Генетикаи эволютсионӣ
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
Такаги ва дигарон,Журнали завод, 2013
● Ҳисоб кардани вақт ва суръати ҷудошавии намудҳо дар асоси тағирот дар сатҳи нуклеотидҳо ва аминокислотаҳо
● Ошкор кардани робитаи боэътимоди филогенетикӣ байни намудҳо бо таъсири камтарини эволютсияи конвергентӣ ва эволютсияи параллелӣ.
● Сохтани робитаҳо байни тағиротҳои генетикӣ ва фенотипҳо барои ошкор кардани генҳои марбут ба хислатҳо
● Баҳодиҳии гуногунии генетикӣ, ки потенсиали эволютсионии намудҳоро инъикос мекунад
● Вақти тезтар баргардонидан
● Таҷрибаи ғанӣ: BMK дар тӯли зиёда аз 12 сол дар лоиҳаҳои марбут ба популятсия ва эволютсия таҷрибаи зиёд ҷамъ оварда, садҳо намуд ва ғайраҳоро дар бар мегирад ва дар зиёда аз 80 лоиҳаҳои сатҳи баланд, ки дар Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal ва ғайра нашр шудаанд, саҳм гузоштааст.
Мушаххасоти хадамот
Маводҳо:
Одатан, ҳадди аққал се зерпопуляция (масалан, зернамудҳо ё штаммҳо) тавсия дода мешавад.Ҳар як зерпопуляция бояд на камтар аз 10 фард дошта бошад (Ристаниҳо ＞ 15, мумкин аст барои намудҳои нодир кам карда шаванд).
Стратегияи пайдарпайӣ:
* WGS метавонад барои намудҳо бо геноми истинодҳои баландсифат истифода шавад, дар ҳоле ки SLAF-Seq барои намудҳо бо геноми истинод ё бидуни геноми истинод ё геноми истинод аз сифати паст истифода мешавад.
| Ба андозаи геном татбиқ карда мешавад | WGS | SLAF-тегҳо (×10,000) |
| ≤ 500 Мб | 10 × / инфиродӣ | WGS бештар тавсия дода мешавад |
| 500 Мб - 1 Гб | 10 | |
| 1 Гб - 2 Гб | 20 | |
| ≥2 Гб | 30 |
Таҳлили биоинформатика
● Таҳлили эволютсионӣ
● Тозакунии интихобӣ
● Ҷараёни ген
● Таърихи демографӣ
● Вақти тафовут
Талаботи намунавӣ ва интиқол
Талаботи намунавӣ:
| Намудҳо | Матоъ | WGS-NGS | SLAF |
| Ҳайвон
| Бофтаи висцералӣ |
0,5~1г
|
0,5г
|
| Бофтаи мушакҳо | |||
| Хуни ширхӯрон | 1,5 мл
| 1,5 мл
| |
| Парранда/Хуни моҳӣ | |||
| Ниҳол
| Барги тару тоза | 1~2г | 0,5~1г |
| Гулбарг / поя | |||
| Реша / Тухм | |||
| Ҳуҷайраҳо | Ҳуҷайраи фарҳангӣ |
| гДНК | Консентратсияи | Маблағ (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1,6 | 1,6-2,5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0,1 | - |
Раванди кори хидмат
Тарҳрезии таҷриба
Интиқоли намуна
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
*Натиҷаҳои намоишӣ, ки дар ин ҷо нишон дода шудаанд, ҳама аз геномҳои бо BMKGENE нашршуда мебошанд
1.Таҳлили эволютсия сохтмони дарахти филогенетикӣ, сохтори популятсия ва PCA дар асоси вариантҳои генетикиро дар бар мегирад.
Дарахти филогенетикӣ муносибатҳои таксономӣ ва эволютсиониро байни намудҳо бо аҷдоди умумӣ ифода мекунад.
PCA ҳадафи визуалии наздикии байни зерпопуляцияҳо мебошад.
Сохтори популятсия мавҷудияти зерпопуляцияи аз ҷиҳати генетикӣ фарқкунандаро аз рӯи басомадҳои аллел нишон медиҳад.
Чен ва ғайра.ал.,PNAS, 2020
2. Тозакунии интихобӣ
Ҷустуҷӯи интихобӣ ба раванде дахл дорад, ки тавассути он як сайти муфид интихоб карда мешавад ва басомадҳои сайтҳои бетарафи алоқаманд зиёд ва сайтҳои бетараф кам карда мешаванд, ки дар натиҷа минтақавӣ коҳиш меёбад.
Муайян кардани геном дар минтақаҳои интихобӣ тавассути ҳисоб кардани индекси генетикии популятсия (π，Fst, Tajima's D) ҳамаи SNPҳо дар дохили равзанаи лағжиш (100 Кб) дар як қадами муайян (10 Кб) коркард карда мешавад.
Гуногунии нуклеотидҳо (π）
Тоҷима Д
Индекси фиксатсия (Fst)
Ву ва ғайра.ал.,Заводи молекулавӣ, 2018
3. Ҷараёни ген
Ву ва ғайра.ал.,Заводи молекулавӣ, 2018
4. Таърихи демографӣ
Чжан ва ғайра.ал.,Экология ва эволютсияи табиат, 2021
5. Вақти тафовут
Чжан ва ғайра.ал.,Экология ва эволютсияи табиат, 2021
Парвандаи BMK
Харитаи варианти геномӣ дар бораи асоси генетикии интихоби карами баҳории чинӣ (Brassica rapa ssp. Pekinensis) маълумот медиҳад.
Нашр шудааст: Заводи молекулавӣ, 2018
Стратегияи пайдарпайӣ:
Ҷудокунӣ: умқи пайдарпай: 10×
Натиҷаҳои асосӣ
Дар ин таҳқиқот, 194 карами чинӣ барои такрори пайдарпаӣ бо умқи миёнаи 10 × коркард карда шуд, ки 1,208,499 SNP ва 416,070 InDels ҳосил карданд.Тахлили филогенетикии ин 194 хат нишон дод, ки ин хатхоро ба се экотип, бахор, тобистон ва тирамох таксим кардан мумкин аст.Илова бар ин, сохтори аҳолӣ ва таҳлили PCA нишон дод, ки карами баҳории чинӣ аз карами тирамоҳӣ дар Шандуни Чин пайдо шудааст.Онҳо баъдан дар Корея ва Ҷопон ҷорӣ карда шуданд, бо хатҳои маҳаллӣ убур карданд ва баъзе навъҳои дер болтинги онҳо дубора ба Чин ворид карда шуданд ва дар ниҳоят карами баҳории чинӣ шуданд.
Сканкунии геномӣ дар карамҳои баҳории чинӣ ва карамҳои тирамоҳӣ ҳангоми интихоби сел 23 локуси геномиро ошкор карданд, ки аз интихоби қавӣ гузаштаанд, ки дутои онҳо бо минтақаи назорати вақти болтинг дар асоси харитасозии QTL такрор шудаанд.Дар ин ду минтақа генҳои калидӣ мавҷуданд, ки гулро танзим мекунанд, BrVIN3.1 ва BrFLC1.Ин ду ген минбаъд тавассути омӯзиши транскриптом ва таҷрибаҳои трансгенӣ дар вақти болтинг ҷалб карда шуданд.
 Таҳлили сохтори аҳолӣ дар карамҳои чинӣ |  Маълумоти генетикӣ дар бораи интихоби карами чинӣ |
Тонгбинг ва дигарон."Харитаи варианти геномӣ дар бораи асоси генетикии интихоби карами чинии баҳорӣ (Brassica rapa ssp.pekinensis) маълумот медиҳад."Растаниҳои молекулавӣ,11 (2018): 1360-1376.
