தயாரிப்புகள்

தாவர/விலங்கு டி நோவோ ஜீனோம் வரிசைமுறை

தாவர/விலங்கு டி நோவோ ஜீனோம் சீக்வென்சிங் சிறப்புப் படம்

டி நோவோவரிசைப்படுத்துதல் என்பது ஒரு இனத்தின் முழு மரபணுவை வரிசைப்படுத்தும் தொழில்நுட்பங்களைப் பயன்படுத்தி உருவாக்குவதைக் குறிக்கிறது, எ.கா. PacBio, Nanopore, NGS, முதலியன, குறிப்பு மரபணு இல்லாத நிலையில்.மூன்றாம் தலைமுறை வரிசைமுறை தொழில்நுட்பங்களின் வாசிப்பு நீளத்தில் குறிப்பிடத்தக்க முன்னேற்றம், சிக்கலான மரபணுக்களை ஒன்று சேர்ப்பதில் புதிய வாய்ப்புகளைக் கொண்டு வந்துள்ளது, அதாவது உயர் ஹீட்டோரோசைகோசிட்டி, மீண்டும் மீண்டும் நிகழும் பகுதிகளின் அதிக விகிதம், பாலிப்ளாய்டுகள் போன்றவை. பல்லாயிரக்கணக்கான கிலோபேஸ் அளவில் படிக்கும் நீளத்துடன், இந்த வரிசைமுறை வாசிப்புகளை செயல்படுத்துகிறது. மீண்டும் மீண்டும் வரும் கூறுகள், அசாதாரண GC உள்ளடக்கங்களைக் கொண்ட பகுதிகள் மற்றும் பிற மிகவும் சிக்கலான பகுதிகளைத் தீர்ப்பது.

இயங்குதளம்: PacBio தொடர் II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq இயங்குதளம்

எங்களை தொடர்பு கொள்ள

சேவை விவரங்கள்

டெமோ முடிவுகள்

வழக்கு ஆய்வு

சேவை நன்மைகள்

1-டி-நோவோ-ஜீனோம்-அசெம்பிளி-இன்-சீக்வென்சிங்-மற்றும்-பயோ-இன்ஃபர்மேடிக்ஸ்-ஆஃப்-டெவலப்மென்ட்

வரிசைப்படுத்தல் தளங்கள் மற்றும் உயிர் தகவலியல் வளர்ச்சிடி நோவோமரபணு சட்டசபை

(அமரசிங்க எஸ்.எல். மற்றும் பலர்.,மரபணு உயிரியல், 2020)

● நாவல் மரபணுக்களை உருவாக்குதல் மற்றும் ஆர்வமுள்ள இனங்களுக்கான தற்போதைய குறிப்பு மரபணுக்களை மேம்படுத்துதல்.

● சட்டசபையில் அதிக துல்லியம், தொடர்ச்சி மற்றும் முழுமை

● வரிசை பாலிமார்பிசம், க்யூடிஎல்கள், மரபணு எடிட்டிங், இனப்பெருக்கம் போன்றவற்றில் ஆராய்ச்சிக்கான அடிப்படை ஆதாரத்தை உருவாக்குதல்.

● மூன்றாம் தலைமுறை சீக்வென்சிங் பிளாட்பார்ம்களின் முழு நிறமாலையுடன் பொருத்தப்பட்டுள்ளது: ஒரு-நிறுத்த மரபணு சட்டசபை தீர்வு

● பல்வேறு அம்சங்களுடன் பல்வேறு மரபணுக்களை நிறைவேற்றும் நெகிழ்வான வரிசைமுறை மற்றும் அசெம்பிளிங் உத்திகள்

● பாலிப்ளாய்டுகள், ராட்சத ஜீனோம்கள் போன்ற சிக்கலான மரபணுக் கூட்டங்களில் சிறந்த அனுபவமுள்ள உயர் திறமையான உயிர்த் தகவல் நிபுணர் குழு.

● 900க்கும் அதிகமான வெளியிடப்பட்ட தாக்கக் காரணியுடன் 100க்கும் மேற்பட்ட வெற்றிகரமான வழக்குகள்

● குரோமோசோம் அளவிலான ஜீனோம் அசெம்பிளிக்காக 3 மாதங்கள் வரை வேகமாக திரும்புதல்.

● தொடர் காப்புரிமைகள் மற்றும் மென்பொருளின் பதிப்புரிமைகள் கொண்ட உறுதியான தொழில்நுட்ப ஆதரவு சோதனை பக்கத்திலும் உயிர் தகவலியல்களிலும்.

சேவை விவரக்குறிப்புகள்

உள்ளடக்கம்

நடைமேடை

படிக்க நீளம்

கவரேஜ்

மரபணு ஆய்வு

இல்லுமினா நோவாசெக்

PE150

≥ 50X

மரபணு வரிசைமுறை

PacBio Revio

15 kb ஹைஃபை படிக்கிறது

≥ 30X

ஹை-சி

இல்லுமினா நோவாசெக்

PE150

≥100X

வேலை ஓட்டம்

மாதிரி தேவைகள் மற்றும் விநியோகம்

மாதிரி தேவைகள்:

இனங்கள்	திசு	PacBio க்கு	நானோபோருக்கு
விலங்குகள்	உள்ளுறுப்பு உறுப்புகள் (கல்லீரல், மண்ணீரல் போன்றவை)	≥ 1.0 கிராம்	≥ 3.5 கிராம்
	தசை	≥ 1.5 கிராம்	≥ 5.0 கிராம்
	பாலூட்டிகளின் இரத்தம்	≥ 1.5 மி.லி	≥ 5.0 மிலி
	மீன் அல்லது பறவைகளின் இரத்தம்	≥ 0.2 மிலி	≥ 0.5 மிலி
செடிகள்	புதிய இலைகள்	≥ 1.5 கிராம்	≥ 5.0 கிராம்
	இதழ் அல்லது தண்டு	≥ 3.5 கிராம்	≥ 10.0 கிராம்
	வேர்கள் அல்லது விதைகள்	≥ 7.0 கிராம்	≥ 20.0 கிராம்
செல்கள்	செல் கலாச்சாரம்	≥ 3×10⁷	≥ 1×10⁸

பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி விநியோகம்

கொள்கலன்: 2 மில்லி மையவிலக்கு குழாய் (தகரம் படலம் பரிந்துரைக்கப்படவில்லை)
பெரும்பாலான மாதிரிகளுக்கு, எத்தனாலில் சேமிக்க வேண்டாம் என்று பரிந்துரைக்கிறோம்.
மாதிரி லேபிளிங்: மாதிரிகள் தெளிவாக லேபிளிடப்பட வேண்டும் மற்றும் சமர்ப்பிக்கப்பட்ட மாதிரி தகவல் படிவத்துடன் ஒத்ததாக இருக்க வேண்டும்.
ஏற்றுமதி: உலர்-பனி: மாதிரிகளை முதலில் பைகளில் அடைத்து உலர் பனியில் புதைக்க வேண்டும்.

சேவை வேலை ஓட்டம்

சோதனை வடிவமைப்பு

மாதிரி விநியோகம்

டிஎன்ஏ பிரித்தெடுத்தல்

நூலக கட்டுமானம்

வரிசைப்படுத்துதல்

தரவு பகுப்பாய்வு

விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள்

முந்தைய: மனித முழு எக்ஸோம் வரிசைமுறை

அடுத்தது: ஹை-சி அடிப்படையிலான ஜீனோம் அசெம்பிளி

*இங்கே காட்டப்படும் டெமோ முடிவுகள் அனைத்தும் பயோமார்க்கர் டெக்னாலஜிஸ் மூலம் வெளியிடப்பட்ட மரபணுக்களிலிருந்து வந்தவை

1.குரோமோசோம்-நிலை ஜீனோம் அசெம்பிளியின் சர்கோஸ்ஜி. ரோட்டுண்டிஃபோலியம்நானோபோர் சீக்வென்சிங் தளம் மூலம்

3பருத்தி-மரபணுவின் சர்க்கோஸ்-ஆன்-ஜெனோமிக்-அம்சங்கள்

வாங் எம் மற்றும் பலர்.,மூலக்கூறு உயிரியல் மற்றும் பரிணாமம், 2021

2. வெய்னிங் கம்பு மரபணு அசெம்பிளி மற்றும் சிறுகுறிப்பு பற்றிய புள்ளிவிவரங்கள்

4-ஜினோம்-அசெம்பிளி-மற்றும்-குறிப்பு பற்றிய புள்ளிவிவரங்கள்

லி ஜி மற்றும் பலர்.,இயற்கை மரபியல், 2021

3.இன் மரபணு கணிப்புசெச்சியம் எடுல்மரபணு, மூன்று கணிப்பு முறைகளிலிருந்து பெறப்பட்டது:டி நோவோகணிப்பு, ஹோமோலஜி அடிப்படையிலான கணிப்பு மற்றும் RNA-Seq தரவு அடிப்படையிலான கணிப்பு

5 மரபணு-கணிப்பு

ஃபூ ஏ மற்றும் பலர்.,தோட்டக்கலை ஆராய்ச்சி, 2021

4.மூன்று பருத்தி மரபணுக்களில் அப்படியே நீண்ட டெர்மினல் ரிபீட்களை அடையாளம் காணுதல்

6மரபணு-மீண்டும்-உறுப்புகளை அடையாளம் காணுதல்

வாங் எம் மற்றும் பலர்.,மூலக்கூறு உயிரியல் மற்றும் பரிணாமம், 2021

5.Hi-C வெப்ப வரைபடம்சி. அக்குமினாட்டாஜீனோம்-வைடு ஆல்-பை-அனைத்து இடைவினைகளைக் காட்டும் மரபணு.ஹை-சி இடைவினைகளின் தீவிரம் கான்டிஜ்களுக்கு இடையிலான நேரியல் தூரத்திற்கு விகிதாசாரமாகும்.இந்த வெப்ப வரைபடத்தில் ஒரு சுத்தமான நேர்கோடு, குரோமோசோம்களில் கான்டிஜ்களின் மிகத் துல்லியமான நங்கூரத்தைக் குறிக்கிறது.(காண்டிக் ஆங்கரிங் விகிதம்: 96.03%)

7Hi-C-heat-map-on-assembled-sequencing-anchoring

காங் எம் மற்றும் பலர்.,இயற்கை தொடர்பு,2021

BMK வழக்கு

உயர்தர ஜீனோம் அசெம்பிளி, கம்பு மரபணு பண்புகள் மற்றும் வேளாண் முக்கியத்துவம் வாய்ந்த மரபணுக்களை எடுத்துக்காட்டுகிறது.

வெளியிடப்பட்டது: இயற்கை மரபியல், 2021

வரிசைப்படுத்தும் உத்தி:

ஜீனோம் அசெம்பிளி: 20 கேபி லைப்ரரியுடன் கூடிய பேக்பியோ சிஎல்ஆர் பயன்முறை (497 ஜிபி, தோராயமாக. 63×)
வரிசை திருத்தம்: இல்லுமினா இயங்குதளத்தில் 270 பிபி டிஎன்ஏ நூலகத்துடன் (430 ஜிபி, தோராயமாக 54×) என்ஜிஎஸ்
கான்டிக்ஸ் ஆங்கரிங்: இல்லுமினா இயங்குதளத்தில் ஹை-சி லைப்ரரி(560 ஜிபி, தோராயமாக. 71×)
ஆப்டிகல் வரைபடம்: (779.55 ஜிபி, தோராயமாக. 99×) பியோனானோ ஐரிஸில்

முக்கிய முடிவுகள்

1.வீனிங் கம்பு மரபணுவின் அசெம்பிளி 7.74 ஜிபி மொத்த மரபணு அளவுடன் வெளியிடப்பட்டது (ஃப்ளோ சைட்டோமெட்ரி மூலம் மதிப்பிடப்பட்ட மரபணு அளவின் 98.74%).இந்த அசெம்பிளியின் ஸ்கேஃபோல்ட் N50 1.04 ஜிபியை எட்டியது.93.67% கான்டிஜ்கள் 7 போலி-குரோமோசோம்களில் வெற்றிகரமாக இணைக்கப்பட்டன.இந்த அசெம்பிளி இணைப்பு வரைபடம், LAI மற்றும் BUSCO மூலம் மதிப்பீடு செய்யப்பட்டது, இதன் விளைவாக அனைத்து மதிப்பீடுகளிலும் அதிக மதிப்பெண்கள் கிடைத்தன.

2. இந்த மரபணுவின் அடிப்படையில் ஒப்பீட்டு மரபியல், மரபணு இணைப்பு வரைபடம், டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ் ஆய்வுகள் பற்றிய கூடுதல் ஆய்வுகள் மேற்கொள்ளப்பட்டன.மரபணு அளவிலான மரபணுப் பிரதிகள் மற்றும் ஸ்டார்ச் உயிரியக்க மரபணுக்களில் அவற்றின் தாக்கம் உட்பட மரபணு அம்சங்கள் தொடர்பான பண்புகளின் தொடர் வெளிப்படுத்தப்பட்டது;சிக்கலான ப்ரோலாமின் லோகியின் இயற்பியல் அமைப்பு, மரபணு வெளிப்பாட்டின் அடிப்படையான ஆரம்பத் தலைப்புப் பண்பு மற்றும் புட்டேட்டிவ் வளர்ப்பு-தொடர்புடைய குரோமோசோமால் பகுதிகள் மற்றும் கம்பு உள்ள இடங்கள்.

பிபி-முழு நீள-ஆர்என்ஏ-சீக்வென்சிங்-கேஸ்-ஸ்டடி

வெய்னிங் கம்பு மரபணுவின் மரபணு அம்சங்கள் பற்றிய சர்கோஸ் வரைபடம்

கம்பு மரபணுவின் பரிணாம மற்றும் குரோமோசோம் தொகுப்பு பகுப்பாய்வு

குறிப்பு

லி, ஜி., வாங், எல்., யாங், ஜே.மற்றும் பலர்.உயர்தர ஜீனோம் அசெம்பிளி, கம்பு மரபணு பண்புகள் மற்றும் வேளாண் முக்கியத்துவம் வாய்ந்த மரபணுக்களை எடுத்துக்காட்டுகிறது.நாட் ஜெனட் 53,574–584 (2021).

https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z