-
Mpangilio wa kiini kimoja cha RNA
Uendelezaji wa kunasa seli moja na mbinu ya ujenzi wa maktaba ya mtu binafsi ikichanganya na upangaji wa matokeo ya juu huruhusu masomo ya usemi wa jeni kwa msingi wa seli baada ya seli.Huwezesha uchanganuzi wa kina na kamili wa mfumo juu ya idadi ya seli changamano, ambapo kwa kiasi kikubwa huepuka kuficha utofauti wao kwa kuchukua wastani wa seli zote.
Hata hivyo, baadhi ya seli hazifai kufanywa kuwa kusimamishwa kwa seli moja, hivyo mbinu nyingine za utayarishaji wa sampuli - uchimbaji wa kiini kutoka kwa tishu unahitajika, yaani, kiini hutolewa moja kwa moja kutoka kwa tishu au seli na kutayarishwa kuwa kusimamishwa kwa kiini kimoja kwa moja- mpangilio wa seli.
BMK hutoa 10× Genomics ChromiumTM kulingana na huduma ya mpangilio wa RNA ya seli moja.Huduma hii imetumika sana katika tafiti za tafiti zinazohusiana na magonjwa, kama vile utofautishaji wa seli za kinga, tofauti za tumor, ukuzaji wa tishu, n.k.
Chip ya nakala ya anga: 10× Genomics
Jukwaa: Jukwaa la Illumina NovaSeq
-
Mpangilio wa Genome wa Mimea/Wanyama
Upangaji upya wa jenomu nzima, pia unajulikana kama WGS, huwezesha kufichuliwa kwa mabadiliko ya kawaida na adimu kwenye jenomu nzima ikijumuisha Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Ufutaji wa Uingizaji (InDel), Utofauti wa Muundo (SV), na Nakili Tofauti ya Namba (CNV). )SVs hufanya sehemu kubwa ya msingi wa tofauti kuliko SNP na kuwa na athari kubwa kwenye jenomu, ambayo ina athari kubwa kwa viumbe hai.Ufuataji uliosomwa kwa muda mrefu huruhusu utambuzi sahihi zaidi wa vipande vikubwa na tofauti changamano kwa sababu usomaji wa muda mrefu hurahisisha zaidi kuvuka kwa kromosomu kwenye maeneo changamano kama vile marudio ya sanjari, maeneo yenye GC/AT-tajiri, na maeneo yanayobadilika sana.
Jukwaa: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Nakala ya Spatial ya BMKMANU S1000
Nakala za anga zinasimama mbele ya uvumbuzi wa kisayansi, kuwawezesha watafiti kupekua katika mifumo tata ya usemi wa jeni ndani ya tishu huku wakihifadhi muktadha wao wa anga.Katikati ya majukwaa mbalimbali, BMKGene imetengeneza BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip, ikijivuniaazimio lililoimarishwaya 5µM, kufikia safu ya seli ndogo, na kuwezeshamipangilio ya azimio la ngazi nyingi.Chip ya S1000, inayoangazia takriban madoa milioni 2, hutumia visima vidogo vilivyowekwa safu ya shanga zilizopakiwa na uchunguzi wa kunasa wenye mipau ya anga.Maktaba ya cDNA, iliyoboreshwa kwa misimbo pau ya anga, hutayarishwa kutoka kwa chipu ya S1000 na kupangwa baadaye kwenye jukwaa la Illumina NovaSeq.Mchanganyiko wa sampuli zenye pau na UMIs huhakikisha usahihi na umahususi wa data inayozalishwa.Sifa ya kipekee ya chipu ya BMKManu S1000 iko katika ubadilikaji wake, ikitoa mipangilio ya viwango vingi ambayo inaweza kusawazishwa vyema kwa tishu na viwango tofauti vya maelezo.Uwezo huu wa kubadilika huweka chipu kama chaguo bora kwa tafiti mbalimbali za nakala za anga, kuhakikisha mshikamano sahihi wa anga na kelele kidogo.
Kwa kutumia chip ya BMKManu S1000 na teknolojia zingine za uandishi wa anga, watafiti wanaweza kupata ufahamu bora wa shirika la anga la seli na mwingiliano changamano wa molekuli unaotokea ndani ya tishu, kutoa ufahamu muhimu sana juu ya mifumo inayosababisha michakato ya kibaolojia katika nyanja mbali mbali, ikijumuisha. oncology, neuroscience, biolojia ya maendeleo, elimu ya kinga na masomo ya mimea.
Jukwaa: Chip ya BMKManu S1000 na Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Transcriptome
Nakala za anga ni teknolojia ya kisasa ambayo inaruhusu watafiti kuchunguza mifumo ya usemi wa jeni ndani ya tishu huku wakihifadhi muktadha wao wa anga.Jukwaa moja lenye nguvu katika kikoa hiki ni 10x Genomics Visium pamoja na mpangilio wa Illumina.Kanuni ya Visium ya 10X iko kwenye chip maalum iliyo na eneo maalum la kukamata ambapo sehemu za tishu zimewekwa.Eneo hili la kunasa lina madoa yenye msimbo, ambayo kila moja inalingana na eneo la kipekee la anga ndani ya tishu.Molekuli za RNA zilizonaswa kutoka kwenye tishu huwekwa lebo ya vitambulishi vya kipekee vya molekuli (UMIs) wakati wa mchakato wa unukuzi wa kinyume.Maeneo haya yenye misimbo mipau na UMI huwezesha upangaji ramani sahihi wa anga na ukadiriaji wa usemi wa jeni katika mwonekano wa seli moja.Mchanganyiko wa sampuli zenye pau na UMIs huhakikisha usahihi na umahususi wa data inayozalishwa.Kwa kutumia teknolojia hii ya Spatial Transcriptomics, watafiti wanaweza kupata uelewa wa kina wa shirika la anga la seli na mwingiliano changamano wa molekuli unaotokea ndani ya tishu, wakitoa ufahamu wa thamani sana katika taratibu zinazohusu michakato ya kibayolojia katika nyanja mbalimbali, ikiwa ni pamoja na oncology, neuroscience, biolojia ya maendeleo, immunology. , na masomo ya mimea.
Jukwaa: Visium ya 10X ya Genomics na Illumina NovaSeq
-
Upangaji wa Urefu Kamili wa mRNA-Nanopore
Ingawa mpangilio wa mRNA unaotegemea NGS hutumika kama zana yenye matumizi mengi ya ukadiriaji wa usemi wa jeni, utegemezi wake katika usomaji mfupi huzuia ufanisi wake katika uchanganuzi changamano wa nukuu.Mfuatano wa Nanopore, kwa upande mwingine, unatumia teknolojia iliyosomwa kwa muda mrefu, kuwezesha upangaji wa nakala za urefu kamili za mRNA.Mbinu hii hurahisisha uchunguzi wa kina wa uunganishaji mbadala, muunganisho wa jeni, uunganishaji wa aina nyingi, na ukadiriaji wa isoform za mRNA.
Mpangilio wa Nanopore hutegemea ishara za umeme za wakati halisi za nanopore.Ikiongozwa na protini za injini, DNA yenye nyuzi mbili hufungamana na protini za nanopore zilizopachikwa kwenye filamu ya kibayolojia, inajifungua inapopitia mkondo wa nanopore chini ya tofauti ya voltage.Ishara bainifu za umeme zinazozalishwa na besi tofauti kwenye uzi wa DNA hugunduliwa na kuainishwa katika muda halisi, kuwezesha mpangilio sahihi na endelevu wa nyukleotidi.Mbinu hii bunifu inashinda vizuizi vya kusoma kwa muda mfupi na hutoa jukwaa thabiti la uchanganuzi wa kina wa jenomiki, unajumuisha masomo changamano ya maandishi.
Jukwaa: Nanopore Promethion P48
-
Mpangilio wa urefu wa mRNA -PacBio
Ingawa mpangilio wa mRNA unaotegemea NGS ni zana inayoweza kutumika nyingi ya kukadiria usemi wa jeni, utegemezi wake katika usomaji mfupi huzuia matumizi yake katika uchanganuzi changamano wa maandishi.Upangaji wa PacBio (Iso-Seq), kwa upande mwingine, hutumia teknolojia iliyosomwa kwa muda mrefu, kuwezesha mpangilio wa nakala za urefu kamili za mRNA.Mbinu hii hurahisisha uchunguzi wa kina wa uunganishaji mbadala, uunganishaji wa jeni na uunganishaji wa aina nyingi ingawa sio chaguo la msingi la ukadiriaji wa usemi wa jeni, kwa sababu ya kiwango cha juu cha data kinachohitajika.
Teknolojia ya upangaji ya PacBio inategemea mpangilio wa molekuli moja, wakati halisi (SMRT), kutoa faida tofauti katika kunasa nakala za urefu kamili za mRNA.Mbinu hii ya kibunifu inahusisha matumizi ya miongozo ya mawimbi ya modi sifuri (ZMWs), visima vilivyotengenezwa kwa umbo midogo ambavyo vinawezesha uchunguzi wa wakati halisi wa shughuli ya polimerasi ya DNA wakati wa mfuatano.Ndani ya hizi ZMWs, polimerasi ya DNA ya PacBio inaunganisha safu ya ziada ya DNA, na kutoa usomaji mrefu ambao unachukua nakala zote za mRNA.Uendeshaji wa PacBio katika hali ya Mfuatano wa Makubaliano ya Mduara (CCS) huongeza usahihi kwa kupanga tena na tena molekuli sawa.Usomaji wa HiFi uliozalishwa una usahihi unaolinganishwa na NGS, unaochangia zaidi katika uchanganuzi wa kina na wa kuaminika wa vipengele changamano vya nakala.Jukwaa: PacBio Sequel II
-
Eukaryotiki mRNA Sequencing-Illumina
Upangaji wa mRNA huwezesha uwekaji wasifu wa kina wa manukuu yote ya mRNA ndani ya seli chini ya hali mahususi.Teknolojia hii ya kisasa hutumika kama zana yenye nguvu, inayofunua wasifu tata wa usemi wa jeni, miundo ya jeni, na mifumo ya molekuli inayohusishwa na michakato mbalimbali ya kibiolojia.Imekubaliwa sana katika utafiti wa kimsingi, uchunguzi wa kimatibabu, na ukuzaji wa dawa, mpangilio wa mRNA hutoa maarifa juu ya ugumu wa mienendo ya seli na udhibiti wa kijeni.
Jukwaa: Illumina NovaSeq X
-
Isiyo ya Marejeleo ya mRNA Sequencing-Illumina
Upangaji wa mRNA huwezesha uwekaji wasifu wa kina wa manukuu yote ya mRNA ndani ya seli chini ya hali mahususi.Teknolojia hii ya kisasa hutumika kama zana yenye nguvu, inayofunua wasifu tata wa usemi wa jeni, miundo ya jeni, na mifumo ya molekuli inayohusishwa na michakato mbalimbali ya kibiolojia.Imekubaliwa sana katika utafiti wa kimsingi, uchunguzi wa kimatibabu, na ukuzaji wa dawa, mpangilio wa mRNA hutoa maarifa juu ya ugumu wa mienendo ya seli na udhibiti wa kijeni.
Jukwaa: Illumina NovaSeq X
-
Upangaji wa muda mrefu usio na usimbaji-Illumina
RNA ndefu zisizo na misimbo (lncRNAs) ni RNA zenye urefu zaidi ya nyukleotidi 200 ambazo zina uwezo mdogo wa kusimba na ni vipengele muhimu ndani ya RNA isiyo ya kusimba.Zinazopatikana katika kiini na saitoplazimu, RNA hizi hutekeleza majukumu muhimu katika udhibiti wa epijenetiki, unukuzi, na baada ya unukuu, ikisisitiza umuhimu wao katika kuunda michakato ya seli na molekuli.Upangaji wa LncRNA ni zana yenye nguvu katika upambanuzi wa seli, Ontogenesis, na magonjwa ya Binadamu.
Jukwaa: Illumina NovaSeq
-
Mpangilio mdogo wa RNA-Illumina
Molekuli ndogo za RNA (sRNA), kwa kawaida chini ya nyukleotidi 200 kwa urefu, hujumuisha microRNAs (miRNAs), RNAs ndogo zinazoingilia (siRNAs), na RNA zinazoingiliana piwi (piRNAs).Kati ya hizi, miRNAs, karibu na urefu wa nyukleotidi 20-24, ni muhimu sana kwa majukumu yao muhimu ya udhibiti katika michakato mbalimbali ya seli.Kwa mifumo ya usemi mahususi na hatua mahususi, miRNA huonyesha uhifadhi wa hali ya juu katika spishi mbalimbali.
Jukwaa: Illumina NovaSeq
-
circRNA mpangilio-Illumina
Upangaji wa RNA wa duara (circRNA-seq) ni kuweka wasifu na kuchanganua RNA za duara, darasa la molekuli za RNA ambazo huunda vitanzi vilivyofungwa kutokana na matukio ya kuunganisha yasiyo ya kisheria, na kuzipa RNA hizi uthabiti ulioongezeka.Ingawa baadhi ya circRNA zimeonyeshwa kufanya kazi kama sponji ndogo za RNA, zikichukua microRNA na kuzizuia kudhibiti mRNA zinazolengwa, circRNA zingine zinaweza kuingiliana na protini, kurekebisha usemi wa jeni, au kuwa na majukumu katika michakato ya seli.Uchanganuzi wa usemi wa circRNA hutoa maarifa kuhusu majukumu ya udhibiti wa molekuli hizi na umuhimu wao katika michakato mbalimbali ya seli, hatua za ukuaji na hali ya ugonjwa, ikichangia uelewa wa kina wa ugumu wa udhibiti wa RNA katika muktadha wa usemi wa jeni.
-
Mpangilio mzima wa maandishi - Illumina
Ufuataji wa nukuu nzima unatoa mbinu ya kina ya kuorodhesha molekuli mbalimbali za RNA, ikijumuisha usimbaji (mRNA) na RNA zisizo za kusimba (lncRNA, circRNA, na miRNA).Mbinu hii inachukua nakala kamili ya seli mahususi kwa wakati fulani, ikiruhusu uelewa wa jumla wa michakato ya seli.Pia inajulikana kama "mfuatano wa jumla wa RNA," inalenga kufichua mitandao tata ya udhibiti katika kiwango cha unukuzi, kuwezesha uchanganuzi wa kina kama vile ushindani wa asili wa RNA (ceRNA) na uchanganuzi wa pamoja wa RNA.Hii inaashiria hatua ya awali kuelekea ubainishaji wa utendaji kazi, hasa katika kuibua mitandao ya udhibiti inayohusisha mwingiliano wa ceRNA unaotegemea circRNA-miRNA-mRNA.
