மெட்டாஜெனோமிக் சீக்வென்சிங் -என்ஜிஎஸ்
சேவை நன்மைகள்
● நுண்ணுயிர் சமூக விவரக்குறிப்புக்காக தனிமைப்படுத்தல் மற்றும் சாகுபடி இல்லாதது
● சுற்றுச்சூழல் மாதிரிகளில் குறைந்த மிகுதியான உயிரினங்களைக் கண்டறிவதில் உயர் தெளிவுத்திறன்
● "மெட்டா-" யோசனையானது செயல்பாட்டு நிலை, இனங்கள் நிலை மற்றும் மரபணு மட்டத்தில் அனைத்து உயிரியல் அம்சங்களையும் ஒருங்கிணைக்கிறது, இது யதார்த்தத்திற்கு நெருக்கமான ஒரு மாறும் பார்வையை பிரதிபலிக்கிறது.
● 10,000 க்கும் மேற்பட்ட மாதிரிகள் செயலாக்கப்பட்ட பல்வேறு மாதிரி வகைகளில் BMK மிகப்பெரிய அனுபவத்தைக் குவிக்கிறது.
சேவை விவரக்குறிப்புகள்
| நடைமேடை | வரிசைப்படுத்துதல் | பரிந்துரைக்கப்பட்ட தரவு | திரும்பும் நேரம் |
| Illumina NovaSeq இயங்குதளம் | PE150 | 6 ஜி/10 ஜி/20 ஜி | 45 வேலை நாட்கள் |
உயிர் தகவலியல் பகுப்பாய்வு
● மூல தரவு தரக் கட்டுப்பாடு
● மெட்டஜெனோம் அசெம்பிளி
● தேவையற்ற மரபணு தொகுப்பு மற்றும் சிறுகுறிப்பு
● இனங்கள் பன்முகத்தன்மை பகுப்பாய்வு
● மரபணு செயல்பாடு பன்முகத்தன்மை பகுப்பாய்வு
● குழுக்களுக்கு இடையேயான பகுப்பாய்வு
● சோதனை காரணிகளுக்கு எதிரான சங்க பகுப்பாய்வு
மாதிரி தேவைகள் மற்றும் விநியோகம்
மாதிரி தேவைகள்:
க்குடிஎன்ஏ சாறுகள்:
| மாதிரி வகை | தொகை | செறிவு | தூய்மை |
| டிஎன்ஏ சாறுகள் | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
சுற்றுச்சூழல் மாதிரிகளுக்கு:
| மாதிரி வகை | பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி செயல்முறை |
| மண் | மாதிரி அளவு: தோராயமாக.5 கிராம்;மீதமுள்ள வாடிய பொருள் மேற்பரப்பில் இருந்து அகற்றப்பட வேண்டும்;பெரிய துண்டுகளை அரைத்து 2 மிமீ வடிகட்டி வழியாக செல்லுங்கள்;முன்பதிவு செய்ய மலட்டு EP-குழாய் அல்லது சைரோட்யூப்பில் உள்ள அலிகோட் மாதிரிகள். |
| மலம் | மாதிரி அளவு: தோராயமாக.5 கிராம்;முன்பதிவு செய்ய மலட்டு EP-குழாய் அல்லது கிரையோட்யூப்பில் அலிகோட் மாதிரிகளை சேகரித்து. |
| குடல் உள்ளடக்கங்கள் | அசெப்டிக் நிலையில் மாதிரிகள் செயலாக்கப்பட வேண்டும்.பிபிஎஸ் மூலம் சேகரிக்கப்பட்ட திசுக்களை கழுவவும்;PBS ஐ மையவிலக்கு செய்து EP-குழாய்களில் வீழ்படிவை சேகரிக்கவும். |
| சேறு | மாதிரி அளவு: தோராயமாக.5 கிராம்;முன்பதிவு செய்ய மலட்டு EP-குழாய் அல்லது கிரையோட்யூப்பில் அலிகோட் கசடு மாதிரியை சேகரித்து |
| நீர் நிலை | குழாய் நீர், கிணற்று நீர் போன்ற குறைந்த அளவு நுண்ணுயிர் உள்ள மாதிரிக்கு, குறைந்தபட்சம் 1 லிட்டர் தண்ணீரைச் சேகரித்து 0.22 மைக்ரான் வடிகட்டி வழியாகச் சென்று சவ்வில் உள்ள நுண்ணுயிரிகளை வளப்படுத்தவும்.மென்படலத்தை மலட்டுக் குழாயில் சேமிக்கவும். |
| தோல் | மலட்டுத்தன்மையற்ற பருத்தி துணியால் அல்லது அறுவைசிகிச்சை பிளேடால் தோலின் மேற்பரப்பை கவனமாக துடைத்து, அதை மலட்டுக் குழாயில் வைக்கவும். |
பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி விநியோகம்
மாதிரிகளை திரவ நைட்ரஜனில் 3-4 மணி நேரம் உறைய வைத்து, திரவ நைட்ரஜனில் அல்லது -80 டிகிரி வரை நீண்ட கால இட ஒதுக்கீட்டில் சேமிக்கவும்.உலர்-பனியுடன் கூடிய மாதிரி கப்பல் தேவை.
சேவை வேலை ஓட்டம்
மாதிரி விநியோகம்
நூலக கட்டுமானம்
வரிசைப்படுத்துதல்
தரவு பகுப்பாய்வு
விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள்
1.ஹிஸ்டோகிராம்: இனங்கள் விநியோகம்
2.செயல்பாட்டு மரபணுக்கள் KEGG வளர்சிதை மாற்றப் பாதைகளில் குறிப்பிடப்பட்டுள்ளன
3. வெப்ப வரைபடம்: தொடர்புடைய மரபணு மிகுதியின் அடிப்படையில் வேறுபட்ட செயல்பாடுகள்
4. CARD ஆண்டிபயாடிக் எதிர்ப்பு மரபணுக்களின் சர்கோஸ்
BMK வழக்கு
ஆண்டிபயாடிக் எதிர்ப்பு மரபணுக்கள் மற்றும் பாக்டீரியல் நோய்க்கிருமிகள் மண்-சதுப்புநில வேர் தொடர்ச்சியில் பரவுதல்
வெளியிடப்பட்டது:அபாயகரமான பொருட்களின் ஜர்னல், 2021
வரிசைப்படுத்தும் உத்தி:
பொருட்கள்: சதுப்புநில வேர் தொடர்புடைய மாதிரிகளின் நான்கு துண்டுகளின் DNA சாறுகள்: நடப்படாத மண், ரைசோஸ்பியர், எபிஸ்பியர் மற்றும் எண்டோஸ்பியர் பெட்டிகள்
இயங்குதளம்: இல்லுமினா ஹைசெக் 2500
இலக்குகள்: மெட்டாஜெனோம்
16S rRNA மரபணு V3-V4 பகுதி
முக்கிய முடிவுகள்
மண்ணிலிருந்து தாவரங்களுக்கு ஆண்டிபயாடிக் எதிர்ப்பு மரபணுக்கள் (ARGகள்) பரவுவதை ஆய்வு செய்வதற்காக சதுப்புநில மரக்கன்றுகளின் மண்-வேர் தொடர்ச்சியில் மெட்டாஜெனோமிக் வரிசைமுறை மற்றும் மெட்டாபார்கோடிங் விவரக்குறிப்பு செயலாக்கப்பட்டது.91.4% ஆண்டிபயாடிக் எதிர்ப்பு மரபணுக்கள் மேலே குறிப்பிடப்பட்ட நான்கு மண் பெட்டிகளிலும் பொதுவாக அடையாளம் காணப்பட்டதாக மெட்டாஜெனோமிக் தரவு வெளிப்படுத்தியது, இது ஒரு தொடர்ச்சியான பாணியைக் காட்டியது.16S rRNA ஆம்ப்ளிகான் வரிசைமுறை 346 இனங்களைக் குறிக்கும் 29,285 வரிசைகளை உருவாக்கியது.ஆம்ப்ளிகான் சீக்வென்சிங் மூலம் இனங்கள் விவரக்குறிப்புடன் இணைந்து, இந்த பரவல் ரூட்-தொடர்புடைய மைக்ரோபயோட்டாவிலிருந்து சுயாதீனமாக இருப்பது கண்டறியப்பட்டது, இருப்பினும், இது மரபணு கூறுகளின் மொபைல் மூலம் எளிதாக்கப்படலாம்.இந்த ஆய்வு, ஒன்றோடொன்று இணைக்கப்பட்ட மண்-வேர் தொடர்ச்சி மூலம் ARGகள் மற்றும் நோய்க்கிருமிகள் மண்ணிலிருந்து தாவரங்களுக்குள் பாய்வதை அடையாளம் கண்டுள்ளது.
குறிப்பு
வாங், சி., ஹு, ஆர்., ஸ்ட்ராங், பிஜே, ஜுவாங், டபிள்யூ., & ஷு, எல்.(2020)ஆண்டிபயாடிக் எதிர்ப்பு மரபணுக்கள் மற்றும் பாக்டீரியல் நோய்க்கிருமிகள் மண்-சதுப்புநில வேர் தொடர்ச்சியில் பரவுதல்.அபாயகரமான பொருட்களின் இதழ், 408, 124985.
