Дарозии пурраи mRNA пайдарпаии-нанопур
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
● Тағйирёбии пайдарпайии паст
● Ошкор кардани молекулаҳои пурраи cDNA
● Барои фарогирии як миқдори транскриптҳо маълумоти камтар лозим аст
● Муайян кардани изоформҳои сершумор дар як ген
● Миқдори ифода дар сатҳи изоформ
Мушаххасоти хадамот
| Китобхона | Платформа | Ҳосили тавсияшудаи маълумот (Гб) | Назорати сифат |
| cDNA-PCR (Poly-A ғанишуда) | Nanopore PromethION P48 | 6 Гб/намуна (вобаста ба намудҳо) | Таносуби дарозии пурра＞70% Холи миёнаи сифат: Q10
|
Таҳлили биоинформатика
●Коркарди маълумоти хом
● Шиносоии транскрипт
● Пайвасткунии алтернативӣ
● Миқдори ифода дар сатҳи ген ва сатҳи изоформ
● Таҳлили ифодаи дифференсиалӣ
● Аннотация ва ғанисозии функсия (DEGs ва DETs)
Талаботи намунавӣ ва интиқол
Талаботи намунавӣ:
Нуклеотидҳо:
| Консентрат (нг/мкл) | Миқдор (мкг) | Покӣ | Беайбӣ |
| ≥ 100 | ≥ 0,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Маҳдуд ё тамоман ифлосшавии протеин ё ДНК дар гел нишон дода шудааст. | Барои растаниҳо: RIN≥7,0; Барои ҳайвонот: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; маҳдуд ё набудани баландии ибтидоӣ |
Бофта: Вазн (хушк): ≥1 г
* Барои матоъҳои хурдтар аз 5 мг, мо тавсия медиҳем, ки намунаи бофтаи флешдор яхкардашуда (дар нитрогени моеъ) фиристед.
Боздоштани ҳуҷайраҳо: Шумораи ҳуҷайраҳо = 3 × 106- 1×107
*Мо тавсия медиҳем, ки лизати яхкардашудаи ҳуҷайраро интиқол диҳед.Дар ҳолате, ки ин ҳуҷайра аз 5×10 хурдтар бошад5, флеши дар нитрогени моеъ яхкардашуда тавсия карда мешавад, ки барои экстраксияи микро афзалтар аст.
Намунаҳои хун: Ҳаҷми ≥1 мл
Интиқоли намунаи тавсияшуда
Контейнер: 2 мл найчаи центрифуга (фолгаи тунука тавсия дода намешавад)
Тамғагузории намуна: Гурӯҳ+такрор, масалан, A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Интиқол: 2、Ях хушк: Намунаҳо бояд дар халтаҳо баста шаванд ва дар яхи хушк дафн карда шаванд.
- Намудҳои RNAstable: Намунаҳои РНК-ро дар найчаи устуворсозии РНК хушк кардан мумкин аст (масалан, RNAstable®) ва дар ҳарорати хона интиқол дода мешавад.
Раванди кори хидмат
Нуклеотидҳо:
Интиқоли намуна
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
Раванди кори хидмат
матоъ:
Тарҳрезии таҷриба
Интиқоли намуна
истихроҷи РНК
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
1.Таҳлили ифодаи дифференсиалӣ - Қитъаи вулқон
Таҳлили экспрессияи дифференсиалӣ метавонад ҳам дар сатҳи генҳо барои муайян кардани генҳои ба таври дифференсиалӣ ифодашуда (DEGs) ва дар сатҳи изоформ барои муайян кардани фарқият коркард карда шавад.
транскриптҳои баёншуда (DETs)
2.Харитаи гармии кластерҳои иерархӣ
3.Идентификатсия ва таснифоти алтернативии splicing
Панҷ намуди рӯйдодҳои алтернативии пайвастшавӣ аз ҷониби Astalavista метавонад пешгӯӣ карда шавад.
4.Муайян кардани рӯйдодҳои алтернативии поли-аденилизатсия (APA) ва Motif дар 50 бит дар болооби поли-А
Парвандаи BMK
Идентификатсияи алтернативии пайвастшавӣ ва миқдорӣ дар сатҳи изоформ тавассути пайдарпайии транскриптомии пурраи нанопур
Нашр шудааст:Муоширати табиат, 2020
Стратегияи пайдарпайӣ:
Гурӯҳбандӣ: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (мутация K700E);3. Ҳуҷайраҳои муқаррарии В
Стратегияи пайдарпайӣ: пайдарпаии китобхонаи MinION 2D, пайдарпайии китобхонаи PromethION 1D;маълумоти кӯтоҳмуддат аз ҳамон намунаҳо
Платформаи пайдарпайӣ: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;
Натиҷаҳои асосӣ
1.Идентификатсияи алтернативии изофӣ дар сатҳи изоформ
Пайдарпайвандҳои дарозмуддат ба муайян кардани мутант SF3B1 имкон медиҳандK700E- ҷойи тағирёбанда дар сатҳи изоформ.35 алтернативии 3′SS ва 10 алтернативии 5′SS муайян карда шуданд, ки дар байни SF3B1 ба таври назаррас ҷудо карда шудаанд.K700Eва SF3B1WT.Аз 35 тағирот 33-тои онҳо бо пайдарпаии тӯлонӣ хонда шуданд.
2.Сатҳи изоформаи алтернативии пайвасткунии миқдорӣ
Ифодаи изоформҳои нигоҳдории интрон (IR) дар SF3B1K700Eва SF3B1WTдар асоси пайдарпаии нанопораҳо миқдорашон муайян карда шуданд, ки танзими глобалии изоформаҳои IR дар SF3B1-ро ошкор карданд.K700E.
Истинод
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.Тавсифи пурраи транскрипти мутатсияи SF3B1 дар лейкемияи музмини лимфоситикӣ коҳиши танзими интронҳои нигоҳдошташударо [J] ошкор мекунад.Муоширати табиат.
