ஜீனோம் பரிணாமம்
PNAS
தங்கமீனின் பரிணாம தோற்றம் மற்றும் வளர்ப்பு வரலாறு (காரசியஸ் ஆரடஸ்)
PacBio |இல்லுமினா |Bionano மரபணு வரைபடம் |ஹை-சி ஜீனோம் அசெம்பிளி |மரபணு வரைபடம் |GWAS |RNA-Seq
சிறப்பம்சங்கள்
1.கோல்ட்ஃபிஷ் மரபணு உயர்தர அசெம்பிளி பதிப்புடன் புதுப்பிக்கப்பட்டது, 95.75% கான்டிஜ்களை 50 சூடோக்ரோமோசோம்களாக (ஸ்காஃபோல்ட் N50=31.84 Mb) இணைக்கிறது.இரண்டு துணை மரபணுக்கள் பிரிக்கப்பட்டன.
2. வளர்ப்பின் போது தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட ஸ்வீப்களின் மரபணு பகுதிகள் 201 நபர்களின் தரவுகளின் தொடர்ச்சியிலிருந்து அடையாளம் காணப்பட்டன, அவை வளர்ப்பு பண்புகளுடன் தொடர்புடைய 390 க்கும் மேற்பட்ட வேட்பாளர் மரபணுக்களை வெளிப்படுத்துகின்றன.
3. வளர்க்கப்பட்ட தங்கமீனில் உள்ள முதுகுத் துடுப்பில் GWAS ஆனது 378 வேட்பாளர் மரபணுக்களை வெளிப்படுத்தியது.ஒரு டைரோசின்-புரோட்டீன் கைனேஸ் நிருபர் வெளிப்படைத்தன்மையுடன் தொடர்புடைய ஒரு வேட்பாளரின் காரண மரபணுவாக அடையாளம் காணப்பட்டார்.
பின்னணி
தங்கமீன் (Carassius auratus) என்பது பழங்கால சீனாவில் சிலுவை கெண்டையில் இருந்து வளர்க்கப்பட்ட மிக முக்கியமான வளர்ப்பு மீன்களில் ஒன்றாகும்.சார்லஸ் டார்வின் அவர்கள் "கிட்டத்தட்ட எல்லையற்ற பன்முகத்தன்மை கொண்ட வண்ணங்களை கடந்து செல்கிறோம், நாங்கள் கட்டமைப்பின் மிகவும் அசாதாரணமான மாற்றங்களை சந்திக்கிறோம்" என்று கருத்து தெரிவித்தார்.மிகவும் மாறுபட்ட அம்சங்கள் மற்றும் வளர்ப்பு மற்றும் இனப்பெருக்கத்தின் நீண்ட வரலாறு ஆகியவை தங்கமீனை மீன் உடலியல் மற்றும் பரிணாம வளர்ச்சிக்கான சிறந்த மரபணு மாதிரி அமைப்பாக ஆக்குகின்றன.
சாதனைகள்
தங்கமீன் மரபணு
JPacBio மற்றும் Illumina ஜோடி-இறுதி வரிசைமுறை தரவுகளின் களிம்பு பகுப்பாய்வு ஆரம்ப 1.657 G வரைவு அசெம்பிளியை அளிக்கிறது (Contig N50=474 Kb).பயோனானோ ஆப்டிகல் வரைபடம் உருவாக்கப்பட்டு, 1.73 ஜிபி அளவில் அசெம்பிளி சரி செய்யப்பட்டது (மதிப்பிடப்பட்ட மரபணு அளவு: 1.8 ஜிபி).ஹை-சி அடிப்படையிலான அசெம்பிளி 606 Kb இலிருந்து 31.84 Mb க்கு சாரக்கட்டு N50 ஐ மேலும் மேம்படுத்தியது மற்றும் 95.75% (1.65 Gb) சார்ந்த மற்றும் ஆர்டர் செய்யப்பட்ட ஆங்கரிங் வீதத்தை அடைந்தது.மரபணுவானது 56,251 குறியீட்டு மரபணுக்களையும் 10,098 நீண்ட குறியீட்டு அல்லாத டிரான்ஸ்கிரிப்டையும் கொண்டுள்ளது.மேலும், 50 குரோமோசோம்களில் 38 சாத்தியமான சென்ட்ரோமெரிக் பகுதிகள் கணிக்கப்பட்டுள்ளன.
படம்.1 தங்க மீன் மரபணு
Tபண்டைய கலப்பின நிகழ்வின் விளைவாக 50 தங்கமீன் குரோமோசோம்களில் துணை மரபணுக்களின் தெளிவான தொகுப்புகள் அடையாளம் காணப்பட்டன.தங்கமீன்களுக்கும் பார்பினேக்கும் இடையில் சீரமைக்கப்பட்ட அதிக விகிதத்தில் உள்ள குரோமோசோம்களின் தொகுப்பு துணை மரபணு A (ChrA01~A25) என வரையறுக்கப்பட்டது, அதாவது பார்பினேக்கு பொதுவான துணை மரபணு, மற்றும் மீதமுள்ளவை துணை மரபணு B (ChrB01~B25).
வீட்டுவசதி மற்றும் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட ஸ்வீப்
Aமொத்தம் 16 காட்டு வகை க்ரூசியன் கார்ப்ஸ் மற்றும் 185 பிரதிநிதித்துவ தங்கமீன் வகைகள், சராசரியாக 12.5X வரிசைப்படுத்தல் ஆழத்துடன் 4.3 டெராபேஸ் தரவுகளை உருவாக்குகின்றன.பைலோஜெனடிக் புனரமைப்பு மற்றும் பிசிஏ பகுப்பாய்வு மற்ற தங்கமீன்களைக் காட்டிலும் பொதுவான தங்கமீனுக்கும் சிலுவை கெண்டை மீன்களுக்கும் இடையே நெருங்கிய தொடர்பை உறுதிப்படுத்தியது, இவை இரண்டு பரம்பரைகளாக பிரிக்கப்பட்டன.
Lமேலே உள்ள நான்கு துணை மக்கள்தொகைகளின் டி சிதைவு பகுப்பாய்வு, தங்கமீன்களில் வளர்ப்பு மற்றும் வலுவான செயற்கைத் தேர்வின் போது மக்கள்தொகை மரபணு இடையூறு இருப்பதை ஆதரித்தது.க்ரூசியன் கெண்டை மீன்களிலிருந்து பொதுவான தங்கமீன்கள் மற்றும் வென் தங்கமீன்கள் மற்றும் முட்டை தங்கமீன்கள் வரை அதிகரித்த மரபணு வேறுபாடு (π) அவற்றின் வளர்ப்பின் போது மரபணு மாறுபாடுகளின் குறிப்பிடத்தக்க திரட்சியைக் குறிக்கிறது.25.2 Mb மற்றும் 946 மரபணுக்களை உள்ளடக்கிய 50 தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட ஸ்வீப் மரபணு பகுதிகள் பிரதிநிதி தரவுகளிலிருந்து (33 தங்கமீன்கள் மற்றும் 16 க்ரூசியன் கிராப்) அடையாளம் காணப்பட்டன.201 நபர்களுக்கு பகுப்பாய்வு விரிவடைகிறது, 393 மரபணுக்கள் நிறைவு செய்யப்பட்ட தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட ஸ்வீப்பின் பகுதிகளைக் குறிக்கின்றன.இந்த மரபணுக்கள் குறைந்த-பன்முகத்தன்மை கொண்டவையாகக் கண்டறியப்பட்டன, இவை தங்கமீனில் உள்ள முக்கிய வளர்ப்புப் பண்புகளுடன் தொடர்புடைய பினோடைப்களுக்கு பங்களிக்கக்கூடும்.
Fig.3 மரபணு-அளவிலான வளர்ப்பு-தொடர்புடைய பகுப்பாய்வு
வளர்ப்பு தங்கமீன் மீது GWAS
Dஆர்சல் துடுப்பு என்பது வென் தங்கமீனை முட்டை தங்கமீனிலிருந்து வேறுபடுத்தும் ஒரு முக்கிய அம்சமாகும்.96 வென் தங்கமீன்கள் மற்றும் 87 முட்டை தங்கமீன்களின் முதுகுத் துடுப்பின் GWAS 13 குரோமோசோம்களில் 378 வேட்பாளர் மரபணுக்கள் பரவியிருப்பதை வெளிப்படுத்தியது மற்றும் துணை மரபணுக்களுக்கு இடையில் இந்த மரபணுக்களின் சீரற்ற விநியோகம் காணப்பட்டது."செல் மேற்பரப்பு ஏற்பி சமிக்ஞை", "டிரான்ஸ்மேம்பிரேன் போக்குவரத்து", "எலும்பு அமைப்பு வளர்ச்சி" போன்ற உயிரியல் செயல்முறைகளை இந்த வேட்பாளர் மரபணுக்களின் செயல்பாட்டு பகுப்பாய்வு முன்னிலைப்படுத்தியது.
Fig.4 வளர்ப்பு தங்கமீன் மீது முதுகு துடுப்பின் GWAS
In GWAS வெளிப்படையான அளவு தொடர்பான குணாதிசயங்கள், ஒரு வலுவான சங்க உச்சம் கண்டறியப்பட்டது.டைரோசின்-புரத கைனேஸ் ஏற்பியை குறியாக்கம் செய்யும் ஒரு மரபணு வேட்பாளர் பிராந்தியங்களில் ஒன்றில் அடையாளம் காணப்பட்டது.
Fig.5 GWAS வெளிப்படையான அளவு தொடர்பான பண்புகள்
குறிப்பு
Cகோழி டி மற்றும் பலர்.தங்கமீனின் பரிணாம தோற்றம் மற்றும் வளர்ப்பு வரலாறு (காரசியஸ் ஆரடஸ்).PNAS (2020)
செய்தி சமீபத்திய வெற்றிகரமான நிகழ்வுகளை பயோமார்க்கர் டெக்னாலஜிஸுடன் பகிர்ந்து கொள்வதை நோக்கமாகக் கொண்டுள்ளது, புதிய அறிவியல் சாதனைகள் மற்றும் ஆய்வின் போது பயன்படுத்தப்பட்ட முக்கிய நுட்பங்களைக் கைப்பற்றுகிறது.
இடுகை நேரம்: ஜன-04-2022