16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
● Бе изолятсия ва зуд муайян кардани таркиби микробҳо дар намунаҳои муҳити зист
● Ҳалли баланд дар ҷузъҳои кам-фаровонӣ дар намунаҳои муҳити зист
● Навтарин QIIME2 ҷараёни таҳлили ҷараён бо таҳлилҳои гуногун дар робита ба пойгоҳи додаҳо, шарҳҳо, OTU/ASV.
● Маҳсулоти баланд, дақиқии баландтар
● Барои таҳқиқоти гуногуни ҷомеаи микробҳо татбиқ карда мешавад
● BMK дорои таҷрибаи васеъ бо зиёда аз 100,000 намунаҳо дар як сол, фарогирии хок, об, газ, лой, наҷосат, рӯдаҳо, пӯст, шўрбои ферментатсия, ҳашарот, растаниҳо ва ғайра мебошад.
● BMKCloud тафсири маълумотро осон кард, ки дорои 45 абзори инфиродии таҳлилӣ мебошад
Мушаххасоти хадамот
| пайдарпайПлатформа | Китобхона | Ҳосили тавсияшудаи маълумот | Вақти тахминии гардиш |
| Платформаи Illumina NovaSeq | PE250 | 50К/100К/300К Тегҳо | 30 рӯз |
Таҳлили биоинформатика
● Назорати сифати маълумоти хом
● Кластерсозии OTU/De-noise(ASV)
● Шарҳи OTU
● Гуногунии алфа
● Гуногунии бета
● Таҳлили байни гурӯҳҳо
● Таҳлили ассотсиатсия бар зидди омилҳои таҷрибавӣ
● Пешгӯии генҳои функсия
Талаботи намунавӣ ва интиқол
Талаботи намунавӣ:
БароиИқтибосҳои ДНК:
| Намунаи намуна | Маблағ | Консентратсияи | Покӣ |
| Иқтибосҳои ДНК | ＞ 30 нг | ＞ 1 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Барои намунаҳои муҳити зист:
| Навъи намуна | Тартиби тавсияшудаи интихоб |
| Хок | Миқдори намуна: тақрибан.5 г;Моддаи хушкшудаи боқимонда бояд аз рӯи замин хориҷ карда шавад;Порчаҳои калонро майда карда, аз филтри 2 мм гузаред;Намунаҳои аликвот дар қубури стерилӣ ё cyrotube барои фармоиш. |
| Наҷосат | Миқдори намуна: тақрибан.5 г;Намунаҳоро дар қубури хушкида ё криотубка барои фармоиш ҷамъоварӣ ва аликвот кунед. |
| Мазмуни рӯда | Намунаҳоро дар ҳолати асептикӣ коркард кардан лозим аст.Бофтаи ҷамъшударо бо PBS бишӯед;PBS-ро центрифуга кунед ва боришотро дар қубурҳои EP ҷамъ кунед. |
| лой | Миқдори намуна: тақрибан.5 г;Намунаи лойро дар қубури безараргардонии EP ё криотубка барои фармоиш ҷамъоварӣ ва аликвот кунед |
| Ҳаҷми об | Барои намуна бо миқдори маҳдуди микробҳо, ба монанди оби лӯла, оби чоҳ ва ғайра, ҳадди аққал 1 л об ҷамъ кунед ва аз филтри 0,22 мкм гузаред, то микробҳоро дар мембрана ғанӣ созед.Мембранаро дар найчаи стерилизатсияшуда нигоҳ доред. |
| Пӯст | Сатҳи пӯстро бо тампони пахтаи безарар ё теғи ҷарроҳӣ бодиққат пошед ва онро дар найчаи безарар ҷойгир кунед. |
Интиқоли намунаи тавсияшуда
Намунаҳоро дар нитрогени моеъ барои 3-4 соат ях кунед ва дар нитрогени моеъ ё -80 дараҷа то захираи дарозмуддат нигоҳ доред.Интиқоли намуна бо яхи хушк лозим аст.
Раванди кори хидмат
Интиқоли намуна
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
1. Тақсимоти намудҳо
2.Харитаи гармӣ: Гурӯҳбандии сарватҳои намудҳо
3.Каҷи фраксияи нодир
4. Таҳлили NMDS
5. Таҳлили Lefse
Парвандаи BMK
Шахсони фарбеҳ бо диабети навъи 2 ва бидуни он, қобилияти функсионалии микробҳои рӯда ва таркиби гуногун доранд
Нашр шудааст:Host Cell & Microbe, 2019
Стратегияи пайдарпайӣ:
Диабети лоғар (n=633);Фарбеҳии ғайридиабетӣ (n=494);Диабети навъи 2 (n=153);
Минтақаи мавриди ҳадаф: 16S rDNA V1-V2
Платформа: Illumina Miseq (пайдабандии ампликон дар асоси NGS)
Зер маҷмӯи иқтибосҳои ДНК ба пайдарпайии метагеномӣ дар Illumina Hiseq дучор шуданд
Натиҷаҳои асосӣ
Профилҳои микробҳои ин бемориҳои метаболикӣ бомуваффақият фарқ карда шуданд.
Бо муқоисаи хусусиятҳои микробие, ки дар натиҷаи пайдарпайии 16S тавлид шудаанд, фарбеҳӣ муайян карда шуд, ки бо тағирёбии таркиби микробҳо, хусусиятҳои инфиродӣ, махсусан коҳиши назарраси Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes ва ғайра алоқаманд аст. Илова бар ин, T2D бо афзоиши Escherichia/shigella пайдо шуд. .
Истинод
Thingholm, LB ва дигарон."Шахсони фарбеҳ бо диабети навъи 2 ва бидуни он, қобилияти функсионалии микробҳои рӯда ва таркиби гуногунро нишон медиҳанд."Хости ҳуҷайра ва микроб26.2 (2019).
