ЭВОЛЮЦИЯИ ГЕНОМ
Genome De novo
Ассамблея|Муайян кардани ҷинс Тамоми корҳои пайдарпайкунӣ ва хидматҳои қисман биоинформатикӣ аз ҷониби Biomarker Techonologies пешниҳод карда шуданд.
Реферат
"Фенотипи барҷастаи седрагонҳо замимаҳои баргмонанд, даҳони дандоншакл ва ҳомиладории мардро дар бар мегирад, ки инкубатсия кардани тухмҳои бордоршуда дар "ҷасади чӯҷа"-и кушодаро дар бар мегирад.Мо геномҳои мардона ва занонаи баҳри оддӣ (Phyllopteryx taeniolatus) ва навъҳои ба ҳам наздики он, моҳии аллигатор (Syngnathoides biaculeatus) -ро аз нав пайдарпай намудем.Профилҳои транскрипсия аз як навоварии эволютсионалӣ, замимаҳои баргемонанд нишон медиҳанд, ки маҷмӯи генҳое, ки маъмулан дар рушди финҳо иштирок мекунанд, якҷоя интихоб шудаанд ва инчунин ғанисозии транскриптҳо барои таъмири эҳтимолии бофтаҳо ва генҳои муҳофизати масуният.Мутантҳои зебравӣ барои scpp5, ки дар ҳама сингнатидҳо гум мешаванд, дандонҳои ҳалқӣ надоранд ё деформатсия карда шудаанд, ки фарзияро дастгирӣ мекунанд, ки талафоти scpp5 ба гум шудани дандонҳо дар сингнатидҳо мусоидат кардааст.Локуси тахминии муайянкунандаи ҷинс муайян карда шуд, ки як гени мушаххаси amhr2y-и мардонаро рамзгузорӣ мекунад, ки аз ҷониби моҳии моҳии маъмули баҳрӣ ва аллигатор муштараканд. »
Мавод ва усул:
Материалхо
Fбаҳри умумии мо (P. taeniolatus) ва ду моҳии аллигатор (S. biaculeatus) намунаҳо.Барои пайдарпайии тамоми геном ду фарди седрагони маъмулӣ (як мард ва як зан) ва ду моҳии аллигатор (як мард ва як зан) истифода шуданд ва ду фарди дигари мардонаи седрагон барои такрори геном истифода шуданд.
Стратегияи пайдарпайии геном
2Китобхонаи 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) ё Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).sequencing, ва ду шахси дигари мардонаи седрагон барои такрори геном истифода шуданд.
пайдарпайии транскриптом
Fё седрагони маъмулӣ, майна, чашм, ҷигар, ҷигар, дил, гурда, мезентерия, рӯда, мушакҳо, қанот, пӯст, замимаҳои баргмонанд, ҷигар ва тухмдон ҷамъоварӣ карда шуданд.
Стратегияи маҷлиси Genome de novo
Canu (Исоҳи) + WTDBG2 (Маҷмаи) + Pilon (Лаҳистон) + Lachesis (Hi-C).
Натиҷаҳои асосӣ
Расми 1. Хусусиятҳои асосии баҳри одӣ (P. taeniolatus) ва моҳии аллигатор (S. biaculeatus) ва мавқеи филогенетикии онҳо.
Расми 2. Морфология ва таркиби генетикии замимаҳои баргмонанд дар баҳри оддӣ (P. taeniolatus).
Расми 3. Ген муайянкунии ҷинси тахминӣ дар баҳри оддӣ (P. taeniolatus) ва моҳии аллигатор (S. biaculeatus).
Расми 4. Фенотипҳои дандонҳои ҳалқӣ дар мутантҳои гомозиготии zebrafish scpp5.
Вақти фиристодан: январ-08-2022