నాన్-రిఫరెన్స్ ఆధారిత mRNA సీక్వెన్సింగ్-ఇల్యూమినా
లక్షణాలు
● ఏదైనా సూచన జన్యువుతో సంబంధం లేకుండా,
● ట్రాన్‌స్క్రిప్ట్‌ల నిర్మాణం మరియు వ్యక్తీకరణను విశ్లేషించడానికి డేటాను ఉపయోగించవచ్చు
● వేరియబుల్ క్లిప్పింగ్ సైట్‌లను గుర్తించండి
సేవా ప్రయోజనాలు
● BMKCloud-ఆధారిత ఫలితాల బట్వాడా: ఫలితాలు డేటా ఫైల్ మరియు BMKCloud ప్లాట్‌ఫారమ్ ద్వారా ఇంటరాక్టివ్ రిపోర్ట్‌గా అందించబడతాయి, ఇది సంక్లిష్ట విశ్లేషణ అవుట్‌పుట్‌లను వినియోగదారు-స్నేహపూర్వకంగా చదవడానికి మరియు ప్రామాణిక బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ విశ్లేషణ ఆధారంగా అనుకూలీకరించిన డేటా మైనింగ్‌ను అనుమతిస్తుంది.
● అమ్మకం తర్వాత సేవలు: ప్రాజెక్ట్‌ల ఫాలో-అప్, ట్రబుల్-షూటింగ్, ఫలితాలు Q&A మొదలైనవాటితో సహా ప్రాజెక్ట్ పూర్తయిన తర్వాత 3 నెలల పాటు అమ్మకం తర్వాత సేవలు చెల్లుబాటు అవుతాయి.
నమూనా అవసరాలు మరియు డెలివరీ
నమూనా అవసరాలు:
న్యూక్లియోటైడ్లు:
| Conc.(ng/μl) | మొత్తం (μg) | స్వచ్ఛత | సమగ్రత |
| ≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 జెల్‌పై చూపబడిన ప్రోటీన్ లేదా DNA కాలుష్యం పరిమితం లేదా లేదు. | మొక్కల కోసం: RIN≥6.5; జంతువుల కోసం: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; పరిమిత లేదా బేస్‌లైన్ ఎలివేషన్ లేదు |
కణజాలం: బరువు(పొడి): ≥1 గ్రా
*5 mg కంటే చిన్న కణజాలం కోసం, ఫ్లాష్ స్తంభింపచేసిన (ద్రవ నత్రజనిలో) కణజాల నమూనాను పంపమని మేము సిఫార్సు చేస్తున్నాము.
సెల్ సస్పెన్షన్: సెల్ కౌంట్ = 3×107
*ఘనీభవించిన సెల్ లైసేట్‌ను రవాణా చేయాలని మేము సిఫార్సు చేస్తున్నాము.ఒకవేళ ఆ గడి 5×10 కంటే తక్కువగా ఉంటే5, ద్రవ నత్రజనిలో స్తంభింపచేసిన ఫ్లాష్ సిఫార్సు చేయబడింది.
రక్త నమూనాలు:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol మరియు 2mL రక్తం(TRIzol:బ్లడ్=3:1)
సిఫార్సు చేయబడిన నమూనా డెలివరీ
కంటైనర్:
2 ml సెంట్రిఫ్యూజ్ ట్యూబ్ (టిన్ ఫాయిల్ సిఫారసు చేయబడలేదు)
నమూనా లేబులింగ్: సమూహం+ప్రతిరూపం ఉదా A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
రవాణా:
1.డ్రై-ఐస్: నమూనాలను సంచుల్లో ప్యాక్ చేసి డ్రై-ఐస్‌లో పాతిపెట్టాలి.
2.RNA స్టేబుల్ ట్యూబ్‌లు: RNA నమూనాలను RNA స్టెబిలైజేషన్ ట్యూబ్‌లో ఎండబెట్టి (ఉదా RNAstable®) గది ఉష్ణోగ్రతలో రవాణా చేయవచ్చు.
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
ప్రయోగ రూపకల్పన
నమూనా డెలివరీ
RNA వెలికితీత
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకం తర్వాత సేవలు
బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్
1.mRNA(denovo) అసెంబ్లీ సూత్రం
ట్రినిటీ ద్వారా, రీడ్‌లు చిన్న ముక్కలుగా విభజించబడ్డాయి, దీనిని K-mer అని పిలుస్తారు.ఈ K-మెర్‌లను కాంటిగ్‌లుగా విస్తరించడానికి విత్తనాలుగా ఉపయోగించారు, ఆపై కాంటిగ్ ఓవర్‌ల్యాపింగ్‌లపై ఆధారపడి ఉంటుంది.చివరగా, కాంపోనెంట్‌లలోని ట్రాన్‌స్క్రిప్ట్‌లను గుర్తించడానికి De Bruijn ఇక్కడ వర్తించబడింది.
mRNA (De novo) ట్రినిటీ యొక్క అవలోకనం
2.mRNA (De novo) జన్యు వ్యక్తీకరణ స్థాయి పంపిణీ
RNA-Seq జన్యు వ్యక్తీకరణ యొక్క అత్యంత సున్నితమైన అంచనాను సాధించగలదు.సాధారణంగా, ట్రాన్స్క్రిప్ట్ వ్యక్తీకరణ FPKM యొక్క గుర్తించదగిన పరిధి 10^-2 నుండి 10^6 వరకు ఉంటుంది
mRNA (De novo) ప్రతి నమూనాలో FPKM సాంద్రత పంపిణీ
3.mRNA (De novo) DEGల యొక్క GO ఎన్‌రిచ్‌మెంట్ అనాలిసిస్
GO (జీన్ ఒంటాలజీ) డేటాబేస్ అనేది జన్యు మరియు జన్యు ఉత్పత్తుల ఫంక్షన్ల యొక్క ప్రామాణిక పదజాలాన్ని కలిగి ఉన్న నిర్మాణాత్మక జీవ ఉల్లేఖన వ్యవస్థ.ఇది బహుళ స్థాయిలను కలిగి ఉంటుంది, ఇక్కడ స్థాయి తక్కువగా ఉంటే, విధులు మరింత నిర్దిష్టంగా ఉంటాయి.
mRNA (De novo) GO రెండవ స్థాయిలో DEGల వర్గీకరణ
BMK కేసు
ఉల్లిపాయలో బల్బ్ వాపు మరియు అభివృద్ధి సమయంలో సుక్రోజ్ జీవక్రియ యొక్క ట్రాన్స్క్రిప్ట్ విశ్లేషణ (అల్లియం సెపా ఎల్.)
ప్రచురించబడింది: మొక్కల శాస్త్రంలో సరిహద్దులు,2016
సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం
ఇల్యూమినా హైసెక్2500
నమూనా సేకరణ
ఈ అధ్యయనంలో ఉటా ఎల్లో స్వీట్ స్పెయిన్ సాగు "Y1351" ఉపయోగించబడింది.సేకరించిన నమూనాల సంఖ్య
బల్బ్ వాపు (DAS) తర్వాత 15వ రోజు (2-సెం.మీ వ్యాసం మరియు 3-4 గ్రా బరువు), 30వ DAS (5-సెం.మీ వ్యాసం మరియు 100-110 గ్రా బరువు), మరియు 40వ DASలో ∼3 (7-సెం.మీ వ్యాసం మరియు 260-300 గ్రాములు).
కీలక ఫలితాలు
1. వెన్ రేఖాచిత్రంలో, మూడు జతల అభివృద్ధి దశల్లో మొత్తం 146 DEGలు కనుగొనబడ్డాయి
2.“కార్బోహైడ్రేట్ రవాణా మరియు జీవక్రియ” కేవలం 585 యూనిజెన్‌లచే సూచించబడింది (అంటే, ఉల్లేఖన COGలో 7%).
3. GO డేటాబేస్‌కు విజయవంతంగా ఉల్లేఖించబడిన యునిజెన్‌లు బల్బ్ అభివృద్ధి యొక్క మూడు వేర్వేరు దశల కోసం మూడు ప్రధాన వర్గాలుగా వర్గీకరించబడ్డాయి."బయోలాజికల్ ప్రాసెస్" ప్రిన్సిపల్ కేటగిరీలో చాలా వరకు ప్రాతినిధ్యం వహిస్తున్నవి "జీవక్రియ ప్రక్రియ", తరువాత "సెల్యులార్ ప్రాసెస్"."మాలిక్యులర్ ఫంక్షన్" యొక్క ప్రధాన వర్గంలో "బైండింగ్" మరియు "ఉత్ప్రేరక చర్య" అనే రెండు వర్గాలు ఎక్కువగా ప్రాతినిధ్యం వహిస్తాయి.
 ఆర్థోలాజస్ సమూహాల సమూహాల (COG) వర్గీకరణ యొక్క హిస్టోగ్రాం |  మూడు అభివృద్ధి దశల్లో బల్బుల నుండి తీసుకోబడిన యూనిజెన్‌ల కోసం జన్యు ఒంటాలజీ (GO) వర్గీకరణ యొక్క హిస్టోగ్రాం |
 ఉల్లిపాయ బల్బ్ అభివృద్ధిలో ఏవైనా రెండు దశల్లో జన్యువులు విభిన్నంగా వ్యక్తీకరించబడిన వెన్ రేఖాచిత్రం |
సూచన
జాంగ్ సి, జాంగ్ హెచ్, జాన్ జెడ్ మరియు ఇతరులు.ఉల్లిపాయలో బల్బ్ వాపు మరియు అభివృద్ధి సమయంలో సుక్రోజ్ జీవక్రియ యొక్క ట్రాన్స్క్రిప్ట్ విశ్లేషణ (అల్లియం సెపా L.)[J].ప్లాంట్ సైన్స్‌లో సరిహద్దులు, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
