-
క్రోమాటిన్ ఇమ్యునోప్రెసిపిటేషన్ సీక్వెన్సింగ్ (ChIP-seq)
ChIP-Seq హిస్టోన్ సవరణ, ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్ కారకాలు మరియు ఇతర DNA-అనుబంధ ప్రోటీన్‌ల కోసం DNA లక్ష్యాల జన్యు-వ్యాప్త ప్రొఫైలింగ్‌ను అందిస్తుంది.ఇది నిర్దిష్ట ప్రోటీన్-DNA కాంప్లెక్స్‌లను పునరుద్ధరించడానికి క్రోమాటిన్ ఇమ్యునో-ప్రెసిపిటేషన్ (ChIP) ఎంపికను మిళితం చేస్తుంది, కోలుకున్న DNA యొక్క అధిక-నిర్గమాంశ సీక్వెన్సింగ్ కోసం తదుపరి తరం సీక్వెన్సింగ్ (NGS) శక్తితో ఉంటుంది.అదనంగా, ప్రోటీన్-DNA కాంప్లెక్స్‌లు సజీవ కణాల నుండి తిరిగి పొందబడినందున, బైండింగ్ సైట్‌లను వివిధ కణ రకాలు మరియు కణజాలాలలో లేదా వివిధ పరిస్థితులలో పోల్చవచ్చు.అప్లికేషన్‌లు ట్రాన్స్‌క్రిప్షనల్ రెగ్యులేషన్ నుండి డెవలప్‌మెంటల్ పాత్‌వేస్ వరకు డిసీజ్ మెకానిజమ్స్ మరియు అంతకు మించి ఉంటాయి.
ప్లాట్‌ఫారమ్: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ ప్లాట్‌ఫారమ్
-
మెటాజెనోమిక్ సీక్వెన్సింగ్ -NGS
మెటాజినోమ్ అనేది పర్యావరణ మెటాజినోమ్, హ్యూమన్ మెటాజినోమ్ మొదలైన జీవుల మిశ్రమ సంఘం యొక్క మొత్తం జన్యు పదార్ధాల సేకరణను సూచిస్తుంది. ఇది సాగు చేయదగిన మరియు సాగు చేయలేని సూక్ష్మజీవుల యొక్క జన్యువులను కలిగి ఉంటుంది.మెటాజెనోమిక్ సీక్వెన్సింగ్ అనేది పర్యావరణ నమూనాల నుండి సేకరించిన మిశ్రమ జన్యు పదార్థాలను విశ్లేషించడానికి ఉపయోగించే పరమాణు సాధనం, ఇది జాతుల వైవిధ్యం మరియు సమృద్ధి, జనాభా నిర్మాణం, ఫైలోజెనెటిక్ సంబంధం, ఫంక్షనల్ జన్యువులు మరియు పర్యావరణ కారకాలతో సహసంబంధ నెట్‌వర్క్‌లో వివరణాత్మక సమాచారాన్ని అందిస్తుంది.
వేదిక:ఇల్యూమినా నోవాసెక్ ప్లాట్‌ఫారమ్
-
మెటాజెనోమిక్ సీక్వెన్సింగ్-నానోపోర్
మెటాజెనోమిక్స్ అనేది పర్యావరణ నమూనాల నుండి సేకరించిన మిశ్రమ జన్యు పదార్థాలను విశ్లేషించడానికి ఉపయోగించే పరమాణు సాధనం, ఇది జాతుల వైవిధ్యం మరియు సమృద్ధి, జనాభా నిర్మాణం, ఫైలోజెనెటిక్ సంబంధం, ఫంక్షనల్ జన్యువులు మరియు పర్యావరణ కారకాలతో సహసంబంధ నెట్‌వర్క్ మొదలైన వాటిపై వివరణాత్మక సమాచారాన్ని అందిస్తుంది. నానోపోర్ సీక్వెన్సింగ్ ప్లాట్‌ఫారమ్‌లు ఇటీవల ప్రవేశపెట్టబడ్డాయి. మెటాజెనోమిక్ అధ్యయనాలకు.రీడ్ లెంగ్త్‌లో దాని అత్యుత్తమ పనితీరు ఎక్కువగా స్ట్రీమ్ మెటాజెనోమిక్ విశ్లేషణను మెరుగుపరిచింది, ముఖ్యంగా మెటాజినోమ్ అసెంబ్లీ.రీడ్-లెంగ్త్ యొక్క ప్రయోజనాలను తీసుకొని, నానోపోర్-ఆధారిత మెటాజెనోమిక్ అధ్యయనం షాట్-గన్ మెటాజెనోమిక్స్‌తో పోల్చితే మరింత నిరంతర అసెంబ్లీని సాధించగలదు.నానోపోర్-ఆధారిత మెటాజెనోమిక్స్ మైక్రోబయోమ్‌ల నుండి పూర్తి మరియు క్లోజ్డ్ బ్యాక్టీరియా జన్యువులను విజయవంతంగా ఉత్పత్తి చేసిందని ప్రచురించబడింది (మాస్, EL, మరియు ఇతరులు,ప్రకృతి బయోటెక్, 2020)
వేదిక:నానోపోర్ ప్రోమెథియాన్ P48
-
మొత్తం జీనోమ్ బైసల్ఫైట్ సీక్వెన్సింగ్
సైటోసిన్ (5-mC)లో ఐదవ స్థానంలో ఉన్న DNA మిథైలేషన్ జన్యు వ్యక్తీకరణ మరియు సెల్యులార్ కార్యకలాపాలపై ప్రాథమిక ప్రభావాన్ని చూపుతుంది.అసాధారణమైన మిథైలేషన్ నమూనాలు క్యాన్సర్ వంటి అనేక పరిస్థితులు మరియు వ్యాధులతో సంబంధం కలిగి ఉన్నాయి.సింగిల్ బేస్ రిజల్యూషన్‌లో జీనోమ్-వైడ్ మిథైలేషన్‌ను అధ్యయనం చేయడానికి WGBS బంగారు ప్రమాణంగా మారింది.
ప్లాట్‌ఫారమ్: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ ప్లాట్‌ఫారమ్
-
హై త్రూపుట్ సీక్వెన్సింగ్ (ATAC-seq)తో ట్రాన్స్‌పోసేస్-యాక్సెసిబుల్ క్రోమాటిన్ కోసం విశ్లేషణ
ATAC-seq అనేది జీనోమ్-వైడ్ క్రోమాటిన్ యాక్సెసిబిలిటీని విశ్లేషించడానికి హై-త్రూపుట్ సీక్వెన్సింగ్ పద్ధతి, ఇది జన్యు వ్యక్తీకరణ యొక్క ప్రపంచ బాహ్యజన్యు నియంత్రణకు ముఖ్యమైనది.హైపర్యాక్టివ్ Tn5 ట్రాన్స్‌పోసేస్ ద్వారా సీక్వెన్సింగ్ ఎడాప్టర్‌లు ఓపెన్ క్రోమాటిన్ ప్రాంతాలలోకి చొప్పించబడతాయి.PCR విస్తరణ తర్వాత, సీక్వెన్సింగ్ లైబ్రరీ నిర్మించబడింది.అన్ని ఓపెన్ క్రోమాటిన్ ప్రాంతాలు ఒక నిర్దిష్ట స్పేస్-టైమ్ కండిషన్‌లో పొందవచ్చు, కేవలం ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్ ఫ్యాక్టర్ లేదా నిర్దిష్ట హిస్టోన్ సవరించిన ప్రాంతం యొక్క బైండింగ్ సైట్‌లకు మాత్రమే పరిమితం కాదు.
-
16S/18S/ITS యాంప్లికాన్ సీక్వెన్సింగ్-PacBio
అత్యంత సంరక్షించబడిన మరియు హైపర్-వేరియబుల్ ప్రాంతాలు రెండింటినీ కలిగి ఉన్న 16S మరియు 18S rRNAలోని సబ్యూనిట్ ప్రొకార్యోటిక్ మరియు యూకారియోటిక్ జీవుల గుర్తింపు కోసం ఒక ఖచ్చితమైన పరమాణు వేలిముద్ర.సీక్వెన్సింగ్ ప్రయోజనాన్ని తీసుకొని, ఈ యాంప్లికాన్‌లను సంరక్షించబడిన భాగాల ఆధారంగా లక్ష్యంగా చేసుకోవచ్చు మరియు సూక్ష్మజీవుల గుర్తింపు కోసం హైపర్-వేరియబుల్ ప్రాంతాలను పూర్తిగా వర్గీకరించవచ్చు. ) PacBio ప్లాట్‌ఫారమ్ యొక్క సీక్వెన్సింగ్ పూర్తి-నిడివి గల యాంప్లికాన్‌లను (సుమారు 1.5 Kb) కవర్ చేయగల అత్యంత ఖచ్చితమైన పొడవైన రీడ్‌లను పొందడాన్ని అనుమతిస్తుంది.జన్యు క్షేత్రం యొక్క విస్తృత దృశ్యం బ్యాక్టీరియా లేదా శిలీంధ్రాల సంఘంలో జాతుల ఉల్లేఖనంలో రిజల్యూషన్‌ను బాగా మెరుగుపరిచింది.
వేదిక:ప్యాక్‌బయో సీక్వెల్ II
-
16S/18S/ITS యాంప్లికాన్ సీక్వెన్సింగ్-NGS
16S/18S/ITS యాంప్లికాన్ సీక్వెన్సింగ్ అత్యంత సంభాషించబడిన మరియు హైపర్‌వేరియబుల్ భాగాలను కలిగి ఉన్న హౌస్‌కీపింగ్ జన్యు మార్కర్ల PCR ఉత్పత్తులను పరిశోధించడం ద్వారా సూక్ష్మజీవుల సంఘంలో ఫైలోజెని, వర్గీకరణ మరియు జాతుల సమృద్ధిని బహిర్గతం చేయడం లక్ష్యంగా పెట్టుకుంది.Woeses et al,(1977) ద్వారా ఈ పర్ఫెక్ట్ మాలిక్యులర్ ఫింగర్ ప్రింట్‌ల పరిచయం ఐసోలేషన్-ఫ్రీ మైక్రోబయోమ్ ప్రొఫైలింగ్‌ను శక్తివంతం చేస్తుంది.16S (బ్యాక్టీరియా), 18S (శిలీంధ్రాలు) మరియు అంతర్గత లిప్యంతరీకరణ స్పేసర్ (ITS, శిలీంధ్రాలు) యొక్క సీక్వెన్సింగ్ సమృద్ధిగా ఉన్న జాతులతో పాటు అరుదైన మరియు గుర్తించబడని జాతులను గుర్తించడానికి అనుమతిస్తుంది.మానవ నోరు, ప్రేగులు, మలం మొదలైన వివిధ వాతావరణాలలో అవకలన సూక్ష్మజీవుల కూర్పును గుర్తించడంలో ఈ సాంకేతికత విస్తృతంగా వర్తించబడుతుంది మరియు ప్రధాన సాధనంగా మారింది.
వేదిక:ఇల్యూమినా నోవాసెక్ ప్లాట్‌ఫారమ్
-
బాక్టీరియల్ మరియు ఫంగల్ హోల్ జీనోమ్ రీ-సీక్వెన్సింగ్
బాక్టీరియల్ మరియు ఫంగల్ మొత్తం జీనోమ్ రీ-సీక్వెన్సింగ్ అనేది తెలిసిన బాక్టీరియం మరియు శిలీంధ్రాల జన్యువులను పూర్తి చేయడానికి, అలాగే బహుళ జన్యువులను పోల్చడానికి లేదా కొత్త జీవుల జన్యువులను మ్యాప్ చేయడానికి ఒక క్లిష్టమైన సాధనం.ఖచ్చితమైన సూచన జన్యువులను రూపొందించడానికి, సూక్ష్మజీవుల గుర్తింపు మరియు ఇతర తులనాత్మక జన్యు అధ్యయనాలు చేయడానికి బాక్టీరియం మరియు శిలీంధ్రాల మొత్తం జన్యువులను క్రమం చేయడం చాలా ముఖ్యమైనది.
ప్లాట్‌ఫారమ్:ఇల్యూమినా నోవాసెక్ ప్లాట్‌ఫారమ్
-
PacBio-పూర్తి-నిడివి 16S/18S/ITS యాంప్లికాన్ సీక్వెన్సింగ్
యాంప్లికాన్ (16S/18S/ITS) ప్లాట్‌ఫారమ్ మైక్రోబియల్ డైవర్సిటీ ప్రాజెక్ట్ విశ్లేషణలో సంవత్సరాల అనుభవంతో అభివృద్ధి చేయబడింది, ఇందులో ప్రామాణిక ప్రాథమిక విశ్లేషణ మరియు వ్యక్తిగతీకరించిన విశ్లేషణ ఉన్నాయి: ప్రాథమిక విశ్లేషణ ప్రస్తుత సూక్ష్మజీవుల పరిశోధన యొక్క ప్రధాన స్రవంతి విశ్లేషణ కంటెంట్‌ను కవర్ చేస్తుంది, విశ్లేషణ కంటెంట్ గొప్పది మరియు సమగ్రమైనది, మరియు విశ్లేషణ ఫలితాలు ప్రాజెక్ట్ నివేదికల రూపంలో ప్రదర్శించబడతాయి;వ్యక్తిగతీకరించిన విశ్లేషణ యొక్క కంటెంట్ వైవిధ్యమైనది.వ్యక్తిగతీకరించిన అవసరాలను గ్రహించడానికి ప్రాథమిక విశ్లేషణ నివేదిక మరియు పరిశోధన ప్రయోజనం ప్రకారం నమూనాలను ఎంపిక చేసుకోవచ్చు మరియు పారామితులను సరళంగా సెట్ చేయవచ్చు.Windows ఆపరేటింగ్ సిస్టమ్, సాధారణ మరియు వేగవంతమైనది.
-
PacBio-పూర్తి-నిడివి ట్రాన్స్క్రిప్ట్ (నాన్-రిఫరెన్స్)
Pacific Biosciences (PacBio) Isoform సీక్వెన్సింగ్ డేటాను ఇన్‌పుట్‌గా తీసుకుంటే, ఈ యాప్ పూర్తి-నిడివి గల ట్రాన్స్క్రిప్ట్ సీక్వెన్స్‌లను (అసెంబ్లీ లేకుండా) గుర్తించగలదు.రిఫరెన్స్ జీనోమ్‌కు వ్యతిరేకంగా పూర్తి-నిడివి సీక్వెన్స్‌లను మ్యాప్ చేయడం ద్వారా, తెలిసిన జన్యువులు, ట్రాన్‌స్క్రిప్ట్‌లు, కోడింగ్ ప్రాంతాలు మొదలైన వాటి ద్వారా ట్రాన్స్‌క్రిప్ట్‌లను ఆప్టిమైజ్ చేయవచ్చు. ఈ సందర్భంలో, ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లికింగ్ వంటి mRNA నిర్మాణాల యొక్క మరింత ఖచ్చితమైన గుర్తింపును సాధించవచ్చు.NGS ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ సీక్వెన్సింగ్ డేటాతో ఉమ్మడి విశ్లేషణ మరింత సమగ్రమైన ఉల్లేఖనాన్ని మరియు ట్రాన్స్క్రిప్ట్ స్థాయిలో వ్యక్తీకరణలో మరింత ఖచ్చితమైన పరిమాణాన్ని అనుమతిస్తుంది, ఇది దిగువ అవకలన వ్యక్తీకరణ మరియు క్రియాత్మక విశ్లేషణకు ఎక్కువగా ప్రయోజనం చేకూరుస్తుంది.
-
తగ్గిన ప్రాతినిధ్యం బైసల్ఫైట్ సీక్వెన్సింగ్ (RRBS)
DNA మిథైలేషన్ పరిశోధన అనేది వ్యాధి పరిశోధనలో ఎల్లప్పుడూ చర్చనీయాంశంగా ఉంటుంది మరియు జన్యు వ్యక్తీకరణ మరియు ఫినో-టైపిక్ లక్షణాలకు దగ్గరి సంబంధం కలిగి ఉంటుంది.DNA మిథైలేషన్ పరిశోధన కోసం RRBS ఖచ్చితమైన, సమర్థవంతమైన మరియు ఆర్థిక పద్ధతి.ఎంజైమాటిక్ క్లీవేజ్ (Msp I) ద్వారా ప్రమోటర్ మరియు CpG ద్వీప ప్రాంతాలను మెరుగుపరచడం, బైసల్ఫైట్ సీక్వెన్సింగ్‌తో కలిపి, అధిక రిజల్యూషన్ DNA మిథైలేషన్ గుర్తింపును అందిస్తుంది.
ప్లాట్‌ఫారమ్: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ ప్లాట్‌ఫారమ్
-
ప్రొకార్యోటిక్ mRNA సీక్వెన్సింగ్
mRNA సీక్వెన్సింగ్ నిర్దిష్ట పరిస్థితులలో కణాలలోని అన్ని mRNA ట్రాన్స్‌క్రిప్ట్‌ల సమగ్ర ప్రొఫైలింగ్‌ను శక్తివంతం చేస్తుంది.ఈ అత్యాధునిక సాంకేతికత ఒక శక్తివంతమైన సాధనంగా పనిచేస్తుంది, సంక్లిష్టమైన జన్యు వ్యక్తీకరణ ప్రొఫైల్‌లు, జన్యు నిర్మాణాలు మరియు విభిన్న జీవ ప్రక్రియలతో అనుబంధించబడిన పరమాణు విధానాలను ఆవిష్కరిస్తుంది.ప్రాథమిక పరిశోధన, క్లినికల్ డయాగ్నస్టిక్స్ మరియు డ్రగ్ డెవలప్‌మెంట్‌లో విస్తృతంగా స్వీకరించబడిన, mRNA సీక్వెన్సింగ్ సెల్యులార్ డైనమిక్స్ మరియు జన్యు నియంత్రణ యొక్క చిక్కులపై అంతర్దృష్టులను అందిస్తుంది.మా ప్రొకార్యోటిక్ mRNA నమూనా ప్రాసెసింగ్ ప్రొకార్యోటిక్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్‌ల కోసం రూపొందించబడింది, ఇందులో rRNA క్షీణత మరియు దిశాత్మక లైబ్రరీ తయారీ ఉంటుంది.
ప్లాట్‌ఫారమ్: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ X
