Генотипгузории баландсуръат, махсусан дар миқёси калон, як қадами бунёдӣ дар омӯзиши ассотсиатсияи генетикӣ мебошад, ки барои кашфи генҳои функсионалӣ, таҳлили эволютсионӣ ва ғайра заминаи генетикӣ фароҳам меорад. ) барои кам кардани арзиши пайдарпайии як намуна, дар ҳоле ки самаранокии оқилона дар кашфи аломатҳои генетикӣ нигоҳ дошта мешавад.Ин одатан тавассути истихроҷи порчаи маҳдудкунӣ дар доираи андозаи додашуда ба даст оварда мешавад, ки китобхонаи камкардашудаи намояндагӣ (RRL) номида мешавад.Пайдарпаии фрагментҳои пурқувватшудаи мушаххаси макон (SLAF-Seq) як стратегияи мустақилона барои кашфи SNP ва генотипсозии SNP дар популятсияҳои калон мебошад.
Раванди кории техникӣ
SLAF против усулҳои мавҷудаи RRL
Афзалиятҳои SLAF
Самаранокии баланди кашфи маркерҳои генетикӣ- Дар якҷоягӣ бо технологияи пайдарпайии баландсуръат, SLAF-Seq метавонад садҳо ҳазор барчаспҳои дар тамоми геном кашфшударо ба даст орад, то дархости лоиҳаҳои тадқиқотии гуногунро бо геноми истинод ё бидуни он иҷро кунад.
Тарҳи таҷрибавии фармоишӣ ва чандир- Барои ҳадаф ё намудҳои гуногуни тадқиқот, стратегияҳои гуногуни ҳозимаи ферментативӣ мавҷуданд, аз ҷумла ҳозимаи як-ферментӣ, ду-ферментӣ ва бисёрферментӣ.Стратегияи ҳозима дар силико пешакӣ арзёбӣ карда мешавад, то тарҳи оптималии ферментро таъмин кунад.
Самаранокии баланд дар ҳозима ферментативӣ- Ҳазми ферментативии қаблан тарҳрезишуда SLAF-ҳои баробартар тақсимшударо дар хромосома таъмин мекунад.Ҷамъоварии фрагментҳо самаранок метавонад ба зиёда аз 95% ноил шавад.
Аз пайдарпайии такрорӣ худдорӣ кунед– Фоизи пайдарпайии такрорӣ дар маълумоти SLAF-Seq то камтар аз 5% кам карда мешавад, махсусан дар намудҳое, ки сатҳи баланди унсурҳои такроршаванда ба монанди гандум, ҷуворимакка ва ғ.
Ҷараёни кории биоинформатикии худ таҳияшуда- BMK ҷараёни кории ҳамгирошудаи биоинформатикиро таҳия кард, ки ба технологияи SLAF-Seq татбиқ мешавад, то эътимоднокӣ ва дақиқии натиҷаи ниҳоӣ таъмин карда шавад.
Татбиқи SLAF
Харитаи алоқаи генетикӣ
Сохтани харитаи генетикии зичии баланд ва муайян кардани локусҳо, ки аломатҳои навъи гул дар Хризантема (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Маҷалла: Тадқиқоти боғдорӣ Нашр шудааст: 2020.7
GWAS
Муайян кардани гени номзаде, ки бо мундариҷаи изофавон дар тухми лӯбиё бо истифода аз ассотсиатсияи геномӣ ва харитасозии пайванд алоқаманд аст
Маҷалла: Маҷаллаи растанӣ Нашр шудааст: 08.08.2020
Генетикаи эволютсионӣ
Таҳлили геномии аҳолӣ ва маҷлиси де-ново пайдоиши биринҷи алафҳои бегонаро ҳамчун бозии эволютсионӣ нишон медиҳанд
Маҷалла: Молекулярии растанӣ нашр шуд: 2019.5
Таҳлили васеъи сегрегантӣ (BSA)
GmST1, ки сульфотрансферазаро рамзгузорӣ мекунад, муқовиматро ба штаммҳои вируси мозаикаи лубиёи G2 ва G3 медиҳад
Маҷалла: Растаниҳо, ҳуҷайраҳо ва муҳити зист Нашр шудааст: 2021.04
Истинод
Sun X, Liu D, Zhang X, ва дигарон.SLAF-Seq: як усули самараноки кашфи миқёси калон ва генотипсозии SNP бо истифода аз пайдарпайии баландсуръат [J].Plos one, 2013, 8 (3): e58700
Суруди X, Xu Y, Gao K, ва дигарон.Сохтани харитаи генетикии зичии баланд ва муайян кардани маҳалҳои назораткунандаи аломатҳои гул дар Хризантема (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Ву Д, Ли Д, Чжао X ва дигарон.Муайян кардани гени номзаде, ки бо мундариҷаи изофлавон дар тухми лӯбиё бо истифода аз ассотсиатсияи геномӣ ва харитасозии пайванд алоқаманд аст.Заводи Ҷ. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Таҳлили геномии популятсия ва Ассамблеяи Де Ново пайдоиши Райси бегонаро ҳамчун бозии эволютсионӣ ошкор мекунад.Заводи Мол.2019;12(5):632-647.Заводи Мол.2018;11 (11): 1360-1376.
Чжао X, Цзин Ю, Луо З ва дигарон.GmST1, ки сульфотрансферазаро рамзгузорӣ мекунад, муқовиматро ба штаммҳои вируси мозаикаи лубиёи G2 ва G3 медиҳад.Муҳити ҳуҷайраҳои растанӣ.2021;10.1111/с.14066
Вақти фиристодан: январ-04-2022