-
குரோமாடின் இம்யூனோபிரெசிபிட்டேஷன் சீக்வென்சிங் (ChIP-seq)
ஹிஸ்டோன் மாற்றம், டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகள் மற்றும் பிற டிஎன்ஏ-தொடர்புடைய புரதங்களுக்கான டிஎன்ஏ இலக்குகளின் மரபணு அளவிலான விவரக்குறிப்பை ChIP-Seq வழங்குகிறது.இது குறிப்பிட்ட புரத-டிஎன்ஏ வளாகங்களை மீட்டெடுக்க குரோமாடின் இம்யூனோ-பிரிசிபிட்டேஷன் (சிஐபி) தேர்வை ஒருங்கிணைக்கிறது, மீட்கப்பட்ட டிஎன்ஏவின் உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறைக்கான அடுத்த தலைமுறை வரிசைமுறையின் (என்ஜிஎஸ்) சக்தியுடன்.கூடுதலாக, புரதம்-டிஎன்ஏ வளாகங்கள் உயிரணுக்களிலிருந்து மீட்டெடுக்கப்படுவதால், பிணைப்பு தளங்களை வெவ்வேறு செல் வகைகள் மற்றும் திசுக்களில் அல்லது வெவ்வேறு நிலைமைகளின் கீழ் ஒப்பிடலாம்.பயன்பாடுகள் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் ஒழுங்குமுறை முதல் வளர்ச்சி பாதைகள் வரை நோய் வழிமுறைகள் மற்றும் அதற்கு அப்பால் உள்ளன.
இயங்குதளம்: இல்லுமினா நோவாசெக் இயங்குதளம்
-
மெட்டாஜெனோமிக் சீக்வென்சிங் -என்ஜிஎஸ்
மெட்டாஜெனோம் என்பது சுற்றுச்சூழல் மெட்டஜெனோம், மனித மெட்டஜெனோம் போன்ற உயிரினங்களின் கலப்பு சமூகத்தின் மொத்த மரபணுப் பொருட்களின் தொகுப்பைக் குறிக்கிறது. இது சாகுபடி செய்யக்கூடிய மற்றும் பயிரிட முடியாத நுண்ணுயிரிகளின் மரபணுக்களைக் கொண்டுள்ளது.மெட்டாஜெனோமிக் சீக்வென்சிங் என்பது சுற்றுச்சூழல் மாதிரிகளிலிருந்து பிரித்தெடுக்கப்பட்ட கலப்பு மரபணுப் பொருட்களை பகுப்பாய்வு செய்யப் பயன்படும் ஒரு மூலக்கூறு கருவியாகும், இது உயிரினங்களின் பன்முகத்தன்மை மற்றும் மிகுதி, மக்கள்தொகை அமைப்பு, பைலோஜெனடிக் உறவு, செயல்பாட்டு மரபணுக்கள் மற்றும் சுற்றுச்சூழல் காரணிகளுடன் தொடர்பு நெட்வொர்க் பற்றிய விரிவான தகவல்களை வழங்குகிறது.
நடைமேடை:Illumina NovaSeq இயங்குதளம்
-
மெட்டாஜெனோமிக் சீக்வென்சிங்-நானோபூர்
மெட்டாஜெனோமிக்ஸ் என்பது சுற்றுச்சூழல் மாதிரிகளிலிருந்து பிரித்தெடுக்கப்பட்ட கலப்பு மரபணுப் பொருட்களை பகுப்பாய்வு செய்யப் பயன்படும் ஒரு மூலக்கூறு கருவியாகும், இது இனங்கள் பன்முகத்தன்மை மற்றும் மிகுதி, மக்கள்தொகை அமைப்பு, பைலோஜெனடிக் உறவு, செயல்பாட்டு மரபணுக்கள் மற்றும் சுற்றுச்சூழல் காரணிகளுடன் தொடர்பு நெட்வொர்க் போன்ற விரிவான தகவல்களை வழங்குகிறது. நானோபூர் வரிசைமுறை தளங்கள் சமீபத்தில் அறிமுகப்படுத்தப்பட்டது மெட்டஜெனோமிக் ஆய்வுகளுக்கு.வாசிப்பு நீளத்தில் அதன் சிறந்த செயல்திறன், ஸ்ட்ரீம் மெட்டஜெனோமிக் பகுப்பாய்வு, குறிப்பாக மெட்டாஜெனோம் அசெம்பிளியை மேம்படுத்தியது.வாசிப்பு-நீளத்தின் நன்மைகளைப் பயன்படுத்தி, ஷாட்-கன் மெட்டஜெனோமிக்ஸுடன் ஒப்பிடுகையில், நானோபோரை அடிப்படையாகக் கொண்ட மெட்டஜெனோமிக் ஆய்வு அதிக தொடர்ச்சியான அசெம்பிளியை அடைய முடியும்.நானோபோரை அடிப்படையாகக் கொண்ட மெட்டஜெனோமிக்ஸ் நுண்ணுயிரிகளிலிருந்து முழுமையான மற்றும் மூடிய பாக்டீரியா மரபணுக்களை வெற்றிகரமாக உருவாக்கியது என்று வெளியிடப்பட்டுள்ளது (பாசி, EL, மற்றும் பலர்,இயற்கை பயோடெக், 2020)
நடைமேடை:நானோபூர் ப்ரோமேதியான் பி48
-
முழு மரபணு பைசல்ஃபைட் வரிசைமுறை
சைட்டோசினில் ஐந்தாவது இடத்தில் உள்ள டிஎன்ஏ மெத்திலேஷன் (5-எம்சி) மரபணு வெளிப்பாடு மற்றும் செல்லுலார் செயல்பாட்டில் ஒரு அடிப்படை செல்வாக்கு உள்ளது.அசாதாரண மெத்திலேஷன் முறைகள் புற்றுநோய் போன்ற பல நிலைமைகள் மற்றும் நோய்களுடன் தொடர்புடையவை.ஒற்றை அடிப்படைத் தீர்மானத்தில் மரபணு அளவிலான மெத்திலேஷனைப் படிப்பதற்கான தங்கத் தரமாக WGBS ஆனது.
இயங்குதளம்: இல்லுமினா நோவாசெக் இயங்குதளம்
-
உயர் த்ரோபுட் சீக்வென்சிங் (ATAC-seq) உடன் டிரான்ஸ்போசேஸ்-அணுகக்கூடிய குரோமாடினுக்கான மதிப்பீடு
ATAC-seq என்பது மரபணு அளவிலான குரோமாடின் அணுகலை பகுப்பாய்வு செய்வதற்கான உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறை முறையாகும், இது மரபணு வெளிப்பாட்டின் உலகளாவிய எபிஜெனெடிக் கட்டுப்பாட்டிற்கு முக்கியமானது.ஹைபராக்டிவ் Tn5 டிரான்ஸ்போசேஸ் மூலம் திறந்த குரோமாடின் பகுதிகளில் சீக்வென்சிங் அடாப்டர்கள் செருகப்படுகின்றன.PCR பெருக்கத்திற்குப் பிறகு, ஒரு வரிசை நூலகம் கட்டப்பட்டது.அனைத்து திறந்த குரோமாடின் பகுதிகளும் ஒரு குறிப்பிட்ட இட-நேர நிபந்தனையின் கீழ் பெறப்படலாம், இது டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணி அல்லது ஒரு குறிப்பிட்ட ஹிஸ்டோன் மாற்றியமைக்கப்பட்ட பகுதியின் பிணைப்பு தளங்களுக்கு மட்டுப்படுத்தப்படவில்லை.
-
16S/18S/ITS ஆம்ப்ளிகான் சீக்வென்சிங்-PacBio
16S மற்றும் 18S rRNA இல் உள்ள துணை அலகு மிகவும் பாதுகாக்கப்பட்ட மற்றும் உயர்-மாறும் பகுதிகள் இரண்டையும் கொண்டுள்ளது, இது புரோகாரியோடிக் மற்றும் யூகாரியோடிக் உயிரினங்களை அடையாளம் காண சரியான மூலக்கூறு கைரேகை ஆகும்.வரிசைமுறையின் சாதகமாக, இந்த ஆம்பிளிகான்கள் பாதுகாக்கப்பட்ட பகுதிகளின் அடிப்படையில் குறிவைக்கப்படலாம் மற்றும் நுண்ணுயிர் அடையாளம் காணும் வகையில் ஹைப்பர்-மாறும் பகுதிகளை முழுமையாக வகைப்படுத்தலாம். ) PacBio இயங்குதளத்தின் வரிசைமுறையானது மிகவும் துல்லியமான நீண்ட வாசிப்புகளைப் பெற உதவுகிறது, இது முழு நீள ஆம்பிளிகான்களை (தோராயமாக 1.5 Kb) உள்ளடக்கும்.மரபணு புலத்தின் பரந்த பார்வை பாக்டீரியா அல்லது பூஞ்சை சமூகத்தில் இனங்கள் சிறுகுறிப்பில் தீர்மானத்தை பெரிதும் மேம்படுத்தியது.
நடைமேடை:PacBio தொடர்ச்சி II
-
16S/18S/ITS ஆம்ப்ளிகான் சீக்வென்சிங்-NGS
16S/18S/ITS ஆம்ப்ளிகான் வரிசைமுறையானது நுண்ணுயிர் சமூகத்தில் பைலோஜெனி, வகைபிரித்தல் மற்றும் இனங்கள் மிகுதியாக இருப்பதை வெளிப்படுத்துவதை நோக்கமாகக் கொண்டுள்ளது, இது மிகவும் உரையாடப்பட்ட மற்றும் மிகை மாறக்கூடிய பகுதிகளைக் கொண்ட வீட்டு பராமரிப்பு மரபணு குறிப்பான்களின் PCR தயாரிப்புகளை ஆராய்கிறது.Woeses et al,(1977) மூலம் இந்த சரியான மூலக்கூறு கைரேகையின் அறிமுகம் தனிமைப்படுத்தப்படாத நுண்ணுயிர் விவரக்குறிப்பை மேம்படுத்துகிறது.16S (பாக்டீரியா), 18S (பூஞ்சை) மற்றும் உள்ளக டிரான்ஸ்கிரிப்ட் ஸ்பேசர் (ITS, பூஞ்சை) ஆகியவற்றின் வரிசைமுறையானது ஏராளமான இனங்கள் மற்றும் அரிதான மற்றும் அடையாளம் காணப்படாத உயிரினங்களை அடையாளம் காண அனுமதிக்கிறது.மனித வாய், குடல், மலம் போன்ற பல்வேறு சூழல்களில் வேறுபட்ட நுண்ணுயிர் கலவையை அடையாளம் காண்பதில் இந்த தொழில்நுட்பம் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படும் மற்றும் முக்கிய கருவியாக மாறியுள்ளது.
நடைமேடை:Illumina NovaSeq இயங்குதளம்
-
பாக்டீரியா மற்றும் பூஞ்சை முழு ஜீனோம் மறு வரிசைமுறை
பாக்டீரியா மற்றும் பூஞ்சை முழு மரபணு மறு வரிசைப்படுத்தல் என்பது அறியப்பட்ட பாக்டீரியம் மற்றும் பூஞ்சைகளின் மரபணுக்களை நிறைவு செய்வதற்கும், பல மரபணுக்களை ஒப்பிடுவதற்கும் அல்லது புதிய உயிரினங்களின் மரபணுக்களை வரைபடமாக்குவதற்கும் ஒரு முக்கியமான கருவியாகும்.துல்லியமான குறிப்பு மரபணுக்களை உருவாக்குவதற்கும், நுண்ணுயிர் அடையாளம் மற்றும் பிற ஒப்பீட்டு மரபணு ஆய்வுகள் செய்வதற்கும் பாக்டீரியம் மற்றும் பூஞ்சைகளின் முழு மரபணுக்களையும் வரிசைப்படுத்துவது மிகவும் முக்கியத்துவம் வாய்ந்தது.
இயங்குதளம்:இலுமினா நோவாசெக் இயங்குதளம்
-
PacBio-முழு நீளம் 16S/18S/ITS ஆம்ப்ளிகான் வரிசைமுறை
ஆம்ப்ளிகான் (16S/18S/ITS) இயங்குதளமானது நுண்ணுயிர் பன்முகத்தன்மை திட்ட பகுப்பாய்வில் பல வருட அனுபவத்துடன் உருவாக்கப்பட்டது, இதில் தரப்படுத்தப்பட்ட அடிப்படை பகுப்பாய்வு மற்றும் தனிப்பயனாக்கப்பட்ட பகுப்பாய்வு உள்ளது: அடிப்படை பகுப்பாய்வு தற்போதைய நுண்ணுயிர் ஆராய்ச்சியின் முக்கிய பகுப்பாய்வு உள்ளடக்கத்தை உள்ளடக்கியது, பகுப்பாய்வு உள்ளடக்கம் பணக்கார மற்றும் விரிவானது, மற்றும் பகுப்பாய்வு முடிவுகள் திட்ட அறிக்கைகள் வடிவில் வழங்கப்படுகின்றன;தனிப்பயனாக்கப்பட்ட பகுப்பாய்வின் உள்ளடக்கம் வேறுபட்டது.தனிப்பயனாக்கப்பட்ட தேவைகளை உணர, மாதிரிகளைத் தேர்ந்தெடுக்கலாம் மற்றும் அடிப்படை பகுப்பாய்வு அறிக்கை மற்றும் ஆராய்ச்சி நோக்கத்தின்படி அளவுருக்களை நெகிழ்வாக அமைக்கலாம்.விண்டோஸ் இயங்குதளம், எளிய மற்றும் வேகமானது.
-
PacBio-முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் (குறிப்பு அல்லாதது)
Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sequencing தரவுகளை உள்ளீடாக எடுத்துக் கொண்டால், இந்த ஆப்ஸ் முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்ட் தொடர்களை (அசெம்பிளி இல்லாமல்) அடையாளம் காண முடியும்.குறிப்பு ஜீனோமுக்கு எதிராக முழு நீள தொடர்களை மேப்பிங் செய்வதன் மூலம், அறியப்பட்ட மரபணுக்கள், டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள், குறியீட்டு பகுதிகள் போன்றவற்றால் டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களை மேம்படுத்தலாம். இந்த விஷயத்தில், மாற்று பிளவுகள் போன்ற mRNA கட்டமைப்புகளை மிகவும் துல்லியமாக அடையாளம் காண முடியும்.NGS டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் சீக்வென்சிங் தரவுகளுடன் கூட்டு பகுப்பாய்வு, டிரான்ஸ்கிரிப்ட் மட்டத்தில் வெளிப்பாட்டில் மிகவும் விரிவான சிறுகுறிப்பு மற்றும் மிகவும் துல்லியமான அளவீடுகளை செயல்படுத்துகிறது, இது பெரும்பாலும் கீழ்நிலை வேறுபாடு வெளிப்பாடு மற்றும் செயல்பாட்டு பகுப்பாய்வுக்கு பயனளிக்கிறது.
-
குறைக்கப்பட்ட பிரதிநிதித்துவம் பைசல்பைட் வரிசைமுறை (RRBS)
டிஎன்ஏ மெத்திலேஷன் ஆராய்ச்சி எப்போதுமே நோய் ஆராய்ச்சியில் பரபரப்பான தலைப்பாக இருந்து வருகிறது, மேலும் இது மரபணு வெளிப்பாடு மற்றும் பினோ-டைபிக் பண்புகளுடன் நெருக்கமாக தொடர்புடையது.RRBS என்பது டிஎன்ஏ மெத்திலேஷன் ஆராய்ச்சிக்கான துல்லியமான, திறமையான மற்றும் சிக்கனமான முறையாகும்.என்சைம் பிளவு (Msp I) மூலம் ஊக்குவிப்பாளர் மற்றும் CpG தீவுப் பகுதிகளின் செறிவூட்டல், Bisulfite வரிசைமுறையுடன் இணைந்து, உயர் தெளிவுத்திறன் கொண்ட DNA மெத்திலேஷன் கண்டறிதலை வழங்குகிறது.
இயங்குதளம்: இல்லுமினா நோவாசெக் இயங்குதளம்
-
புரோகாரியோடிக் எம்ஆர்என்ஏ வரிசைமுறை
mRNA வரிசைமுறையானது குறிப்பிட்ட நிபந்தனைகளின் கீழ் செல்களுக்குள் உள்ள அனைத்து mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களின் விரிவான விவரக்குறிப்பை மேம்படுத்துகிறது.இந்த அதிநவீன தொழில்நுட்பம் ஒரு சக்திவாய்ந்த கருவியாக செயல்படுகிறது, சிக்கலான மரபணு வெளிப்பாடு சுயவிவரங்கள், மரபணு கட்டமைப்புகள் மற்றும் பல்வேறு உயிரியல் செயல்முறைகளுடன் தொடர்புடைய மூலக்கூறு வழிமுறைகளை வெளிப்படுத்துகிறது.அடிப்படை ஆராய்ச்சி, மருத்துவ நோயறிதல் மற்றும் மருந்து மேம்பாடு ஆகியவற்றில் பரவலாக ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட எம்ஆர்என்ஏ வரிசைமுறை செல்லுலார் இயக்கவியல் மற்றும் மரபணு ஒழுங்குமுறையின் நுணுக்கங்களைப் பற்றிய நுண்ணறிவுகளை வழங்குகிறது.எங்களின் புரோகாரியோடிக் எம்ஆர்என்ஏ மாதிரி செயலாக்கமானது ஆர்ஆர்என்ஏ குறைப்பு மற்றும் திசை நூலகத் தயாரிப்பை உள்ளடக்கிய புரோகாரியோடிக் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம்களுக்கு ஏற்ப வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது.
இயங்குதளம்: இல்லுமினா நோவாசெக் எக்ஸ்
