробиомаҳо бомуваффақият тавлид кардааст (Moss, EL, et.Биотехнологияи табиат, 2020)
Платформа:Nanopore PromethION P48
-
Пайдарпайкунии пурраи геноми бисульфит
Метилизатсияи ДНК дар ҷои панҷум дар ситозин (5-mC) ба ифодаи генҳо ва фаъолияти ҳуҷайра таъсири асосӣ дорад.Намунаҳои ғайримуқаррарии метилизатсия бо якчанд шароит ва бемориҳо, ба монанди саратон алоқаманданд.WGBS ба стандарти тиллоӣ барои омӯзиши метилизатсияи геномӣ дар як қарори ягона табдил ёфтааст.
Платформа: Платформаи Illumina NovaSeq
-
Таҳлил барои хроматини ба транспозаза дастрас бо пайдарпаии гузариши баланд (ATAC-seq)
ATAC-seq як усули пайдарпайии баландсуръат барои таҳлили дастрасии хроматин дар геном мебошад, ки барои назорати глобалии эпигенетикии ифодаи генҳо муҳим аст.Адаптерҳои пайдарпайӣ ба минтақаҳои кушодаи хроматин тавассути транспозазаи гиперактивии Tn5 ворид карда мешаванд.Пас аз тақвияти PCR, китобхонаи пайдарпайӣ сохта мешавад.Ҳама минтақаҳои кушодаи хроматинро дар шароити мушаххаси вақти фазо ба даст овардан мумкин аст, на танҳо бо маконҳои ҳатмии омили транскрипсия ё минтақаи муайяни тағирёфтаи гистон маҳдуд мешавад.
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Зершӯъбаи 16S ва 18S rRNA, ки ҳам минтақаҳои хеле ҳифзшуда ва ҳам гипертағйирёбанда доранд, изи ангуштони молекулавӣ барои муайян кардани организмҳои прокариотӣ ва эукариотӣ мебошад.Бо истифода аз пайдарпайӣ, ин ампликонҳоро метавон дар асоси қисмҳои ҳифзшуда ҳадаф қарор дод ва минтақаҳои гипертағйирёбандаро пурра барои муайянкунии микробҳо тавсиф кардан мумкин аст, ки ба таҳқиқоти таҳлили гуногунии микробҳо, таксономия, филогения ва ғайра мусоидат мекунанд. ) пайдарпайии платформаи PacBio имкон медиҳад, ки хондани хеле дақиқи дароз, ки ампликонҳои пурраро (тақрибан 1,5 Кб) фаро гирифта метавонанд.Намоиши васеъи майдони генетикӣ ҳалли шарҳи намудҳоро дар ҷомеаи бактерияҳо ё занбӯруғҳо хеле беҳтар кард.
Платформа:Пайванди PacBio II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Ҳадафи пайдарпайии ампликони 16S/18S/ITS ошкор кардани филогения, таксономия ва фаровонии намудҳо дар ҷомеаи микробҳо тавассути таҳқиқи маҳсулоти PCR-и маркерҳои генетикии хонагӣ, ки ҳам қисмҳои хеле гуфтугӯ ва ҳам гипертағйирёбандаро дар бар мегиранд.Ҷорӣ кардани ин изи ангуштони комили молекулавӣ аз ҷониби Woeses et al, (1977) профили микробиомаҳои бе изолятсияро фароҳам меорад.Пайдарпаии 16S (бактерияҳо), 18S (занбуғҳо) ва spacer transcribed internal (ITS, fungi) имкон медиҳад, ки ҳам намудҳои фаровон ва ҳам намудҳои нодир ва номаълум муайян карда шаванд.Ин технология як воситаи васеъ истифодашаванда ва асосӣ дар муайян кардани таркиби дифференсиалии микробҳо дар муҳитҳои гуногун, аз қабили даҳони инсон, рӯдаҳо, наҷосат ва ғ.
Платформа:Платформаи Illumina NovaSeq
-
Таҷдиди пайдарпайии тамоми геномҳои бактериявӣ ва fungal
Таҷдиди пайдарпайии тамоми геномҳои бактериявӣ ва занбӯруғҳо як воситаи муҳим барои анҷом додани геномҳои бактерия ва занбӯруғҳои маълум, инчунин муқоисаи геномҳои сершумор ё харитаи геномҳои организмҳои нав мебошад.Барои тавлиди геномҳои дақиқи истинод, муайянкунии микробҳо ва дигар таҳқиқоти муқоисавии геномӣ пайдарпай кардани тамоми геномҳои бактерия ва занбӯруғҳо аҳамияти бузург дорад.
Платформа: Платформаи Illumina NovaSeq
-
PacBio-Фулл-дарозии 16S/18S/ITS Sequencing Amplicon
Платформаи Amplicon (16S/18S/ITS) бо таҷрибаи чандинсолаи таҳлили лоиҳаҳои гуногунии микробҳо таҳия шудааст, ки дорои таҳлили стандартии асосӣ ва таҳлили фардӣ мебошад: таҳлили асосӣ мундариҷаи таҳлили асосии тадқиқоти микробиологиро дар бар мегирад, мундариҷаи таҳлил бой ва ҳамаҷониба аст, ва натиҷаҳои таҳлил дар шакли ҳисоботи лоиҳа пешниҳод карда мешаванд;Мазмуни таҳлили фардӣ гуногун аст.Намунаҳоро метавон интихоб кард ва параметрҳоро мувофиқи гузориши таҳлили асосӣ ва ҳадафи тадқиқот чандир муқаррар кардан мумкин аст, то ки талаботҳои фардӣ амалӣ карда шаванд.Системаи оператсионии Windows, оддӣ ва зуд.
-
Транскриптомии пурраи PacBio (ғайри истинод)
Бо назардошти маълумоти пайдарпайии Isoform Biosciences Pacific Biosciences (PacBio), ин барнома қодир аст пайдарпайии транскрипти пурраи дарозмӯҳлатро (бе васл) муайян кунад.Тавассути харитасозии пайдарпаии пурраи дарозмӯҳлат бар зидди геномҳои истинод, транскриптҳоро метавон тавассути генҳои маълум, транскриптҳо, минтақаҳои рамзгузорӣ ва ғайра оптимизатсия кард. Дар ин ҳолат, муайянкунии дақиқи сохторҳои mRNA, ба монанди пайвасткунии алтернативӣ ва ғайра имконпазир аст.Таҳлили муштарак бо маълумоти пайдарпайии транскриптомҳои NGS имкон медиҳад тавзеҳи ҳамаҷониба ва миқдори дақиқтар дар ифода дар сатҳи транскрипт, ки асосан ба ифодаи дифференсиалии поёноб ва таҳлили функсионалӣ фоида меорад.
-
Пасиҳамоии камшудаи намояндагии бисульфитҳо (RRBS)
Тадқиқоти метилизатсияи ДНК ҳамеша мавзӯи доғ дар таҳқиқоти беморӣ буд ва бо ифодаи генҳо ва хислатҳои фенотипикӣ зич алоқаманд аст.RRBS як усули дақиқ, муассир ва иқтисодӣ барои таҳқиқоти метилизатсияи ДНК мебошад.Бо ғанисозии минтақаҳои промотор ва ҷазираи CpG тавассути тақсимоти ферментативӣ (Msp I), дар якҷоягӣ бо пайдарпаии бисульфит, муайянкунии баландсифати метилизатсияи ДНК-ро таъмин мекунад.
Платформа: Платформаи Illumina NovaSeq
-
пайдарпайии mRNA прокариотӣ
Пайдарпайвандии mRNA имкон медиҳад, ки профили ҳамаҷонибаи ҳама транскриптҳои mRNA дар дохили ҳуҷайраҳо дар шароити мушаххас.Ин технологияи муосир ҳамчун воситаи тавоно хизмат мекунад, ки профилҳои мураккаби ифодаи генҳо, сохторҳои генҳо ва механизмҳои молекулавии марбут ба равандҳои гуногуни биологиро ошкор мекунад.Дар пажӯҳишҳои бунёдӣ, ташхиси клиникӣ ва таҳияи маводи мухаддир ба таври васеъ қабул карда мешавад, пайдарпайии mRNA фаҳмишро дар бораи нозукиҳои динамикаи ҳуҷайра ва танзими генетикӣ пешниҳод мекунад.Коркарди намунаи прокариотҳои mRNA-и мо барои транскриптомҳои прокариотӣ мутобиқ карда шудааст, ки камшавии rRNA ва омодасозии китобхонаи самтро дар бар мегирад.
Платформа: Illumina NovaSeq X
