జీనోమ్ ఎవాల్యూషన్
జీనోమ్ డి నోవో
అసెంబ్లీ|లింగ నిర్ధారణ మొత్తం సీక్వెన్సింగ్ పనులు మరియు పాక్షిక బయోఇన్ఫర్మేటిక్ సేవలు బయోమార్కర్ టెక్నాలజీస్ ద్వారా అందించబడ్డాయి.
నైరూప్య
"సీడ్రాగన్ల యొక్క ఐకానిక్ ఫినోటైప్లో ఆకు-వంటి అనుబంధాలు, దంతాలు లేని గొట్టపు నోరు మరియు బహిరంగ "బ్రూడ్ ప్యాచ్" పై ఫలదీకరణ గుడ్లు పొదిగే మగ గర్భం ఉన్నాయి.మేము సాధారణ సీడ్రాగన్ (ఫైలోప్టెరిక్స్ టైనియోలాటస్) మరియు దాని దగ్గరి సంబంధం ఉన్న జాతులైన ఎలిగేటర్ పైప్ఫిష్ (సింగ్నాథోయిడ్స్ బియాక్యులేటస్) యొక్క మగ మరియు ఆడ జన్యువులను డి నోవో-సీక్వెన్స్ చేసాము.పరిణామాత్మక కొత్తదనం, ఆకు-లాంటి అనుబంధాల నుండి ట్రాన్స్క్రిప్షన్ ప్రొఫైల్లు, సాధారణంగా ఫిన్ డెవలప్మెంట్లో పాల్గొన్న జన్యువుల సమితి సహ-ఆప్ట్ చేయబడిందని అలాగే సంభావ్య కణజాల మరమ్మత్తు మరియు రోగనిరోధక రక్షణ జన్యువుల కోసం ట్రాన్ స్క్రిప్ట్లను సుసంపన్నం చేసినట్లు చూపిస్తుంది.scpp5 కోసం జీబ్రాఫిష్ మార్పుచెందగలవారు, ఇది అన్ని సింగ్నాథిడ్లలో పోతుంది, ఫారింజియల్ దంతాలు లేకపోవడం లేదా వైకల్యంతో ఉన్నట్లు కనుగొనబడింది, scpp5 కోల్పోవడం సింగ్నాథిడ్స్లో దంతాల నష్టానికి దోహదపడిందనే పరికల్పనకు మద్దతు ఇస్తుంది.సాధారణ సీడ్రాగన్ మరియు ఎలిగేటర్ పైప్ఫిష్ ద్వారా భాగస్వామ్యం చేయబడిన పురుష-నిర్దిష్ట amhr2y జన్యువును ఎన్కోడింగ్ చేసే పుటేటివ్ సెక్స్-నిర్ధారణ లోకస్ గుర్తించబడింది. ”
సామాగ్రి మరియు పద్ధతులు:
మెటీరియల్స్
Fమా సాధారణ సీడ్రాగన్ (పి. టెనియోలాటస్) మరియు రెండు ఎలిగేటర్ పైప్ ఫిష్ (S. బియాక్యులేటస్) నమూనాలు.రెండు సాధారణ సీడ్రాగన్ (ఒక మగ మరియు ఒక ఆడ) మరియు రెండు ఎలిగేటర్ పైప్ఫిష్ (ఒక మగ మరియు ఒక ఆడ) వ్యక్తులను పూర్తి-జన్యు శ్రేణి కోసం ఉపయోగించారు మరియు మరో ఇద్దరు మగ సాధారణ సీడ్రాగన్ వ్యక్తులు జన్యు క్రమీకరణ కోసం ఉపయోగించబడ్డారు.
జీనోమ్ సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం
270/350 bp లైబ్రరీ (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (సీక్వెల్) లేదా నానోపోర్ 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).సీక్వెన్సింగ్, మరియు మరో ఇద్దరు పురుష సాధారణ సీడ్రాగన్ వ్యక్తులు జీనోమ్ రీసీక్వెన్సింగ్ కోసం ఉపయోగించబడ్డారు.
ట్రాన్స్క్రిప్ట్ సీక్వెన్సింగ్
Fలేదా సాధారణ సీడ్రాగన్, మెదడు, కన్ను, గిల్, కాలేయం, గుండె, మూత్రపిండాలు, మెసెంటరీ, ప్రేగు, కండరాలు, రెక్క, చర్మం, ఆకు లాంటి అనుబంధాలు, వృషణాలు మరియు అండాశయం సేకరించబడ్డాయి.
జీనోమ్ డి నోవో అసెంబ్లీ వ్యూహం
Cఅను (దిద్దుబాటు) + WTDBG2 (అసెంబ్లీ) + పైలాన్ (పోలిష్) + లాచెసిస్ (హాయ్-సి).
ప్రధాన ఫలితాలు
Fig. 1. సాధారణ సీడ్రాగన్ (P. టైనియోలాటస్) మరియు ఎలిగేటర్ పైప్ఫిష్ (S. బియాక్యులేటస్) మరియు వాటి ఫైలోజెనెటిక్ స్థానాల యొక్క ముఖ్య లక్షణాలు.
Fig. 2. సాధారణ సీడ్రాగన్ (P. టైనియోలాటస్)లో ఆకు-వంటి అనుబంధాల యొక్క పదనిర్మాణం మరియు జన్యుపరమైన అలంకరణ.
Fig. 3. సాధారణ సీడ్రాగన్ (P. టైనియోలాటస్) మరియు ఎలిగేటర్ పైప్ఫిష్ (S. బియాక్యులేటస్)లో పుటేటివ్ లింగ నిర్ధారణ జన్యువు.
Fig. 4. జీబ్రాఫిష్ scpp5 హోమోజైగస్ మార్పుచెందగలవారిలో ఫారింజియల్ టూత్ ఫినోటైప్లు.
పోస్ట్ సమయం: జనవరి-08-2022