முழு ஜீனோம் ரீசீக்யூனிங்
SARS-CoV-2 இன் ஜெனோமிக்ஸ் கண்காணிப்பு, வகை I இன்டர்ஃபெரான் பதிலை மாற்றியமைக்கும் Nsp1 நீக்குதல் மாறுபாட்டைக் கண்டறிந்துள்ளது.
நானோபூர் |இல்லுமினா |முழு மரபணு ஒத்திசைவு |மெட்டஜெனோமிக்ஸ் |RNA-Seq |சாங்கர்
பயோமார்க்கர் டெக்னாலஜிஸ் இந்த ஆய்வில் மாதிரி வரிசைமுறைக்கான தொழில்நுட்ப ஆதரவை வழங்கியது.
சிறப்பம்சங்கள்
1.SARS-CoV-2 மரபணு வரிசைமுறை மற்றும் பைலோக்னெடிக் பகுப்பாய்வு 31 SNPகள் மற்றும் 4 இன்டெல்கள் உட்பட 35 தொடர்ச்சியான பிறழ்வுகளை அடையாளம் காட்டுகிறது.
2.117 மருத்துவ பினோடைப்களுடன் இணைந்திருப்பது சாத்தியமானதை வெளிப்படுத்துகிறது
முக்கியமான பிறழ்வுகள்.
Nsp1 குறியீட்டுப் பகுதியில் ∆500-532 குறைந்த வைரஸுடன் தொடர்புடையது
3.load மற்றும் சீரம் IFN-β.
4. ∆500-532 பிறழ்வு கொண்ட வைரஸ் தனிமைப்படுத்தல்கள் குறைந்த IFN-I ஐத் தூண்டுகின்றன
பாதிக்கப்பட்ட உயிரணுக்களில் பதில்.
பரிசோதனை வடிவமைப்பு
சாதனைகள்
1. கோவிட்-19 தொற்றுநோயியல் மற்றும் மரபணு கண்காணிப்பு
ஜனவரி 22, 2020 முதல் பிப்ரவரி 20, 2020 வரை சீனாவின் சிச்சுவான் மாகாணத்தில் மருத்துவத் தரவு சேகரிக்கப்பட்டது. சிச்சுவானில் qPCR சோதனைகள் மூலம் மொத்தம் 538 கோவிட்-19 வழக்குகள் உறுதி செய்யப்பட்டுள்ளன, அவற்றில் 28.8% மாகாணத்தைச் சேர்ந்தவை. மூலதனம்.சிச்சுவானில் உறுதிப்படுத்தப்பட்ட வழக்குகள் அதிவேகமாக அதிகரித்து, ஜனவரி 30 அன்று உச்சத்தை எட்டியது.மேலும், வைரஸ் பரவுவதைத் தடுப்பதில் சமூக விலகல் ஒரு முக்கிய காரணியாக இருக்கலாம் என்று தரவு ஆதரிக்கிறது.
படம் 1. சீனாவின் சிச்சுவான் மாகாணத்தில் COVID-19 இன் தொற்றுநோயியல் ஆய்வு
2. SARS-CoV-2 மரபணு கட்டுமானம் மற்றும் மாறுபாடுகள் அடையாளம்
மல்டிபிளக்ஸ் பிசிஆர் பெருக்கம் மற்றும் நானோபோர் சீக்வென்ஸிங் மூலம், 248 நோயாளிகளிடமிருந்து மொத்தம் 310 அருகிலுள்ள அல்லது பகுதியளவு முழுமையான மரபணுக்கள் தோராயமாக உருவாக்கப்பட்டன.80% மரபணுக்கள் 10 ரீட்களால் மூடப்பட்டிருக்கும் (சராசரி ஆழம்: ஒரு மாதிரிக்கு 0.39 M வாசிப்புகள்).
படம் 2. சிச்சுவான் கோஹார்ட்டில் உள்ள ஒவ்வொரு வகைகளின் அதிர்வெண்
SARS-CoV-2 மரபணுக்களிலிருந்து மொத்தம் 104 SNPகள் மற்றும் 18 இன்டெல்கள் அடையாளம் காணப்பட்டன, இதில் 31 SNPகள் மற்றும் 4 இன்டெல்கள் மீண்டும் மீண்டும் வரும் மரபணு மாறுபாடுகளாக அடையாளம் காணப்பட்டன.வுஹானில் இருந்து 169 மாதிரிகள் மற்றும் GISAID இல் உள்ள 81,391 உயர்தர பொது மரபணு வரிசைகளுடன் ஒப்பிடுவதன் மூலம், மற்ற கண்டங்களில் வழங்கப்பட்ட 35 வகைகளில் 29.குறிப்பிடத்தக்க வகையில், ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 மற்றும் T13243C உள்ளிட்ட நான்கு வகைகள், சிச்சுவான் மற்றும் வுஹானில் மட்டுமே காணப்பட்டன மற்றும் GISAID தரவுகளில் இல்லை, இந்த மாறுபாடுகள் வுஹானிலிருந்து மேம்படுத்தப்பட்டிருக்க வாய்ப்புள்ளது என்பதைக் குறிக்கிறது. நோயாளிகளின் பயண பதிவுகள்.
சிச்சுவானில் இருந்து 88 புதிய வைரஸ்கள் மற்றும் பிற பகுதிகளில் இருந்து 250 க்யூரேட்டட் மரபணுக்களில் அதிகபட்ச சாத்தியக்கூறு (எம்எல்) முறை மற்றும் பேய்சியன் மூலக்கூறு கடிகார அணுகுமுறைகளுடன் கூடிய பரிணாம பகுப்பாய்வு செயலாக்கப்பட்டது.பைலோஜெனடிக் மரத்தில் ∆500-532 (Nsp1 குறியீட்டு பகுதியில் நீக்குதல்கள்) கொண்ட மரபணுக்கள் குறைவாக விநியோகிக்கப்பட்டது.Nsp1 வகைகளில் ஹாப்லோடைப் பகுப்பாய்வு பல நகரங்களில் இருந்து 5 ஐ அடையாளம் கண்டுள்ளது.இந்த முடிவுகள் ∆500-532 பல நகரங்களில் நிகழ்ந்ததாகவும், வுஹானிலிருந்து பலமுறை இறக்குமதி செய்யப்படலாம் என்றும் பரிந்துரைத்தது.
படம் 2. SARS-CoV-2 மரபணுக்களில் மீண்டும் மீண்டும் வரும் மரபணு மாறுபாடுகள் மற்றும் பைலோஜெனடிக் பகுப்பாய்வு
3. மருத்துவ தாக்கங்களுடன் மீண்டும் மீண்டும் வரும் மரபணு மாறுபாடுகளின் சங்கம்
117 மருத்துவ பினோடைப்கள் கோவிட்-19 தீவிரத்துடன் தொடர்புடையவை, அங்கு 19 தீவிரத்தன்மை தொடர்பான பினோடைப்கள் கடுமையான மற்றும் தீவிரமற்ற பண்புகளாக வகைப்படுத்தப்பட்டுள்ளன.இந்த குணாதிசயங்களுக்கும் 35 தொடர்ச்சியான மரபணு மாறுபாடுகளுக்கும் இடையிலான உறவு இரு-கிளஸ்டர் வெப்ப வரைபடத்தில் காட்சிப்படுத்தப்பட்டது.GSEA-போன்ற தரப்படுத்தப்பட்ட செறிவூட்டல் பகுப்பாய்வு, இரத்தத்தில் உள்ள ESR, சீரம் IFN-β மற்றும் CD3+CD8+ T செல் எண்ணிக்கையுடன் ∆500-532 எதிர்மறையாக தொடர்புடையது என்பதைக் காட்டுகிறது.மேலும், qPCR சோதனைகள் ∆500-532 வைரஸால் பாதிக்கப்பட்ட நோயாளிகள் அதிக Ct மதிப்பைக் கொண்டிருந்தனர், அதாவது குறைந்த வைரஸ் சுமை.
படம் 3. மருத்துவ பினோடைப்களுடன் 35 மீண்டும் மீண்டும் வரும் மரபணு மாறுபாடுகளின் சங்கங்கள்
4. வைரஸ் பிறழ்வு தொடர்புடைய மருத்துவ பினோடைப்கள் மீதான சரிபார்ப்பு
Nsp1 செயல்பாடுகளில் ∆500-532 இன் தாக்கங்களைப் புரிந்துகொள்வதற்காக, HEK239T செல்கள் முழு நீளம், WT Nsp1 மற்றும் நீக்குதல்களுடன் பிறழ்ந்த வடிவங்களை வெளிப்படுத்தும் பிளாஸ்மிட்களுடன் மாற்றப்பட்டன.ஒவ்வொரு சிகிச்சையளிக்கப்பட்ட HEK239T கலங்களின் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் சுயவிவரங்கள் பிசிஏ பகுப்பாய்விற்காக செயலாக்கப்பட்டன, இது நீக்குதல் மரபுபிறழ்ந்தவர்கள் ஒப்பீட்டளவில் நெருக்கமாக கொத்தாக இருப்பதைக் காட்டுகிறது மற்றும் WT Nsp1 இலிருந்து கணிசமாக வேறுபட்டது.மரபுபிறழ்ந்தவர்களில் குறிப்பிடத்தக்க அளவில் கட்டுப்படுத்தப்பட்ட மரபணுக்கள் முக்கியமாக "பெப்டைட் பயோசிந்தெடிக்/மெட்டபாலிக் செயல்முறை", "ரைபோநியூக்ளியோபுரோட்டீன் காம்ப்ளக்ஸ் பயோஜெனெசிஸ்", "சவ்வு/ERக்கு புரதம் இலக்கு" போன்றவற்றில் செறிவூட்டப்பட்டன. மேலும், இரண்டு நீக்குதல்கள் WT இலிருந்து ஒரு தனித்துவமான வெளிப்பாடு வடிவத்தைக் காட்டின.
படம் 4. HEK239T செல்கள் மீதான டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் பகுப்பாய்வு WT Nsp1 மற்றும் நீக்குதல்களுடன் மாற்றப்பட்டது
IFN-1 பதிலில் நீக்குதல்களின் பாதிப்புகள் மிகைப்படுத்தப்பட்ட ஆய்வில் சோதிக்கப்பட்டது.பரிசோதிக்கப்பட்ட அனைத்து நீக்குதல்களும் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் நிலை மற்றும் புரத நிலை ஆகிய இரண்டிலும் மாற்றப்பட்ட HEK239T மற்றும் A549 கலங்களில் IFN-1 மறுமொழியைக் குறைப்பதாகக் காட்டப்பட்டது.சுவாரஸ்யமாக, "வைரஸிற்கான பாதுகாப்பு பதில்", "வைரஸ் ஜீனோம் ரெப்ளிகேஷன்", "ஆர்என்ஏ பாலிமரேஸ் II மூலம் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனை ஒழுங்குபடுத்துதல்" மற்றும் "டைப் I இன்டர்ஃபெரான் பதில்" ஆகியவற்றில் குறிப்பிடத்தக்க அளவு குறைக்கப்பட்ட மரபணுக்கள் செறிவூட்டப்பட்டன.
படம் 5. ∆500-532 விகாரத்தில் இண்டர்ஃபெரான் சிக்னலிங் பாதைகளின் கீழ் ஒழுங்குமுறை
இந்த ஆய்வில், வைரஸ் மீதான இந்த நீக்குதல்களின் தாக்கம் வைரஸ் தொற்று ஆய்வுகள் மூலம் மேலும் உறுதிப்படுத்தப்பட்டது.சில மரபுபிறழ்ந்தவர்களைக் கொண்ட வைரஸ்கள் மருத்துவ மாதிரிகளிலிருந்து தனிமைப்படுத்தப்பட்டு காலு-3 செல்களுக்குப் பாதிக்கப்பட்டன.வைரஸ் தொற்று ஆய்வு பற்றிய விரிவான முடிவுகளை தாளில் படிக்கலாம்.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
குறிப்பு
லின் ஜே, டாங் சி, வெய் எச், மற்றும் பலர்.SARS-CoV-2 இன் ஜெனோமிக் கண்காணிப்பு, வகை I இன்டர்ஃபெரான் பதிலை [J] மாற்றியமைக்கும் Nsp1 நீக்குதல் மாறுபாட்டை வெளிப்படுத்துகிறது.செல் ஹோஸ்ட் & மைக்ரோப், 2021.
செய்திகள் மற்றும் சிறப்பம்சங்கள் சமீபத்திய வெற்றிகரமான நிகழ்வுகளை பயோமார்க்கர் டெக்னாலஜிஸுடன் பகிர்ந்து கொள்வதை நோக்கமாகக் கொண்டுள்ளது, புதிய அறிவியல் சாதனைகள் மற்றும் ஆய்வின் போது பயன்படுத்தப்பட்ட முக்கிய நுட்பங்களைக் கைப்பற்றுகிறது.
இடுகை நேரம்: ஜன-06-2022