10x జెనోమిక్స్ విసియం స్పేషియల్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్
లక్షణాలు
● రిజల్యూషన్: 100 µM
● స్పాట్ వ్యాసం: 55 µM
● స్పాట్‌ల సంఖ్య: 4992
● క్యాప్చర్ ప్రాంతం: 6.5 x 6.5 మిమీ
● ప్రతి బార్‌కోడ్ స్పాట్ 4 విభాగాలతో కూడిన ప్రైమర్‌లతో లోడ్ చేయబడింది:
- mRNA ప్రైమింగ్ మరియు cDNA సంశ్లేషణ కోసం పాలీ(dT) తోక
- యాంప్లిఫికేషన్ బయాస్‌ని సరిచేయడానికి యూనిక్ మాలిక్యులర్ ఐడెంటిఫైయర్ (UMI).
- ప్రాదేశిక బార్‌కోడ్
- పాక్షిక రీడ్ 1 సీక్వెన్సింగ్ ప్రైమర్ బైండింగ్ సీక్వెన్స్
● విభాగాల H&E స్టెయినింగ్
ప్రయోజనాలు
●వన్-స్టాప్ సర్వీస్: క్రయో-సెక్షన్, స్టెయినింగ్, టిష్యూ ఆప్టిమైజేషన్, స్పేషియల్ బార్‌కోడింగ్, లైబ్రరీ ప్రిపరేషన్, సీక్వెన్సింగ్ మరియు బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్‌తో సహా అన్ని అనుభవం మరియు నైపుణ్యం-ఆధారిత దశలను ఏకీకృతం చేస్తుంది.
● అత్యంత నైపుణ్యం కలిగిన సాంకేతిక బృందం: మానవ, ఎలుక, క్షీరదం, చేపలు మరియు మొక్కలతో సహా 250 కంటే ఎక్కువ కణజాల రకాలు మరియు 100+ జాతులలో అనుభవంతో.
●మొత్తం ప్రాజెక్ట్‌పై నిజ-సమయ నవీకరణ: ప్రయోగాత్మక పురోగతిపై పూర్తి నియంత్రణతో.
●సమగ్ర ప్రామాణిక బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్:ప్యాకేజీలో 29 విశ్లేషణలు మరియు 100+ అధిక-నాణ్యత గణాంకాలు ఉన్నాయి.
●అనుకూలీకరించిన డేటా విశ్లేషణ మరియు విజువలైజేషన్: వివిధ పరిశోధన అభ్యర్థనల కోసం అందుబాటులో ఉంది.
●సింగిల్-సెల్ mRNA సీక్వెన్సింగ్‌తో ఐచ్ఛిక ఉమ్మడి విశ్లేషణ
స్పెసిఫికేషన్లు
| నమూనా అవసరాలు | గ్రంధాలయం | సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం | డేటా సిఫార్సు చేయబడింది | నాణ్యత నియంత్రణ |
| OCT-ఎంబెడెడ్ క్రయో నమూనాలు, FFPE నమూనాలు (ఆప్టిమల్ వ్యాసం: సుమారు 6x6x6 mm3) ప్రతి నమూనాకు 3 బ్లాక్‌లు | 10X Visium cDNA లైబ్రరీ | ఇల్యూమినా PE150 | ఒక్కో స్పాట్‌కు 50K PE రీడ్‌లు (60Gb) | RIN>7 |
నమూనా తయారీ మార్గదర్శకత్వం మరియు సర్వీస్ వర్క్‌ఫ్లో మరిన్ని వివరాల కోసం, దయచేసి సంకోచించకండి aBMKGENE నిపుణుడు
సర్వీస్ వర్క్‌ఫ్లో
నమూనా తయారీ దశలో, అధిక-నాణ్యత RNA పొందవచ్చని నిర్ధారించడానికి ప్రారంభ బల్క్ RNA వెలికితీత ట్రయల్ నిర్వహించబడుతుంది.కణజాల ఆప్టిమైజేషన్ దశలో, విభాగాలు తడిసినవి మరియు దృశ్యమానం చేయబడతాయి మరియు కణజాలం నుండి mRNA విడుదల కోసం పారగమ్యత పరిస్థితులు ఆప్టిమైజ్ చేయబడతాయి.లైబ్రరీ నిర్మాణ సమయంలో ఆప్టిమైజ్ చేయబడిన ప్రోటోకాల్ వర్తించబడుతుంది, తరువాత సీక్వెన్సింగ్ మరియు డేటా విశ్లేషణ ఉంటుంది.
పూర్తి సర్వీస్ వర్క్‌ఫ్లో రియల్-టైమ్ అప్‌డేట్‌లు మరియు క్లయింట్ నిర్ధారణలను కలిగి ఉంటుంది, ఇది ప్రతిస్పందించే ఫీడ్‌బ్యాక్ లూప్‌ను నిర్వహించడానికి, సాఫీగా ప్రాజెక్ట్ అమలును నిర్ధారిస్తుంది.
కింది విశ్లేషణను కలిగి ఉంటుంది:
డేటా నాణ్యత నియంత్రణ:
o డేటా అవుట్‌పుట్ మరియు నాణ్యమైన స్కోర్ పంపిణీ
ప్రతి ప్రదేశానికి జన్యు గుర్తింపు
o కణజాల కవరేజ్
అంతర్గత నమూనా విశ్లేషణ:
ఓ జన్యు సంపద
తగ్గిన డైమెన్షన్ విశ్లేషణతో సహా స్పాట్ క్లస్టరింగ్
క్లస్టర్ల మధ్య భేదాత్మక వ్యక్తీకరణ విశ్లేషణ: మార్కర్ జన్యువుల గుర్తింపు
మార్కర్ జన్యువుల ఫంక్షనల్ ఉల్లేఖన మరియు సుసంపన్నం
ఇంటర్-గ్రూప్ విశ్లేషణ
o రెండు నమూనాల (ఉదా. వ్యాధిగ్రస్తులు మరియు నియంత్రణ) మరియు తిరిగి క్లస్టర్ నుండి మచ్చల పునః కలయిక
ప్రతి క్లస్టర్ కోసం మార్కర్ జన్యువుల గుర్తింపు
మార్కర్ జన్యువుల ఫంక్షనల్ ఉల్లేఖన మరియు సుసంపన్నం
o సమూహాల మధ్య ఒకే క్లస్టర్ యొక్క అవకలన వ్యక్తీకరణ
అంతర్గత నమూనా విశ్లేషణ
స్పాట్ క్లస్టరింగ్
మార్కర్ జన్యువుల గుర్తింపు మరియు ప్రాదేశిక పంపిణీ
ఇంటర్-గ్రూప్ విశ్లేషణ
రెండు సమూహాల నుండి డేటా కలయిక మరియు రీ-క్లస్టర్
కొత్త సమూహాల మార్కర్ జన్యువులు
ఈ ఫీచర్ చేయబడిన ప్రచురణలలో 10X Visium ద్వారా BMKGene యొక్క స్పేషియల్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమిక్స్ సేవ ద్వారా సులభతరం చేయబడిన పురోగతిని అన్వేషించండి:
చెన్, D. మరియు ఇతరులు.(2023) 'mthl1, క్షీరద సంశ్లేషణ GPCRs యొక్క సంభావ్య డ్రోసోఫిలా హోమోలాగ్, ఫ్లైస్‌లో ఇంజెక్ట్ చేయబడిన ఆంకోజెనిక్ కణాలకు యాంటీట్యూమర్ ప్రతిచర్యలలో పాల్గొంటుంది', యునైటెడ్ స్టేట్స్ ఆఫ్ అమెరికా యొక్క నేషనల్ అకాడమీ ఆఫ్ సైన్సెస్ ప్రొసీడింగ్స్, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
చెన్, Y. మరియు ఇతరులు.(2023) 'స్టీల్ స్పాటియోటెంపోరల్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమిక్ డేటా యొక్క హై-రిజల్యూషన్ డీలైన్‌ను ఎనేబుల్ చేస్తుంది', బ్రీఫింగ్స్ ఇన్ బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్, 24(2), pp. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
లియు, సి. మరియు ఇతరులు.(2022) 'ఆర్కిడ్ పువ్వుల అభివృద్ధిలో ఆర్గానోజెనిసిస్ యొక్క స్పాటియోటెంపోరల్ అట్లాస్', న్యూక్లియిక్ యాసిడ్స్ రీసెర్చ్, 50(17), pp. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
వాంగ్, J. మరియు ఇతరులు.(2023) 'ఇంటిగ్రేటింగ్ స్పేషియల్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమిక్స్ మరియు సింగిల్-న్యూక్లియస్ RNA సీక్వెన్సింగ్ రివీల్స్ ది పొటెన్షియల్ థెరప్యూటిక్ స్ట్రాటజీస్ ఫర్ యుటెరైన్ లియోమియోమా', ఇంటర్నేషనల్ జర్నల్ ఆఫ్ బయోలాజికల్ సైన్సెస్, 19(8), pp. 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
