-
Upangaji wa urefu kamili wa mRNA-Nanopore
Mfuatano wa RNA umekuwa zana yenye thamani sana kwa uchanganuzi wa kina wa nukuu.Bila shaka, mpangilio wa kitamaduni wa kusoma kwa ufupi ulipata maendeleo mengi muhimu hapa.Hata hivyo, mara nyingi hukutana na vikwazo katika vitambulisho vya urefu kamili vya isoform, quantification, upendeleo wa PCR.
Mpangilio wa Nanopore hujitofautisha na majukwaa mengine ya mpangilio, kwa kuwa nyukleotidi husomwa moja kwa moja bila usanisi wa DNA na hutoa usomaji wa muda mrefu katika makumi ya kilobases.Hii huwezesha nakala za urefu kamili za kusoma moja kwa moja na kukabiliana na changamoto katika masomo ya kiwango cha isoform.
Jukwaa:Nanopore PromethION
Maktaba:cDNA-PCR
-
De novo Mfuatano wa Urefu Kamili wa Nakala -PacBio
De novomfuatano wa unukuzi wa urefu kamili, unaojulikana pia kamaDe novoIso-Seq inachukua faida za PacBio sequencer katika urefu wa kusoma, ambayo huwezesha mfuatano wa molekuli za cDNA za urefu kamili bila mapumziko yoyote.Hii inaepuka kabisa makosa yoyote yanayotokana na hatua za mkusanyiko wa nakala na huunda seti za unigene na azimio la kiwango cha isoform.Seti hizi za unigene hutoa taarifa za kinasaba kama "jenomu ya marejeleo" katika kiwango cha transcriptome.Kwa kuongezea, ikichanganya na data ya kizazi kijacho ya mpangilio, huduma hii huwezesha ukadiriaji sahihi wa usemi wa kiwango cha isoform.
Jukwaa: PacBio Sequel IIMaktaba: maktaba ya kengele ya SMRT -
Mfuatano wa mRNA wa yukariyoti-Illumina
Upangaji wa mRNA huwezesha uwekaji wasifu wa mRNA zote zilizonakiliwa kutoka kwa seli chini ya hali mahususi.Ni teknolojia yenye nguvu ya kufichua wasifu wa usemi wa jeni, miundo ya jeni na mifumo ya molekuli ya michakato fulani ya kibiolojia.Hadi sasa, mpangilio wa mRNA umetumika sana katika utafiti wa kimsingi, uchunguzi wa kimatibabu, ukuzaji wa dawa, n.k.
Jukwaa: Illumina NovaSeq 6000
-
Upangaji-Illumina kwa msingi wa mRNA
Upangaji wa mRNA hutumia mbinu ya kizazi kijacho ya kupanga mpangilio (NGS) ili kunasa fomu ya RNA(mRNA) ya mjumbe ya Eukaryote katika kipindi mahususi ambacho baadhi ya vipengele maalum vya kukokotoa vinawashwa.Nakala ndefu zaidi iliyogawanywa iliitwa 'Unigene' na kutumika kama mfuatano wa marejeleo kwa uchanganuzi uliofuata, ambayo ni njia mwafaka ya kusoma utaratibu wa molekuli na mtandao wa udhibiti wa spishi bila marejeleo.
Baada ya mkusanyiko wa data ya nakala na ufafanuzi wa utendaji wa unigene
(1) Uchambuzi wa SNP, uchanganuzi wa SSR, utabiri wa CDS na muundo wa jeni utarekebishwa mapema.
(2)Ukadiriaji wa usemi wa aina moja katika kila sampuli utafanywa.
(3) Unigene zilizoonyeshwa kwa njia tofauti kati ya sampuli (au vikundi) zitagunduliwa kulingana na usemi mmoja.
(4) Kuunganisha, ufafanuzi wa utendaji na uchanganuzi wa uboreshaji wa unigene zilizoonyeshwa tofauti utafanywa.
-
Upangaji wa muda mrefu usio na usimbaji-Illumina
RNA ndefu zisizo na misimbo (lncRNAs) ni aina ya molekuli za RNA zenye urefu unaozidi nt 200, ambazo zina sifa ya uwezo mdogo sana wa usimbaji.LncRNA, kama mwanachama muhimu katika RNA zisizo na misimbo, hupatikana hasa kwenye kiini na plazima.Ukuzaji wa upangaji wa teknolojia na habari za kibayolojia huwezesha utambuzi wa riwaya nyingi za lncRNA na kuhusisha zile zilizo na kazi za kibayolojia.Ushahidi wa mkusanyiko unaonyesha kuwa lncRNA inahusika sana katika udhibiti wa epijenetiki, udhibiti wa unukuzi na udhibiti wa baada ya unukuzi.
-
Mpangilio mdogo wa RNA-Illumina
RNA ndogo inarejelea darasa la molekuli za RNA zisizo na msimbo ambazo kwa kawaida huwa chini ya nt 200 kwa urefu, ikijumuisha RNA ndogo (miRNA), mwingiliano mdogo wa RNA (siRNA), na RNA inayoingiliana na piwi (piRNA).
MicroRNA (miRNA) ni darasa la RNA ndogo endogenous yenye urefu wa takriban 20-24nt, ambayo ina aina mbalimbali za majukumu muhimu ya udhibiti katika seli.miRNA inahusika katika michakato mingi ya maisha ambayo inaonyesha tishu - maalum na hatua - kujieleza maalum na kuhifadhiwa sana katika aina tofauti.
-
circRNA mpangilio-Illumina
Ufuataji wa nukuu nzima umeundwa kuangazia aina zote za molekuli za RNA, ikijumuisha usimbaji (mRNA) na RNA zisizo na misimbo (ikijumuisha lncRNA, circRNA na miRNA) ambazo hunakiliwa na seli maalum kwa wakati fulani.Ufuataji wa nukuu nzima, unaojulikana pia kama "mfuatano wa jumla wa RNA" unalenga kufichua mitandao ya udhibiti kamili katika kiwango cha unukuzi.Kwa kutumia teknolojia ya NGS, mlolongo wa bidhaa zote za nakala zinapatikana kwa uchanganuzi wa ceRNA na uchanganuzi wa pamoja wa RNA, ambayo hutoa hatua ya kwanza kuelekea sifa za utendaji.Kufichua mtandao wa udhibiti wa circRNA-miRNA-mRNA msingi ceRNA.
-
Mpangilio mzima wa maandishi - Illumina
Ufuataji wa nukuu nzima umeundwa kuangazia aina zote za molekuli za RNA, ikijumuisha usimbaji (mRNA) na RNA zisizo na misimbo (ikijumuisha lncRNA, circRNA na miRNA) ambazo hunakiliwa na seli maalum kwa wakati fulani.Ufuataji wa nukuu nzima, unaojulikana pia kama "mfuatano wa jumla wa RNA" unalenga kufichua mitandao ya udhibiti kamili katika kiwango cha unukuzi.Kwa kutumia teknolojia ya NGS, mlolongo wa bidhaa zote za nakala zinapatikana kwa uchanganuzi wa ceRNA na uchanganuzi wa pamoja wa RNA, ambayo hutoa hatua ya kwanza kuelekea sifa za utendaji.Kufichua mtandao wa udhibiti wa circRNA-miRNA-mRNA msingi ceRNA.
-
Mpangilio wa RNA ya Prokaryotic
Upangaji wa RNA wa Prokaryotic hutumia mpangilio wa kizazi kijacho (NGS) kufichua uwepo na wingi wa RNA kwa wakati fulani, kwa kuchanganua mabadiliko ya nukuu ya seli.Mpangilio wa RNA wa prokariyoti wa kampuni yetu, unalenga haswa prokariyoti zilizo na jenomu marejeleo, kukupa maelezo mafupi, uchanganuzi wa muundo wa jeni, n.k. Imetumika sana kwa utafiti wa kimsingi wa sayansi, utafiti na ukuzaji wa dawa, na zaidi.
Jukwaa: Illumina NovaSeq 6000
-
Mpangilio wa Metatranscriptome
Mfuatano wa metatranscriptome hubainisha usemi wa jeni wa vijiumbe (eukarioti na prokariyoti) ndani ya mazingira ya asili (yaani udongo, maji, bahari, kinyesi na utumbo.). Hasa, huduma hizi hukuruhusu kupata maelezo mafupi ya udhihirisho wa jeni wa jumuiya za viumbe vidogo, uchanganuzi wa kitaalamu. ya spishi, uchanganuzi wa uboreshaji wa utendaji wa jeni zilizoonyeshwa tofauti, na zaidi.
Jukwaa: Illumina NovaSeq 6000
