GWAS
శీర్షిక: హోల్-జీనోమ్ రీసీక్వెన్సింగ్ బ్రాసికా నాపస్ మూలాన్ని మరియు దాని అభివృద్ధిలో పాల్గొన్న జన్యు స్థానాన్ని వెల్లడిస్తుంది
జర్నల్: నేచర్ కమ్యూనికేషన్స్
NGS |WGS |రీసీక్వెన్సింగ్ |GWAS |ట్రాన్స్క్రిప్ట్ |RNAseq |బ్రాసికా నాపస్ |పరిణామం |గృహనిర్మాణం
ఈ అధ్యయనంలో, బయోమార్కర్ టెక్నాలజీస్ NGS సీక్వెన్సింగ్‌పై సేవలను అందించింది, అలాగే సీక్వెన్సింగ్ డేటాపై బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ విశ్లేషణపై సాంకేతిక మద్దతును అందించింది.
నేపథ్య
బ్రాసికా నాపస్(రాప్సీడ్) ఒక ముఖ్యమైన నూనెగింజల పంట మరియు పాలీప్లాయిడ్ స్పెసియేషన్, పరిణామం మరియు ఎంపిక ప్రక్రియలను పరిశోధించడానికి ఒక అద్భుతమైన నమూనా.అయినప్పటికీ, అడవి జాతులు లేదా పెంపుడు దాతలు తల్లిదండ్రుల పూర్వీకులు మరియు రాప్‌సీడ్‌లో పెంపకం మరియు మెరుగుదలకు దోహదపడిన జన్యువులు ఇప్పటికీ తెలియవు.
సామాగ్రి మరియు పద్ధతులు
మెటీరియల్స్:588బి. నాపస్ఆసియా నుండి 466, యూరప్ నుండి 102, ఉత్తర అమెరికా నుండి 13 మరియు ఆస్ట్రేలియా నుండి 7 సహా ఈ అధ్యయనంలో ప్రవేశాలు పాల్గొన్నాయి.వృద్ధి అలవాటు రికార్డుల ఆధారంగా, ఈ పదార్థాలు మూడు ఎకోటైప్‌లుగా విభజించబడ్డాయి;వసంతకాలం (86 ప్రవేశాలు), శీతాకాలం (74 ప్రవేశాలు) మరియు సెమీ-వింటర్ (428 ప్రవేశాలు).
సీక్వెన్సింగ్:సగటున సుమారు.5× (3.37× నుండి 7.71× వరకు)
సీక్వెన్సింగ్ ప్లాట్‌ఫారమ్:ఇల్యూమినా హిసెక్ 4000
డేటా ఉత్పత్తి:4.03 Tb క్లీన్ డేటా
SNP కాలింగ్:BWA + GATK.5,294,158 SNPలు మరియు 1,307,151 InDels పొందబడ్డాయి.
ఫలితాలు
బి. నాపస్ యొక్క మూలం
బి. నాపస్యూరోపియన్ టర్నిప్ యొక్క పూర్వీకుల నుండి ఉపజన్యువు ఉద్భవించింది.యూరోపియన్ టర్నిప్ నుండి జన్యు ప్రవాహ సంఘటనబి. నాపుs ఒక ఉపజాతి ~106–1170 సంవత్సరాల క్రితం సంభవించింది.బి. నాపస్సి సబ్జెనోమ్ ఈ వంశాల సాధారణ పూర్వీకుల నుండి ఉద్భవించి ఉండవచ్చు.యొక్క పూర్వీకుడుబి. నాపస్నాలుగు B. ఒలేరాసియా ఉపజాతుల సాధారణ పూర్వీకుల నుండి విడిపోయింది, ఇటీవలి జన్యు ప్రవాహంతోబి. నాపస్~108–898 సంవత్సరాల క్రితం.బి. నాపస్A సబ్జెనోమ్ కంటే C సబ్జెనోమ్ చాలా క్లిష్టమైన మూలాన్ని కలిగి ఉంది.ఈ సమయంలో రెండు ఉపజన్యులలో బలమైన అడ్డంకి ఏర్పడిందిబి. నాపస్పరిణామం.శీతాకాలం మరియు పాక్షిక శీతాకాలంబి. నాపస్పర్యావరణ రకాలు ~60 సంవత్సరాల క్రితం వేరు చేయబడ్డాయి, అయితే శీతాకాలం మరియు వసంతకాలంబి. నాపస్~416 సంవత్సరాల క్రితం వేరుచేయబడింది మరియు నూనెగింజలు మరియు నూనెగింజలు కానివిబి. నాపస్~277 సంవత్సరాల క్రితం మళ్లింది.
Fig. 2 జనాభా నిర్మాణం 588 B. నాపస్ ప్రవేశాలు మరియు 199 B. రాపా ప్రవేశాలు.
Fig. 3 జనాభా నిర్మాణం 588 B. నాపస్ ప్రవేశాలు మరియు 119 B. ఒలేరాసియా ప్రవేశాలు
ఎంపిక సంకేతాలు మరియు జీనోమ్-వైడ్ అసోసియేషన్ అధ్యయనాలు.
మెరుగుదల యొక్క మొదటి దశలో (FSI), A సబ్జెనోమ్ కంటే B. నాపస్ C సబ్జెనోమ్‌లో ఎక్కువ జన్యు వైవిధ్యం కోల్పోయింది.రెండవ దశ మెరుగుదల (SSI) కంటే FSI సమయంలో తక్కువ జన్యు భేదం సంభవించింది.SSI- ఎంపిక సిగ్నల్ ప్రాంతాలలో జన్యువులు ఒత్తిడి సహనం, అభివృద్ధి మరియు జీవక్రియ మార్గాలలో సమృద్ధిగా ఉన్నాయి.విత్తన దిగుబడికి సంబంధించిన 5, సిలిక్ పొడవు 3, నూనె కంటెంట్ 4 మరియు విత్తన నాణ్యతతో 48తో సహా 10 లక్ష్య లక్షణాలతో 60 స్థానాలు గణనీయంగా అనుబంధించబడ్డాయి.
Fig. 4 B. నాపస్ యొక్క SSI సమయంలో ఎంచుకున్న ప్రాంతాల యొక్క జీనోమ్-వైడ్ స్కానింగ్ మరియు ఉల్లేఖనాలు
ట్రాన్స్క్రిప్ట్ విశ్లేషణ
అధిక-చమురు-కంటెంట్ మరియు డబుల్-తక్కువ సాగు మరియు తక్కువ-చమురు-కంటెంట్ మరియు డబుల్-హై కల్టివర్ నుండి 11 కణజాలాల యొక్క RNAseq డేటా గ్లూకోసినోలేట్ బయోసింథటిక్ ప్రక్రియకు సంబంధించిన జన్యువులు గణనీయంగా ఎక్కువగా ప్రాతినిధ్యం వహించాయి.
Fig. 5 B. నాపస్ యొక్క ఎకోటైప్ మెరుగుదల ఎంపిక కింద పుష్పించే సమయ నియంత్రణ యొక్క అవలోకనం
చర్చ
యొక్క మూలం మరియు అభివృద్ధి చరిత్రను అర్థం చేసుకోవడానికి ఈ అధ్యయనం విలువైన వనరును అందించిందిబి. నాపస్మరియు ముఖ్యమైన వ్యవసాయ సంబంధమైన సంక్లిష్ట లక్షణాల జన్యు స్థావరాల విభజనను సులభతరం చేస్తుంది.అనుకూలమైన వైవిధ్యాలు, ఎంపిక సంకేతాలు మరియు అభ్యర్థి జన్యువులతో అనుబంధించబడిన ముఖ్యమైన SNPలు భవిష్యత్తులో ఎక్కువగా దోహదపడతాయి, ముఖ్యంగా ఈ ఇటీవలి అల్లోపాలిప్లాయిడ్ పంట మరియు దాని బంధువుల దిగుబడి, విత్తనాల నాణ్యత, చమురు కంటెంట్ మరియు అనుకూలతను మెరుగుపరచడంలో.
సూచన
సంపూర్ణ-జన్యు సారూప్యత బ్రాసికా నాపస్ మూలాన్ని మరియు దాని అభివృద్ధిలో పాల్గొన్న జన్యు స్థానాన్ని వెల్లడిస్తుంది[J].నేచర్ కమ్యూనికేషన్స్, 2019, 10(1).
వార్తలు మరియు ముఖ్యాంశాలు బయోమార్కర్ టెక్నాలజీస్‌తో తాజా విజయవంతమైన కేసులను పంచుకోవడం, నవల శాస్త్రీయ విజయాలు మరియు అధ్యయనం సమయంలో వర్తించే ప్రముఖ సాంకేతికతలను సంగ్రహించడం లక్ష్యంగా పెట్టుకుంది.
పోస్ట్ సమయం: జనవరి-05-2022