நீண்ட குறியீட்டு அல்லாத வரிசைமுறை-இல்லுமினா
சேவை நன்மைகள்
● சேவை நன்மைகள்
● செல்லுலார் மற்றும் திசு குறிப்பிட்டது
● குறிப்பிட்ட நிலை மாறும் வெளிப்பாடு மாற்றத்தை வெளிப்படுத்துகிறது மற்றும் வழங்குகிறது
● நேரம் மற்றும் இட வெளிப்பாட்டின் துல்லியமான வடிவங்கள்
● mRNA தரவுகளுடன் கூட்டு பகுப்பாய்வு.
● BMKCloud-அடிப்படையிலான முடிவு டெலிவரி: தனிப்பயனாக்கப்பட்ட தரவுச் செயலாக்கம் இயங்குதளத்தில் கிடைக்கிறது.
● திட்டம் முடிந்ததும் 3 மாதங்களுக்கு விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள் செல்லுபடியாகும்
மாதிரி தேவைகள் மற்றும் விநியோகம்
| நூலகம் | நடைமேடை | பரிந்துரைக்கப்பட்ட தரவு | தரவு QC |
| ஆர்ஆர்என்ஏ குறைப்பு | இல்லுமினா PE150 | 10 ஜிபி | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | தொகை (μg) | தூய்மை | நேர்மை |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 வரையறுக்கப்பட்ட அல்லது புரதம் அல்லது டிஎன்ஏ மாசுபாடு ஜெல் மீது காட்டப்படவில்லை. | தாவரங்களுக்கு: RIN≥6.5; விலங்குகளுக்கு: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; வரையறுக்கப்பட்ட அல்லது அடிப்படை உயரம் இல்லை |
நியூக்ளியோடைடுகள்:
திசு: எடை(உலர்ந்த): ≥1 கிராம்
*5 mg க்கும் குறைவான திசுக்களுக்கு, ஃபிளாஷ் உறைந்த (திரவ நைட்ரஜனில்) திசு மாதிரியை அனுப்ப பரிந்துரைக்கிறோம்.
செல் இடைநீக்கம்: செல் எண்ணிக்கை = 3×107
*உறைந்த செல் லைசேட்டை அனுப்ப பரிந்துரைக்கிறோம்.அந்த கலத்தின் எண்ணிக்கை 5×10ஐ விட குறைவாக இருந்தால்5, திரவ நைட்ரஜனில் உறைந்த ஃபிளாஷ் பரிந்துரைக்கப்படுகிறது.
இரத்த மாதிரிகள்:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol மற்றும் 2mL இரத்தம்(TRIzol:Blood=3:1)
பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி விநியோகம்
கொள்கலன்: 2 மில்லி மையவிலக்கு குழாய் (தகரம் படலம் பரிந்துரைக்கப்படவில்லை)
மாதிரி லேபிளிங்: குழு+பிரதி எ.கா. A1, A2, A3;பி1, பி2, பி3......
ஏற்றுமதி:
1.உலர் பனி: மாதிரிகளை பைகளில் அடைத்து உலர்-பனியில் புதைக்க வேண்டும்.
2.ஆர்என்ஏ ஸ்டேபிள் குழாய்கள்: ஆர்என்ஏ ஸ்டேபிலைசேஷன் குழாயில் ஆர்என்ஏ மாதிரிகள் உலர்த்தப்பட்டு அறை வெப்பநிலையில் அனுப்பப்படும்.
சேவை வேலை ஓட்டம்
சோதனை வடிவமைப்பு
மாதிரி விநியோகம்
ஆர்என்ஏ பிரித்தெடுத்தல்
நூலக கட்டுமானம்
வரிசைப்படுத்துதல்
தரவு பகுப்பாய்வு
விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள்
உயிர் தகவலியல்
1.LncRNA வகைப்பாடு
மேலே உள்ள நான்கு மென்பொருட்களால் கணிக்கப்பட்ட LncRNA 4 வகைகளாக வகைப்படுத்தப்பட்டுள்ளது: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;உணர்வு-LncRNA.LncRNA வகைப்பாடு கீழே உள்ள வரைபடத்தில் காட்டப்பட்டுள்ளது.
LncRNA வகைப்பாடு
2. DE-lncRNA செறிவூட்டல் பகுப்பாய்வின் Cis-இலக்கு மரபணுக்கள்
உயிரியல் செயல்முறைகள், மூலக்கூறு செயல்பாடுகள் மற்றும் செல்லுலார் கூறுகள் ஆகியவற்றின் அடிப்படையில் வேறுபட்ட வெளிப்படுத்தப்பட்ட lncRNA (DE-lncRNA) சிஸ்-இலக்கு மரபணுக்கள் மீது GO செறிவூட்டல் பகுப்பாய்வில் ClusterProfiler பயன்படுத்தப்பட்டது.GO செறிவூட்டல் பகுப்பாய்வு என்பது முழு மரபணுவுடன் ஒப்பிடும்போது DEG- இயக்கப்பட்ட குறிப்பிடத்தக்க செறிவூட்டப்பட்ட GO விதிமுறைகளை அடையாளம் காண்பதற்கான ஒரு செயல்முறையாகும்.செறிவூட்டப்பட்ட சொற்கள் கீழே காட்டப்பட்டுள்ளபடி ஹிஸ்டோகிராம், குமிழி விளக்கப்படம் போன்றவற்றில் வழங்கப்பட்டுள்ளன.
DE-lncRNA செறிவூட்டல் பகுப்பாய்வின் Cis-இலக்கு மரபணுக்கள் -குமிழி விளக்கப்படம்
3. எம்ஆர்என்ஏ மற்றும் எல்என்சிஆர்என்ஏவின் நீளம், எக்ஸான் எண், ஓஆர்எஃப் மற்றும் வெளிப்பாடு அளவு ஆகியவற்றை ஒப்பிடுவதன் மூலம், அவற்றுக்கிடையேயான அமைப்பு, வரிசை மற்றும் பலவற்றில் உள்ள வேறுபாடுகளை நாம் புரிந்து கொள்ளலாம், மேலும் நம்மால் கணிக்கப்பட்ட lncRNA நாவல் பொதுவான பண்புகளுடன் ஒத்துப்போகிறதா என்பதையும் சரிபார்க்கலாம்.
BMK வழக்கு
KRAS-G12D பிறழ்வு மற்றும் P53 நாக் அவுட் மூலம் மவுஸ் நுரையீரல் அடினோகார்சினோமாவில் ஒழுங்குபடுத்தப்பட்ட lncRNA வெளிப்பாடு சுயவிவரம்
வெளியிடப்பட்டது:ஜர்னல் ஆஃப் செல்லுலார் அண்ட் மாலிகுலர் மெடிசின்,2019
வரிசைப்படுத்தும் உத்தி
இல்லுமினா
மாதிரி சேகரிப்பு
NONMMUT015812-நாக் டவுன் KP (shRNA-2) செல்கள் மற்றும் எதிர்மறை கட்டுப்பாடு (sh-Scr) செல்கள் ஒரு குறிப்பிட்ட வைரஸ் நோய்த்தொற்றின் 6 ஆம் நாளில் பெறப்பட்டன.
முக்கிய முடிவுகள்
இந்த ஆய்வு, P53 நாக் அவுட் மற்றும் KrasG12D பிறழ்வு ஆகியவற்றுடன் சுட்டி நுரையீரல் அடினோகார்சினோமாவில் உள்ள வித்தியாசமாக வெளிப்படுத்தப்பட்ட lncRNA களை ஆராய்கிறது.
1.6424 lncRNAகள் வித்தியாசமாக வெளிப்படுத்தப்பட்டன (≥ 2 மடங்கு மாற்றம், P <0.05).
2.எல்லா 210 எல்என்சிஆர்என்ஏக்களிலும்(எஃப்சி≥8), 11 எல்என்சிஆர்என்ஏக்களின் வெளிப்பாடு முறையே பி53, 33எல்என்சிஆர்என்ஏக்கள் கேஆர்ஏஎஸ் மற்றும் 13எல்என்சிஆர்என்ஏக்கள் ஹைபோக்ஸியா மூலம் முதன்மை கேபி செல்களில் கட்டுப்படுத்தப்பட்டது.
3.NONMMUT015812, இது மவுஸ் நுரையீரல் அடினோகார்சினோமாவில் குறிப்பிடத்தக்க அளவில் கட்டுப்படுத்தப்பட்டது மற்றும் P53 மறு-வெளிப்பாட்டால் எதிர்மறையாக கட்டுப்படுத்தப்பட்டது, அதன் செல்லுலார் செயல்பாட்டை பகுப்பாய்வு செய்ய கண்டறியப்பட்டது.
4. shRNAகள் மூலம் NONMMUT015812 இன் நாக் டவுன் KP செல்களின் பெருக்கம் மற்றும் இடம்பெயர்வு திறன்களைக் குறைத்தது.NONMMUT015812 ஒரு சாத்தியமான புற்றுநோயாகும்.
 NONMMUT015812-நாக் டவுன் KP கலங்களில் வித்தியாசமாக வெளிப்படுத்தப்பட்ட மரபணுக்களின் KEGG பாதை பகுப்பாய்வு |  NONMMUT015812-நாக் டவுன் கேபி கலங்களில் வித்தியாசமாக வெளிப்படுத்தப்பட்ட மரபணுக்களின் ஜீன் ஆன்டாலஜி பகுப்பாய்வு |
குறிப்பு
KRAS-G12D பிறழ்வு மற்றும் P53 நாக் அவுட்[J] உடன் மவுஸ் நுரையீரல் அடினோகார்சினோமாவில் ஒழுங்குபடுத்தப்பட்ட lncRNA வெளிப்பாடு சுயவிவரம்.ஜர்னல் ஆஃப் செல்லுலார் அண்ட் மாலிகுலர் மெடிசின், 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
