GWAS
தலைப்பு: முழு-மரபணு ஒத்திசைவு பிராசிகா நாபஸ் தோற்றம் மற்றும் அதன் முன்னேற்றத்தில் ஈடுபட்டுள்ள மரபணு இடங்களை வெளிப்படுத்துகிறது
இதழ்: இயற்கை தொடர்பு
NGS |WGS |வரிசைப்படுத்துதல் |GWAS |டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் |RNAseq |பிராசிகா நாபஸ் |பரிணாமம் |வீட்டுவசதி
இந்த ஆய்வில், பயோமார்க்கர் டெக்னாலஜிஸ் NGS வரிசைமுறையில் சேவைகளை வழங்கியது, அத்துடன் தரவுகளை வரிசைப்படுத்துவது குறித்த பயோ-இன்ஃபர்மேடிக்ஸ் பகுப்பாய்வுக்கான தொழில்நுட்ப ஆதரவையும் வழங்கியது.
பின்னணி
பிராசிகா நாபஸ்(ரேப்சீட்) ஒரு முக்கியமான எண்ணெய்வித்து பயிர் மற்றும் பாலிப்ளோயிட் ஸ்பெசியேஷன், பரிணாமம் மற்றும் தேர்வு செயல்முறைகளை ஆராய்வதற்கான சிறந்த மாதிரி.இருப்பினும், காட்டு இனங்கள் அல்லது வளர்ப்பு நன்கொடையாளர்கள் பெற்றோரின் முன்னோடிகளா மற்றும் ராப்சீட் வளர்ப்பு மற்றும் மேம்பாட்டிற்கு பங்களித்த மரபணுக்கள் இன்னும் அறியப்படவில்லை.
பொருட்கள் மற்றும் முறைகள்
பொருட்கள்:588பி. நாபஸ்ஆசியாவிலிருந்து 466, ஐரோப்பாவிலிருந்து 102, வட அமெரிக்காவிலிருந்து 13 மற்றும் ஆஸ்திரேலியாவிலிருந்து 7 உட்பட, இந்த ஆய்வில் அணுகல்கள் ஈடுபட்டன.வளர்ச்சி பழக்கம் பதிவுகளின் அடிப்படையில், இந்த பொருட்கள் மூன்று சுற்றுச்சூழல் வகைகளாக பிரிக்கப்பட்டன;வசந்த காலம் (86 சேர்க்கைகள்), குளிர்காலம் (74 சேர்க்கைகள்), மற்றும் அரை குளிர்காலம் (428 சேர்க்கைகள்).
வரிசைப்படுத்துதல்:சராசரியாக தோராயமாக5× (3.37× முதல் 7.71× வரை)
வரிசைப்படுத்தும் தளம்:இல்லுமினா ஹிசெக் 4000
தரவு உற்பத்தி:4.03 Tb சுத்தமான தரவு
SNP அழைப்பு:BWA + GATK.5,294,158 SNPகள் மற்றும் 1,307,151 InDels பெறப்பட்டன.
முடிவுகள்
பி. நாபஸின் தோற்றம்
பி. நாபஸ்ஐரோப்பிய டர்னிப்பின் மூதாதையரிடம் இருந்து ஒரு துணை மரபணு உருவானது.ஐரோப்பிய டர்னிப்பில் இருந்து மரபணு ஓட்ட நிகழ்வுபி. நாபு106-1170 ஆண்டுகளுக்கு முன்பு ஒரு துணைப்பிரிவு ஏற்பட்டது.பி. நாபஸ்இந்த பரம்பரைகளின் பொதுவான மூதாதையரில் இருந்து சி துணை மரபணு உருவாகியிருக்கலாம்.என்ற மூதாதையர்பி. நாபஸ்நான்கு பி. ஒலரேசியா கிளையினங்களின் பொதுவான மூதாதையரில் இருந்து பிரிக்கப்பட்டதுபி. நாபஸ்~108–898 ஆண்டுகளுக்கு முன்பு.பி. நாபஸ்சி சப்ஜெனோம் ஒரு சப்ஜெனோமை விட சிக்கலான தோற்றம் கொண்டது.இரண்டு துணை மரபணுக்களிலும் ஒரு வலுவான இடையூறு உருவாக்கப்பட்டதுபி. நாபஸ்பரிணாமம்.குளிர்காலம் மற்றும் அரை குளிர்காலம்பி. நாபஸ்சுற்றுச்சூழல் வகைகள் ~60 ஆண்டுகளுக்கு முன்பு வேறுபட்டன, அதேசமயம் குளிர்காலம் மற்றும் வசந்த காலம்பி. நாபஸ்~416 ஆண்டுகளுக்கு முன்பு வேறுபட்டது, மற்றும் எண்ணெய் வித்து மற்றும் எண்ணெய் அல்லாததுபி. நாபஸ்~277 ஆண்டுகளுக்கு முன்பு பிரிந்தது.
படம் 2 மக்கள்தொகை அமைப்பு 588 பி. நாபஸ் அணுகல் மற்றும் 199 பி. ராபா சேர்க்கைகள்.
படம் 3 மக்கள்தொகை அமைப்பு 588 பி. நாபஸ் அணுகல்கள் மற்றும் 119 பி.
தேர்வு சமிக்ஞைகள் மற்றும் ஜீனோம்-வைட் அசோசியேஷன் ஆய்வுகள்.
முன்னேற்றத்தின் (FSI) முதல் கட்டத்தின் போது, A துணை மரபணுவை விட B. napus C துணைப்பிரிவில் அதிக மரபணு வேறுபாடு இழந்தது.இரண்டாம் நிலை முன்னேற்றத்தை (SSI) விட FSI இன் போது குறைவான மரபணு வேறுபாடு ஏற்பட்டது.எஸ்எஸ்ஐ-தேர்வு சமிக்ஞை பகுதிகளில் உள்ள மரபணுக்கள் மன அழுத்த சகிப்புத்தன்மை, வளர்ச்சி மற்றும் வளர்சிதை மாற்ற பாதைகளில் செறிவூட்டப்பட்டன.விதை விளைச்சலுடன் தொடர்புடைய 5, சிலிக் நீளம் 3, எண்ணெய் உள்ளடக்கம் 4 மற்றும் விதை தரம் 48 உட்பட 10 இலக்கு பண்புகளுடன் குறிப்பிடத்தக்க வகையில் தொடர்புடைய 60 இடங்கள் அடையாளம் காணப்பட்டன.
படம் 4 B. நாபஸின் SSI இன் போது தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட பகுதிகளின் மரபணு அளவிலான ஸ்கேனிங் மற்றும் சிறுகுறிப்புகள்
டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் பகுப்பாய்வு
அதிக எண்ணெய்-உள்ளடக்கம் மற்றும் இரட்டை-குறைந்த சாகுபடி மற்றும் குறைந்த-எண்ணெய்-உள்ளடக்கம் மற்றும் இரட்டை-உயர் சாகுபடி ஆகியவற்றிலிருந்து 11 திசுக்களின் RNAseq தரவு, குளுக்கோசினோலேட் உயிரியக்கவியல் செயல்முறையுடன் தொடர்புடைய மரபணுக்கள் குறிப்பிடத்தக்க அளவில் அதிகமாகக் குறிப்பிடப்படுகின்றன.
படம். 5 பி. நாபஸின் சுற்றுச்சூழல் வகை மேம்பாட்டின் தேர்வின் கீழ் பூக்கும் நேர ஒழுங்குமுறையின் மேலோட்டம்
விவாதம்
இந்த ஆய்வு அதன் தோற்றம் மற்றும் முன்னேற்ற வரலாற்றைப் புரிந்துகொள்வதற்கான மதிப்புமிக்க ஆதாரத்தை வழங்கியதுபி. நாபஸ்மற்றும் முக்கியமான வேளாண் சிக்கலான பண்புகளின் மரபியல் தளங்களைப் பிரிப்பதை எளிதாக்கும்.சாதகமான மாறுபாடுகள், தேர்வு சமிக்ஞைகள் மற்றும் வேட்பாளர் மரபணுக்களுடன் தொடர்புடைய குறிப்பிடத்தக்க SNPகள் எதிர்காலத்தில் பெரிதும் பங்களிக்கும், குறிப்பாக இந்த சமீபத்திய அலோபாலிப்ளோயிட் பயிர் மற்றும் அதன் உறவினர்களின் மகசூல், விதை தரம், எண்ணெய் உள்ளடக்கம் மற்றும் தகவமைப்புத் திறனை மேம்படுத்துவதில்.
குறிப்பு
முழு-மரபணு ஒத்திசைவு பிராசிகா நாபஸ் தோற்றம் மற்றும் அதன் முன்னேற்றத்தில் ஈடுபட்டுள்ள மரபணு இடங்களை வெளிப்படுத்துகிறது[J].இயற்கை தொடர்பு, 2019, 10(1).
செய்திகள் மற்றும் சிறப்பம்சங்கள் சமீபத்திய வெற்றிகரமான நிகழ்வுகளை பயோமார்க்கர் டெக்னாலஜிஸுடன் பகிர்ந்து கொள்வதை நோக்கமாகக் கொண்டுள்ளது, புதிய அறிவியல் சாதனைகள் மற்றும் ஆய்வின் போது பயன்படுத்தப்பட்ட முக்கிய நுட்பங்களைக் கைப்பற்றுகிறது.
இடுகை நேரம்: ஜன-05-2022