16S/18S/ITS ஆம்ப்ளிகான் சீக்வென்சிங்-PacBio
சேவை நன்மைகள்
● நீண்ட வாசிப்பு 16S/18S/ITS இன் முழு நீள வரிசையை வெளிப்படுத்துகிறது
● PacBio CCS பயன்முறை வரிசைமுறையுடன் மிகவும் துல்லியமான அடிப்படை அழைப்பு
● OTU/ASV சிறுகுறிப்பில் இனங்கள்-நிலை தெளிவுத்திறன்
● சமீபத்திய QIIME2 தரவுத்தளம், சிறுகுறிப்பு, OTU/ASV ஆகியவற்றின் அடிப்படையில் பல்வேறு பகுப்பாய்வுகளுடன் ஓட்டத்தை பகுப்பாய்வு செய்கிறது.
● பல்வேறு நுண்ணுயிர் சமூக ஆய்வுகளுக்கு பொருந்தும்
● BMK 100,000 மாதிரிகள்/ஆண்டுக்கு மேல் விரிவான அனுபவத்தை கொண்டுள்ளது, மண், நீர், வாயு, கசடு, மலம், குடல், தோல், நொதித்தல் குழம்பு, பூச்சிகள், தாவரங்கள் போன்றவை.
● 45 தனிப்பயனாக்கப்பட்ட பகுப்பாய்வுக் கருவிகளைக் கொண்ட தரவு விளக்கத்தை BMKCloud எளிதாக்கியது
சேவை விவரக்குறிப்புகள்
| வரிசைப்படுத்துதல்நடைமேடை | நூலகம் | பரிந்துரைக்கப்பட்ட தரவு | திரும்பும் நேரம் |
| PacBio தொடர்ச்சி II | SMRT-பெல் | 5K/10K/20K குறிச்சொற்கள் | 44 வேலை நாட்கள் |
உயிர் தகவலியல் பகுப்பாய்வு
● மூல தரவு தரக் கட்டுப்பாடு
● OTU கிளஸ்டரிங்/டி-இரைச்சல்(ASV)
● OTU சிறுகுறிப்பு
● ஆல்பா பன்முகத்தன்மை
● பீட்டா பன்முகத்தன்மை
● குழுக்களுக்கு இடையேயான பகுப்பாய்வு
● சோதனை காரணிகளுக்கு எதிரான சங்க பகுப்பாய்வு
● செயல்பாட்டு மரபணு கணிப்பு
மாதிரி தேவைகள் மற்றும் விநியோகம்
மாதிரி தேவைகள்:
க்குடிஎன்ஏ சாறுகள்:
| மாதிரி வகை | தொகை | செறிவு | தூய்மை |
| டிஎன்ஏ சாறுகள் | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
சுற்றுச்சூழல் மாதிரிகளுக்கு:
| மாதிரி வகை | பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி செயல்முறை |
| மண் | மாதிரி அளவு: தோராயமாக.5 கிராம்;மீதமுள்ள வாடிய பொருள் மேற்பரப்பில் இருந்து அகற்றப்பட வேண்டும்;பெரிய துண்டுகளை அரைத்து 2 மிமீ வடிகட்டி வழியாக செல்லுங்கள்;முன்பதிவு செய்ய மலட்டு EP-குழாய் அல்லது சைரோட்யூப்பில் உள்ள அலிகோட் மாதிரிகள். |
| மலம் | மாதிரி அளவு: தோராயமாக.5 கிராம்;முன்பதிவு செய்ய மலட்டு EP-குழாய் அல்லது கிரையோட்யூப்பில் அலிகோட் மாதிரிகளை சேகரித்து. |
| குடல் உள்ளடக்கங்கள் | அசெப்டிக் நிலையில் மாதிரிகள் செயலாக்கப்பட வேண்டும்.பிபிஎஸ் மூலம் சேகரிக்கப்பட்ட திசுக்களை கழுவவும்;PBS ஐ மையவிலக்கு செய்து EP-குழாய்களில் வீழ்படிவை சேகரிக்கவும். |
| சேறு | மாதிரி அளவு: தோராயமாக.5 கிராம்;முன்பதிவு செய்ய மலட்டு EP-குழாய் அல்லது கிரையோட்யூப்பில் அலிகோட் கசடு மாதிரியை சேகரித்து |
| நீர் நிலை | குழாய் நீர், கிணற்று நீர் போன்ற குறைந்த அளவு நுண்ணுயிர் உள்ள மாதிரிக்கு, குறைந்தபட்சம் 1 லிட்டர் தண்ணீரைச் சேகரித்து 0.22 மைக்ரான் வடிகட்டி வழியாகச் சென்று சவ்வில் உள்ள நுண்ணுயிரிகளை வளப்படுத்தவும்.மென்படலத்தை மலட்டுக் குழாயில் சேமிக்கவும். |
| தோல் | மலட்டுத்தன்மையற்ற பருத்தி துணியால் அல்லது அறுவைசிகிச்சை பிளேடால் தோலின் மேற்பரப்பை கவனமாக துடைத்து, அதை மலட்டுக் குழாயில் வைக்கவும். |
பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி விநியோகம்
மாதிரிகளை திரவ நைட்ரஜனில் 3-4 மணி நேரம் உறைய வைத்து, திரவ நைட்ரஜனில் அல்லது -80 டிகிரி வரை நீண்ட கால இட ஒதுக்கீட்டில் சேமிக்கவும்.உலர்-பனியுடன் கூடிய மாதிரி கப்பல் தேவை.
சேவை வேலை ஓட்டம்
மாதிரி விநியோகம்
நூலக கட்டுமானம்
வரிசைப்படுத்துதல்
தரவு பகுப்பாய்வு
விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள்
1.வி3+வி4(இலுமினா) அடிப்படையிலான நுண்ணுயிர் சமூக விவரக்குறிப்பின் சிறுகுறிப்பு விகிதம் எதிராக முழு நீள (PacBio) அடிப்படையிலான விவரக்குறிப்பு.
(தோராயமாக தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட 30 திட்டங்களின் தரவு புள்ளிவிவரங்களுக்காக பயன்படுத்தப்பட்டது)
2.வெவ்வேறு மாதிரி வகைகளில் இனங்கள் அளவில் முழு நீள ஆம்ப்ளிகான் வரிசைமுறையின் சிறுகுறிப்பு வீதம்
3.இனங்கள் விநியோகம்
4.பைலோஜெனடிக் மரம்
BMK வழக்கு
ஆர்சனிக் வெளிப்பாடு குடல் தடை சேதத்தை தூண்டுகிறது மற்றும் அதன் விளைவாக குடல்-கல்லீரல் அச்சை செயல்படுத்துகிறது, இது வாத்துகளில் கல்லீரல் அழற்சி மற்றும் பைரோப்டோசிஸ் ஏற்படுகிறது
வெளியிடப்பட்டது:மொத்த சுற்றுச்சூழலின் அறிவியல்,2021
வரிசைப்படுத்தும் உத்தி:
மாதிரிகள்: கட்டுப்பாடு vs 8 mg/kg ATO வெளிப்பட்ட குழு
வரிசைமுறை தரவு விளைச்சல்: மொத்தம் 102,583 மூல CCS வரிசைகள்
கட்டுப்பாடு: 54,518 ± 747 பயனுள்ள CCS
ATO-வெளிப்பாடு : 45,050 ± 1675 பயனுள்ள CCS
முக்கிய முடிவுகள்
ஆல்பா பன்முகத்தன்மை:ATO வெளிப்பாடு வாத்துகளின் குடல் நுண்ணுயிர் செழுமையையும் பன்முகத்தன்மையையும் கணிசமாக மாற்றியது.
மெட்டாஸ்டாட்ஸ் பகுப்பாய்வு:
ஃபைலம் அளவில்: 2 பாக்டீரியா பைலா கட்டுப்பாட்டு குழுக்களில் மட்டுமே கண்டறியப்பட்டது
இன அளவில்: ஒப்பீட்டளவில் மிகுதியாக 6 இனங்கள் குறிப்பிடத்தக்க அளவில் வேறுபடுகின்றன
இனங்கள் மட்டத்தில்: மொத்தம் 36 இனங்கள் அடையாளம் காணப்பட்டன, அவற்றில் 6 இனங்கள் குறிப்பிடத்தக்க அளவில் வேறுபடுகின்றன.
குறிப்பு
திங்ஹோம், எல்பி மற்றும் பலர்."வகை 2 நீரிழிவு நோயுடன் மற்றும் இல்லாத பருமனான நபர்கள் வெவ்வேறு குடல் நுண்ணுயிர் செயல்பாட்டு திறன் மற்றும் கலவையைக் காட்டுகிறார்கள்."செல் ஹோஸ்ட் & மைக்ரோப்26.2(2019)
