పూర్తి-నిడివి mRNA సీక్వెన్సింగ్-నానోపోర్
సేవా ప్రయోజనాలు
● తక్కువ సీక్వెన్స్ బయాస్
● పూర్తి-నిడివి గల cDNA అణువులను బహిర్గతం చేయడం
● అదే సంఖ్యలో ట్రాన్‌స్క్రిప్ట్‌లను కవర్ చేయడానికి తక్కువ డేటా అవసరం
● ఒక్కో జన్యువుకు బహుళ ఐసోఫామ్‌ల గుర్తింపు
● ఐసోఫార్మ్ స్థాయిలో వ్యక్తీకరణ పరిమాణం
సర్వీస్ స్పెసిఫికేషన్స్
| గ్రంధాలయం | వేదిక | సిఫార్సు చేయబడిన డేటా రాబడి (Gb) | నాణ్యత నియంత్రణ |
| cDNA-PCR(పాలీ-A సుసంపన్నం) | నానోపోర్ ప్రోమెథియాన్ P48 | 6 Gb/నమూనా (జాతుల ఆధారంగా) | పూర్తి-నిడివి నిష్పత్తి →70% సగటు నాణ్యత స్కోర్: Q10
|
బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ విశ్లేషణలు
●ముడి డేటా ప్రాసెసింగ్
● ట్రాన్స్క్రిప్ట్ గుర్తింపు
● ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లికింగ్
● జన్యు స్థాయి మరియు ఐసోఫార్మ్ స్థాయిలో వ్యక్తీకరణ పరిమాణం
● భేదాత్మక వ్యక్తీకరణ విశ్లేషణ
● ఫంక్షన్ ఉల్లేఖన మరియు సుసంపన్నత (DEGలు మరియు DETలు)
నమూనా అవసరాలు మరియు డెలివరీ
నమూనా అవసరాలు:
న్యూక్లియోటైడ్లు:
| Conc.(ng/μl) | మొత్తం (μg) | స్వచ్ఛత | సమగ్రత |
| ≥ 100 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 జెల్‌పై చూపబడిన ప్రోటీన్ లేదా DNA కాలుష్యం పరిమితం లేదా లేదు. | మొక్కల కోసం: RIN≥7.0; జంతువుల కోసం: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; పరిమిత లేదా బేస్‌లైన్ ఎలివేషన్ లేదు |
కణజాలం: బరువు(పొడి): ≥1 గ్రా
*5 mg కంటే చిన్న కణజాలం కోసం, ఫ్లాష్ స్తంభింపచేసిన (ద్రవ నత్రజనిలో) కణజాల నమూనాను పంపమని మేము సిఫార్సు చేస్తున్నాము.
సెల్ సస్పెన్షన్: సెల్ కౌంట్ = 3×106- 1×107
*ఘనీభవించిన సెల్ లైసేట్‌ను రవాణా చేయాలని మేము సిఫార్సు చేస్తున్నాము.ఒకవేళ ఆ గడి 5×10 కంటే తక్కువగా ఉంటే5, ద్రవ నత్రజనిలో స్తంభింపచేసిన ఫ్లాష్ సిఫార్సు చేయబడింది, ఇది సూక్ష్మ సంగ్రహణకు ప్రాధాన్యతనిస్తుంది.
రక్త నమూనాలు: వాల్యూమ్≥1 ml
సిఫార్సు చేయబడిన నమూనా డెలివరీ
కంటైనర్: 2 ml సెంట్రిఫ్యూజ్ ట్యూబ్ (టిన్ ఫాయిల్ సిఫార్సు చేయబడదు)
నమూనా లేబులింగ్: సమూహం+ప్రతిరూపం ఉదా A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
రవాణా: 2, డ్రై-ఐస్: నమూనాలను సంచుల్లో ప్యాక్ చేయాలి మరియు డ్రై-ఐస్‌లో పాతిపెట్టాలి.
- RNA స్టేబుల్ ట్యూబ్‌లు: RNA నమూనాలను RNA స్టెబిలైజేషన్ ట్యూబ్‌లో ఎండబెట్టవచ్చు (ఉదా. RNAstable®) మరియు గది ఉష్ణోగ్రతలో రవాణా చేయబడుతుంది.
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
న్యూక్లియోటైడ్లు:
నమూనా డెలివరీ
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకం తర్వాత సేవలు
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
కణజాలం:
ప్రయోగ రూపకల్పన
నమూనా డెలివరీ
RNA వెలికితీత
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకం తర్వాత సేవలు
1.అవకలన వ్యక్తీకరణ విశ్లేషణ - అగ్నిపర్వతం ప్లాట్లు
భేదాత్మకంగా వ్యక్తీకరించబడిన జన్యువులను (DEG లు) గుర్తించడానికి మరియు విభిన్నంగా గుర్తించడానికి ఐసోఫార్మ్ స్థాయిలో రెండు జన్యు స్థాయిలలో అవకలన వ్యక్తీకరణ విశ్లేషణను ప్రాసెస్ చేయవచ్చు.
వ్యక్తీకరించబడిన లిప్యంతరీకరణలు (DETలు)
2.క్రమానుగత క్లస్టరింగ్ హీట్‌మ్యాప్
3.Alternative splicing గుర్తింపు మరియు వర్గీకరణ
అస్తలవిస్టా ద్వారా ఐదు రకాల ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లికింగ్ ఈవెంట్‌లను అంచనా వేయవచ్చు.
4.పాలీ-A యొక్క 50 bp అప్‌స్ట్రీమ్ వద్ద ప్రత్యామ్నాయ పాలీ-అడెనిలేషన్ (APA) ఈవెంట్‌ల గుర్తింపు మరియు మోటిఫ్
BMK కేసు
నానోపోర్ పూర్తి-నిడివి ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ సీక్వెన్సింగ్ ద్వారా ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లికింగ్ ఐడెంటిఫికేషన్ మరియు ఐసోఫార్మ్-లెవల్ క్వాంటిఫికేషన్
ప్రచురించబడింది:నేచర్ కమ్యూనికేషన్స్, 2020
సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం:
గ్రూపింగ్: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E మ్యుటేషన్);3. సాధారణ B-కణాలు
సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం: MinION 2D లైబ్రరీ సీక్వెన్సింగ్, PromethION 1D లైబ్రరీ సీక్వెన్సింగ్;అదే నమూనాల నుండి షార్ట్-రీడ్ డేటా
సీక్వెన్సింగ్ ప్లాట్‌ఫారమ్: నానోపోర్ మినియాన్;నానోపోర్ ప్రోమెథియాన్;
కీలక ఫలితాలు
1.ఐసోఫార్మ్-లెవల్ ఆల్టర్నేటివ్ స్ప్లికింగ్ ఐడెంటిఫికేషన్
దీర్ఘ-రీడ్ సీక్వెన్సులు ఉత్పరివర్తన చెందిన SF3B1 యొక్క గుర్తింపును శక్తివంతం చేస్తాయిK700E-ఐసోఫార్మ్-స్థాయి వద్ద స్ప్లైస్ సైట్‌లను మార్చారు.35 ప్రత్యామ్నాయ 3′SSలు మరియు 10 ప్రత్యామ్నాయ 5′SSలు SF3B1 మధ్య గణనీయంగా భేదాత్మకంగా విభజించబడినట్లు కనుగొనబడింది.K700Eమరియు SF3B1WT.35 మార్పుల్లో 33 లాంగ్-రీడ్ సీక్వెన్స్‌ల ద్వారా కొత్తగా కనుగొనబడ్డాయి.
2.ఐసోఫార్మ్-లెవల్ ఆల్టర్నేటివ్ స్ప్లికింగ్ క్వాంటిఫికేషన్
SF3B1లో ఇంట్రాన్ రిటెన్షన్ (IR) ఐసోఫామ్‌ల వ్యక్తీకరణK700Eమరియు SF3B1WTనానోపోర్ సీక్వెన్స్‌ల ఆధారంగా లెక్కించబడ్డాయి, SF3B1లో IR ఐసోఫామ్‌ల యొక్క గ్లోబల్ డౌన్-రెగ్యులేషన్‌ను వెల్లడిస్తుందిK700E.
సూచన
టాంగ్ AD , Soulette CM , బారెన్ MJV , మరియు ఇతరులు.దీర్ఘకాలిక లింఫోసైటిక్ లుకేమియాలో SF3B1 మ్యుటేషన్ యొక్క పూర్తి-నిడివి ట్రాన్స్క్రిప్ట్ క్యారెక్టరైజేషన్ నిలుపుకున్న ఇంట్రాన్స్[J] యొక్క నియంత్రణను వెల్లడిస్తుంది.నేచర్ కమ్యూనికేషన్స్.
