16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
● Хониши дарозмуддат, ки пайдарпаии пурраи 16S/18S/ITS-ро ошкор мекунад
● Зангҳои хеле дақиқи пойгоҳ бо пайдарпаии режими PacBio CCS
● Ҳалли сатҳи намудҳо дар шарҳи OTU/ASV
● Навтарин QIIME2 ҷараёни таҳлили ҷараён бо таҳлилҳои гуногун дар робита ба пойгоҳи додаҳо, шарҳҳо, OTU/ASV.
● Барои таҳқиқоти гуногуни ҷомеаи микробҳо татбиқ карда мешавад
● BMK дорои таҷрибаи васеъ бо зиёда аз 100,000 намунаҳо дар як сол, фарогирии хок, об, газ, лой, наҷосат, рӯдаҳо, пӯст, шўрбои ферментатсия, ҳашарот, растаниҳо ва ғайра мебошад.
● BMKCloud тафсири маълумотро осон кард, ки дорои 45 абзори инфиродии таҳлилӣ мебошад
Мушаххасоти хадамот
| пайдарпайПлатформа | Китобхона | Маълумоти тавсияшуда | Вақти гардиш |
| Пайванди PacBio II | занги SMRT | Барчаҳои 5К/10К/20К | 44 рӯзи корӣ |
Таҳлили биоинформатика
● Назорати сифати маълумоти хом
● Кластерсозии OTU/De-noise(ASV)
● Шарҳи OTU
● Гуногунии алфа
● Гуногунии бета
● Таҳлили байни гурӯҳҳо
● Таҳлили ассотсиатсия бар зидди омилҳои таҷрибавӣ
● Пешгӯии генҳои функсия
Талаботи намунавӣ ва интиқол
Талаботи намунавӣ:
БароиИқтибосҳои ДНК:
| Намунаи намуна | Маблағ | Консентратсияи | Покӣ |
| Иқтибосҳои ДНК | ＞ 1 мкг | ＞ 20 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Барои намунаҳои муҳити зист:
| Навъи намуна | Тартиби тавсияшудаи интихоб |
| Хок | Миқдори намуна: тақрибан.5 г;Моддаи хушкшудаи боқимонда бояд аз рӯи замин хориҷ карда шавад;Порчаҳои калонро майда карда, аз филтри 2 мм гузаред;Намунаҳои аликвот дар қубури стерилӣ ё cyrotube барои фармоиш. |
| Наҷосат | Миқдори намуна: тақрибан.5 г;Намунаҳоро дар қубури хушкида ё криотубка барои фармоиш ҷамъоварӣ ва аликвот кунед. |
| Мазмуни рӯда | Намунаҳоро дар ҳолати асептикӣ коркард кардан лозим аст.Бофтаи ҷамъшударо бо PBS бишӯед;PBS-ро центрифуга кунед ва боришотро дар қубурҳои EP ҷамъ кунед. |
| лой | Миқдори намуна: тақрибан.5 г;Намунаи лойро дар қубури безараргардонии EP ё криотубка барои фармоиш ҷамъоварӣ ва аликвот кунед |
| Ҳаҷми об | Барои намуна бо миқдори маҳдуди микробҳо, ба монанди оби лӯла, оби чоҳ ва ғайра, ҳадди аққал 1 л об ҷамъ кунед ва аз филтри 0,22 мкм гузаред, то микробҳоро дар мембрана ғанӣ созед.Мембранаро дар найчаи стерилизатсияшуда нигоҳ доред. |
| Пӯст | Сатҳи пӯстро бо тампони пахтаи безарар ё теғи ҷарроҳӣ бодиққат пошед ва онро дар найчаи безарар ҷойгир кунед. |
Интиқоли намунаи тавсияшуда
Намунаҳоро дар нитрогени моеъ барои 3-4 соат ях кунед ва дар нитрогени моеъ ё -80 дараҷа то захираи дарозмуддат нигоҳ доред.Интиқоли намуна бо яхи хушк лозим аст.
Раванди кори хидмат
Интиқоли намуна
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
1.Меъёри тавзеҳи профили ҷамоатҳои микробӣ дар асоси V3+V4(Illumina) дар муқоиса бо профили пурраи дарозмӯҳлат (PacBio).
(Маълумоти 30 лоиҳаи ба таври тасодуфӣ интихобшуда барои омор татбиқ карда шуданд)
2. Меъёри тавзеҳи пайдарпайии пурраи ампликон дар сатҳи намудҳо дар намудҳои гуногуни намуна
3. Тақсимоти намудҳо
4.Дарахти филогенетики
Парвандаи BMK
Гӯшдории мышьяк боиси вайрон шудани монеаи рӯда ва дар натиҷа фаъол шудани меҳвари рӯда-ҷигар мегардад, ки ба илтиҳоб ва пироптозии ҷигар дар мурғҳо оварда мерасонад.
Нашр шудааст:Илм дар бораи муҳити зист,2021
Стратегияи пайдарпайӣ:
Намунаҳо: Назорат ба гурӯҳи 8 мг/кг ATO дучоршуда
Ҳосили пайдарпайии маълумот: дар маҷмӯъ 102,583 пайдарпайии CCS хом
Назорат: 54,518 ± 747 CCS самаранок
ATO-ифшо: 45,050 ± 1675 CCS самаранок
Натиҷаҳои асосӣ
Гуногунии алфа:Таъсири ATO сарвати микробҳои рӯда ва гуногунрангии мурғҳоро ба таври назаррас тағйир дод.
Таҳлили метастатҳо:
Дар сатҳи филум: 2 филами бактерия танҳо дар гурӯҳҳои назоратӣ муайян карда мешавад
Дар сатҳи ҷинс: 6 насл дар фаровонии нисбӣ ба таври назаррас фарқ карданд
Дар сатҳи намудҳо: Ҳамагӣ 36 намуд муайян карда шудааст, ки 6-тои онҳо дар фаровонии нисбӣ ба таври назаррас фарқ мекунанд.
Истинод
Thingholm, LB ва дигарон."Шахсони фарбеҳ бо диабети навъи 2 ва бидуни он, қобилияти функсионалии микробҳои рӯда ва таркиби гуногунро нишон медиҳанд."Хости ҳуҷайра ва микроб26.2 (2019).
