GWAS
Сарлавҳа: Тағйирёбии геномҳои пурра пайдоиши Brassica napus ва макони генетикиро, ки дар такмили он иштирок мекунанд, ошкор мекунад
Журнал: Муоширати табиат
NGS |WGS |Бозгаштан |GWAS |Транскриптом |RNAseq |Brassica napus |Эволютсия |Дохилшавӣ
Дар ин таҳқиқот, Biomarker Technologies хидматҳоро оид ба пайдарпайии NGS ва инчунин дастгирии техникӣ оид ба таҳлили биоинформатика оид ба маълумотҳои пайдарпай пешниҳод кардааст.
Замина
Брассика напус(рапс) як зироати муҳими равгандор ва намунаи олиҷаноб барои таҳқиқи равандҳои хосият, эволютсия ва селекцияи полиплоидҳо мебошад.Бо вуҷуди ин, оё навъҳои ваҳшӣ ё донорҳои хонагӣ насли волидайн ва генҳо буданд, ки ба хонагӣ ва беҳбудии рапс саҳм гузоштаанд, то ҳол маълум нест.
Мавод ва усул
Маводҳо:588B. napusДар ин таҳқиқот ҳамроҳшавӣ ҷалб карда шуданд, аз ҷумла 466 нафар аз Осиё, 102 нафар аз Аврупо, 13 нафар аз Амрикои Шимолӣ ва 7 нафар аз Австралия.Дар асоси сабтҳои одати афзоиш, ин маводҳо ба се экотип тақсим карда шуданд;баҳор (86 ҳамроҳшавӣ), зимистон (74 ҳамроҳ) ва нимзимистон (428 ҳамроҳ).
пайдарпай:Ба ҳисоби миёна тақрибан.5× (аз 3,37× то 7,71×)
Платформаи пайдарпайӣ:Illumina Hiseq 4000
Истеҳсоли маълумот:4.03 Tb маълумоти тоза
Занг ба SNP:BWA + GATK.5,294,158 SNP ва 1,307,151 InDels ба даст оварда шуданд.
Натиҷаҳо
Пайдоиши B. napus
B. napusЗергеном аз аҷдодони шалғамҳои аврупоӣ пайдо шудааст.Ҳодисаи ҷараёни ген аз шалғам Аврупо баB. napus Зергеном ~ 106-1170 сол пеш рух дод.B. napusСубгеноми C метавонад аз аҷдодони умумии ин наслҳо пайдо шуда бошад.АҷдодониB. napusаз аҷдоди умумии чор зернамуди B. oleracea бо ҷараёни генҳои охирин баB. napus~108-898 сол пеш.B. napusSubgenome C нисбат ба A Subgenome пайдоиши мураккабтар дорад.Дар давоми ду зергеном як монеаи қавӣ ба вуҷуд омадаастB. napusэволютсия.Зимистон ва ним зимистонB. napusэкотипҳо ~ 60 сол пеш аз ҳам ҷудо шуданд, дар ҳоле ки зимистон ва баҳорB. napus~416 сол пеш аз хам чудо шуда, зироатхои равгандор ва гайриравгандинандB. napus~ 277 сол пеш аз ҳам ҷудо шуд.
Расми 2 Сохтори аҳолии 588 B. napus ва 199 ҳамроҳшавии B. rapa.
Расми 3 Сохтори аҳолии 588 ҳамроҳшавии B. napus ва 119 ҳамроҳшавии B. oleracea
Сигналҳои интихоб ва таҳқиқоти ассотсиатсияи геномӣ.
Дар марҳилаи аввали такмилдиҳӣ (FSI) дар зергеноми B. napus C назар ба зергеноми А, гуногунии бештари генетикӣ гум шуд.Дар давраи FSI нисбат ба марҳилаи дуюми такмилдиҳӣ (SSI) фарқияти камтари генетикӣ рух дод.Генҳо дар минтақаҳои сигнали интихобии SSI дар таҳаммулпазирии стресс, рушд ва роҳҳои мубодилаи моддаҳо бой шуданд.60 локи ба таври назаррас бо 10 аломати мақсаднок алоқаманд муайян карда шуд, аз ҷумла 5 ба ҳосилнокии тухмӣ, 3 ба дарозии силикӣ, 4 ба таркиби равған ва 48 ба сифати тухмӣ.
Расми 4 Сканкунии геномӣ ва эзоҳҳои минтақаҳои интихобшуда дар давоми SSI аз B. napus
Таҳлили транскриптом
Маълумоти RNAseq дар бораи 11 бофта аз навъҳои дорои равғани баланд ва дукарата паст ва генҳои дорои миқдори ками равған ва дучандон баланд, ки генҳои марбут ба раванди биосинтетикии глюкозаи глюкоза алоқаманданд, хеле зиёд муаррифӣ карда шуданд.
Расми 5 Баррасии танзими давраи гулкунӣ бо интихоби беҳтаршавии экотипи B. napus
Муҳокима
Ин тадқиқот барои фаҳмидани таърихи пайдоиш ва такмили он манбаи арзишманд фароҳам овардB. napusва ба ЧУДО кардани асосхои генетикии хислатхои мухимми комплексии агрономй мусоидат мекунад.SNP-ҳои назаррасе, ки бо вариантҳои мусоид, сигналҳои интихобӣ ва генҳои номзад алоқаманданд, дар оянда, махсусан дар беҳтар кардани ҳосил, сифати тухмӣ, миқдори равған ва мутобиқшавии ин зироати охирини аллополиплоид ва хешовандони он саҳм хоҳанд дошт.
Истинод
Тағйирёбии тамоми геном пайдоиши Brassica napus ва макони генетикиро, ки дар такмили он иштирок мекунанд, ошкор мекунад [J].Муоширати табиат, 2019, 10(1).
Хабарҳо ва рӯйдодҳои муҳим Ҳадафи мубодилаи ҳолатҳои муваффақи охирин бо Biomarker Technologies, ба даст овардани дастовардҳои илмии нав ва инчунин усулҳои барҷастае, ки дар рафти омӯзиш истифода мешаванд.
Вақти фиристодан: январ-05-2022