ЭВОЛЮЦИЯИ ГЕНОМ
PNAS
Таърихи пайдоиши эволютсионӣ ва хонагии моҳии тиллоӣ (Carassius auratus)
PacBio |Illumina |Харитаи геноми Бионано |Ассамблеяи Genome Hi-C |Харитаи генетикӣ |GWAS |RNA-Сек
Нуктаҳои муҳим
1.Goldfish геном бо версияи монтажи баландсифат нав карда шуд, ки 95,75% контигҳоро ба 50 псевдохромосома (Scaffold N50 = 31,84 Мб) лангар мекунад.Ду зергеном ҷудо карда шуданд.
2. Минтақаҳои геномикҳои ҷӯркунии интихобӣ ҳангоми хонасозӣ аз ҳисоби такрори маълумот дар бораи 201 шахс муайян карда шуданд, ки зиёда аз 390 генҳои номзадро ошкор карданд, ки эҳтимол бо хислатҳои хонагӣ алоқаманданд.
3.GWAS дар ақрабаки дорсал дар моҳии тиллои хонагишуда 378 генҳои номзадро ошкор кард, ки эҳтимолан алоқаманданд.Хабарнигори тирозин-протеин киназа ҳамчун гени номзади сабабӣ, ки бо шаффофият алоқаманд аст, муайян карда шуд.
Замина
Моҳии тиллоӣ (Carassius auratus) яке аз муҳимтарин моҳии парваришшаванда мебошад, ки дар Чини қадим аз карпи crucian хонагӣ карда мешуд.Онҳо аз ҷониби Чарлз Дарвин шарҳ дода шудаанд, ки "аз як гуногунии қариб беохири рангҳо гузашта, мо бо тағироти фавқулоддаи сохтор дучор мешавем".Хусусиятҳои бениҳоят гуногун ва таърихи тӯлонии хонагӣ ва парвариш моҳии тиллоиро ба як системаи аълои генетикии физиология ва эволютсияи моҳӣ табдил медиҳанд.
Муваффакиятхо
Геномҳои моҳии тиллоӣ
JТаҳлили равғани маълумоти пайдарпайии ҷуфт-охири PacBio ва Illumina маҷмӯи ибтидоии 1,657 Гро медиҳад (Contig N50 = 474 Kb).Харитаи оптикии Бионано сохта шуд ва маҷмӯаро ба андозаи 1,73 Гб ислоҳ кард (Андозаи тахминии геном: 1,8 Гб).Маҷмӯаи Hi-C дар асоси Hi-C скафлоди N50-ро аз 606 Кб то 31,84 Мб такмил дод ва ба 95,75% (1,65 Гб) сатҳи лангар нигаронидашуда ва фармоишӣ расид.Геном аз 56,251 генҳои рамзгузор ва 10,098 транскрипти дарози рамзгузоришуда иборат аст.Ғайр аз он, аз 50 хромосома 38 минтақаи потенсиали центромерӣ пешгӯӣ карда шуданд.
Расми 1 Геномҳои моҳии тиллоӣ
TДар 50 хромосомаи моҳии тилло, ки дар натиҷаи як ҳодисаи гибридизатсияи қадимӣ ба вуҷуд омадаанд, маҷмӯи возеҳи зергеномҳо муайян карда шуданд.Маҷмӯи хромосомаҳое, ки таносуби бештари хонишҳо дар байни моҳии тилло ва Барбина мувофиқанд, ҳамчун зергеноми А (ChrA01~A25), яъне зергеномҳои маъмул барои Барбина ва боқимондаҳо ҳамчун зергеноми B (ChrB01~B25) муайян карда шуданд.
Дар хонагӣ ва интихоби интихобӣ
Aҳамагӣ 16 карпҳои навъи ваҳшӣ ва 185 варианти моҳии тиллоӣ бо умқи пайдарпайии миёна тақрибан 12,5X буда, 4,3 тербаза маълумотро тавлид карданд.Таҷдиди филогенетикӣ ва таҳлили PCA робитаи зичтари моҳии тиллоии маъмулӣ ва карпи crucianро нисбат ба дигар моҳии тиллоӣ, ки охирин ба ду насл тақсим шудааст, тасдиқ кард.
LТаҳлили таназзул дар чор зерпопуляцияи дар боло зикршуда мавҷудияти монеаи генетикии популятсияро ҳангоми хонасозӣ ва интихоби қавии сунъӣ дар моҳии тилло дастгирӣ кард.Афзоиши гуногунии генетикӣ (π) аз карп ба моҳии маъмулӣ то моҳии тиллоии Вен ва моҳии тиллои тухм нишон дод, ки ҳангоми хонасозии онҳо ҷамъшавии назарраси вариантҳои генетикӣ мебошад.Аз маълумоти намояндагӣ 50 минтақаҳои геномии интихобӣ муайян карда шуданд, ки 25,2 Мб ва 946 генро дар бар мегиранд (33 моҳии тиллоӣ ва 16 генҳои crucian).Тавсеаи таҳлил ба 201 нафар, 393 ген минтақаҳои тозакунии интихобшударо нишон доданд.Ин генҳо гуногунрангии паст пайдо шуданд, ки эҳтимол ба фенотипҳои марбут ба хислатҳои асосии хонагӣ дар моҳии тиллоӣ мусоидат мекунанд.
Fig.3 Таҳлили марбут ба хонасозӣ дар геном
GWAS дар моҳии тиллои хонагӣ
DФизи орсал хусусияти калидӣ аст, ки моҳии тиллоии Венро аз моҳии тиллоии тухм фарқ мекунад.GWAS фини дорсалӣ дар моҳии тиллоии 96 Вен ва 87 моҳии тиллои тухм 378 генҳои номзадро ошкор карданд, ки дар 13 хромосома паҳн шудаанд ва тақсимоти нобаробари ин генҳо дар байни зергеномҳо мушоҳида шудааст.Таҳлили функсионалии ин генҳои номзад равандҳои биологиро, аз ҷумла "Сигнализатсияи ретсепторҳои сатҳи ҳуҷайра", "Интиқоли трансмембран", "Инкишофи системаи скелетӣ" ва ғайраҳоро нишон дод.
Расми 4 GWAS қаноти дорсалӣ дар моҳии тиллои хонагӣ
In GWAS аз хислатҳои шаффофи миқёс, қуллаи ягонаи ассотсиатсияи қавӣ муайян карда шуд.Дар яке аз минтаќањои номзад гене, ки ресепторњои тирозин-протеини киназаро рамзгузорї мекунад, муайян карда шуд.
Fig.5 GWAS аз хислатҳои шаффоф вобаста ба миқёси
Истинод
Cмокиёне Д ва дигарон.Пайдоиши эволютсионӣ ва таърихи хонагии моҳии тиллоӣ (Carassius auratus).PNAS (2020)
Ахбор Ҳадафи мубодилаи ҳолатҳои муваффақи охирин бо Biomarker Technologies, ба даст овардани дастовардҳои нави илмӣ ва инчунин усулҳои барҷастае, ки дар рафти омӯзиш истифода мешаванд.
Вақти фиристодан: январ-04-2022