Дар соли 2021, BMKGENE шоҳиди 31 тадқиқоти De novo геномӣ дар маҷаллаҳои баландтаъсир бо муваффақият ба табъ расид, ки омилҳои импакт дар маҷмӯъ зиёда аз 320 мебошанд. 15 мақолаи муштарак муаллифӣ буданд 4-тои онҳо ҳамчун муаллифони аввалин аз ҷониби BMKGENE ҳаммуаллифи буданд.
Дарҳол пас аз оғози соли 2022, дар маҷаллаи "Табиӣ генетика" ва "Расидани молекулавӣ" аллакай ду мақолаи тадқиқотӣ нашр шудаанд.Онҳо, "Ду гаплотипҳои гуногун аз геноми хеле гетерозиготшудаи личи рӯйдодҳои мустақили хонагӣ барои навъҳои барвақт ва дер пухташавандаро пешниҳод мекунанд" (Тадқиқоти геномҳои Личи, ки аз ҷониби Коллеҷи боғпарварӣ, Донишгоҳи кишоварзии Чини Ҷанубӣ ва ҳамкорони илмӣ, ки дар Генетикаи табиӣ нашр шудаанд. ) ва "Пайдарпайвандии геномҳои панҷ намуди Sitopsis аз Aegilops ва пайдоиши полиплоидии гандуми B-subgenome" (Панҷ намуди геномҳои Ситопсис, ки аз ҷониби гурӯҳи тадқиқотии профессор Бао Лю аз Донишгоҳи Шимолу Шарқӣ гузаронида шудааст.).Мо инчунин ин ду мақоларо баррасӣ карда, бо хонандагони худ мубодила хоҳем кард.
Акнун, биёед ба мақолаҳои олиҷаноби тадқиқотие, ки дар соли 2021 нашр шудаанд, аз ҷониби BMK ва иншооти ҳамкории мо, як назар андозем.
Геномҳои растанӣ - Пешрафтҳо дар бисёр намудҳо.
1.Маҷмӯи геномҳои баландсифат хусусиятҳои геномии ҷавдор ва генҳои аз ҷиҳати агрономӣ муҳимро таъкид мекунад
Муассисаи ҳамкорӣ: Донишгоҳи кишоварзии Ҳенан
Маҷалла: Генетикаи табиӣ
Омили таъсир: 38.31
Дар ин лоиҳа геноми ҷавдори Вейнинг, як навъи элитаи ҷавдори чинӣ, пайдарпай тартиб дода шуд.Контигҳои ҷамъшуда (7,74 Гб) 98,47% андозаи тахминии геномро (7,86 Гб) ташкил медиҳанд ва 93,67% контигҳо (7,25 Гб) ба ҳафт хромосома таъин шудаанд.Элементҳои такрорӣ 90,31% геноми ҷамъшударо ташкил медиҳанд.Таҳлилҳои минбаъдаи маҷлиси Вайнинг ба такрори генҳои геномӣ ва таъсири онҳо ба генҳои биосинтези крахмал, ташкили ҷисмонии локусҳои мураккаби проламин, хусусиятҳои ифодаи генҳо, ки хусусияти сарлавҳаи барвақт ва минтақаҳои хромосомӣ ва локусҳо дар ҷавдор мебошанд, равшанӣ меандозанд.Ин пайдарпаии геном ваъда медиҳад, ки таҳқиқоти геномӣ ва селексионериро дар ҷавдор ва зироатҳои ғалладона суръат мебахшад.
2.Розаи бе гулобӣ: фаҳмиши геномӣ, ки ба мутобиқшавии намӣ алоқаманд аст
Муассисаи ҳамкорӣ: Институти ботаникаи Кунмин, Академияи илмҳои Чин
Маҷалла: Таҳлили илмии миллӣ
Омили таъсир: 17.273
Дар ин лоиҳа, намунаҳои 'Хорҳои Беса Басе' (БТ, як навъе аз гули Роза вичурайана), 'Old Blush' (OB, асосгузори генотип дар хонасозии садбарг), гибридҳои F1 ва BCF1 ҷамъоварӣ карда шуданд.Ва барои муайян кардани унсурҳои генетикии марбут ба рушди решаи поя як маҷмӯаи геномҳои баландсифат тавлид карда шуд.Андозаи геном тақрибан 530,6 Мб аст.Барои санҷидани сифати геномҳои ҷамъшуда, таҳлил ба монанди муқоисаи харитаи генетикӣ, BUSCO, NGS хондани дубора, муқоиса бо гаплотипи OB, пайдарпайии назорати сатҳи хатогиҳои асосӣ ва санҷиши арзиши Index LTR дар геном (LAI = 20.03) гузаронида шуд.Ин тадқиқот шакли мураккаби меросӣ ва механизми танзими решаҳои пояро ошкор мекунад ва ба мо замина ва захираҳои навро барои омӯзиши биологияи садбарг ва аломатҳои молекулавии минаҳо, ки бо хислатҳои муҳим алоқаманданд, фароҳам меорад.
3. пайдарпаии тамоми геномҳои аллополиплоидҳои синтезшуда дар Cucumis фаҳмишҳоро дар бораи эволютсияи геномҳои аллополиплоидизатсия ошкор мекунад
Иншооти ҳамкорӣ: Донишгоҳи кишоварзии Нанҷинг
Маҷалла: Advanced Science
Омили таъсир: 16.801
Ин тадқиқот дар бораи геноми баландсифати аллотетраплоиди синтетикӣ, ки бо истифода аз гибридизатсияи байнинамудҳои байни бодиринг (C. sativus, 2n = 14) ва навъҳои хеши ваҳшии он (C. hystrix, 2n = 24) ва такроршавии минбаъдаи хромосомаҳо, ки аввалин бор аст, ба даст оварда шудааст, гузориш дод. аллополиплоиди синтетикии пурра пайдарпай.Ҷамъоварии геном ҷараёни кории пайдарпайии "PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina"-ро истифода бурд, ки дар натиҷа андозаи геном 530,8 Мб ва contig N50 = 6,5 Мб шуд.Хонишҳо ба 19 псевдохромосома ва субгеномҳо таъин карда шуданд.Натиҷаҳо нишон доданд, ки гибридизатсия, на такрори геном, боиси аксарияти тағироти геномӣ дар геномҳои ядроӣ ва cp мегардад.Он пешниҳод кард, ки гетерозиготи собит C.×hytivus-ро бо афзоиши мутобиқшавии стресс таъмин мекунад.Натиҷаҳо дар бораи эволютсияи полиплоидии растанӣ фаҳмиши нав фароҳам меоранд ва стратегияи перспективии парвариши зироатҳои ояндаро пешниҳод мекунанд.
4.Таҳлили муқоисавии геномӣ тавсеаи геномҳои транспозонӣ ва меъмории эволютсионии қабати 3D геномӣ дар пахтаро таъкид мекунад
Иншооти ҳамкорӣ: Донишгоҳи кишоварзии Хуажун
Маҷалла: Биологияи молекулавӣ ва эволютсия
Омили таъсир: 16.242
Ин лоиҳа Nanopore Sequencing-ро барои ҷамъ кардани геноми се намуди пахта истифода бурд: Gossypium rotundifolium (K2, андозаи геном = 2.44Гб, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, андозаи геном = 1.62Гб, contigN560M) ва. G. raimondii (D5, андозаи геном = 0,75 Гб, contigN50 = 17,04 Гб).Зиёда аз 99% ҳар се геном тавассути Hi-C ҷамъ карда шуданд.Натиҷаҳои таҳлили BUSCO мутаносибан 92,5%, 93,9% ва 95,4% мебошанд.Ҳамаи ин рақамҳо нишон доданд, ки се геномҳои ҷамъбастӣ истинод мебошанд.Таҳлили муқоисавии геном тафсилоти амплификацияи хоси ТЭ-ро, ки ба фарқиятҳои бузурги андозаи геном мусоидат мекунад, ҳуҷҷатгузорӣ карданд.Ин тадқиқот ба нақши тавсеаи геномҳои транспозонӣ дар эволютсияи сохтори хроматинии олӣ дар растаниҳо равшанӣ меандозад.
5. Ҷамъбасти миқёси хромосома ва таҳлили зироати биомассаи Miscanthus lutarioriparius геном
Муассисаи ҳамкорӣ: Маркази CAS барои аъло дар илмҳои молекулавии растаниҳо
Маҷалла: Табиат коммуникатсия
Омили таъсир: 14.912
Ин лоиҳа дар бораи маҷмӯи миқёси хромосомаҳои геномҳои Miscanthus lutarioriparius тавассути омезиши пайдарпайии Оксфорд Нанопор ва технологияҳои Hi-C гузориш дод.Маҷмӯи 2,07 Гб 96,64% геномро дар бар мегирад, ки контиг N50 аз 1,71 Мб аст.Тақрибан 94,30% пайдарпайии умумӣ ба 19 псевдохромосома пайваст карда шудаанд.Тавассути муқоиса бо пайдарпаии BAC, арзёбии LAI, арзёбии BUSCO, аз нав васлкунӣ бо маълумоти NGS, аз нав васл кардани маълумоти транскриптомӣ, геном ҳамчун сифати баланд ва муттасил арзёбӣ карда шуд.Пайдоиши аллотетраплоиди M. lutarioriparius бо истифода аз такрори моҳвораии сентромерӣ тасдиқ карда мешавад.Генҳои такрории тандемии M. lutarioriparius функсионалӣ на танҳо аз ҷиҳати вокуниш ба стресс, балки биосинтези девори ҳуҷайра ғанӣ шудаанд.Эҳтимол нусхаҳои ген дар фотосинтези C4 нақш мебозанд ва дар ҳарорати паст ба фотосинтези Miscanthus C4 мусоидат мекунанд.Тадқиқот барои омӯзиши растаниҳои бисёрсола маълумотномаи муҳим дод.
6.Ассамблеяи геномҳои сатҳи хромосомаи Camptotheca acuminata дар бораи пайдоиши эволютсионии биосинтези камптотецин маълумот медиҳад
Муассисаи ҳамкорӣ: Донишгоҳи Сичуан
Маҷалла: Табиат коммуникатсия
Омили таъсир: 14.912
Ин лоиҳа дар бораи маҷмӯи геномҳои сатҳи баландсифати C. acuminata бо андозаи геноми 414,95 Мб ва contingN50 1,47 Мб хабар дод.Мо дарёфтем, ки C. acuminata такроршавии мустақили геномро аз сар мегузаронад ва генҳои сершуморе, ки аз он бармеоянд, ба биосинтези камптотецин алоқаманданд.Тафовути функсионалии гени LAMT ва эволютсияи мусбати ду гени SLAS, аз ин рӯ, ҳарду ба биосинтези камптотецин дар C. acuminata мусоидат карданд.Натиҷаҳо аҳамияти маҷмӯи геномҳои баландсифатро дар муайян кардани тағироти генетикӣ дар пайдоиши эволютсионии метаболити дуюмдараҷа таъкид карданд.
7.Геноме, ки аз рӯи аллел муайян карда шудааст, ҳангоми эволютсияи кассава фарқияти биаллеликиро ошкор мекунад
Муассисаи ҳамкорӣ: Академияи илмҳои кишоварзии тропикии Чин
Маҷалла: Молекулярная завод
Омили таъсир: 13.162
Ин лоиҳа як геноми истинод барои маниок бо contigN50 1.1Mb бо истифода аз платформаи пайдарпайии Pacific Biosciences (PacBio) ҷамъ овард.Пас аз арзёбӣ аз ҷониби BUSCO, индекси LAI ва харитаи генетикии зичии баланд, геноми ҷамъшуда ҳамчун дараҷаи референс тасдиқ карда мешавад.Минтақаҳои зиёдатӣ муайян карда шуданд ва контигҳо ба 18 псевдохромосома бо истифода аз пайвандҳои Hi-C пайваст карда шуданд.Ин геноми истинодҳои босифат ва аллелӣ барои маниок барои муайян кардани би-аллелҳои гуногун дар хромосомаҳои гомологӣ арзишманд буда, имкон медиҳад, ки тафриқа ва ифодаи бартарияти би-аллелҳо ва қувваҳои асосии эволютсионии онҳо таҳқиқ карда шаванд.Он ба стратегияҳои навоварии парвариш дар маниок ва дигар зироатҳои хеле гетерозигота мусоидат кард.
8. Андешаҳои геномӣ дар бораи афзоиши босуръати пауловнияҳо ва ташаккули ҷорӯби ҷодугарони Пауловния
Иншооти ҳамкорӣ: Донишгоҳи кишоварзии Ҳенан
Маҷалла: Молекулярная завод
Омили таъсир: 13.162
Ин лоиҳа як геноми баландсифати ядроии Paulownia fortunei, ки андозаи 511,6 Мб мебошад, бо 93,2% пайдарпайҳо ба 20 псевдохромосома пайваст карда шудааст.Самаранокии баландтари фотосинтетикӣ тавассути ҳамгироии фотосинтези C3 ва роҳи мубодилаи кислотаи крассула ба даст оварда мешавад, ки метавонад ба одати хеле босуръати дарахтони пауловния мусоидат кунад.Пайдарбандии иловагии геноми фитоплазмаи PaWB, дар якҷоягӣ бо таҳлилҳои функсионалӣ, нишон дод, ки эффектори PaWB-SAP54 мустақиман бо Paulownia PfSPLa ҳамкорӣ мекунад, ки дар навбати худ боиси таназзули PfSPLa бо роҳи миёнаравии ubiquitin мегардад ва боиси ташаккули ҷорӯби ҷодугарон мегардад.Маълумотҳо дар бораи биологияи пауловнияҳо ва механизми танзими ташаккули PWB маълумотҳои муҳим доданд.
Геномҳои ҳайвонот - Фаҳмиши амиқи эволютсияи намудҳо
1.Геноми Nautilus pompilius эволютсияи чашм ва биоминерализмро равшан мекунад
Муассисаи ҳамкорӣ: Институти уқёнусшиносии баҳри ҷанубии Чин, CAS
Маҷалла: Экологияи табиӣ ва эволютсия
Омили таъсир: 15.462
Ин лоиҳа як геноми мукаммалро барои Nautilus pompilius пешниҳод кард.Он дорои геноми минималистӣ дар байни сефалоподҳои пайдарпай, ки 730,58 Мб бо contigN50 = 1,1 Мб аст.Натиҷаи арзёбии BUSCO 91,31% аст.Дар якҷоягӣ бо транскриптом, протеом, оилаи генҳо ва таҳлили филогенетикӣ, ин геном дар бораи навовариҳои сефалопод, аз қабили чашми сӯрох ва биоминерализатсия маълумотномаи бунёдӣ дод.Тадқиқот нишон дод, ки зарар ба пуррагии кластери генҳои Хокс метавонад бо нопадид шудани пӯсти моллюскҳо алоқаманд бошад.Муҳим он аст, ки навовариҳои сершумори геномӣ, аз ҷумла талафоти генҳо, ихтисоршавии мустақил ва тавсеаи оилаҳои генҳои мушаххас ва шабакаҳои танзимкунандаи онҳо эҳтимолан эволютсияи чашми сӯрохи наутилусро ба вуҷуд овардаанд.Геномҳои nautilus як манбаи арзишманд барои барқарор кардани сенарияҳои эволютсионӣ ва навовариҳои геномӣ буд, ки сефалоподҳои мавҷударо ташаккул медиҳанд.
2.Таҳлили геномҳои Seadragon дар бораи фенотип ва макони муайянкунии ҷинси он маълумот медиҳад
Муассисаи ҳамкорӣ: Институти уқёнусшиносии баҳри ҷанубии Чин, CAS
Маҷалла: Пешрафтҳои илм
Омили таъсир: 14.132
Лоиҳаи мазкур геномҳои мардона ва занонаи баҳри оддӣ (Phyllopteryx taeniolatus) ва навъҳои ба ҳам наздики он, моҳии аллигатор (Syngnathoides biaculeatus) -ро де-ново-пайдабандӣ мекунад.Андозаи геном барои Phyllopteryx taeniolatus ~659 Mb（♂） ва ~663 Mb（♀）, бо контигN50 аз 10,0Мб ва 12,1мб.андозаи геном барои Phyllopteryx taeniolatus 637 Мб（♂）ва ~648 Мб（♀） бо контигN50 аз 18.0Мб ва 21.0Мб.Тавассути таҳлили филогенетикӣ, моҳии аждаҳои маъмулӣ ва аллигатори лӯбиёӣ хоҳар таксони Syngnathinae мебошанд ва тақрибан 27,3 миллион сол пеш аз ҳам ҷудо шудаанд.Профилҳои транскрипсия аз як навоварии эволютсионӣ, замимаҳои баргемонанд нишон медиҳанд, ки маҷмӯи генҳо, ки маъмулан дар рушди финҳо иштирок мекунанд, якҷоя интихоб шудаанд ва инчунин ғанисозии транскриптҳо барои таъмири эҳтимолии бофтаҳо ва генҳои муҳофизати масуният.Локуси тахминии муайянкунандаи ҷинс муайян карда шуд, ки як гени мушаххаси amhr2y-и мардонаро рамзгузорӣ мекунад, ки аз ҷониби моҳии моҳии маъмули баҳрӣ ва аллигатор муштараканд.Ин лоиҳа далелҳои муҳимро барои омӯзиши эволютсияи мутобиқшавӣ пешниҳод кард.
Вақти фиристодан: сентябр-19-2022