-
Пайдарпаии геномҳои растанӣ/ҳайвонот
De novoпайдарпайӣ ба сохтани тамоми геноми намудҳо бо истифода аз технологияҳои пайдарпайӣ, масалан, PacBio, Nanopore, NGS ва ғайра дар сурати мавҷуд набудани геноми истинод ишора мекунад.Такмили назарраси дарозии хониши технологияҳои пайдарпайии насли сеюм барои ҷамъ овардани геномҳои мураккаб, ба мисли гетерозиготаҳои баланд, таносуби баланди минтақаҳои такрорӣ, полиплоидҳо ва ғайра имкониятҳои нав фароҳам овард. Бо дарозии хониш дар сатҳи даҳҳо килобазҳо, ин хонданҳои пайдарпай имкон медиҳанд ҳалли унсурҳои такроршаванда, минтақаҳои дорои мундариҷаи ғайримуқаррарии GC ва дигар минтақаҳои хеле мураккаб.
Платформа: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000
-
Ассамблеяи Геном дар асоси Hi-C
Hi-C як усулест, ки барои гирифтани конфигуратсияи хромосомаҳо тавассути омезиши мутақобила дар асоси наздикӣ ва пайдарпайии баландсуръат тарҳрезӣ шудааст.Гумон меравад, ки шиддатнокии ин мутақобила бо масофаи физикӣ дар хромосомаҳо алоқамандии манфӣ дорад.Аз ин рӯ, маълумоти Hi-C метавонад гурӯҳбандӣ, тартиб ва ориентацияи пайдарпаии ҷамъшударо дар лоиҳаи геном ва пайваст кардани онҳо ба шумораи муайяни хромосомаҳо роҳнамоӣ кунад.Ин технология ба маҷмӯи геномҳои сатҳи хромосома имкон медиҳад, ки дар сурати мавҷуд набудани харитаи генетикии популятсия.Ҳар як геном ба Hi-C ниёз дорад.
Платформа: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Генетикаи эволютсионӣ
Генетикаи эволютсионалӣ як хидмати пайдарпайии бастабандӣ мебошад, ки барои пешниҳоди тафсири ҳамаҷонибаи иттилооти эволютсионии маводҳои додашуда дар асоси вариантҳои генетикӣ, аз ҷумла SNPs, InDels, SVs ва CNVs пешбинӣ шудааст.Он тамоми таҳлилҳои бунёдии заруриро барои тавсифи тағйироти эволютсионӣ ва хусусиятҳои генетикии популятсияҳо, аз қабили сохтори популятсия, гуногунии генетикӣ, муносибатҳои филогенӣ ва ғайра пешниҳод мекунад. Он ҳамчунин таҳқиқотро оид ба ҷараёни генҳо дар бар мегирад, ки баҳодиҳии самарабахши миқдори популятсия, вақти ҷудошавӣ имкон медиҳад.
-
Геномияи муқоисавӣ
Геномияи муқоисавӣ аслан маънои муқоисаи пайдарпаии пурраи геномҳо ва сохторҳои намудҳои гуногунро дорад.Ҳадафи ин фан ошкор кардани эволютсияи намудҳо, функсияи генҳо, механизми танзими генҳо дар сатҳи геном тавассути муайян кардани сохторҳои пайдарпай ва унсурҳое, ки дар байни намудҳои гуногун ҳифз шудаанд ё фарқ мекунанд.Омӯзиши маъмулии муқоисавии геномика таҳлилҳоро дар оилаи генҳо, рушди эволютсионӣ, такрори тамоми геномҳо, фишори интихобӣ ва ғайра дар бар мегирад.
-
Таҳлили васеъи сегрегант
Таҳлили васеъи сегрегантӣ (BSA) як усулест, ки барои зуд муайян кардани маркерҳои генетикии алоқаманд бо фенотип истифода мешавад.Ҷараёни асосии BSA интихоби ду гурӯҳи ашхос бо фенотипҳои ба ҳам мухолиф, муттаҳид кардани ДНК-и ҳама ашхос барои ташкили ду қисми асосии ДНК ва муайян кардани пайдарпайии дифференсиалӣ байни ду ҳавз иборат аст.Ин усул барои муайян кардани аломатҳои генетикӣ, ки бо генҳои мақсаднок дар геномҳои растанӣ/ҳайвонот сахт алоқаманданд, васеъ истифода шудааст.
