முழு நீள mRNA வரிசைமுறை -PacBio
சேவை நன்மைகள்
● முழு நீள சிடிஎன்ஏ மூலக்கூறின் நேரடி வாசிப்பு 3'- இறுதியில் இருந்து 5'- இறுதி வரை
● வரிசை கட்டமைப்பில் ஐசோ-வடிவ நிலை தீர்மானம்
● உயர் துல்லியம் மற்றும் ஒருமைப்பாடு கொண்ட டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள்
● பல்வேறு வகைகளுக்கு மிகவும் இணக்கமானது
● 4 PacBio Sequel II வரிசைப்படுத்தல் தளங்களுடன் கூடிய பெரிய வரிசைமுறை திறன்
● 700க்கும் மேற்பட்ட Pacbio-அடிப்படையிலான RNA வரிசைப்படுத்தல் திட்டங்களில் அதிக அனுபவம் பெற்றவர்
● BMKCloud-அடிப்படையிலான முடிவு டெலிவரி: தனிப்பயனாக்கப்பட்ட தரவுச் செயலாக்கம் இயங்குதளத்தில் கிடைக்கிறது.
● திட்டம் முடிந்ததும் 3 மாதங்களுக்கு விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள் செல்லுபடியாகும்
சேவை விவரக்குறிப்புகள்
இயங்குதளம்: PacBio தொடர்ச்சி II
வரிசைமுறை நூலகம்: பாலி A- செறிவூட்டப்பட்ட mRNA நூலகம்
பரிந்துரைக்கப்பட்ட தரவு விளைச்சல்: 20 ஜிபி/மாதிரி (இனங்களைப் பொறுத்து)
FLNC (%): ≥75%
*FLNC: முழு நீள நான்-சிமெரிக் டிரான்ஸ்சிப்ட்ஸ்
உயிர் தகவலியல் பகுப்பாய்வு
● மூல தரவு செயலாக்கம்
● டிரான்ஸ்கிரிப்ட் அடையாளம்
● வரிசை அமைப்பு
● வெளிப்பாடு அளவீடு
● செயல்பாடு சிறுகுறிப்பு
மாதிரி தேவைகள் மற்றும் விநியோகம்
மாதிரி தேவைகள்:
நியூக்ளியோடைடுகள்:
| Conc.(ng/μl) | தொகை (μg) | தூய்மை | நேர்மை |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 வரையறுக்கப்பட்ட அல்லது புரதம் அல்லது டிஎன்ஏ மாசுபாடு ஜெல் மீது காட்டப்படவில்லை. | தாவரங்களுக்கு: RIN≥7.5; விலங்குகளுக்கு: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; வரையறுக்கப்பட்ட அல்லது அடிப்படை உயரம் இல்லை |
திசு: எடை (உலர்ந்த):≥1 கிராம்
*5 mg க்கும் குறைவான திசுக்களுக்கு, ஃபிளாஷ் உறைந்த (திரவ நைட்ரஜனில்) திசு மாதிரியை அனுப்ப பரிந்துரைக்கிறோம்.
செல் இடைநீக்கம்:செல் எண்ணிக்கை = 3×106- 1×107
*உறைந்த செல் லைசேட்டை அனுப்ப பரிந்துரைக்கிறோம்.அந்த கலத்தின் எண்ணிக்கை 5×10ஐ விட குறைவாக இருந்தால்5, திரவ நைட்ரஜனில் உறைந்த ஃபிளாஷ் பரிந்துரைக்கப்படுகிறது, இது மைக்ரோ பிரித்தெடுப்பிற்கு விரும்பத்தக்கது.
இரத்த மாதிரிகள்:தொகுதி≥1 மிலி
நுண்ணுயிர்:நிறை ≥ 1 கிராம்
பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி விநியோகம்
கொள்கலன்:
2 மில்லி மையவிலக்கு குழாய் (தகரம் படலம் பரிந்துரைக்கப்படவில்லை)
மாதிரி லேபிளிங்: குழு+பிரதி எ.கா. A1, A2, A3;பி1, பி2, பி3......
ஏற்றுமதி:
1. உலர்-பனி: மாதிரிகளை பைகளில் அடைத்து உலர்-பனியில் புதைக்க வேண்டும்.
2. ஆர்என்ஏ ஸ்டேபிள் குழாய்கள்: ஆர்என்ஏ மாதிரிகளை ஆர்என்ஏ உறுதிப்படுத்தல் குழாயில் உலர்த்தலாம் (எ.கா. ஆர்என்ஏஸ்டேபிள்®) மற்றும் அறை வெப்பநிலையில் அனுப்பப்படும்.
சேவை வேலை ஓட்டம்
சோதனை வடிவமைப்பு
மாதிரி விநியோகம்
ஆர்என்ஏ பிரித்தெடுத்தல்
நூலக கட்டுமானம்
வரிசைப்படுத்துதல்
தரவு பகுப்பாய்வு
விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள்
1.FLNC நீளம் விநியோகம்
முழு நீள நான்-சிமெரிக் ரீட் (FLNC) நீளம் நூலக கட்டுமானத்தில் cDNA நீளத்தைக் குறிக்கிறது.நூலகக் கட்டுமானத்தின் தரத்தை மதிப்பிடுவதில் FLNC நீள விநியோகம் ஒரு முக்கியமான குறிகாட்டியாகும்.
FLNC வாசிப்பு நீளம் விநியோகம்
2.முழுமையான ORF பிராந்திய நீள விநியோகம்
அனைத்து மாதிரிகளிலும் முழுமையான தேவையற்ற டிரான்ஸ்கிரிப்ட் தகவலைக் கொண்ட யூனிஜீன் செட்களை உருவாக்க புரதக் குறியீட்டுப் பகுதிகள் மற்றும் தொடர்புடைய அமினோ அமில வரிசைகளைக் கணிக்க நாங்கள் TransDecoder ஐப் பயன்படுத்துகிறோம்.
முழுமையான ORF பகுதி நீள விநியோகம்
3.KEGG பாதை செறிவூட்டல் பகுப்பாய்வு
PacBio வரிசைமுறை தரவு மூலம் உருவாக்கப்பட்ட முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்ட் தொகுப்புகளில் NGS-அடிப்படையிலான RNA வரிசைமுறை தரவை சீரமைப்பதன் மூலம் வேறுபட்ட வெளிப்படுத்தப்பட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களை (DETs) அடையாளம் காணலாம்.இந்த DETகள் பல்வேறு செயல்பாட்டு பகுப்பாய்விற்கு மேலும் செயலாக்கப்படலாம், எ.கா. KEGG பாதை செறிவூட்டல் பகுப்பாய்வு.
DET KEGG பாதை செறிவூட்டல் -டாட் சதி
BMK வழக்கு
பாப்புலஸ் ஸ்டெம் டிரான்ஸ்கிரிப்டோமின் வளர்ச்சி இயக்கவியல்
வெளியிடப்பட்டது: தாவர பயோடெக்னாலஜி ஜர்னல், 2019
வரிசைப்படுத்தும் உத்தி:
மாதிரி சேகரிப்பு:தண்டு பகுதிகள்: நுனி, முதல் இடைகணு(IN1), இரண்டாவது இடைகணு(IN2), மூன்றாவது இடைகணு(IN3), இடைகணு(IN4) மற்றும் இடைக்கணு(IN5) இருந்து Nanlin895
NGS-வரிசை:15 நபர்களின் ஆர்என்ஏ ஒரு உயிரியல் மாதிரியாக சேகரிக்கப்பட்டது.ஒவ்வொரு புள்ளிகளின் மூன்று உயிரியல் பிரதிகள் NGS வரிசைக்கு செயலாக்கப்பட்டன
TGS-வரிசை:தண்டு பகுதிகள் மூன்று பகுதிகளாகப் பிரிக்கப்பட்டன, அதாவது உச்சம், IN1-IN3 மற்றும் IN4-IN5.0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb மற்றும் 3-10 kb ஆகிய நான்கு வகையான நூலகங்களுடன் PacBio வரிசைப்படுத்துதலுக்காக ஒவ்வொரு பகுதியும் செயலாக்கப்பட்டது.
முக்கிய முடிவுகள்
1.மொத்தம் 87150 முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள் அடையாளம் காணப்பட்டன, இதில் 2081 நாவல் ஐசோஃபார்ம்கள் மற்றும் 62058 நாவல் மாற்று பிளவுபட்ட ஐசோஃபார்ம்கள் அடையாளம் காணப்பட்டன.
2.1187 lncRNA மற்றும் 356 இணைவு மரபணுக்கள் அடையாளம் காணப்பட்டன.
3.முதன்மை வளர்ச்சியிலிருந்து இரண்டாம் நிலை வளர்ச்சி வரை, 995 வித்தியாசமாக வெளிப்படுத்தப்பட்ட மரபணுக்களிலிருந்து 15838 வித்தியாசமாக வெளிப்படுத்தப்பட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள் அடையாளம் காணப்பட்டன.அனைத்து DEG களிலும், 1216 டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகள், அவற்றில் பெரும்பாலானவை இன்னும் தெரிவிக்கப்படவில்லை.
4.GO செறிவூட்டல் பகுப்பாய்வு முதன்மை மற்றும் இரண்டாம் நிலை வளர்ச்சியில் செல் பிரிவு மற்றும் ஆக்சிஜனேற்றம்-குறைப்பு செயல்முறையின் முக்கியத்துவத்தை வெளிப்படுத்தியது.
மாற்று பிளவு நிகழ்வுகள் மற்றும் வெவ்வேறு ஐசோஃபார்ம்கள்
டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகள் மீதான WGCNA பகுப்பாய்வு
குறிப்பு
சாவோ கியூ, காவோ இசட்எஃப், ஜாங் டி, மற்றும் பலர்.பாப்புலஸ் ஸ்டெம் டிரான்ஸ்கிரிப்டோமின் வளர்ச்சி இயக்கவியல்.தாவர பயோடெக்னால் ஜே. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958
