ЭВОЛЮЦИЯИ ГЕНОМ, ПАНГЕНОМ
Пан-геном чист?
Далелҳои ҷамъшуда нишон медиҳанд, ки фарқияти байни штаммҳои гуногуни як намуд метавонад бузург бошад.Як геноми ягона барои ба даст овардани тасвири тамоми маълумоти генетикии як намуд кофӣ нест.Ҳадафи омӯзиши Pan-genome ин ба даст овардани графикаи геномии ҳамаҷонибаи як намуд ва рамзкушоӣ кардани муносибатҳои байни хислатҳо ва кодҳои генетикӣ тавассути гузаронидани ҷамъбасти геномҳои де-новои штаммҳои сершумор мебошад, ки имкон медиҳад истихроҷи амиқтар ва васеътари вариантҳо.
Тамоюлҳои омӯзиши пан-геном
Тасвири 1 Тамоюлҳои мақолаҳои тадқиқотии нашршудаи Pan-genome.
Эзоҳ: Дар расм натиҷаи гирифтани "пан-геном" ҳамчун калимаи калидӣ барои ҷустуҷӯи унвонҳои мақолаҳои дар маҷаллаҳои силсилаи Nature, Cell ва Science нашршуда нишон дода шудааст.
а.Хонданҳо аз намунаҳои сершумор ба истинод мувофиқ карда мешаванд ва намунаҳои ҳамоҳангнашуда ба контигҳои нав ҷамъ карда мешаванд.Бо илова кардани ин контигҳои нав ба пайдарпаии истинодҳои аслӣ, истинод ба пангеном сохтан мумкин аст.Минтақаҳои тақсимшаванда дар асоси харитасозии ҳама хондан ба пангеном муайян карда мешаванд.
б.Ҷамъоварии геномҳои пайвастагии сершумор имкон медиҳад, ки равишҳои ҳамоҳангсозии геномҳо барои муайян кардани минтақаҳои ҷудошавандаи геномӣ.
в.Графикаи пан-геномро метавон аз тамоми геномҳои геномӣ ё маҷмӯаи графикии де-ново сохтан мумкин аст, ки он маълумоти варианти минтақаҳои ҷудошавандаро ҳамчун роҳҳои беназир тавассути график нигоҳ медорад.
Пан-геномро чӣ гуна бояд сохт?
Тасвири 2 Муқоисаи равишҳои пан-геномӣ1
а.Хонданҳо аз намунаҳои сершумор ба истинод мувофиқ карда мешаванд ва намунаҳои ҳамоҳангнашуда ба контигҳои нав ҷамъ карда мешаванд.Бо илова кардани ин контигҳои нав ба пайдарпаии истинодҳои аслӣ, истинод ба пангеном сохтан мумкин аст.Минтақаҳои тақсимшаванда дар асоси харитасозии ҳама хондан ба пангеном муайян карда мешаванд.
б.Ҷамъоварии геномҳои пайвастагии сершумор имкон медиҳад, ки равишҳои ҳамоҳангсозии геномҳо барои муайян кардани минтақаҳои ҷудошавандаи геномӣ.
в.Графикаи пан-геномро метавон аз тамоми геномҳои геномӣ ё маҷмӯаи графикии де-ново сохтан мумкин аст, ки он маълумоти варианти минтақаҳои ҷудошавандаро ҳамчун роҳҳои беназир тавассути график нигоҳ медорад.
Пан-геномҳои ба наздикӣ нашршуда
● Пан-геномҳои таҷовуз2
● Пан-геномҳои помидор 3
● Райс Пан - геном4
● Пан-геноми офтобпараст5
● Пан-геноми лубиё 6
● Райс Пан-геном7
● Пан-геноми ҷав8
● Пан-геноми гандум9
● Пан-геноми сорго10
● Пан-геноми фитопланктон11
Истинод
1. Байер PE, Голич А.А., Шебен А, Батли Ҷ, Эдвардс Д. Пан-геномҳои растанӣ истинодҳои нав мебошанд.Растаниҳои Нат.2020;6(8):914-920.doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
2. Сонг ҶМ, Гуан З, Ху Ҷ, ва дигарон.Ҳашт геноми баландсифат меъмории пан-геном ва дифференсиатсияи экотипи Brassica napus-ро ошкор мекунанд.Растаниҳои Нат.2020;6(1):34-45.doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Гао Л, Гонда I, Sun H ва дигарон.Пан-геноми помидор генҳои нав ва аллели нодиреро, ки маззаи меваҳоро танзим мекунад, кашф мекунад.Нат Генет.2019;51(6):1044-1051.doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Таҳлили пан-геном дараҷаи тағирёбии геномиро дар биринҷи киштшуда ва ваҳшӣ нишон медиҳад [тасҳеҳи нашршуда дар Nat Genet пайдо мешавад.2018 август;50(8):1196].Нат Генет.2018;50(2):278-284.doi: 10.1038/s41588-018-0041-z
5. Хубнер С, Беркович Н, Тодеско М ва дигарон.Таҳлили пан-геноми офтобпараст нишон медиҳад, ки гибридизатсия мундариҷаи генҳо ва муқовимати бемориро тағир додааст.Растаниҳои Нат.2019;5(1):54-62.doi: 10.1038/s41477-018-0329-0
6. Лю Ю, Ду Х, Ли П, ва дигарон.Пан-геноми лӯбиёи ваҳшӣ ва киштшуда.Ҳуҷайра.2020; 182 (1): 162-176.e13.дои: 10.1016 / j.cell.2020.05.023
7. Цин П, Лу Х, Ду Х, ва дигарон.Таҳлили пан-геномии 33 пайвастагии аз ҷиҳати генетикӣ гуногуни биринҷ вариантҳои геномии пинҳоншударо ошкор мекунад [пеш аз чоп дар интернет нашр шудааст, 25 майи соли 2021].Ҳуҷайра.2021; S0092-8674 (21) 00581-X.дои: 10.1016 / j.cell.2021.04.046
8. Ҷаякоди М, Падмарасу С, Хаберер Г, ва дигарон.Пан-геноми ҷав мероси ниҳони парвариши мутатсияро ошкор мекунад.Табиат.2020;588(7837):284-289.doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Геномҳои сершумори гандум фарқияти глобалиро дар селекцияи муосир ошкор мекунанд.Табиат.2020;588(7837):277-283.doi: 10.1038/s41586-020-2961-x
10. Тао Ю, Луо Х, Сю Ҷ, ва дигарон.Варианти васеъ дар доираи пан-геноми соргои парваришшуда ва ваҳшӣ [пеш аз чоп дар интернет нашр шудааст, 20 майи соли 2021].Растаниҳои Нат.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi: 10.1038/s41477-021-00925-x
11. Фан X, Qiu H, Han W, et al.Пангеноми фитопланктон интиқоли васеи генҳои уфуқии прокариотҳои вазифаҳои гуногунро ошкор мекунад.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.29 апрели соли 2020 нашр шуд. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Вақти фиристодан: январ-04-2022