ஹை-சி அடிப்படையிலான ஜீனோம் அசெம்பிளி
சேவை நன்மைகள்
Hi-C இன் கண்ணோட்டம்
(லிபர்மேன்-ஐடன் இ மற்றும் பலர்.,அறிவியல், 2009)
● காண்டிக் நங்கூரமிடுவதற்கு மரபணு மக்கள்தொகையை உருவாக்க வேண்டிய அவசியமில்லை;
● அதிக குறிப்பான் அடர்த்தி 90% க்கு மேல் அதிக கான்டிஜ் நங்கூரம் விகிதத்திற்கு வழிவகுக்கிறது;
● ஏற்கனவே உள்ள மரபணு கூட்டங்களில் மதிப்பீடு மற்றும் திருத்தங்களை செயல்படுத்துகிறது;
● ஜீனோம் அசெம்பிளியில் அதிக துல்லியத்துடன் குறுகிய திருப்ப நேரம்;
● 500 க்கும் மேற்பட்ட உயிரினங்களுக்காக கட்டப்பட்ட 1000 ஹை-சி நூலகங்களுடன் ஏராளமான அனுபவம்;
● 760 க்கும் அதிகமான வெளியிடப்பட்ட தாக்கக் காரணியுடன் 100 க்கும் மேற்பட்ட வெற்றிகரமான வழக்குகள்;
● பாலிப்ளோயிட் மரபணுவுக்கான ஹை-சி அடிப்படையிலான மரபணு அசெம்பிளி, முந்தைய திட்டத்தில் 100% ஆங்கரிங் வீதம் எட்டப்பட்டது;
● Hi-C சோதனைகள் மற்றும் தரவு பகுப்பாய்வுக்கான உள் காப்புரிமைகள் மற்றும் மென்பொருள் பதிப்புரிமைகள்;
● சுய-மேம்படுத்தப்பட்ட காட்சிப்படுத்தப்பட்ட தரவு டியூனிங் மென்பொருள், கையேடு பிளாக் நகர்த்துதல், தலைகீழாக மாற்றுதல், திரும்பப் பெறுதல் மற்றும் மீண்டும் செய்தல் ஆகியவற்றை செயல்படுத்துகிறது.
சேவை விவரக்குறிப்புகள்
|
நூலக வகை
|
நடைமேடை | படிக்க நீளம் | உத்தியை பரிந்துரைக்கவும் |
| ஹை-சி | இல்லுமினா நோவாசெக் | PE150 | ≥ 100X |
உயிர் தகவலியல் பகுப்பாய்வு
● மூல தரவு தரக் கட்டுப்பாடு
● ஹை-சி லைப்ரரி தரக் கட்டுப்பாடு
● ஹை-சி அடிப்படையிலான ஜீனோம் அசெம்பிளி
● சட்டசபைக்கு பிந்தைய மதிப்பீடு
மாதிரி தேவைகள் மற்றும் விநியோகம்
மாதிரி தேவைகள்:
| விலங்கு | பூஞ்சை | செடிகள்
|
| உறைந்த திசு: ஒரு நூலகத்திற்கு 1-2 கிராம் கலங்கள்: ஒரு நூலகத்திற்கு 1x 10^7 செல்கள் | உறைந்த திசு: ஒரு நூலகத்திற்கு 1 கிராம் | உறைந்த திசு: ஒரு நூலகத்திற்கு 1-2 கிராம்
|
| *ஹை-சி பரிசோதனைக்கு குறைந்தது 2 அலிகோட்களை (ஒவ்வொன்றும் 1 கிராம்) அனுப்புமாறு நாங்கள் கடுமையாக பரிந்துரைக்கிறோம். | ||
பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி விநியோகம்
கொள்கலன்: 2 மில்லி மையவிலக்கு குழாய் (தகரம் படலம் பரிந்துரைக்கப்படவில்லை)
பெரும்பாலான மாதிரிகளுக்கு, எத்தனாலில் சேமிக்க வேண்டாம் என்று பரிந்துரைக்கிறோம்.
மாதிரி லேபிளிங்: மாதிரிகள் தெளிவாக லேபிளிடப்பட வேண்டும் மற்றும் சமர்ப்பிக்கப்பட்ட மாதிரி தகவல் படிவத்துடன் ஒத்ததாக இருக்க வேண்டும்.
ஏற்றுமதி: உலர்-பனி: மாதிரிகளை முதலில் பைகளில் அடைத்து உலர் பனியில் புதைக்க வேண்டும்.
சேவை வேலை ஓட்டம்
சோதனை வடிவமைப்பு
மாதிரி விநியோகம்
டிஎன்ஏ பிரித்தெடுத்தல்
நூலக கட்டுமானம்
வரிசைப்படுத்துதல்
தரவு பகுப்பாய்வு
விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள்
*இங்கே காட்டப்பட்டுள்ள டெமோ முடிவுகள் அனைத்தும் பயோமார்க்கர் டெக்னாலஜிஸ் மூலம் வெளியிடப்பட்ட மரபணுக்களிலிருந்து வந்தவை
1.Hi-C தொடர்பு வெப்ப வரைபடம்Camptotheca acuminataமரபணுவரைபடத்தில் காட்டப்பட்டுள்ளபடி, தொடர்புகளின் தீவிரம் நேரியல் தூரத்துடன் எதிர்மறையாக தொடர்புடையது, இது மிகவும் துல்லியமான குரோமோசோம்-நிலை அசெம்பிளியைக் குறிக்கிறது.(நங்கூரம் விகிதம்: 96.03%)
காங் எம் மற்றும் பலர்.,இயற்கை தொடர்பு, 2021
2.Hi-C இடையேயான தலைகீழ் சரிபார்ப்பை எளிதாக்கியதுகோசிபியம் ஹிர்சுட்டம்L. TM-1 A06 மற்றும்ஜி. ஆர்போரியம்Chr06
யாங் இசட் மற்றும் பலர்.,நேச்சர் கம்யூனிகேஷன்ஸ், 2019
3. மரவள்ளிக்கிழங்கு மரபணு SC205 இன் அசெம்பிளி மற்றும் பைலிலிக் வேறுபாடு.ஹை-சி ஹீட்மேப் ஹோமோலோகஸ் குரோமோசோம்களில் தெளிவான பிளவு காட்டப்பட்டுள்ளது.
ஹூ டபிள்யூ மற்றும் பலர்.,மூலக்கூறு ஆலை, 2021
4.இரண்டு Ficus இனங்கள் ஜீனோம் அசெம்பிளியில் ஹை-சி ஹீட்மேப்:எஃப்.மைக்ரோகார்பா(நங்கூரம் விகிதம்: 99.3%) மற்றும்F.hispida (நங்கூரம் விகிதம்: 99.7%)
ஜாங் எக்ஸ் மற்றும் பலர்.,செல், 2020
BMK வழக்கு
ஆலமரம் மற்றும் மகரந்தச் சேர்க்கை குளவியின் மரபணுக்கள், அத்தி-குளவி கூட்டுப் பரிணாமத்தைப் பற்றிய நுண்ணறிவுகளை வழங்குகின்றன
வெளியிடப்பட்டது: செல், 2020
வரிசைப்படுத்தும் உத்தி:
எஃப். மைக்ரோகார்பா மரபணு: தோராயமாக84 X PacBio RSII (36.87 ஜிபி) + ஹை-சி (44 ஜிபி)
எஃப். ஹிஸ்பிடாமரபணு: தோராயமாக97 X PacBio RSII (36.12 ஜிபி) + ஹை-சி (60 ஜிபி)
யூப்ரிஸ்டினா வெர்டிசில்லாட்டாமரபணு: தோராயமாக170 X PacBio RSII (65 ஜிபி)
முக்கிய முடிவுகள்
1.இரண்டு ஆலமர மரபணுக்கள் மற்றும் ஒரு மகரந்தச் சேர்க்கை குளவி மரபணு ஆகியவை PacBio சீக்வென்சிங், ஹை-சி மற்றும் இணைப்பு வரைபடத்தைப் பயன்படுத்தி உருவாக்கப்பட்டுள்ளன.
(1)எஃப். மைக்ரோகார்பாமரபணு: 908 Kb இன் contig N50 உடன் 426 Mb (மதிப்பீடு செய்யப்பட்ட மரபணு அளவின் 97.7%), BUSCO மதிப்பெண் 95.6% உடன் நிறுவப்பட்டது.மொத்தம் 423 Mb வரிசைகள் ஹை-சி மூலம் 13 குரோமோசோம்களில் தொகுக்கப்பட்டன.மரபணு சிறுகுறிப்பு 29,416 புரத-குறியீட்டு மரபணுக்களை வழங்கியது.
(2)எஃப். ஹிஸ்பிடாமரபணு: 492 Kb இன் contig N50 மற்றும் 97.4% BUSCO மதிப்பெண்ணுடன் 360 Mb (மதிப்பீடு செய்யப்பட்ட மரபணு அளவின் 97.3%) அசெம்பிளி.ஹை-சி மூலம் 14 குரோமோசோம்களில் மொத்தம் 359 எம்பி வரிசைகள் தொகுக்கப்பட்டன மற்றும் உயர் அடர்த்தி இணைப்பு வரைபடத்திற்கு மிகவும் ஒத்ததாக இருக்கும்.
(3)யூப்ரிஸ்டினா வெர்டிசில்லாட்டாமரபணு: 387 Mb (மதிப்பீடு செய்யப்பட்ட மரபணு அளவு: 382 Mb) 3.1 Mb இன் contig N50 மற்றும் BUSCO மதிப்பெண் 97.7% உடன் நிறுவப்பட்டது.
2.ஒப்பீட்டு மரபியல் பகுப்பாய்வு இரண்டுக்கும் இடையேயான கட்டமைப்பு மாறுபாடுகளை வெளிப்படுத்தியதுஃபிகஸ்தகவமைப்பு பரிணாம ஆய்வுகளுக்கு விலைமதிப்பற்ற மரபணு வளத்தை வழங்கிய மரபணுக்கள்.இந்த ஆய்வு, முதன்முறையாக, மரபணு அளவில் அத்தி-குளவி கூட்டுப் பரிணாமத்தைப் பற்றிய நுண்ணறிவுகளை வழங்கியது.
 இரண்டின் மரபணு அம்சங்கள் பற்றிய சர்கோஸ் வரைபடம்ஃபிகஸ்குரோமோசோம்கள், செக்மெண்டல் டூப்ளிகேஷன்ஸ் (SDக்கள்), டிரான்ஸ்போசன்கள் (LTR, TEs, DNA TEகள்), மரபணு வெளிப்பாடு மற்றும் ஒருங்கிணைப்பு உள்ளிட்ட மரபணுக்கள் |  Y குரோமோசோம் மற்றும் பாலின நிர்ணய வேட்பாளர் மரபணுவின் அடையாளம் |
ஜாங், எக்ஸ்., மற்றும் பலர்."ஆலமரம் மற்றும் மகரந்தச் சேர்க்கை குளவியின் மரபணுக்கள், அத்தி-வாஸ்ப் இணைவு பற்றிய நுண்ணறிவுகளை வழங்குகின்றன."செல் 183.4(2020).
