-
మెటాజెనోమిక్ సీక్వెన్సింగ్ -NGS
మెటాజినోమ్ అనేది పర్యావరణ మెటాజినోమ్, హ్యూమన్ మెటాజినోమ్ మొదలైన జీవుల మిశ్రమ సంఘం యొక్క మొత్తం జన్యు పదార్ధాల సేకరణను సూచిస్తుంది. ఇది సాగు చేయదగిన మరియు సాగు చేయలేని సూక్ష్మజీవుల యొక్క జన్యువులను కలిగి ఉంటుంది.మెటాజెనోమిక్ సీక్వెన్సింగ్ అనేది పర్యావరణ నమూనాల నుండి సేకరించిన మిశ్రమ జన్యు పదార్థాలను విశ్లేషించడానికి ఉపయోగించే పరమాణు సాధనం, ఇది జాతుల వైవిధ్యం మరియు సమృద్ధి, జనాభా నిర్మాణం, ఫైలోజెనెటిక్ సంబంధం, ఫంక్షనల్ జన్యువులు మరియు పర్యావరణ కారకాలతో సహసంబంధ నెట్‌వర్క్‌లో వివరణాత్మక సమాచారాన్ని అందిస్తుంది.
వేదిక:ఇల్యూమినా నోవాసెక్ ప్లాట్‌ఫారమ్
-
మెటాజెనోమిక్ సీక్వెన్సింగ్-నానోపోర్
మెటాజెనోమిక్స్ అనేది పర్యావరణ నమూనాల నుండి సేకరించిన మిశ్రమ జన్యు పదార్థాలను విశ్లేషించడానికి ఉపయోగించే పరమాణు సాధనం, ఇది జాతుల వైవిధ్యం మరియు సమృద్ధి, జనాభా నిర్మాణం, ఫైలోజెనెటిక్ సంబంధం, ఫంక్షనల్ జన్యువులు మరియు పర్యావరణ కారకాలతో సహసంబంధ నెట్‌వర్క్ మొదలైన వాటిపై వివరణాత్మక సమాచారాన్ని అందిస్తుంది. నానోపోర్ సీక్వెన్సింగ్ ప్లాట్‌ఫారమ్‌లు ఇటీవల ప్రవేశపెట్టబడ్డాయి. మెటాజెనోమిక్ అధ్యయనాలకు.రీడ్ లెంగ్త్‌లో దాని అత్యుత్తమ పనితీరు ఎక్కువగా స్ట్రీమ్ మెటాజెనోమిక్ విశ్లేషణను మెరుగుపరిచింది, ముఖ్యంగా మెటాజినోమ్ అసెంబ్లీ.రీడ్-లెంగ్త్ యొక్క ప్రయోజనాలను తీసుకొని, నానోపోర్-ఆధారిత మెటాజెనోమిక్ అధ్యయనం షాట్-గన్ మెటాజెనోమిక్స్‌తో పోల్చితే మరింత నిరంతర అసెంబ్లీని సాధించగలదు.నానోపోర్-ఆధారిత మెటాజెనోమిక్స్ మైక్రోబయోమ్‌ల నుండి పూర్తి మరియు క్లోజ్డ్ బ్యాక్టీరియా జన్యువులను విజయవంతంగా ఉత్పత్తి చేసిందని ప్రచురించబడింది (మాస్, EL, మరియు ఇతరులు,ప్రకృతి బయోటెక్, 2020)
వేదిక:నానోపోర్ ప్రోమెథియాన్ P48
-
16S/18S/ITS యాంప్లికాన్ సీక్వెన్సింగ్-PacBio
అత్యంత సంరక్షించబడిన మరియు హైపర్-వేరియబుల్ ప్రాంతాలు రెండింటినీ కలిగి ఉన్న 16S మరియు 18S rRNAలోని సబ్యూనిట్ ప్రొకార్యోటిక్ మరియు యూకారియోటిక్ జీవుల గుర్తింపు కోసం ఒక ఖచ్చితమైన పరమాణు వేలిముద్ర.సీక్వెన్సింగ్ ప్రయోజనాన్ని తీసుకొని, ఈ యాంప్లికాన్‌లను సంరక్షించబడిన భాగాల ఆధారంగా లక్ష్యంగా చేసుకోవచ్చు మరియు సూక్ష్మజీవుల గుర్తింపు కోసం హైపర్-వేరియబుల్ ప్రాంతాలను పూర్తిగా వర్గీకరించవచ్చు. ) PacBio ప్లాట్‌ఫారమ్ యొక్క సీక్వెన్సింగ్ పూర్తి-నిడివి గల యాంప్లికాన్‌లను (సుమారు 1.5 Kb) కవర్ చేయగల అత్యంత ఖచ్చితమైన పొడవైన రీడ్‌లను పొందడాన్ని అనుమతిస్తుంది.జన్యు క్షేత్రం యొక్క విస్తృత దృశ్యం బ్యాక్టీరియా లేదా శిలీంధ్రాల సంఘంలో జాతుల ఉల్లేఖనంలో రిజల్యూషన్‌ను బాగా మెరుగుపరిచింది.
వేదిక:ప్యాక్‌బయో సీక్వెల్ II
-
16S/18S/ITS యాంప్లికాన్ సీక్వెన్సింగ్-NGS
16S/18S/ITS యాంప్లికాన్ సీక్వెన్సింగ్ అత్యంత సంభాషించబడిన మరియు హైపర్‌వేరియబుల్ భాగాలను కలిగి ఉన్న హౌస్‌కీపింగ్ జన్యు మార్కర్ల PCR ఉత్పత్తులను పరిశోధించడం ద్వారా సూక్ష్మజీవుల సంఘంలో ఫైలోజెని, వర్గీకరణ మరియు జాతుల సమృద్ధిని బహిర్గతం చేయడం లక్ష్యంగా పెట్టుకుంది.Woeses et al,(1977) ద్వారా ఈ పర్ఫెక్ట్ మాలిక్యులర్ ఫింగర్ ప్రింట్‌ల పరిచయం ఐసోలేషన్-ఫ్రీ మైక్రోబయోమ్ ప్రొఫైలింగ్‌ను శక్తివంతం చేస్తుంది.16S (బ్యాక్టీరియా), 18S (శిలీంధ్రాలు) మరియు అంతర్గత లిప్యంతరీకరణ స్పేసర్ (ITS, శిలీంధ్రాలు) యొక్క సీక్వెన్సింగ్ సమృద్ధిగా ఉన్న జాతులతో పాటు అరుదైన మరియు గుర్తించబడని జాతులను గుర్తించడానికి అనుమతిస్తుంది.మానవ నోరు, ప్రేగులు, మలం మొదలైన వివిధ వాతావరణాలలో అవకలన సూక్ష్మజీవుల కూర్పును గుర్తించడంలో ఈ సాంకేతికత విస్తృతంగా వర్తించబడుతుంది మరియు ప్రధాన సాధనంగా మారింది.
వేదిక:ఇల్యూమినా నోవాసెక్ ప్లాట్‌ఫారమ్
-
బాక్టీరియల్ మరియు ఫంగల్ హోల్ జీనోమ్ రీ-సీక్వెన్సింగ్
బాక్టీరియల్ మరియు ఫంగల్ మొత్తం జీనోమ్ రీ-సీక్వెన్సింగ్ అనేది తెలిసిన బాక్టీరియం మరియు శిలీంధ్రాల జన్యువులను పూర్తి చేయడానికి, అలాగే బహుళ జన్యువులను పోల్చడానికి లేదా కొత్త జీవుల జన్యువులను మ్యాప్ చేయడానికి ఒక క్లిష్టమైన సాధనం.ఖచ్చితమైన సూచన జన్యువులను రూపొందించడానికి, సూక్ష్మజీవుల గుర్తింపు మరియు ఇతర తులనాత్మక జన్యు అధ్యయనాలు చేయడానికి బాక్టీరియం మరియు శిలీంధ్రాల మొత్తం జన్యువులను క్రమం చేయడం చాలా ముఖ్యమైనది.
ప్లాట్‌ఫారమ్:ఇల్యూమినా నోవాసెక్ ప్లాట్‌ఫారమ్
-
మెటాట్రాన్స్క్రిప్టోమ్ సీక్వెన్సింగ్
మెటాట్రాన్స్క్రిప్టోమ్ సీక్వెన్సింగ్ సహజ పరిసరాలలో (అంటే నేల, నీరు, సముద్రం, మలం మరియు గట్.) సూక్ష్మజీవుల జన్యు వ్యక్తీకరణను (యూకారియోట్లు మరియు ప్రొకార్యోట్‌లు రెండూ) సూచిస్తుంది. ప్రత్యేకించి, సంక్లిష్ట సూక్ష్మజీవుల సంఘాల పూర్తి జన్యు వ్యక్తీకరణ ప్రొఫైలింగ్, వర్గీకరణ విశ్లేషణను పొందేందుకు ఈ సేవలు మిమ్మల్ని అనుమతిస్తుంది. జాతులు, విభిన్నంగా వ్యక్తీకరించబడిన జన్యువుల ఫంక్షనల్ ఎన్‌రిచ్‌మెంట్ విశ్లేషణ మరియు మరిన్ని.
ప్లాట్‌ఫారమ్: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ ప్లాట్‌ఫారమ్
-
ఫంగల్ జీనోమ్
బయోమార్కర్ టెక్నాలజీలు నిర్దిష్ట పరిశోధన లక్ష్యంపై ఆధారపడి జీనోమ్ సర్వే, ఫైన్ జీనోమ్ మరియు శిలీంధ్రాల యొక్క పెనే-పూర్తి జన్యువును అందిస్తాయి.హై-లెవల్ జీనోమ్ అసెంబ్లీని సాధించడానికి నెక్స్ట్-జనరేషన్ సీక్వెన్సింగ్ + థర్డ్ జనరేషన్ సీక్వెన్సింగ్ కలపడం ద్వారా జీనోమ్ సీక్వెన్సింగ్, అసెంబ్లీ మరియు ఫంక్షనల్ ఉల్లేఖనాన్ని సాధించవచ్చు.క్రోమోజోమ్ స్థాయిలో జీనోమ్ అసెంబ్లీని సులభతరం చేయడానికి హై-సి టెక్నాలజీని కూడా ఉపయోగించవచ్చు.
వేదిక:ప్యాక్‌బయో సీక్వెల్ II
నానోపోర్ ప్రోమెథియాన్ P48
ఇల్యూమినా నోవాసెక్ ప్లాట్‌ఫారమ్
-
బాక్టీరియా పూర్తి జీనోమ్
బయోమార్కర్ టెక్నాలజీస్ సున్నా గ్యాప్‌తో బ్యాక్టీరియా యొక్క పూర్తి జన్యువును నిర్మించడంలో సీక్వెన్సింగ్ సేవను అందిస్తుంది.బ్యాక్టీరియా పూర్తి జీనోమ్ నిర్మాణం యొక్క ప్రధాన వర్క్‌ఫ్లో మూడవ తరం సీక్వెన్సింగ్, అసెంబ్లీ, ఫంక్షనల్ ఉల్లేఖన మరియు నిర్దిష్ట పరిశోధన లక్ష్యాలను నెరవేర్చే అధునాతన బయోఇన్ఫర్మేటిక్ విశ్లేషణ ఉన్నాయి.బ్యాక్టీరియా జన్యువు యొక్క మరింత సమగ్రమైన ప్రొఫైలింగ్ వారి జీవ ప్రక్రియలకు అంతర్లీనంగా ఉన్న ప్రాథమిక విధానాలను బహిర్గతం చేయడానికి శక్తినిస్తుంది, ఇది అధిక యూకారియోటిక్ జాతులలో జన్యు పరిశోధనలకు విలువైన సూచనను కూడా అందిస్తుంది.
వేదిక:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq ప్లాట్‌ఫారమ్
ప్యాక్‌బయో సీక్వెల్ II
