Маҳсулот

Пайдарпаии mRNA-Illumina дар асоси ғайрирасмӣ

Тасвири барҷастаи mRNA Sequencing-Illumina дар асоси ғайрирасмӣ

Пайдарпайвандии mRNA техникаи пайдарпайии насли ояндаро (NGS) қабул мекунад, то мессенҷери РНК (mRNA) -и Эукариотро дар давраи мушаххасе, ки баъзе функсияҳои махсус фаъол мешаванд, сабт кунанд.Дарозитарин транскрипти пайвастшуда "Unigene" ном дошт ва ҳамчун пайдарпаии истинод барои таҳлили минбаъда истифода мешуд, ки воситаи муассир барои омӯзиши механизми молекулавӣ ва шабакаи танзими намудҳо бидуни истинод мебошад.

Пас аз ҷамъоварии маълумоти транскриптомӣ ва шарҳи функсионалии униген

(1) Таҳлили SSR, пешгӯии CDS ва сохтори генҳо пешакӣ тартиб дода мешавад.

(2) Миқдори ифодаи униген дар ҳар як намуна анҷом дода мешавад.

(3) Юнигенҳои ба таври дифференсиалӣ ифодаёфта дар байни намунаҳо (ё гурӯҳҳо) дар асоси ифодаи униген кашф карда мешаванд

(4) Кластерсозӣ, шарҳи функсионалӣ ва ғанисозии унигенҳои ба таври дифференсиалӣ ифодашуда анҷом дода мешавад

Бо мо тамос гиред

Тафсилоти хидмат

Биоинформатика

Натиҷаҳои намоишӣ

Омӯзиши мисол

Вижагиҳо

● Новобаста аз ягон геноми истинод,

● Маълумотро метавон барои таҳлили сохтор ва ифодаи стенограммаҳо истифода бурд

● Ҷойҳои буриши тағирёбандаро муайян кунед

Афзалиятҳои хидматрасонӣ

● Интиқоли натиҷа дар асоси BMKCloud: Натиҷаҳо ҳамчун файли додаҳо ва ҳисоботи интерактивӣ тавассути платформаи BMKCloud расонида мешаванд, ки имкон медиҳад барои истифодабарандагон хондани натиҷаҳои мураккаби таҳлил ва истихроҷи додаҳои фармоишӣ дар асоси таҳлили стандартии биоинформатика.

● Хидматҳои пас аз фурӯш: Хизматрасонии пас аз фурӯш дар тӯли 3 моҳ пас аз ба итмом расидани лоиҳа эътибор дорад, аз ҷумла пайгирии лоиҳаҳо, бартараф кардани мушкилот, натиҷаҳои саволу ҷавоб ва ғайра.

Талаботи намунавӣ ва интиқол

Талаботи намунавӣ:

Нуклеотидҳо:

Консентрат (нг/мкл)

Миқдор (мкг)

Покӣ

Беайбӣ

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Маҳдуд ё тамоман ифлосшавии протеин ё ДНК дар гел нишон дода шудааст.

Барои растаниҳо: RIN≥6,5;

Барои ҳайвонот: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

маҳдуд ё набудани баландии ибтидоӣ

Бофта: Вазн (хушк): ≥1 г
* Барои матоъҳои хурдтар аз 5 мг, мо тавсия медиҳем, ки намунаи бофтаи флешдор яхкардашуда (дар нитрогени моеъ) фиристед.

Боздоштани ҳуҷайраҳо: Шумораи ҳуҷайраҳо = 3 × 10⁷
*Мо тавсия медиҳем, ки лизати яхкардашудаи ҳуҷайраро интиқол диҳед.Дар ҳолате, ки ин ҳуҷайра аз 5×10 хурдтар бошад⁵, флешдор яхкарда дар нитроген моеъ тавсия дода мешавад.

Намунаҳои хун:
PA × genBloodRNATube;
6 мл ЛТРИзол ва 2 мл хун (ТРИзол: Хун = 3: 1)

Интиқоли намунаи тавсияшуда

Контейнер:
2 мл найчаи центрифуга (фолгаи тунука тавсия дода намешавад)
Тамғагузории намуна: Гурӯҳ+такрор, масалан, A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

Интиқол:
1.Ях хушк: Намунаҳо бояд дар халтаҳо печонида шаванд ва дар яхи хушк дафн карда шаванд.
2.Тӯбҳои RNAstable: Намунаҳои RNA-ро дар найчаи устуворсозии РНК (масалан, RNAstable®) хушк кардан мумкин аст ва дар ҳарорати хона интиқол дода мешавад.

Раванди кори хидмат

Тарҳрезии таҷриба

Интиқоли намуна

истихроҷи РНК

Сохтмони китобхона

пайдарпай

Таҳлили маълумот

Хизматрасонии пас аз фурӯш

гузашта: пайдарпаии дароз ғайридавлатӣ рамзгузорӣ-Illumina

Баъдӣ: Эукариотӣ mRNA пайдарпаии-Illumina

Биоинформатика

1.mRNA(denovo) Принсипи Ассамблея

Бо Сегона, хонданҳо ба қисмҳои хурдтар тақсим карда мешаванд, ки бо номи K-mer маъруфанд.Ин K-mers пас аз он ҳамчун тухмҳо истифода мешаванд, то ба контигҳо васеъ карда шаванд ва сипас ҷузъ дар асоси такрори контиг.Ниҳоят, Де Брюйн дар ин ҷо барои эътироф кардани транскриптҳо дар ҷузъҳо истифода шуд.

mRNA-(Де-ново)-Шарҳи-аз-Сегона

mRNA (De novo) Шарҳи Сегона

2.mRNA (De novo) Тақсимоти сатҳи ифодаи ген

RNA-Seq қодир аст баҳодиҳии хеле ҳассоси ифодаи генҳоро ба даст орад.Одатан, диапазони ошкоршавандаи ифодаи транскриптҳои FPKM аз 10^-2 то 10^6 аст.

mRNA-(Де-ново)-Тақсимоти-зичии-FPKM-дар-ҳар-намуна

mRNA (De novo) Тақсимоти зичии FPKM дар ҳар як намуна

3.mRNA (De novo) GO Таҳлили ғанисозии DEGs

Пойгоҳи GO (Gene Ontology) як системаи тафсири сохтории биологӣ мебошад, ки дорои луғати стандартии функсияҳои ген ва ген мебошад.Он дорои якчанд сатҳҳо мебошад, ки дар он сатҳ ҳар қадар пасттар бошад, вазифаҳо ҳамон қадар мушаххастаранд.

mRNA-(De-novo)-GO-таснифи-DEGs-дар-сатҳи дуюм

mRNA (De novo) GO таснифи DEG дар сатҳи дуюм

Парвандаи BMK

Таҳлили транскриптомии мубодилаи сахароза ҳангоми варам ва инкишоф дар пиёз (Allium cepa L.)

Нашр шудааст: сархадхои илми растанй, 2016

Стратегияи пайдарпай

Illumina HiSeq2500

Ҷамъоварии намуна

Дар ин тадқиқот навъи Юта Yellow Sweet Spain "Y1351" истифода шудааст.Шумораи намунаҳои ҷамъовардашуда буд
Рӯзи 15-уми пас аз варами лампа (диаметри 2 см ва вазни 3-4 г), 30-уми DAS (диаметри 5 см ва вазни 100-110 г) ва ~ 3 дар 40-уми DAS (диаметри 7 см ва 260-300 грамм).

Натиҷаҳои асосӣ

1. Дар диаграммаи Венн, ҳамагӣ 146 DEG дар ҳар се ҷуфти марҳилаҳои рушд муайян карда шуданд.
2. «Интиқоли карбогидратҳо ва мубодилаи моддаҳо» танҳо 585 униген (яъне 7% аз COG тафсиршуда) ифода ёфтааст.
3.Unigenes бомуваффақият дар пойгоҳи додаҳои GO шарҳ дода шудаанд, ба се категорияи асосӣ барои се марҳилаи гуногуни рушди лампаҳо тасниф карда шуданд.Аксари онҳо дар категорияи асосии «раванди биологӣ» «раванди мубодилаи моддаҳо» ва баъдан «раванди ҳуҷайра» буданд.Дар категорияи асосии «функсияи молекулавӣ» ду категорияи бештар ифодаёфта «ҳатмӣ» ва «фаъолияти каталитикӣ» буданд.

PB-пурра-дарозии-RNA-пайдабандии-парвандаи-омӯзиш

Гистограммаи кластерҳои гурӯҳбандии ортоологӣ (COG).

Гистограммаи таснифоти онтологияи генҳо (GO) барои унигенҳое, ки аз лампаҳо дар се марҳилаи рушд ба даст омадаанд

Диаграммаи Венн, ки генҳоеро нишон медиҳад, ки дар ҳар ду марҳилаи рушди лампаҳои пиёз фарқ мекунанд

Истинод

Чжан Ц, Чжан Х, Чжан З ва дигарон.Таҳлили транскриптомии мубодилаи сахароза ҳангоми варам ва инкишоф дар пиёз (Allium cepa L.)[J].Сарҳадҳо дар илми растанӣ, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389 / fpls.2016.01425