ஜீனோம் பரிணாமம், பாங்கனோம்
Pan-genome என்றால் என்ன?
ஒரு இனத்தின் வெவ்வேறு விகாரங்களுக்கு இடையிலான மாறுபாடு மிகப்பெரியதாக இருக்கும் என்று திரட்டப்பட்ட சான்றுகள் காட்டுகின்றன.ஒரு இனத்தின் மரபணு தகவலின் முழுப் படத்தையும் பெற ஒரு மரபணு போதுமானதாக இல்லை.பான்-ஜீனோம் ஆய்வின் நோக்கம், ஒரு இனத்தின் மிகவும் விரிவான மரபணு வரைபடத்தைப் பெறுவது மற்றும் பல விகாரங்களின் மரபணு டி நோவோ அசெம்பிளியை நடத்துவதன் மூலம் பண்புகள் மற்றும் மரபணு குறியீடுகளுக்கு இடையிலான உறவுகளை டிகோட் செய்வது, இது மாறுபாடுகளை ஆழமான மற்றும் பரந்த சுரங்கத்தை அனுமதிக்கிறது.
பான்-ஜீனோம் ஆய்வின் போக்குகள்
படம் 1 Pan-genome இன் வெளியிடப்பட்ட ஆய்வுக் கட்டுரைகளின் போக்குகள்.
குறிப்பு: நேச்சர், செல் மற்றும் சயின்ஸ் தொடர் இதழ்களில் வெளியிடப்பட்ட கட்டுரைகளின் தலைப்புகளைத் தேடுவதற்கு "பான்-ஜீனோம்" என்பதை முக்கிய வார்த்தையாக எடுத்துக் கொண்டதன் முடிவை படம் காட்டுகிறது.
அ.பல மாதிரிகளிலிருந்து வாசிப்புகள் ஒரு குறிப்புக்கு சீரமைக்கப்படுகின்றன மற்றும் சீரமைக்கப்படாதவை நாவல் கான்டிஜ்களாக இணைக்கப்படுகின்றன.இந்த நாவல் கான்டிஜ்களை அசல் குறிப்பு வரிசையில் சேர்ப்பதன் மூலம், ஒரு pangenome குறிப்பை உருவாக்க முடியும்.விநியோகிக்கக்கூடிய பகுதிகள் அனைத்து வாசிப்புகளையும் மீண்டும் பாங்கெனோமிற்கு மேப்பிங் செய்வதன் அடிப்படையில் தீர்மானிக்கப்படுகின்றன.
பி.பல அணுகல்களின் மரபணுக்களின் டி நோவோ அசெம்பிளி முழு மரபணு சீரமைப்பு அணுகுமுறைகளை விநியோகிக்கக்கூடிய மரபணு பகுதிகளை அடையாளம் காண அனுமதிக்கிறது.
c.ஒரு பான்-ஜீனோம் வரைபடத்தை முழு மரபணு சீரமைப்புகளிலிருந்து அல்லது டி நோவோ கிராஃப் அசெம்பிளி மூலம் உருவாக்கலாம், இது விநியோகிக்கக்கூடிய பகுதிகளின் மாறுபட்ட தகவல்களை வரைபடத்தின் வழியாக தனித்துவமான பாதைகளாக திறம்பட சேமிக்கிறது.
ஒரு Pan-genome ஐ எவ்வாறு உருவாக்குவது?
படம் 2 பான்-ஜீனோம் அணுகுமுறைகளின் ஒப்பீடு1
அ.பல மாதிரிகளிலிருந்து வாசிப்புகள் ஒரு குறிப்புக்கு சீரமைக்கப்படுகின்றன மற்றும் சீரமைக்கப்படாதவை நாவல் கான்டிஜ்களாக இணைக்கப்படுகின்றன.இந்த நாவல் கான்டிஜ்களை அசல் குறிப்பு வரிசையில் சேர்ப்பதன் மூலம், ஒரு pangenome குறிப்பை உருவாக்க முடியும்.விநியோகிக்கக்கூடிய பகுதிகள் அனைத்து வாசிப்புகளையும் மீண்டும் பாங்கெனோமிற்கு மேப்பிங் செய்வதன் அடிப்படையில் தீர்மானிக்கப்படுகின்றன.
பி.பல அணுகல்களின் மரபணுக்களின் டி நோவோ அசெம்பிளி முழு மரபணு சீரமைப்பு அணுகுமுறைகளை விநியோகிக்கக்கூடிய மரபணு பகுதிகளை அடையாளம் காண அனுமதிக்கிறது.
c.ஒரு பான்-ஜீனோம் வரைபடத்தை முழு மரபணு சீரமைப்புகளிலிருந்து அல்லது டி நோவோ கிராஃப் அசெம்பிளி மூலம் உருவாக்கலாம், இது விநியோகிக்கக்கூடிய பகுதிகளின் மாறுபட்ட தகவல்களை வரைபடத்தின் வழியாக தனித்துவமான பாதைகளாக திறம்பட சேமிக்கிறது.
சமீபத்தில் வெளியிடப்பட்ட Pan-genomes
● கற்பழிப்பு பான்-ஜீனோம்கள்2
● தக்காளி பான்-ஜீனோம்கள் 3
● அரிசி பான் - மரபணு4
● சூரியகாந்தி பான்-ஜீனோம்5
● சோயாபீன் பான்-ஜீனோம் 6
● அரிசி பான்-ஜீனோம்7
● பார்லி பான்-ஜீனோம்8
● கோதுமை பான்-ஜீனோம்9
● சோளம் பான்-ஜீனோம்10
● பைட்டோபிளாங்க்டன் பான்-ஜீனோம்11
குறிப்பு
1. பேயர் PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genomes ஆகியவை புதிய குறிப்பு.நாட் தாவரங்கள்.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. பாடல் JM, Guan Z, Hu J, மற்றும் பலர்.எட்டு உயர்தர மரபணுக்கள் பான்-ஜீனோம் கட்டிடக்கலை மற்றும் பிராசிகா நாபஸின் சுற்றுச்சூழல் வகை வேறுபாட்டை வெளிப்படுத்துகின்றன.நாட் தாவரங்கள்.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. காவோ எல், கோண்டா I, சன் எச், மற்றும் பலர்.தக்காளி பான்-ஜீனோம் புதிய மரபணுக்களையும் பழச் சுவையை ஒழுங்குபடுத்தும் ஒரு அரிய அலீலையும் வெளிப்படுத்துகிறது.நாட் ஜெனட்.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. ஜாவோ கியூ, ஃபெங் கியூ, லு எச், மற்றும் பலர்.பயிரிடப்பட்ட மற்றும் காட்டு அரிசியில் மரபணு மாறுபாட்டின் அளவை Pan-genome பகுப்பாய்வு எடுத்துக்காட்டுகிறது [வெளியிடப்பட்ட திருத்தம் Nat Genet இல் தோன்றுகிறது.2018 ஆகஸ்ட்;50(8):1196].நாட் ஜெனட்.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, மற்றும் பலர்.சூரியகாந்தி பான்-மரபணு பகுப்பாய்வு கலப்பினமானது மரபணு உள்ளடக்கம் மற்றும் நோய் எதிர்ப்பை மாற்றியமைக்கிறது என்பதைக் காட்டுகிறது.நாட் தாவரங்கள்.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. லியு ஒய், டு எச், லி பி, மற்றும் பலர்.காட்டு மற்றும் பயிரிடப்பட்ட சோயாபீன்களின் பான்-ஜெனோம்.செல்.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. கின் பி, லு எச், டு எச், மற்றும் பலர்.33 மரபணு ரீதியாக வேறுபட்ட அரிசி அணுகல்களின் பான்-ஜீனோம் பகுப்பாய்வு மறைக்கப்பட்ட மரபணு மாறுபாடுகளை வெளிப்படுத்துகிறது [அச்சுக்கு முன்னதாக ஆன்லைனில் வெளியிடப்பட்டது, 2021 மே 25].செல்.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. ஜெயக்கொடி எம், பத்மராசு எஸ், ஹேபரர் ஜி, மற்றும் பலர்.பார்லி பான்-ஜீனோம் பிறழ்வு இனப்பெருக்கத்தின் மறைந்த மரபை வெளிப்படுத்துகிறது.இயற்கை.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, மற்றும் பலர்.பல கோதுமை மரபணுக்கள் நவீன இனப்பெருக்கத்தில் உலகளாவிய மாறுபாட்டை வெளிப்படுத்துகின்றன.இயற்கை.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, மற்றும் பலர்.பயிரிடப்பட்ட மற்றும் காட்டு சோளத்தின் பான்-ஜீனோமில் உள்ள விரிவான மாறுபாடு [அச்சுக்கு முன்னதாக ஆன்லைனில் வெளியிடப்பட்டது, 2021 மே 20].நாட் தாவரங்கள்.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. ஃபேன் எக்ஸ், கியு எச், ஹான் டபிள்யூ, மற்றும் பலர்.பைட்டோபிளாங்க்டன் பாங்கனோம் பல்வேறு செயல்பாடுகளின் விரிவான புரோகாரியோடிக் கிடைமட்ட மரபணு பரிமாற்றத்தை வெளிப்படுத்துகிறது.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.2020 ஏப். 29 அன்று வெளியிடப்பட்டது. doi:10.1126/sciadv.aba0111
இடுகை நேரம்: ஜன-04-2022