Ассамблеяи Геном дар асоси Hi-C
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
Баррасии Hi-C
(Либерман-Айден Э ва дигарон,Илм, 2009)
● Эҳтиёҷе ба сохтани популятсияи генетикӣ барои лангари контиг;
● Зичии баландтари маркер, ки боиси баланд шудани таносуби лангари контигҳо дар зиёда аз 90% мешавад;
● Баҳодиҳӣ ва ислоҳи ассамблеяҳои геномҳои мавҷударо имкон медиҳад;
● Мӯҳлати кӯтоҳтари гардиш бо дақиқии баландтар дар ҷамъбасти геном;
● Таҷрибаи фаровон бо зиёда аз 1000 китобхонаҳои Hi-C, ки барои зиёда аз 500 намуд сохта шудаанд;
● Зиёда аз 100 парвандаҳои бомуваффақият бо ҷамъовардаи импакт-фактори нашршуда зиёда аз 760;
● Ассотсиатсияи геномҳои Hi-C барои геномҳои полиплоид, дар лоиҳаи қаблӣ сатҳи лангарӣ 100% ба даст оварда шуд;
● Патентҳои дохилӣ ва ҳуқуқи муаллифии нармафзор барои таҷрибаҳои Hi-C ва таҳлили додаҳо;
● Нармафзори визуалии танзими додаҳои худтаҳияшуда, имкон медиҳад блоки дастӣ интиқол, баргардонидан, бозхонд ва дубора иҷро кунад.
Мушаххасоти хадамот
|
Навъи китобхона
|
Платформа | Дарозии хондан | Стратегияро тавсия диҳед |
| Салом Ц | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Таҳлили биоинформатика
● Назорати сифати маълумоти хом
● Назорати сифати китобхонаи Hi-C
● Маҷмаи геномӣ дар асоси Hi-C
● Арзёбии пас аз монтаж
Талаботи намунавӣ ва интиқол
Талаботи намунавӣ:
| Ҳайвон | Занбӯруғ | Растаниҳо
|
| Бофтаи яхкардашуда: 1-2г барои як китобхона Чашмакҳо: 1x 10^7 ячейка барои як китобхона | Бофтаи яхкардашуда: 1г барои як китобхона | Бофтаи яхкардашуда: 1-2г барои як китобхона
|
| *Мо тавсия медиҳем, ки ҳадди аққал 2 аликвот (ҳар кадом 1 г) барои таҷрибаи Hi-C фиристед. | ||
Интиқоли намунаи тавсияшуда
Контейнер: 2 мл найчаи центрифуга (фолгаи тунука тавсия дода намешавад)
Барои аксари намунаҳо тавсия медиҳем, ки дар этанол нигоҳ дошта нашавад.
Тамғагузории намуна: Намунаҳо бояд ба таври возеҳ тамғагузорӣ карда шаванд ва ба варақаи иттилоотии намунаи пешниҳодшуда шабеҳ бошанд.
Интиқол: хушк-ях: Намунаҳои бояд аввал дар халтаҳои бастабандишуда ва дар ях хушк дафн.
Раванди кори хидмат
Тарҳрезии таҷриба
Интиқоли намуна
истихроҷи ДНК
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
*Натиҷаҳои намоишӣ, ки дар ин ҷо нишон дода шудаанд, ҳама аз геномҳои бо Biomarker Technologies нашршуда мебошанд
1.Харитаи гармии мутақобилаи Hi-C азCamptotheca acuminataгеном.Тавре ки дар харита нишон дода шудааст, шиддатнокии таъсири мутақобила бо масофаи хатӣ ба таври манфӣ алоқаманд аст, ки маҷмӯи хеле дақиқи хромосомаҳоро нишон медиҳад.(Таносуби лангар: 96,03%)
Канг М ва дигарон,Муоширати табиат, 2021
2.Hi-C ба тасдиқи инверсияҳо дар байниGossypium hirsutumL. ТМ-1 А06 вадарахтзори ГЧр06
Янг З ва дигарон,Муоширати табиат, 2019
3.Ассамблея ва тафриқаи биаллелии геноми кассава SC205.Харитаи гармии Hi-C тақсимоти равшанро дар хромосомаҳои гомологӣ нишон медиҳад.
Ху В ва дигарон,Заводи молекулавӣ, 2021
4.Харитаи гармии Hi-C дар ду маҷмӯи геномҳои Ficus:F.microcarpa(таносуби лангар: 99,3%) ваF.hispida (таносуби лангар: 99,7%)
Чжан X ва дигарон,Ҳуҷайра, 2020
Парвандаи BMK
Геномҳои дарахти банян ва гардолудкунанда дар бораи эволютсияи анҷир маълумот медиҳанд
Нашр шудааст: Ҳуҷайра, 2020
Стратегияи пайдарпайӣ:
F. microcarpa геном: тақрибан.84 X PacBio RSII (36,87 Гб) + Hi-C (44 Гб)
F. hispidaгеном: тақрибан.97 X PacBio RSII (36,12 Гб) + Hi-C (60 Гб)
Eupristina verticillataгеном: тақрибан.170 X PacBio RSII (65 Гб)
Натиҷаҳои асосӣ
1.Ду геноми дарахти банян ва як геномҳои гардолудкунандаи ароба бо истифода аз Sequencing PacBio, Hi-C ва харитаи пайванд сохта шуданд.
(1)F. microcarpaгеном: Маҷмӯи 426 Мб (97,7% андозаи тахминии геном) бо контиг N50 аз 908 Кб, холҳои BUSCO 95,6% таъсис дода шуд.Дар маҷмӯъ 423 Мб пайдарпай ба 13 хромосома тавассути Hi-C пайваст карда шуданд.Аннотацияи геномӣ 29,416 генҳои сафедадорро дод.
(2)F. Hispidaгеном: Маҷмӯи 360 Мб (97,3% андозаи тахминии геном) бо контиг N50 аз 492 Kb ва холҳои BUSCO 97,4% ҳосил шуд.Ҳамагӣ 359 Мб пайдарпай дар 14 хромосома тавассути Hi-C пайваст карда шуданд ва ба харитаи пайвастагии зичии баланд хеле шабеҳанд.
(3)Eupristina verticillataгеном: Маҷмаи 387 Мб (Андозаи тахминии геном: 382 Мб) бо контиг N50 аз 3,1 Мб ва холҳои BUSCO 97,7% таъсис дода шуд.
2.Таҳлили муқоисавии геномикӣ шумораи зиёди тафовути сохтори байни дуро ошкор намудФикусгеномҳо, ки барои омӯзиши эволютсияи мутобиқшавӣ манбаи бебаҳои генетикӣ фароҳам оварданд.Ин тадқиқот, бори аввал, дар бораи коэволютсияи анҷир дар сатҳи геномӣ маълумот дод.
 Диаграммаи Circos оид ба хусусиятҳои геномии дуФикусгеномҳо, аз ҷумла хромосомаҳо, такрорҳои сегменталӣ (SD), транспозонҳо (LTR, TEs, DNA TEs), ифодаи генҳо ва синтения |  Муайян кардани хромосомаи Y ва ген номзади муайянкунии ҷинс |
Чжан, X. ва дигарон."Геномҳои дарахти Банян ва гардолудкунанда дар бораи эволютсияи анҷир-вас фаҳмиш медиҳанд."Ҳуҷайраи 183.4(2020).
