Пайдарпаии метагеномӣ-Нанопур
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
● Ҷамъоварии сифати баланд - Баланд бардоштани дақиқии муайянкунии намудҳо ва пешгӯии генҳои функсионалӣ
● Изолятсияи пӯшидаи геноми бактериявӣ
● Истифодаи пурқувваттар ва боэътимод дар соҳаҳои гуногун, масалан, ошкор кардани микроорганизмҳои патогенӣ ё генҳои муқовимат ба антибиотикҳо
● Таҳлили муқоисавии метагеном
Мушаххасоти хадамот
| Платформа | пайдарпай | Маълумоти тавсияшуда | Вақти гардиш |
| Нанопора | ОНТ | 6 Г/10 Г | 65 рӯзи корӣ |
Таҳлили биоинформатика
● Назорати сифати маълумоти хом
● Маҷмаи метагеном
● Маҷмӯи генҳои зиёдатӣ ва эзоҳ
● Таҳлили гуногунии намудҳо
● Таҳлили гуногунии функсияҳои генетикӣ
● Таҳлили байни гурӯҳҳо
● Таҳлили ассотсиатсия бар зидди омилҳои таҷрибавӣ
Талаботи намунавӣ ва интиқол
Талаботи намунавӣ ва интиқол
Талаботи намунавӣ:
БароиИқтибосҳои ДНК:
| Намунаи намуна | Маблағ | Консентратсияи | Покӣ |
| Иқтибосҳои ДНК | 1-1,5 мкг | ＞ 20 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Барои намунаҳои муҳити зист:
| Навъи намуна | Тартиби тавсияшудаи интихоб |
| Хок | Миқдори намуна: тақрибан.5 г;Моддаи хушкшудаи боқимонда бояд аз рӯи замин хориҷ карда шавад;Порчаҳои калонро майда карда, аз филтри 2 мм гузаред;Намунаҳои аликвот дар қубури хушкидаи EP ё cyrotube барои фармоиш. |
| Наҷосат | Миқдори намуна: тақрибан.5 г;Намунаҳоро дар қубури хушкида ё криотубка барои фармоиш ҷамъоварӣ ва аликвот кунед. |
| Мазмуни рӯда | Намунаҳоро дар ҳолати асептикӣ коркард кардан лозим аст.Бофтаи ҷамъшударо бо PBS бишӯед;PBS-ро центрифуга кунед ва боришотро дар қубурҳои EP ҷамъ кунед. |
| лой | Миқдори намуна: тақрибан.5 г;Намунаи лойро дар қубури безараргардонии EP ё криотубка барои фармоиш ҷамъоварӣ ва аликвот кунед |
| Ҳаҷми об | Барои намуна бо миқдори маҳдуди микробҳо, ба монанди оби лӯла, оби чоҳ ва ғайра, ҳадди аққал 1 л об ҷамъ кунед ва аз филтри 0,22 мкм гузаред, то микробҳоро дар мембрана ғанӣ созед.Мембранаро дар найчаи стерилизатсияшуда нигоҳ доред. |
| Пӯст | Сатҳи пӯстро бо тампони пахтаи безарар ё теғи ҷарроҳӣ бодиққат пошед ва онро дар найчаи безарар ҷойгир кунед. |
Интиқоли намунаи тавсияшуда
Намунаҳоро дар нитрогени моеъ барои 3-4 соат ях кунед ва дар нитрогени моеъ ё -80 дараҷа то захираи дарозмуддат нигоҳ доред.Интиқоли намуна бо яхи хушк лозим аст.
Раванди кори хидмат
Интиқоли намуна
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
1.Харитаи гармӣ: Гурӯҳбандии сарватҳои намудҳо
2.Генҳои функсионалӣ, ки ба роҳҳои метаболикии KEGG шарҳ дода шудаанд
3.Шабакаи коррелятсияи намудҳо
4.Circos аз генҳои муқовимат антибиотик CARD
Парвандаи BMK
Метагеномикаи нанопора имкон медиҳад, ки ташхиси фаврии клиникии сирояти бактериявии роҳи нафаскашии поёни
Нашр шудааст:Биотехнологияи табиат, 2019
Нишондодҳои техникӣ
Пайдарпайкунӣ: Nanopore MinION
Биоинформатикаи метагеномикаи клиникӣ: камшавии ДНК мизбон, таҳлили WIMP ва ARMA
Муайянкунии зуд: 6 соат
Ҳассосияти баланд: 96,6%
Натиҷаҳои асосӣ
Дар соли 2006, сирояти роҳҳои поёнии нафас (LR) дар саросари ҷаҳон 3 миллион нафарро ба ҳалокат расонд.Усули маъмулии ошкор кардани патогени LR1 парвариш аст, ки ҳассосияти паст дорад, вақти тӯлонӣ ва набудани роҳнамо дар табобати барвақти антибиотик мебошад.Ташхиси зуд ва дақиқи микробҳо кайҳо боз як ниёзи фаврӣ буд.Доктор Ҷастин аз Донишгоҳи Шарқи Англия ва шарикони ӯ бомуваффақият як усули метагеномии дар нанопур асосёфтаро барои ошкор кардани патоген таҳия карданд.Мувофиқи ҷараёни кори онҳо, 99,99% ДНК-и мизбон метавонад тамом шавад.Муайян кардани микроорганизмҳо ва генҳои ба антибиотик тобоварро дар 6 соат анҷом додан мумкин аст.
Истинод
Чаралампус, Т., Кей, ГЛ, Ричардсон, Х., Айдин, А., О'Грейди, Ҷ.(2019).Метагеномикаи нанопора имкон медиҳад, ки ташхиси фаврии клиникии сирояти бактериявии роҳи нафаскашии поёни.Биотехнологияи табиат, 37(7), 1.
