అధిక-నిర్గమాంశ జన్యురూపం, ప్రత్యేకించి పెద్ద-స్థాయి జనాభాపై, జన్యుసంబంధ అనుబంధ అధ్యయనాలలో ఒక ప్రాథమిక దశ, ఇది ఫంక్షనల్ జీన్ డిస్కవరీ, ఎవల్యూషనరీ అనాలిసిస్ మొదలైన వాటికి జన్యుపరమైన ఆధారాన్ని అందిస్తుంది. డీప్ హోల్ జీనోమ్ రీ-సీక్వెన్సింగ్‌కు బదులుగా, రిప్రెజెంటేషన్ జీనోమ్ సీక్వెన్సింగ్ (RRGS). ) జన్యు మార్కర్ ఆవిష్కరణపై సహేతుకమైన సామర్థ్యాన్ని కొనసాగించేటప్పుడు, ప్రతి నమూనాకు సీక్వెన్సింగ్ వ్యయాన్ని తగ్గించడానికి ప్రవేశపెట్టబడింది.ఇచ్చిన పరిమాణ పరిధిలో పరిమితి భాగాన్ని సంగ్రహించడం ద్వారా ఇది సాధారణంగా సాధించబడుతుంది, దీనికి తగ్గింపు ప్రాతినిధ్య లైబ్రరీ (RRL) అని పేరు పెట్టారు.నిర్దిష్ట-లోకస్ యాంప్లిఫైడ్ ఫ్రాగ్మెంట్ సీక్వెన్సింగ్ (SLAF-Seq) అనేది డి నోవో SNP ఆవిష్కరణ మరియు పెద్ద జనాభా యొక్క SNP జన్యురూపం కోసం స్వీయ-అభివృద్ధి చేసిన వ్యూహం.
సాంకేతిక వర్క్‌ఫ్లో
SLAF vs ఇప్పటికే ఉన్న RRL పద్ధతులు
SLAF యొక్క ప్రయోజనాలు
అధిక జన్యు మార్కర్ ఆవిష్కరణ సామర్థ్యం- హై-త్రూపుట్ సీక్వెన్సింగ్ టెక్నాలజీతో కలిపి, SLAF-Seq విభిన్న పరిశోధన ప్రాజెక్ట్‌ల అభ్యర్థనను నెరవేర్చడానికి, రిఫరెన్స్ జీనోమ్‌తో లేదా లేకుండా మొత్తం జీనోమ్‌లో కనుగొనబడిన వందల వేల ట్యాగ్‌లను సాధించగలదు.
అనుకూలీకరించిన & సౌకర్యవంతమైన ప్రయోగాత్మక డిజైన్- విభిన్న పరిశోధన లక్ష్యం లేదా జాతుల కోసం, సింగిల్-ఎంజైమ్, డ్యూయల్-ఎంజైమ్ మరియు మల్టీ-ఎంజైమ్ డైజెషన్‌తో సహా వివిధ ఎంజైమాటిక్ జీర్ణక్రియ వ్యూహాలు అందుబాటులో ఉన్నాయి.సరైన ఎంజైమ్ రూపకల్పనకు భరోసా ఇవ్వడానికి జీర్ణక్రియ వ్యూహం సిలికోలో ముందస్తుగా మూల్యాంకనం చేయబడుతుంది.
ఎంజైమాటిక్ జీర్ణక్రియలో అధిక సామర్థ్యం- ముందుగా రూపొందించిన ఎంజైమాటిక్ జీర్ణక్రియ క్రోమోజోమ్‌పై మరింత సమానంగా పంపిణీ చేయబడిన SLAFలను అందిస్తుంది.ఫ్రాగ్మెంట్ సేకరణ సమర్థవంతంగా 95% కంటే ఎక్కువ సాధించవచ్చు.
పునరావృత క్రమాన్ని నివారించండి– SLAF-Seq డేటాలో పునరావృత శ్రేణి శాతం 5% కంటే తక్కువకు తగ్గించబడింది, ముఖ్యంగా గోధుమ, మొక్కజొన్న మొదలైన అధిక స్థాయి పునరావృత మూలకాలు ఉన్న జాతులలో.
స్వీయ-అభివృద్ధి చెందిన బయోఇన్ఫర్మేటిక్ వర్క్‌ఫ్లో– BMK తుది అవుట్‌పుట్ యొక్క విశ్వసనీయత మరియు ఖచ్చితత్వాన్ని నిర్ధారించడానికి SLAF-Seq సాంకేతికతకు వర్తించే సమీకృత బయోఇన్ఫర్మేటిక్ వర్క్‌ఫ్లోను అభివృద్ధి చేసింది.
SLAF యొక్క అప్లికేషన్
జన్యు అనుసంధాన పటం
క్రిసాన్తిమం (క్రిసాన్తిమం x మోరిఫోలియం రామట్.)లో అధిక-సాంద్రత కలిగిన జన్యు పటం నిర్మాణం మరియు పూ-రకం లక్షణాలను నియంత్రించే లోకీని గుర్తించడం
జర్నల్: హార్టికల్చర్ రీసెర్చ్ ప్రచురించబడింది: 2020.7
GWAS
జీనోమ్-వైడ్ అసోసియేషన్ మరియు లింకేజ్ మ్యాపింగ్ ఉపయోగించి సోయాబీన్ గింజలలో ఐసోఫావోన్ కంటెంట్‌తో అనుబంధించబడిన అభ్యర్థి జన్యువును గుర్తించడం
జర్నల్: ది ప్లాంట్ జర్నల్ ప్రచురించబడింది: 2020.08
ఎవల్యూషనరీ జెనెటిక్స్
పాపులేషన్ జెనోమిక్ అనాలిసిస్ మరియు డి నోవో అసెంబ్లీ కలుపు బియ్యం యొక్క మూలాన్ని పరిణామాత్మక ఆటగా వెల్లడిస్తున్నాయి
జర్నల్: మాలిక్యులర్ ప్లాంట్ ప్రచురణ: 2019.5
బల్క్డ్ సెగ్రెగెంట్ అనాలిసిస్ (BSA)
GmST1, ఇది సల్ఫోట్రాన్స్‌ఫేరేస్‌ను ఎన్‌కోడ్ చేస్తుంది, సోయాబీన్ మొజాయిక్ వైరస్ జాతులు G2 మరియు G3లకు నిరోధకతను అందిస్తుంది
జర్నల్: ప్లాంట్, సెల్ & ఎన్విరాన్‌మెంట్ ప్రచురణ: 2021.04
సూచన
సన్ ఎక్స్, లియు డి, జాంగ్ ఎక్స్, మరియు ఇతరులు.SLAF-Seq: హై-త్రూపుట్ సీక్వెన్సింగ్[J]ని ఉపయోగించి భారీ-స్థాయి డి నోవో SNP ఆవిష్కరణ మరియు జన్యురూపం యొక్క సమర్థవంతమైన పద్ధతి.మొదటి, 2013, 8(3):e58700
సాంగ్ X, Xu Y, గావో K, మరియు ఇతరులు.క్రిసాన్తిమం (క్రిసాన్తిమం × మోరిఫోలియం రామట్.)లో అధిక-సాంద్రత గల జన్యు పటం నిర్మాణం మరియు పుష్ప-రకం లక్షణాలను నియంత్రించే లోకీని గుర్తించడం.హార్టిక్ రెస్.2020;7:108.
వు డి, లి డి, జావో ఎక్స్, మరియు ఇతరులు.జీనోమ్-వైడ్ అసోసియేషన్ మరియు లింకేజ్ మ్యాపింగ్ ఉపయోగించి సోయాబీన్ విత్తనాలలో ఐసోఫ్లేవోన్ కంటెంట్‌తో అనుబంధించబడిన అభ్యర్థి జన్యువును గుర్తించడం.ప్లాంట్ J. 2020;104(4): 950-963.
సన్ జె, మా డి, టాంగ్ ఎల్, మరియు ఇతరులు.పాపులేషన్ జెనోమిక్ అనాలిసిస్ మరియు డి నోవో అసెంబ్లీ వీడి రైస్ యొక్క మూలాన్ని ఒక ఎవల్యూషనరీ గేమ్‌గా వెల్లడిస్తున్నాయి.మోల్ ప్లాంట్.2019;12(5):632-647.మోల్ ప్లాంట్.2018;11(11):1360-1376.
జావో X, జింగ్ Y, లువో Z, మరియు ఇతరులు.GmST1, ఇది సల్ఫోట్రాన్స్‌ఫేరేస్‌ను ఎన్‌కోడ్ చేస్తుంది, సోయాబీన్ మొజాయిక్ వైరస్ జాతులు G2 మరియు G3లకు నిరోధకతను అందిస్తుంది.ప్లాంట్ సెల్ ఎన్విరాన్.2021;10.1111/pce.14066
పోస్ట్ సమయం: జనవరి-04-2022