முழு நீள mRNA வரிசைமுறை-நானோபூர்
சேவை நன்மைகள்
● குறைந்த வரிசை சார்பு
● முழு நீள சிடிஎன்ஏ மூலக்கூறுகளை வெளிப்படுத்துகிறது
● அதே எண்ணிக்கையிலான டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளை உள்ளடக்குவதற்கு குறைவான தரவு தேவை
● ஒரு மரபணுவிற்கு பல ஐசோஃபார்ம்களைக் கண்டறிதல்
● ஐசோஃபார்ம் மட்டத்தில் வெளிப்பாடு அளவீடு
சேவை விவரக்குறிப்புகள்
| நூலகம் | நடைமேடை | பரிந்துரைக்கப்பட்ட தரவு வருவாய் (ஜிபி) | தர கட்டுப்பாடு |
| சிடிஎன்ஏ-பிசிஆர்(பாலி-ஏ செறிவூட்டப்பட்டது) | நானோபூர் ப்ரோமேதியான் பி48 | 6 ஜிபி/மாதிரி (இனங்களைப் பொறுத்து) | முழு நீள விகிதம் "70% சராசரி தர மதிப்பெண்: Q10
|
உயிர் தகவலியல் பகுப்பாய்வு
●மூல தரவு செயலாக்கம்
● டிரான்ஸ்கிரிப்ட் அடையாளம்
● மாற்று பிளவு
● மரபணு நிலை மற்றும் ஐசோஃபார்ம் மட்டத்தில் வெளிப்பாடு அளவீடு
● வேறுபட்ட வெளிப்பாடு பகுப்பாய்வு
● செயல்பாடு சிறுகுறிப்பு மற்றும் செறிவூட்டல் (DEGகள் மற்றும் DETகள்)
மாதிரி தேவைகள் மற்றும் விநியோகம்
மாதிரி தேவைகள்:
நியூக்ளியோடைடுகள்:
| Conc.(ng/μl) | தொகை (μg) | தூய்மை | நேர்மை |
| ≥ 100 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 வரையறுக்கப்பட்ட அல்லது புரதம் அல்லது டிஎன்ஏ மாசுபாடு ஜெல் மீது காட்டப்படவில்லை. | தாவரங்களுக்கு: RIN≥7.0; விலங்குகளுக்கு: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; வரையறுக்கப்பட்ட அல்லது அடிப்படை உயரம் இல்லை |
திசு: எடை(உலர்ந்த): ≥1 கிராம்
*5 mg க்கும் குறைவான திசுக்களுக்கு, ஃபிளாஷ் உறைந்த (திரவ நைட்ரஜனில்) திசு மாதிரியை அனுப்ப பரிந்துரைக்கிறோம்.
செல் இடைநீக்கம்: செல் எண்ணிக்கை = 3×106- 1×107
*உறைந்த செல் லைசேட்டை அனுப்ப பரிந்துரைக்கிறோம்.அந்த கலத்தின் எண்ணிக்கை 5×10ஐ விட குறைவாக இருந்தால்5, திரவ நைட்ரஜனில் உறைந்த ஃபிளாஷ் பரிந்துரைக்கப்படுகிறது, இது மைக்ரோ பிரித்தெடுப்பிற்கு விரும்பத்தக்கது.
இரத்த மாதிரிகள்: தொகுதி≥1 மிலி
பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி விநியோகம்
கொள்கலன்: 2 மில்லி மையவிலக்கு குழாய் (தகரம் படலம் பரிந்துரைக்கப்படவில்லை)
மாதிரி லேபிளிங்: குழு+பிரதி எ.கா. A1, A2, A3;பி1, பி2, பி3......
ஏற்றுமதி: 2, உலர்-பனி: மாதிரிகள் பைகளில் அடைக்கப்பட்டு உலர்-பனியில் புதைக்கப்பட வேண்டும்.
- ஆர்.என்.ஏ-நிலைக் குழாய்கள்: ஆர்.என்.ஏ. மாதிரிகளை ஆர்.என்.ஏ உறுதிப்படுத்தல் குழாயில் உலர்த்தலாம் (எ.கா. ஆர்.என்.ஏ. ஸ்டேபிள்®) மற்றும் அறை வெப்பநிலையில் அனுப்பப்படும்.
சேவை வேலை ஓட்டம்
நியூக்ளியோடைடுகள்:
மாதிரி விநியோகம்
நூலக கட்டுமானம்
வரிசைப்படுத்துதல்
தரவு பகுப்பாய்வு
விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள்
சேவை வேலை ஓட்டம்
திசு:
சோதனை வடிவமைப்பு
மாதிரி விநியோகம்
ஆர்என்ஏ பிரித்தெடுத்தல்
நூலக கட்டுமானம்
வரிசைப்படுத்துதல்
தரவு பகுப்பாய்வு
விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள்
1.வேறுபட்ட வெளிப்பாடு பகுப்பாய்வு - எரிமலை சதி
வேறுபட்ட வெளிப்படுத்தப்பட்ட மரபணுக்களை (DEG கள்) அடையாளம் காண மரபணு மட்டத்திலும் மற்றும் வேறுபட்ட முறையில் அடையாளம் காண ஐசோஃபார்ம் மட்டத்திலும் வேறுபட்ட வெளிப்பாடு பகுப்பாய்வு செயலாக்கப்படலாம்.
வெளிப்படுத்தப்பட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள் (DETs)
2.படிநிலை கிளஸ்டரிங் வெப்ப வரைபடம்
3.மாற்று பிளவு அடையாளம் மற்றும் வகைப்பாடு
ஐந்து வகையான மாற்று பிளவு நிகழ்வுகளை Astalavista மூலம் கணிக்க முடியும்.
4.பாலி-ஏ இன் 50 பிபி அப்ஸ்ட்ரீமில் மாற்று பாலி-அடினிலேஷன் (ஏபிஏ) நிகழ்வுகளை அடையாளம் காணுதல் மற்றும் மையக்கருத்து
BMK வழக்கு
நானோபோர் முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் சீக்வென்சிங் மூலம் மாற்று பிளவுபடுத்தல் அடையாளம் மற்றும் ஐசோஃபார்ம்-நிலை அளவீடு
வெளியிடப்பட்டது:நேச்சர் கம்யூனிகேஷன்ஸ்,2020
வரிசைப்படுத்தும் உத்தி:
குழுவாக்கம்: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E பிறழ்வு);3. சாதாரண பி-செல்கள்
வரிசைப்படுத்துதல் உத்தி: MinION 2D நூலக வரிசைமுறை, PromethION 1D நூலக வரிசைமுறை;அதே மாதிரிகளிலிருந்து குறுகிய வாசிப்பு தரவு
வரிசைப்படுத்தும் தளம்: நானோபூர் MinION;நானோபூர் ப்ரோமேத்யான்;
முக்கிய முடிவுகள்
1.ஐசோஃபார்ம்-நிலை மாற்று பிளவு அடையாளம்
நீண்ட நேரம் படிக்கும் வரிசைகள் பிறழ்ந்த SF3B1 ஐ அடையாளம் காண உதவுகிறதுK700Eஐசோஃபார்ம் அளவில் மாற்றப்பட்ட பிளவு தளங்கள்.35 மாற்று 3′SSகள் மற்றும் 10 மாற்று 5′SSகள் SF3B1 க்கு இடையில் குறிப்பிடத்தக்க வகையில் வேறுபட்டதாகக் கண்டறியப்பட்டது.K700Eமற்றும் SF3B1WT.35 மாற்றங்களில் 33 நீண்ட வாசிப்பு வரிசைகளால் புதிதாக கண்டுபிடிக்கப்பட்டது.
2.ஐசோஃபார்ம்-நிலை மாற்று பிளவு அளவுகோல்
SF3B1 இல் இன்ட்ரான் தக்கவைப்பு (IR) ஐசோஃபார்ம்களின் வெளிப்பாடுK700Eமற்றும் SF3B1WTநானோபோர் வரிசைகளின் அடிப்படையில் அளவிடப்பட்டது, SF3B1 இல் IR ஐசோஃபார்ம்களின் உலகளாவிய கீழ்-ஒழுங்குமுறையை வெளிப்படுத்துகிறது.K700E.
குறிப்பு
டாங் AD, Soulette CM, பேரன் MJV, மற்றும் பலர்.நாள்பட்ட லிம்போசைடிக் லுகேமியாவில் உள்ள SF3B1 பிறழ்வின் முழு-நீள டிரான்ஸ்கிரிப்ட் குணாதிசயம் தக்கவைக்கப்பட்ட இன்ட்ரான்களைக் குறைப்பதை வெளிப்படுத்துகிறது[J].இயற்கை தொடர்பு.
