-
Mpangilio wa Kinga ya Chromatin (ChIP-seq)
ChIP-Seq hutoa maelezo mafupi ya kinasaba ya malengo ya DNA kwa urekebishaji wa histone, vipengele vya unukuzi na protini nyingine zinazohusiana na DNA.Inachanganya uteuzi wa chromatin immuno-precipitation (ChIP) ili kurejesha chanjo mahususi za protini-DNA, kwa uwezo wa mfuatano wa kizazi kijacho (NGS) kwa upangaji wa matokeo ya juu wa DNA iliyorejeshwa.Zaidi ya hayo, kwa sababu muundo wa protini-DNA hupatikana kutoka kwa chembe hai, tovuti zinazofunga zinaweza kulinganishwa katika aina tofauti za seli na tishu, au chini ya hali tofauti.Maombi huanzia kwa udhibiti wa unukuzi hadi njia za ukuzaji hadi mifumo ya ugonjwa na zaidi.
Jukwaa: Jukwaa la Illumina NovaSeq
-
Mpangilio wa Metagenomic -NGS
Metagenome inarejelea mkusanyiko wa jumla ya nyenzo za kijenetiki za jumuiya mchanganyiko ya viumbe, kama vile metagenome ya kimazingira, metagenome ya binadamu, n.k. Ina jenomu za vijiumbe vidogo vinavyoweza kupandwa na visivyoweza kupandwa.Mfuatano wa Metagenomic ni zana ya molekuli inayotumiwa kuchanganua nyenzo mchanganyiko za jeni zilizotolewa kutoka kwa sampuli za mazingira, ambayo hutoa maelezo ya kina katika anuwai ya spishi na wingi, muundo wa idadi ya watu, uhusiano wa filojenetiki, jeni tendaji na mtandao wa uhusiano na sababu za mazingira.
Jukwaa:Jukwaa la Illumina NovaSeq
-
Mpangilio wa Metagenomic-Nanopore
Metagenomics ni zana ya molekuli inayotumiwa kuchanganua nyenzo mchanganyiko za jeni zilizotolewa kutoka kwa sampuli za mazingira, ambayo hutoa maelezo ya kina katika anuwai ya spishi na wingi, muundo wa idadi ya watu, uhusiano wa filojenetiki, jeni za utendaji na mtandao wa uhusiano na sababu za mazingira, n.k. Jukwaa la mpangilio la Nanopore limeanzishwa hivi karibuni. kwa masomo ya metagenomic.Utendaji wake bora katika urefu wa usomaji uliimarishwa kwa kiasi kikubwa uchanganuzi wa metagenomic chini ya mkondo, haswa unganisho la metagenome.Kwa kuchukua faida za urefu wa kusoma, utafiti wa metagenomic unaotegemea Nanopore unaweza kufikia mkusanyiko unaoendelea zaidi ukilinganisha na metagenomics ya risasi-bunduki.Imechapishwa kuwa metagenomics inayotegemea Nanopore ilifanikiwa kutengeneza jenomu za bakteria zilizokamilika na zilizofungwa kutoka kwa vijiumbe (Moss, EL, et. al,Bayoteknolojia ya Asili, 2020)
Jukwaa:Nanopore PromethION P48
-
Mpangilio mzima wa bisulfite wa jenomu
DNA methylation katika nafasi ya tano katika cytosine (5-mC) ina ushawishi msingi juu ya kujieleza jeni na shughuli za seli.Mifumo isiyo ya kawaida ya methylation imehusishwa na hali na magonjwa kadhaa, kama vile saratani.WGBS imekuwa kiwango cha dhahabu cha kusoma methylation ya genome-wide katika azimio moja la msingi.
Jukwaa: Jukwaa la Illumina NovaSeq
-
Uchambuzi wa Chromatin Inayopatikana kwa Transposase yenye Mipangilio ya Juu ya Kupitisha (ATAC-seq)
ATAC-seq ni mbinu ya upangaji wa matokeo ya juu kwa ajili ya uchanganuzi wa ufikivu wa kromatini ya jenomu, ambayo ni muhimu kwa udhibiti wa epijenetiki wa kimataifa wa usemi wa jeni.Adapta za mpangilio huingizwa kwenye maeneo ya kromatini iliyo wazi na transposase ya Tn5 inayofanya kazi kupita kiasi.Baada ya ukuzaji wa PCR, maktaba ya mpangilio hujengwa.Maeneo yote ya kromatini yaliyo wazi yanaweza kupatikana chini ya hali mahususi ya muda wa nafasi, sio tu kwa tovuti za kuunganisha za kipengele cha unukuzi, au eneo fulani la historia iliyorekebishwa.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Kitengo kidogo cha 16S na 18S rRNA kilicho na maeneo yaliyohifadhiwa sana na yanayobadilika kupita kiasi ni alama ya kidole ya molekuli ya utambuzi wa viumbe vya prokariyoti na yukariyoti.Kwa kuchukua faida ya mpangilio, amplikoni hizi zinaweza kulengwa kulingana na sehemu zilizohifadhiwa na maeneo yanayobadilika-badilika yanaweza kuainishwa kikamilifu kwa utambulisho wa vijiumbe vidogo vinavyochangia katika tafiti zinazohusu uchanganuzi wa viumbe hai, taksonomia, filojeni, n.k. Molekuli-moja katika muda halisi (SMRT) ) mpangilio wa jukwaa la PacBio huwezesha upataji wa usomaji sahihi wa muda mrefu, ambao unaweza kufunika amplikoni za urefu kamili (takriban 1.5 KB).Mtazamo mpana wa uwanja wa kijeni uliboresha sana azimio katika ufafanuzi wa spishi katika jamii ya bakteria au fangasi.
Jukwaa:Muendelezo wa PacBio II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Upangaji wa amplikoni ya 16S/18S/ITS inalenga kufichua filojeni, taksonomia, na wingi wa spishi katika jumuiya ya viumbe vidogo kwa kuchunguza bidhaa za PCR za viashirio vya kijeni vya utunzaji wa nyumbani ambavyo vina sehemu zenye mazungumzo mengi na zinazoweza kubadilikabadilika.Kuanzishwa kwa alama hizi kamili za vidole vya molekuli na Woeses et al, (1977) huwezesha uwekaji wasifu wa microbiome bila kutengwa.Mfuatano wa 16S (bakteria), 18S (fangasi) na Kinafasi cha ndani (ITS, kuvu) huruhusu utambuzi wa spishi nyingi pamoja na spishi adimu na zisizojulikana.Teknolojia hii imekuwa zana inayotumika sana na kuu katika kutambua muundo tofauti wa vijidudu katika mazingira anuwai, kama vile mdomo wa mwanadamu, matumbo, kinyesi, n.k.
Jukwaa:Jukwaa la Illumina NovaSeq
-
Upangaji Upya wa Genome ya Bakteria na Kuvu
Upangaji upya wa jenomu nzima ya bakteria na kuvu ni zana muhimu ya kukamilisha jenomu za bakteria zinazojulikana na kuvu, na pia kulinganisha jenomu nyingi au kuweka ramani ya jenomu za viumbe vipya.Ni muhimu sana kupanga jenomu nzima za bakteria na kuvu ili kutoa jeni sahihi za marejeleo, kufanya utambuzi wa vijiumbe na tafiti zingine linganishi za jenomu.
Jukwaa: Jukwaa la Illumina NovaSeq
-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Jukwaa la Amplicon (16S/18S/ITS) limetengenezwa kwa uzoefu wa miaka mingi katika uchanganuzi wa mradi wa anuwai ya vijidudu, ambao una uchanganuzi sanifu wa kimsingi na uchanganuzi wa kibinafsi: uchambuzi wa kimsingi unashughulikia uchanganuzi mkuu wa utafiti wa sasa wa vijiumbe, maudhui ya uchanganuzi ni tajiri na ya kina, na matokeo ya uchambuzi yanawasilishwa kwa namna ya ripoti za mradi;Maudhui ya uchambuzi wa kibinafsi ni tofauti.Sampuli zinaweza kuchaguliwa na vigezo vinaweza kuwekwa kwa urahisi kulingana na ripoti ya msingi ya uchanganuzi na madhumuni ya utafiti, ili kufikia mahitaji ya kibinafsi.Mfumo wa uendeshaji wa Windows, rahisi na wa haraka.
-
Nakala ya Urefu Kamili ya PacBio (isiyo ya Marejeleo)
Kwa kuchukua data ya mpangilio wa Isoform ya Pasifiki (PacBio) kama ingizo, Programu hii inaweza kutambua mfuatano wa manukuu ya urefu kamili (bila kukusanyika).Kwa kuchora mpangilio wa urefu kamili dhidi ya jenomu ya marejeleo, nakala zinaweza kuboreshwa na jeni zinazojulikana, nakala, maeneo ya usimbaji, n.k. Katika hali hii, utambuzi sahihi zaidi wa miundo ya mRNA, kama vile uunganishaji mbadala, n.k, unaweza kupatikana.Uchanganuzi wa pamoja na data ya mfuatano wa nukuu ya NGS huwezesha ufafanuzi wa kina zaidi na ukadiriaji sahihi zaidi katika kujieleza katika kiwango cha manukuu, ambayo kwa kiasi kikubwa hunufaisha usemi tofauti wa mkondo na uchanganuzi wa utendaji.
-
Mfuatano uliopunguzwa wa Uwakilishi wa Bisulfite (RRBS)
Utafiti wa methylation ya DNA daima imekuwa mada moto katika utafiti wa magonjwa, na inahusiana kwa karibu na usemi wa jeni na sifa za pheno-typic.RRBS ni njia sahihi, bora na ya kiuchumi kwa utafiti wa methylation ya DNA.Uboreshaji wa maeneo ya visiwa vya mkuzaji na CpG kwa kupasua kwa enzymatic (Msp I), pamoja na mpangilio wa Bisulfite, hutoa utambuzi wa juu wa DNA methylation.
Jukwaa: Jukwaa la Illumina NovaSeq
-
Mpangilio wa prokaryotic mRNA
Upangaji wa mRNA huwezesha uwekaji wasifu wa kina wa manukuu yote ya mRNA ndani ya seli chini ya hali mahususi.Teknolojia hii ya kisasa hutumika kama zana yenye nguvu, inayofunua wasifu tata wa usemi wa jeni, miundo ya jeni, na mifumo ya molekuli inayohusishwa na michakato mbalimbali ya kibiolojia.Imekubaliwa sana katika utafiti wa kimsingi, uchunguzi wa kimatibabu, na ukuzaji wa dawa, mpangilio wa mRNA hutoa maarifa juu ya ugumu wa mienendo ya seli na udhibiti wa kijeni.Usindikaji wetu wa sampuli ya mRNA ya prokariyoti umeundwa mahsusi kwa nakala za prokaryotic, zinazohusisha upungufu wa rRNA na utayarishaji wa maktaba ya mwelekeo.
Jukwaa: Illumina NovaSeq X
