Харитаи гармӣ
Файли додаҳои матритсавӣ барои кашидани харитаи гармӣ истифода мешавад, ки метавонад маълумоти матритсаро филтр, нормалсозӣ ва кластер кунад.Он асосан барои таҳлили кластерии сатҳи ифодаи генҳо байни намунаҳои гуногун истифода мешавад.
Аннотацияи ген
Тавсифи функсияи ген тавассути харитасозии пайдарпайҳо дар файли FASTA бо пойгоҳи додаҳои гуногун иҷро карда мешавад.
Аннотацияи ген
Воситаи асосии ҷустуҷӯи ҳамоҳангсозии маҳаллӣ
CDS_UTR_Пешгӯӣ
Ин асбоб барои пешгӯии минтақаҳои рамзгузорӣ (CDS) ва минтақаҳои рамзгузорӣнашаванда (UTR) дар пайдарпаии транскрипти додашуда дар асоси таркиш бар зидди махзани маълуми сафедаҳо ва пешгӯии ORF тарҳрезӣ шудааст.
Қитъаи Манҳеттен
Нақшаи Манҳеттен имкон медиҳад, ки маълумотро бо шумораи зиёди нуқтаҳои додаҳо нишон диҳад.Он одатан дар таҳқиқоти ассотсиатсияи геномӣ (GWAS) истифода мешавад.
Сирко
Диаграммаи CIRCOS имкон медиҳад, ки тақсимоти SNP, InDeL, SV, CNV дар геном мустақиман нишон дода шавад.
GO_Ғаноҳсозӣ
TopGO асбобест, ки барои ғанисозии функсионалӣ пешбинӣ шудааст.Маҷмӯи TopGO-Bioconductor аз таҳлили ифодаи дифференсиалӣ, таҳлили ғанисозии GO ва визуализатсияи натиҷаҳо иборат аст.Он папкаеро бо баромади бо номи "График" тавлид мекунад, ки натиҷаҳоро барои topGO_BP, topGO_CC ва topGO_MF дар бар мегирад.
WGCNA
WGCNA як усули истихроҷи додаҳо барои кашфи модулҳои муштараки генҳо мебошад.Он ба маҷмӯи додаҳои гуногуни ифода, аз ҷумла додаҳои микроаррей ва маълумоти ифодаи ген, ки аз пайдарпайии насли оянда сарчашма мегирад, татбиқ мешавад.
InterProScan
Таҳлили пайдарпайии сафедаҳои InterPro ва тасниф
GO_KEGG_Ганигардонӣ
Ин асбоб тарҳрезӣ шудааст, ки гистограммаи ғанисозии GO, гистограммаи ғанисозии KEGG ва роҳи ғанисозии KEGG дар асоси маҷмӯи генҳои пешниҳодшуда ва шарҳи мувофиқ.